Changeset 1334


Ignore:
Timestamp:
08/23/06 13:52:57 (14 years ago)
Author:
melissa
Message:

Whitespace.

Location:
trunk/loci/formats
Files:
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/FileStitcher.java

    r1330 r1334  
    112112    return reader.getMetadata(id); 
    113113  } 
    114    
     114 
    115115  /** 
    116116   * Obtains the specified metadata field's value for the given file. 
     
    235235    fp = new FilePattern(new File(id)); 
    236236    files = fp.getFiles(); 
    237      
     237 
    238238    if (files == null) { 
    239239      throw new FormatException("Invalid file pattern.  Please rename " + 
    240240        "your files or disable file stitching."); 
    241241    } 
    242      
     242 
    243243    imageCounts = new int[files.length]; 
    244244 
     
    267267 
    268268    // always set the width and height to the maximum values 
    269     
     269 
    270270    for (int i=0; i<dims.length; i++) { 
    271271      if (dims[i][0] > dimensions[0]) { 
  • trunk/loci/formats/TiffTools.java

    r1322 r1334  
    12761276          sampleBuf.get(intData[i]); 
    12771277        } 
    1278          
     1278 
    12791279        byte[][] shortData = new byte[samplesPerPixel][intData[0].length]; 
    12801280        for (int i=0; i<samplesPerPixel; i++) { 
     
    12831283          } 
    12841284        } 
    1285          
     1285 
    12861286        return ImageTools.makeImage(shortData, 
    12871287          (int) imageWidth, (int) imageLength); 
     
    12901290    return ImageTools.makeImage(samples, (int) imageWidth, (int) imageLength); 
    12911291  } 
    1292    
     1292 
    12931293  /** 
    12941294   * Extracts pixel information from the given byte array according to the 
     
    21062106    return numBytes; 
    21072107  } 
    2108    
     2108 
    21092109  /** 
    21102110   * Retrieves the image's width (TIFF tag ImageWidth) from a given TIFF IFD. 
     
    21152115  public static long getImageWidth(Hashtable ifd) throws FormatException 
    21162116  { 
    2117           return getIFDLongValue(ifd, IMAGE_WIDTH, true, 0); 
    2118   } 
    2119    
     2117    return getIFDLongValue(ifd, IMAGE_WIDTH, true, 0); 
     2118  } 
     2119 
    21202120  /** 
    21212121   * Retrieves the image's length (TIFF tag ImageLength) from a given TIFF IFD. 
     
    21262126  public static long getImageLength(Hashtable ifd) throws FormatException 
    21272127  { 
    2128           return getIFDLongValue(ifd, IMAGE_LENGTH, true, 0); 
    2129   } 
    2130    
     2128    return getIFDLongValue(ifd, IMAGE_LENGTH, true, 0); 
     2129  } 
     2130 
    21312131  /** 
    21322132   * Retrieves the image's bits per sample (TIFF tag BitsPerSample) from a given 
     
    21402140  public static int[] getBitsPerSample(Hashtable ifd) throws FormatException 
    21412141  { 
    2142           int[] bitsPerSample = getIFDIntArray(ifd, BITS_PER_SAMPLE, false); 
    2143           if (bitsPerSample == null) 
    2144                   bitsPerSample = new int[] {1}; 
    2145           return bitsPerSample; 
    2146   } 
    2147  
    2148   /** 
    2149    * Retrieves the number of samples per pixel for the image (TIFF tag  
     2142    int[] bitsPerSample = getIFDIntArray(ifd, BITS_PER_SAMPLE, false); 
     2143    if (bitsPerSample == null) bitsPerSample = new int[] {1}; 
     2144    return bitsPerSample; 
     2145  } 
     2146 
     2147  /** 
     2148   * Retrieves the number of samples per pixel for the image (TIFF tag 
    21502149   * SamplesPerPixel) from a given TIFF IFD. 
    21512150   * @param ifd a TIFF IFD hashtable. 
     
