source: branches/maven/projects/bio-formats/src/main/resources/loci/formats/readers.txt @ 7044

Revision 7044, 6.6 KB checked in by curtis, 9 years ago (diff)

Backport latest Bio-Formats trunk to Maven branch.

Line 
1#
2# readers.txt
3#
4
5# OME Bio-Formats package for reading and converting biological file formats.
6# Copyright (C) 2005-@year@ UW-Madison LOCI and Glencoe Software, Inc.
7#
8# This program is free software; you can redistribute it and/or modify
9# it under the terms of the GNU General Public License as published by
10# the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
11# (at your option) any later version.
12#
13# This program is distributed in the hope that it will be useful,
14# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
15# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
16# GNU General Public License for more details.
17#
18# You should have received a copy of the GNU General Public License
19# along with this program; if not, write to the Free Software
20# Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
21
22# This document is a configuration file identifying all file format readers
23# available to Bio-Formats, and the order in which they should be used.
24# Please do not edit unless you know what you are doing (see reader-guide.txt).
25
26# readers for compressed/archive files
27loci.formats.in.ZipReader             # zip
28
29# javax.imageio readers
30loci.formats.in.APNGReader            # png [javax.imageio]
31loci.formats.in.JPEGReader            # jpg, jpeg [javax.imageio]
32
33# standalone readers with unique file extensions
34loci.formats.in.PGMReader             # pgm
35loci.formats.in.FitsReader            # fits
36loci.formats.in.PCXReader             # pcx
37loci.formats.in.GIFReader             # gif
38loci.formats.in.BMPReader             # bmp
39loci.formats.in.IPLabReader           # ipl
40loci.formats.in.IvisionReader         # ipm
41loci.formats.in.DeltavisionReader     # dv, r3d
42loci.formats.in.MRCReader             # mrc, st, ali
43loci.formats.in.GatanReader           # dm3
44loci.formats.in.GatanDM2Reader        # dm2
45loci.formats.in.ImarisReader          # ims
46loci.formats.in.OpenlabRawReader      # raw
47loci.formats.in.OMEXMLReader          # ome
48loci.formats.in.LIFReader             # lif
49loci.formats.in.AVIReader             # avi
50loci.formats.in.PictReader            # pict, pct
51loci.formats.in.SDTReader             # sdt
52loci.formats.in.EPSReader             # eps, epsi
53loci.formats.in.SlidebookReader       # sld
54loci.formats.in.AliconaReader         # al3d
55loci.formats.in.MNGReader             # mng
56loci.formats.in.KhorosReader          # xv
57loci.formats.in.VisitechReader        # html, xys
58loci.formats.in.LIMReader             # lim
59loci.formats.in.PSDReader             # psd
60loci.formats.in.InCellReader          # xdce
61loci.formats.in.L2DReader             # l2d
62loci.formats.in.FEIReader             # img
63loci.formats.in.NAFReader             # naf
64loci.formats.in.MINCReader            # mnc
65loci.formats.in.QTReader              # mov
66loci.formats.in.MRWReader             # mrw
67loci.formats.in.TillVisionReader      # vws
68loci.formats.in.ARFReader             # arf
69loci.formats.in.CellomicsReader       # c01
70loci.formats.in.LiFlimReader          # fli
71loci.formats.in.TargaReader           # tga
72loci.formats.in.OxfordInstrumentsReader # top
73loci.formats.in.VGSAMReader           # dti
74loci.formats.in.HISReader             # his
75loci.formats.in.WATOPReader           # wat
76loci.formats.in.SeikoReader           # xqd, xqf
77loci.formats.in.TopometrixReader      # tfr, ffr, zfr, zfp, 2fl
