Changeset 1388


Ignore:
Timestamp:
08/30/06 14:59:47 (14 years ago)
Author:
curtis
Message:

Some work on style checking targets; fix some style issues.

Location:
trunk
Files:
16 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/build.xml

    r1378 r1388  
    1515    Main class:    loci.formats.ImageViewer 
    1616    Dependencies:  ome-java.jar 
    17     Targets:       compile-formats 
     17    Targets:       style-formats 
     18                   compile-formats 
    1819                   jar-formats 
    1920    License:       LGPL 
     
    3334                   visad-lite.jar 
    3435                   xmlrpc-1.2-b1.jar (ome-java.jar) 
    35     Targets:       compile-visbio 
     36    Targets:       style-visbio 
     37                   compile-visbio 
    3638                   jar-visbio 
    3739                   source-visbio 
     
    5557                   ome-java.jar 
    5658                   xmlrpc-1.2-b1.jar (ome-java.jar) 
    57     Targets:       compile-plugins 
     59    Targets:       style-plugins 
     60                   compile-plugins 
    5861                   jar-plugins 
    5962    License:       LGPL 
     
    7073                   ome-java.jar 
    7174                   xmlrpc-1.2-b1.jar (ome-java.jar) 
    72     Targets:       compile-notebook 
     75    Targets:       style-notebook 
     76                   compile-notebook 
    7377                   jar-notebook 
    7478    License:       LGPL 
     
    8084    Dependencies:  bio-formats.jar 
    8185                   ome-java.jar 
    82     Targets:       compile-leica 
     86    Targets:       style-leica 
     87                   compile-leica 
    8388                   jar-leica 
    8489    License:       Public domain 
     
    9095    Main class:    loci.apps.qt.QTConverter 
    9196    Dependencies:  None (custom built) 
    92     Targets:       compile-qt 
     97    Targets:       style-qt 
     98                   compile-qt 
    9399                   jar-qt 
    94100    License:       Public domain 
     
    101107    Dependencies:  lma.jar 
    102108                   visad-lite.jar 
    103     Targets:       compile-slim 
     109    Targets:       style-slim 
     110                   compile-slim 
    104111                   jar-slim 
    105112                   dist-slim 
     
    113120    URL:       http://developer.apple.com/samplecode/AppleJavaExtensions/ 
    114121    Notes:     Required to compile VisBio on non-Mac OS X machines 
     122 
     123Checkstyle 
     124    JAR file:  checkstyle-all-4.2.jar 
     125    URL:       http://checkstyle.sourceforge.net/ 
     126    Notes:     Used for style targets to check source code style conventions 
     127    License:   LGPL 
    115128 
    116129Apache Jakarta Commons HttpClient 
     
    205218  </target> 
    206219 
     220  <target name="style" 
     221    depends="style-formats, style-visbio, style-plugins, style-notebook, style-leica, style-qt, style-slim" 
     222    description="check source code style for LOCI software packages"/> 
     223 
    207224<!-- 
    208225  <target name="compile" depends="copy-source" 
     
    216233    depends="compile-formats, compile-visbio, compile-plugins, compile-notebook, compile-leica, compile-qt, compile-slim" 
    217234    description="compile classes for LOCI software packages"/> 
    218  
    219   <target name="style" depends="copy-source" 
    220     description="check style of LOCI software packages source code"> 
    221     <checkstyle config="checkstyle.xml"> 
    222       <fileset dir="${dest.dir}" includes="**/*.java"/> 
    223     </checkstyle> 
    224   </target> 
    225235 
    226236  <target name="jars" 
     
    268278  <!-- Bio-Formats --> 
    269279 
     280  <target name="style-formats" depends="copy-source" 
     281    description="check source code style for Bio-Formats"> 
     282    <checkstyle config="checkstyle.xml"> 
     283      <fileset dir="${dest.dir}" includes="${formats.source}"/> 
     284    </checkstyle> 
     285  </target> 
     286 
    270287  <target name="compile-formats" depends="copy-source" 
    271288    description="compile classes for Bio-Formats"> 
     