    21552154  public static int getSamplesPerPixel(Hashtable ifd) throws FormatException 
    21562155  { 
    2157           return getIFDIntValue(ifd, SAMPLES_PER_PIXEL, false, 1); 
    2158   } 
    2159    
     2156    return getIFDIntValue(ifd, SAMPLES_PER_PIXEL, false, 1); 
     2157  } 
     2158 
    21602159  /** 
    21612160   * Retrieves the image's compression type (TIFF tag Compression) from a 
     
    21762175  public static int getCompression(Hashtable ifd) throws FormatException 
    21772176  { 
    2178           return getIFDIntValue(ifd, COMPRESSION, false, UNCOMPRESSED); 
    2179   } 
    2180    
     2177    return getIFDIntValue(ifd, COMPRESSION, false, UNCOMPRESSED); 
     2178  } 
     2179 
    21812180  /** 
    21822181   * Retrieves the image's photometric interpretation (TIFF tag 
     
    21992198   */ 
    22002199  public static int getPhotometricInterpretation(Hashtable ifd) 
    2201         throws FormatException 
    2202   { 
    2203           return getIFDIntValue(ifd, PHOTOMETRIC_INTERPRETATION, true, 0); 
    2204   } 
    2205    
     2200    throws FormatException 
     2201  { 
     2202    return getIFDIntValue(ifd, PHOTOMETRIC_INTERPRETATION, true, 0); 
     2203  } 
     2204 
    22062205  /** 
    22072206   * Retrieves the strip offsets for the image (TIFF tag StripOffsets) from a 
     
    22092208   * @param ifd a TIFF IFD hashtable. 
    22102209   * @return the strip offsets for the image. The lenght of the array is equal 
    2211    * to the number of strips per image. <i>StripsPerImage = floor ((ImageLength  
     2210   * to the number of strips per image. <i>StripsPerImage = floor ((ImageLength 
    22122211   * + RowsPerStrip - 1) / RowsPerStrip)</i>. 
    22132212   * @throws FormatException if there is a problem parsing the IFD metadata. 
     
    22172216  public static long[] getStripOffsets(Hashtable ifd) throws FormatException 
    22182217  { 
    2219           return getIFDLongArray(ifd, STRIP_OFFSETS, false); 
    2220   } 
    2221    
     2218    return getIFDLongArray(ifd, STRIP_OFFSETS, false); 
     2219  } 
     2220 
    22222221  /** 
    22232222   * Retrieves strip byte counts for the image (TIFF tag StripByteCounts) from a 
     
    22252224   * @param ifd a TIFF IFD hashtable. 
    22262225   * @return the byte counts for each strip. The length of the array is equal to 
    2227    * the number of strips per image. <i>StripsPerImage = floor ((ImageLength +  
     2226   * the number of strips per image. <i>StripsPerImage = floor ((ImageLength + 
    22282227   * RowsPerStrip - 1) / RowsPerStrip)</i>. 
    22292228   * @throws FormatException if there is a problem parsing the IFD metadata. 
     
    22322231  public static long[] getStripByteCounts(Hashtable ifd) throws FormatException 
    22332232  { 
    2234           return getIFDLongArray(ifd, STRIP_BYTE_COUNTS, false); 
    2235   } 
    2236    
     2233    return getIFDLongArray(ifd, STRIP_BYTE_COUNTS, false); 
     2234  } 
     2235 
    22372236  /** 
    22382237   * Retrieves the number of rows per strip for image (TIFF tag RowsPerStrip) 
     
    22442243  public static long[] getRowsPerStrip(Hashtable ifd) throws FormatException 
    22452244  { 
    2246           return getIFDLongArray(ifd, ROWS_PER_STRIP, false); 
     2245    return getIFDLongArray(ifd, ROWS_PER_STRIP, false); 
    22472246  } 
    22482247 
  • trunk/loci/formats/in/BaseTiffReader.java

    r1331 r1334  
    5959  /** Number of images in the current TIFF stack. */ 
    6060  protected int numImages; 
    61    
     61 
    6262  /** The global min and max for each channel */ 
    63   protected Double[][] channelMinMax;  
     63  protected Double[][] channelMinMax; 
    6464 
    6565  // -- Constructors -- 
     