78loci.formats.in.UBMReader             # pr3
79loci.formats.in.QuesantReader         # afm
80loci.formats.in.BioRadGelReader       # 1sc
81loci.formats.in.RHKReader             # sm2, sm3
82loci.formats.in.MolecularImagingReader # stp
83loci.formats.in.CellWorxReader        # pnl, htd
84loci.formats.in.Ecat7Reader           # v
85loci.formats.in.VarianFDFReader       # fdf
86loci.formats.in.FakeReader            # fake
87
88# multi-extension messes
89loci.formats.in.JEOLReader            # dat, img, par
90loci.formats.in.NiftiReader           # hdr, img, nii
91loci.formats.in.AnalyzeReader         # hdr, img
92loci.formats.in.APLReader             # apl, mtb, tnb
93loci.formats.in.NRRDReader            # nrrd, nhdr, pic
94loci.formats.in.ICSReader             # ics, ids
95loci.formats.in.PerkinElmerReader     # rec, ano, csv, htm, tim, zpo, 2, 3, ...
96loci.formats.in.AmiraReader           # am, amiramesh, grey, hx, labels, ...
97loci.formats.in.ScanrReader           # dat, xml, tif
98loci.formats.in.BDReader              # exp, tif
99loci.formats.in.UnisokuReader         # dat, hdr
100loci.formats.in.PDSReader             # hdr, img
101
102# standard PIC reader must go last (it accepts any PIC)
103loci.formats.in.BioRadReader          # pic
104
105# readers requiring third-party libraries
106loci.formats.in.FV1000Reader          # oib, oif, various [POI]
107loci.formats.in.ZeissZVIReader        # zvi [POI]
108loci.formats.in.IPWReader             # ipw [POI]
109loci.formats.in.ND2Reader             # nd2, jp2 [JAI-ImageIO]
110loci.formats.in.JPEG2000Reader        # jp2, j2k [JAI-ImageIO]
111loci.formats.in.PCIReader             # cxd [POI]
112loci.formats.in.ImarisHDFReader       # ims [NetCDF]
113
114# TIFF-based readers with unique file extensions
115loci.formats.in.ZeissLSMReader        # lsm, mdb [MDB Tools]
116loci.formats.in.SEQReader             # seq
117loci.formats.in.GelReader             # gel
118loci.formats.in.ImarisTiffReader      # ims
119loci.formats.in.FlexReader            # flex [LuraWave]
120loci.formats.in.SVSReader             # svs
121loci.formats.in.ImaconReader          # fff
122loci.formats.in.LEOReader             # sxm
123loci.formats.in.JPKReader             # jpk
124
125# TIFF-based readers with slow isThisType
126loci.formats.in.MIASReader            # tif
127loci.formats.in.TCSReader             # xml, tif
128loci.formats.in.LeicaReader           # lei, tif
129loci.formats.in.NikonReader           # nef, tif
130loci.formats.in.FluoviewReader        # tif
131loci.formats.in.PrairieReader         # xml, cfg, tif
132loci.formats.in.MetamorphReader       # stk, tif, nd
133loci.formats.in.MicromanagerReader    # txt, tif
134loci.formats.in.ImprovisionTiffReader # tif
135loci.formats.in.MetamorphTiffReader   # tif
136loci.formats.in.NikonTiffReader       # tif
137loci.formats.in.OMETiffReader         # tif
138loci.formats.in.PhotoshopTiffReader   # tif
139loci.formats.in.FEITiffReader         # tif
140loci.formats.in.SimplePCITiffReader   # tif
141loci.formats.in.NikonElementsTiffReader # tif
142
143# standard TIFF reader must go last (it accepts any TIFF)
144loci.formats.in.TiffDelegateReader    # tif, tiff
145
146# standard text reader must go last (it accepts any plaintext)
147loci.formats.in.TextReader            # txt, csv
148
149# non-TIFF readers with slow isThisType
150loci.formats.in.BurleighReader        # img
151loci.formats.in.OpenlabReader         # liff
152loci.formats.in.DicomReader           # dcm, dicom
153loci.formats.in.SMCameraReader        # (no extension)
154loci.formats.in.SBIGReader            # (no extension)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.