    291308 
    292309  <!-- VisBio --> 
     310 
     311  <target name="style-visbio" depends="copy-source" 
     312    description="check source code style for VisBio"> 
     313    <checkstyle config="checkstyle.xml"> 
     314      <fileset dir="${dest.dir}" includes="${visbio.source}"/> 
     315    </checkstyle> 
     316  </target> 
    293317 
    294318  <target name="compile-visbio" depends="copy-source" 
     
    460484  <!-- LOCI Plugins for ImageJ --> 
    461485 
     486  <target name="style-plugins" depends="copy-source" 
     487    description="check source code style for LOCI Plugins for ImageJ"> 
     488    <checkstyle config="checkstyle.xml"> 
     489      <fileset dir="${dest.dir}" includes="${plugins.source}"/> 
     490    </checkstyle> 
     491  </target> 
     492 
    462493  <target name="compile-plugins" depends="copy-source" 
    463494    description="compile classes for LOCI Plugins for ImageJ"> 
     
    484515  <!-- OME Metadata Notebook --> 
    485516 
     517  <target name="style-notebook" depends="copy-source" 
     518    description="check source code style for OME Metadata Notebook"> 
     519    <checkstyle config="checkstyle.xml"> 
     520      <fileset dir="${dest.dir}" includes="${notebook.source}"/> 
     521    </checkstyle> 
     522  </target> 
     523 
    486524  <target name="compile-notebook" depends="copy-source" 
    487525    description="compile classes for OME Metadata Notebook"> 
     
    509547 
    510548  <!-- Leica Converter --> 
     549 
     550  <target name="style-leica" depends="copy-source" 
     551    description="check source code style for Leica Converter"> 
     552    <checkstyle config="checkstyle.xml"> 
     553      <fileset dir="${dest.dir}" includes="${leica.source}"/> 
     554    </checkstyle> 
     555  </target> 
    511556 
    512557  <target name="compile-leica" depends="copy-source" 
     
    531576  <!-- QT TIFF Converter --> 
    532577 
     578  <target name="style-qt" depends="copy-source" 
     579    description="check source code style for QT TIFF Converter"> 
     580    <checkstyle config="checkstyle.xml"> 
     581      <fileset dir="${dest.dir}" includes="${qt.source}"/> 
     582    </checkstyle> 
     583  </target> 
     584 
    533585  <target name="compile-qt" depends="copy-source" 
    534586    description="compile classes for QT TIFF Converter"> 
     
    551603 
    552604  <!-- Slim Plotter --> 
     605 
     606  <target name="style-slim" depends="copy-source" 
     607    description="check source code style for Slim Plotter"> 
     608    <checkstyle config="checkstyle.xml"> 
     609      <fileset dir="${dest.dir}" includes="${slim.source}"/> 
     610    </checkstyle> 
     611  </target> 
    553612 
    554613  <target name="compile-slim" depends="copy-source" 
  • trunk/checkstyle.xml