    454454      //Populate the default display options 
    455455      store.setDefaultDisplaySettings(null); 
    456        
     456 
    457457      // Use a default "real" pixel dimension of 1 for each dimensionality. 
    458458      Float f = new Float(1); 
    459459      store.setDimensions(f, f, f, f, f, null); 
    460        
     460 
    461461      // populate Dimensions element 
    462462      int pixelSizeX = TiffTools.getIFDIntValue(ifd, 
     
    636636    throws FormatException, IOException 
    637637  { 
    638           if (!id.equals(currentId)) initFile(id); 
    639            
    640           byte[][] p = null; 
    641           if (separated && isRGB(id)) 
    642           { 
    643                   p = TiffTools.getSamples(ifds[no / 3], in, 0); 
    644                   // We need to swap back the endian-ness due to the getSamples() 
    645                   // method giving us big-endian (Java) bytes if the image is 
    646                   // little-endian. 
    647                   return swapIfRequired(p[no % p.length]); 
    648           } 
    649           else 
    650           { 
    651                   p = TiffTools.getSamples(ifds[no], in, 0); 
    652                   byte[] rtn = new byte[p.length * p[0].length]; 
    653                   for (int i=0; i<p.length; i++) 
    654                   { 
    655                           swapIfRequired(p[i]); 
    656                           System.arraycopy(p[i], 0, rtn, i * p[0].length, p[0].length); 
    657                   } 
    658                   return rtn; 
    659           } 
     638    if (!id.equals(currentId)) initFile(id); 
     639 
     640    byte[][] p = null; 
     641    if (separated && isRGB(id)) { 
     642      p = TiffTools.getSamples(ifds[no / 3], in, 0); 
     643      // We need to swap back the endian-ness due to the getSamples() 
     644      // method giving us big-endian (Java) bytes if the image is 
     645      // little-endian. 
     646      return swapIfRequired(p[no % p.length]); 
     647    } 
     648    else { 
     649      p = TiffTools.getSamples(ifds[no], in, 0); 
     650      byte[] rtn = new byte[p.length * p[0].length]; 
     651      for (int i=0; i<p.length; i++) { 
     652        swapIfRequired(p[i]); 
     653        System.arraycopy(p[i], 0, rtn, i * p[0].length, p[0].length); 
     654      } 
     655      return rtn; 
     656    } 
    660657  } 
    661658 
     
    669666   */ 
    670667  private byte[] swapIfRequired(byte[] byteArray) 
    671         throws FormatException, IOException 
     668    throws FormatException, IOException 
    672669  { 
    673           int bitsPerSample = TiffTools.getBitsPerSample(ifds[0])[0]; 
    674            
    675           // We've got nothing to do if the samples are only 8-bits wide or if they 
    676           // are floating point. 
    677           if (bitsPerSample == 8 || bitsPerSample == 32) return byteArray; 
    678            
    679           if (isLittleEndian(currentId)) 
    680           { 
    681                   if (bitsPerSample == 16)  // Short 
    682                   { 
    683                           ShortBuffer buf = ByteBuffer.wrap(byteArray).asShortBuffer(); 
    684                           for (int i = 0; i < (byteArray.length / 2); i++) 
    685                                   buf.put(i, Bits.swap(buf.get(i))); 
    686                   } 
    687                   else 
    688                           throw new FormatException( 
    689                                           "Unsupported sample bit width: '" + bitsPerSample + "'"); 
    690           } 
    691           // We've got a big-endian file with a big-endian byte array. 
    692           return byteArray; 
     670    int bitsPerSample = TiffTools.getBitsPerSample(ifds[0])[0]; 
     671 
     672    // We've got nothing to do if the samples are only 8-bits wide or if they 
     673    // are floating point. 
     674    if (bitsPerSample == 8 || bitsPerSample == 32) return byteArray; 
     675 
     676    if (isLittleEndian(currentId)) { 
     677      if (bitsPerSample == 16)  // Short 
     678      { 
     679        ShortBuffer buf = ByteBuffer.wrap(byteArray).asShortBuffer(); 
     680        for (int i = 0; i < (byteArray.length / 2); i++) { 
     681          buf.put(i, Bits.swap(buf.get(i))); 
     682        } 
     683      } 
     684      else { 
     685        throw new FormatException( 
     686          "Unsupported sample bit width: '" + bitsPerSample + "'"); 
     687      } 
     688    } 
     689    // We've got a big-endian file with a big-endian byte array. 
     690    return byteArray; 
    693691  } 
    694692 
     