    r1378 r1388  
    1 <?xml version="1.0"?> 
     1<!-- 
     2checkstyle.xml 
     3 
     4Checkstyle configuration file for use with Java software projects at LOCI. 
     5Run "ant style" to check for source code style deviations. 
     6--> 
     7 
    28<!DOCTYPE module PUBLIC 
    3     "-//Puppy Crawl//DTD Check Configuration 1.2//EN" 
    4     "http://www.puppycrawl.com/dtds/configuration_1_2.dtd"> 
    5  
    6 <!-- 
    7  
    8   Checkstyle configuration that checks the sun coding conventions from: 
    9  
    10     - the Java Language Specification at 
    11       http://java.sun.com/docs/books/jls/second_edition/html/index.html 
    12  
    13     - the Sun Code Conventions at http://java.sun.com/docs/codeconv/ 
    14  
    15     - the Javadoc guidelines at 
    16       http://java.sun.com/j2se/javadoc/writingdoccomments/index.html 
    17  
    18     - the JDK Api documentation http://java.sun.com/j2se/docs/api/index.html 
    19  
    20     - some best practices 
    21  
    22   Checkstyle is very configurable. Be sure to read the documentation at 
    23   http://checkstyle.sf.net (or in your downloaded distribution). 
    24  
    25   Most Checks are configurable, be sure to consult the documentation. 
    26  
    27   To completely disable a check, just comment it out or delete it from the file. 
    28  
    29   Finally, it is worth reading the documentation. 
    30  
    31 --> 
     9  "-//Puppy Crawl//DTD Check Configuration 1.2//EN" 
     10  "http://www.puppycrawl.com/dtds/configuration_1_2.dtd"> 
    3211 
    3312<module name="Checker"> 
    3413 
    35     <!-- Checks that a package.html file exists for each package.     --> 
    36     <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_javadoc.html#PackageHtml --> 
    37     <module name="PackageHtml"/> 
     14  <module name="PackageHtml"/> 
     15  <module name="NewlineAtEndOfFile"/> 
     16  <module name="Translation"/> 
    3817 
    39     <!-- Checks whether files end with a new line.                        --> 
    40     <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_misc.html#NewlineAtEndOfFile --> 
    41     <module name="NewlineAtEndOfFile"/> 
     18  <module name="TreeWalker"> 
     19    <!-- Checks for Javadoc comments.                     --> 
     20    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_javadoc.html --> 
     21    <module name="JavadocType"> 
     22      <property name="scope" value="package"/> 
     23      <property name="allowMissingParamTags" value="true"/> 
     24    </module> 
     25    <module name="JavadocMethod"> 
     26      <property name="scope" value="package"/> 
     27      <property name="allowMissingParamTags" value="true"/> 
     28      <property name="allowMissingThrowsTags" value="true"/> 
     29      <property name="allowMissingReturnTag" value="true"/> 
     30      <property name="allowMissingJavadoc" value="true"/> 
     31    </module> 
     32<!-- 
     33    <module name="JavadocVariable"> 
     34      <property name="scope" value="package"/> 
     35    </module> 
     36--> 
     37    <module name="JavadocStyle"> 
     38      <property name="scope" value="package"/> 
     39    </module> 
    4240 
    43     <!-- Checks that property files contain the same keys.         --> 
    44     <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_misc.html#Translation --> 
    45     <module name="Translation"/> 
     41    <!-- Checks for Naming Conventions.                  --> 
     42    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_naming.html --> 
     43    <module name="ConstantName"/> 
     44    <module name="LocalFinalVariableName"/> 
     45    <module name="LocalVariableName"/> 
     46    <module name="MemberName"/> 
     47    <module name="MethodName"/> 
     48    <module name="PackageName"/> 
     49    <module name="ParameterName"/> 
     50    <module name="StaticVariableName"/> 
     51    <module name="TypeName"/> 
    4652 
     53    <!-- Checks for Headers                                --> 
     54    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_header.html   --> 
     55    <!-- <module name="Header">                            --> 
     56        <!-- The follow property value demonstrates the ability     --> 
     57        <!-- to have access to ANT properties. In this case it uses --> 
     58        <!-- the ${basedir} property to allow Checkstyle to be run  --> 
     59        <!-- from any directory within a project. See property      --> 
     60        <!-- expansion,                                             --> 
     61        <!-- http://checkstyle.sf.net/config.html#properties        --> 
     62        <!-- <property                                              --> 
     63        <!--     name="headerFile"                                  --> 
     64        <!--     value="${basedir}/java.header"/>                   --> 
     65    <!-- </module> --> 
    4766 
    48     <module name="TreeWalker"> 
     67    <!-- Following interprets the header file as regular expressions. --> 
     68    <!-- <module name="RegexpHeader"/>                                --> 
    4969 
    50         <!-- Checks for Javadoc comments.                     --> 
    51         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_javadoc.html --> 
    52         <module name="JavadocType"> 
    53           <property name="scope" value="package"/> 
    54           <property name="allowMissingParamTags" value="true"/> 
    55         </module> 
    56         <module name="JavadocMethod"> 
    57           <property name="scope" value="package"/> 
    58           <property name="allowMissingParamTags" value="true"/> 
    59           <property name="allowMissingThrowsTags" value="true"/> 
    60           <property name="allowMissingReturnTag" value="true"/> 
    61         </module> 
    62         <module name="JavadocVariable"> 
    63           <property name="scope" value="package"/> 
    64         </module> 
    65         <module name="JavadocStyle"> 
    66           <property name="scope" value="package"/> 
    67           <property name="checkEmptyJavadoc" value="true"/> 
    68         </module> 
     70    <!-- Checks for imports                              --> 
     71    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_import.html --> 
     72<!--        <module name="AvoidStarImport"/> --> 
     73    <module name="IllegalImport"/> <!-- defaults to sun.* packages --> 
     74    <module name="RedundantImport"/> 
     75    <module name="UnusedImports"/> 
    6976 
     77    <!-- Checks for Size Violations.                    --> 
     78    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_sizes.html --> 
     79    <module name="FileLength"/> 
     80    <module name="LineLength"/> 
     81<!--    <module name="MethodLength"/> --> 
     82<!--    <module name="ParameterNumber"/> --> 
    7083 
    71         <!-- Checks for Naming Conventions.                  --> 
    72         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_naming.html --> 
    73         <module name="ConstantName"/> 
    74         <module name="LocalFinalVariableName"/> 
    75         <module name="LocalVariableName"/> 
    76         <module name="MemberName"/> 
    77         <module name="MethodName"/> 
    78         <module name="PackageName"/> 
    79         <module name="ParameterName"/> 
    80         <module name="StaticVariableName"/> 
    81         <module name="TypeName"/> 
    82  
    83  
    84         <!-- Checks for Headers                                --> 
    85         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_header.html   --> 
    86         <!-- <module name="Header">                            --> 
    87             <!-- The follow property value demonstrates the ability     --> 
    88             <!-- to have access to ANT properties. In this case it uses --> 
    89             <!-- the ${basedir} property to allow Checkstyle to be run  --> 
    90             <!-- from any directory within a project. See property      --> 
    91             <!-- expansion,                                             --> 
    92             <!-- http://checkstyle.sf.net/config.html#properties        --> 
    93             <!-- <property                                              --> 
    94             <!--     name="headerFile"                                  --> 
    95             <!--     value="${basedir}/java.header"/>                   --> 
    96         <!-- </module> --> 
    97  
    98         <!-- Following interprets the header file as regular expressions. --> 
    99         <!-- <module name="RegexpHeader"/>                                --> 
    100  
    101  
    102         <!-- Checks for imports                              --> 
    103         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_import.html --> 
    104 <!--        <module name="AvoidStarImport"/> --> 
    105         <module name="IllegalImport"/> <!-- defaults to sun.* packages --> 
    106         <module name="RedundantImport"/> 
    107         <module name="UnusedImports"/> 
    108  
    109  
    110         <!-- Checks for Size Violations.                    --> 
    111         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_sizes.html --> 
    112         <module name="FileLength"/> 
    113         <module name="LineLength"/> 
    114         <module name="MethodLength"/> 
    115         <module name="ParameterNumber"/> 
    116  
    117  
    118         <!-- Checks for whitespace                               --> 
    119         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_whitespace.html --> 
    120         <module name="EmptyForIteratorPad"/> 
    121         <module name="MethodParamPad"/> 
    122         <module name="NoWhitespaceAfter"/> 
    123         <module name="NoWhitespaceBefore"/> 
    124         <module name="OperatorWrap"> 
    125           <property name="option" value="eol"/> 
    126         </module> 