    798796        channelMinMax[channelIdx][0], channelMinMax[channelIdx][1], null); 
    799797  } 
    800    
     798 
    801799  /** 
    802800   * Retrieves the global min and max for each channel. 
     
    805803   */ 
    806804  public void getChannelGlobalMinMax() throws FormatException, IOException { 
    807     if (channelMinMax == null)  
     805    if (channelMinMax == null) 
    808806      channelMinMax = new Double[getSizeC(currentId)][2]; 
    809807    else return; 
     
    834832    } 
    835833  } 
    836    
     834 
    837835  /** 
    838836   * Sets the logical channel in the metadata store. 
     
    843841  private void setLogicalChannel(int i) throws FormatException, IOException { 
    844842    getMetadataStore(currentId).setLogicalChannel( 
    845         i,  
    846         getChannelName(i),  
    847         getNdFilter(i),  
    848         getEmWave(i),  
    849         getExWave(i),  
     843        i, 
     844        getChannelName(i), 
     845        getNdFilter(i), 
     846        getEmWave(i), 
     847        getExWave(i), 
    850848        getPhotometricInterpretation(i), 
    851849        getMode(i), // aquisition mode 
     
    854852 
    855853  private String getChannelName(int i) { return null; } 
    856    
     854 
    857855  private Float getNdFilter(int i) { return null; } 
    858    
     856 
    859857  Integer getEmWave(int i) { return null; } 
    860858 
    861859  private Integer getExWave(int i) { return null; } 
    862    
     860 
    863861  private String getPhotometricInterpretation(int i) 
    864     throws FormatException, IOException  
     862    throws FormatException, IOException 
    865863  { 
    866     return (String) getMetadataValue(currentId,  
     864    return (String) getMetadataValue(currentId, 
    867865      "metaDataPhotometricInterpretation"); 
    868866  } 
    869    
     867 
    870868  private String getMode(int i) { return null; } 
    871869 
  • trunk/loci/formats/in/Bits.java

    r1320 r1334  
    3232class Bits 
    3333{ 
    34         static short swap(short x) 
    35         { 
    36                 return (short) ((x << 8) | ((x >> 8) & 0xFF)); 
    37         } 
     34  static short swap(short x) { 
     35    return (short) ((x << 8) | ((x >> 8) & 0xFF)); 
     36  } 
    3837 
    39         static char swap(char x) 
    40         { 
    41                 return (char) ((x << 8) | ((x >> 8) & 0xFF)); 
    42         } 
     38  static char swap(char x) { 
     39    return (char) ((x << 8) | ((x >> 8) & 0xFF)); 
     40  } 
    4341 
    44         static int swap(int x) 
    45         { 
    46                 return (int) 
    47                         ((swap((short)x) << 16) | (swap((short)(x >> 16)) & 0xFFFF)); 
    48         } 
     42  static int swap(int x) { 
     43    return (int) ((swap((short)x) << 16) | (swap((short)(x >> 16)) & 0xFFFF)); 
     44  } 
    4945 
    50         static long swap(long x) 
    51         { 
    52                 return (long) 
    53                         (((long)swap((int)(x)) << 32) | 
    54                          ((long)swap((int)(x >> 32)) & 0xFFFFFFFFL)); 
    55         } 
     46  static long swap(long x) { 
     47    return (long) (((long)swap((int)(x)) << 32) | 
     48      ((long)swap((int)(x >> 32)) & 0xFFFFFFFFL)); 
     49  } 
    5650} 
  • trunk/loci/formats/in/LIFReader.java

    r1332 r1334  
    413413            } 
    414414          } 
    415            
     415 
    416416          ndx++; 
    417417          try { 
    418418            token = (String) elements.get(ndx); 
    419419          } 
    420           catch (Exception e) { break; }  
     420          catch (Exception e) { break; } 
    421421        } 
    422422        extraDims.add(new Integer(extras)); 
  • trunk/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r1331 r1334  
    388388      int stripsPerImage = oldOffsets.length; 
    389389 
    390       int check = TiffTools.getIFDIntValue(ifds[0],  
     390      int check = TiffTools.getIFDIntValue(ifds[0], 
    391391        TiffTools.PHOTOMETRIC_INTERPRETATION); 
    392392      if (check == TiffTools.RGB_PALETTE) { 
     
    428428        temp.put(new Integer(TiffTools.PREDICTOR), ifds[0].get( 
    429429            new Integer(TiffTools.PREDICTOR))); 
    430         temp.put(new Integer(TiffTools.COLOR_MAP),  
     430        temp.put(new Integer(TiffTools.COLOR_MAP), 
    431431          ifds[0].get(new Integer(TiffTools.COLOR_MAP))); 
    432432 
     
    528528    Double globalMin = (Double) metadata.get("grayMin"); 
    529529    Double globalMax = (Double) metadata.get("grayMax"); 
    530     if (globalMin != null | globalMax != null)  
     530    if (globalMin != null | globalMax != null) 
    531531    { 
    532       getMetadataStore(currentId).setChannelGlobalMinMax(i,  
     532      getMetadataStore(currentId).setChannelGlobalMinMax(i, 
    533533        globalMin,globalMax, null); 
    534534    } 
  • trunk/loci/formats/in/OIBReader.java

    r1329 r1334  
    176176      if (DataTools.stripString(new String(data)).indexOf("Parameters") != -1) { 
    177177        // this file contains INI-style metadata 
    178       
     178 
    179179        String meta = DataTools.stripString(new String(data)); 
    180180        try { 
     
    190190          try { 
    191191            String key = meta.substring(0, eqIndex); 
    192             String value =  
     192            String value = 
    193193              meta.substring(eqIndex + 1, meta.indexOf("\r\n", eqIndex)); 
    194194            if (key.length() < 512 && value.length() < 512) { 
    195195              metadata.put(key.trim(), value.trim()); 
    196               
     196 
    197197              if (key.indexOf("??") != -1 || value.indexOf("??") != -1 || 
    198198                key.indexOf("   ") != -1 || value.indexOf("   ") != -1) 
     
    201201              } 
    202202 
    203               if (key.trim().endsWith("AbsPositionUnitName") &&  
    204                 value.trim().equals("\"Ch\""))  
     203              if (key.trim().endsWith("AbsPositionUnitName") && 
     204                value.trim().equals("\"Ch\"")) 
    205205              { 
    206                 setSizeC = true;  
     206                setSizeC = true; 
    207207              } 
    208208 
  • trunk/loci/formats/in/Plane2D.java

    r1320 r1334  
    4343  /** The Java type that we're using for pixel value retrieval */ 
    4444  private int                 type; 
    45    
     45 
    4646  /** Number of pixels along the <i>X</i>-axis. */ 
    4747  private int                 sizeX; 
    48    
     48 
    4949  /** Number of pixels along the <i>Y</i>-axis. */ 
    5050  private int                 sizeY; 
  • trunk/loci/formats/in/QTReader.java

    r1306 r1334  
    361361 
    362362    canUsePrevious = (prevPixels != null) && (prevPlane == no - 1); 
    363      
     363 
    364364    if (codec.equals("jpeg") || codec.equals("mjpb")) { 
    365365      return ImageTools.getBytes(openImage(id, no), isRGB(id) && separated, 
  • trunk/loci/formats/todo.txt

    r1323 r1334  
    11Testing: 
    2 * leica-lif/matthias (from Leica SP5 scope) 
    32* quicktime/haining/video2.mov (both legacy and native) 
    43 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.