    127         <module name="ParenPad"/> 
    128         <module name="TypecastParenPad"/> 
    129         <module name="TabCharacter"/> 
    130         <module name="WhitespaceAfter"/> 
     84    <!-- Checks for whitespace                               --> 
     85    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_whitespace.html --> 
     86    <module name="EmptyForIteratorPad"/> 
     87    <module name="MethodParamPad"/> 
     88    <module name="NoWhitespaceAfter"/> 
     89    <module name="NoWhitespaceBefore"/> 
     90    <module name="OperatorWrap"> 
     91      <property name="option" value="eol"/> 
     92    </module> 
     93    <module name="ParenPad"/> 
     94    <module name="TypecastParenPad"/> 
     95    <module name="TabCharacter"/> 
     96    <module name="WhitespaceAfter"/> 
    13197<!--        <module name="WhitespaceAround"/> --> 
    13298 
     99    <!-- Modifier Checks                                    --> 
     100    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_modifiers.html --> 
     101    <module name="ModifierOrder"/> 
     102    <module name="RedundantModifier"/> 
    133103 
    134         <!-- Modifier Checks                                    --> 
    135         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_modifiers.html --> 
    136         <module name="ModifierOrder"/> 
    137         <module name="RedundantModifier"/> 
    138  
    139  
    140         <!-- Checks for blocks. You know, those {}'s         --> 
    141         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_blocks.html --> 
    142         <module name="AvoidNestedBlocks"/> 
    143         <module name="EmptyBlock"/> 
    144         <module name="LeftCurly"/> 
    145         <module name="NeedBraces"/> 
    146         <module name="RightCurly"> 
    147           <property name="option" value="alone"/> 
    148         </module> 
    149  
    150  
    151         <!-- Checks for common coding problems               --> 
    152         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_coding.html --> 
    153         <module name="AvoidInlineConditionals"/> 
    154         <module name="DoubleCheckedLocking"/>    <!-- MY FAVOURITE --> 
    155         <module name="EmptyStatement"/> 
    156         <module name="EqualsHashCode"/> 
    157         <module name="HiddenField"/> 
    158         <module name="IllegalInstantiation"/> 
    159         <module name="InnerAssignment"/> 
    160 <!--        <module name="MagicNumber"/> --> 
    161         <module name="MissingSwitchDefault"/> 
    162         <module name="RedundantThrows"/> 
    163         <module name="SimplifyBooleanExpression"/> 
    164         <module name="SimplifyBooleanReturn"/> 
    165  
    166         <!-- Checks for class design                         --> 
    167         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_design.html --> 
    168         <module name="DesignForExtension"/> 
    169         <module name="FinalClass"/> 
    170         <module name="HideUtilityClassConstructor"/> 
    171         <module name="InterfaceIsType"/> 
    172         <module name="VisibilityModifier"/> 
    173  
    174  
    175         <!-- Miscellaneous other checks.                   --> 
    176         <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_misc.html --> 
    177         <module name="ArrayTypeStyle"/> 
    178         <module name="FinalParameters"/> 
    179         <module name="GenericIllegalRegexp"> 
    180             <property name="format" value="\s+$"/> 
    181             <property name="message" value="Line has trailing spaces."/> 
    182         </module> 
    183         <module name="TodoComment"/> 
    184         <module name="UpperEll"/> 
    185  
     104    <!-- Checks for blocks. You know, those {}'s         --> 
     105    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_blocks.html --> 
     106    <module name="AvoidNestedBlocks"/> 
     107<!--    <module name="EmptyBlock"/> --> 
     108    <module name="LeftCurly"> 
     109      <property name="option" value="nlow"/> 
     110    </module> 
     111<!--    <module name="NeedBraces"/> --> 
     112    <module name="RightCurly"> 
     113      <property name="option" value="alone"/> 
    186114    </module> 
    187115 
     116    <!-- Checks for common coding problems               --> 
     117    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_coding.html --> 
     118<!--    <module name="AvoidInlineConditionals"/> --> 
     119    <module name="DoubleCheckedLocking"/>    <!-- MY FAVOURITE --> 
     120    <module name="EmptyStatement"/> 
     121    <module name="EqualsHashCode"/> 
     122    <module name="HiddenField"> 
     123      <property name="ignoreConstructorParameter" value="true"/> 
     124    </module> 
     125    <module name="IllegalInstantiation"/> 
     126<!--    <module name="InnerAssignment"/> --> 
     127<!--        <module name="MagicNumber"/> --> 
     128    <module name="MissingSwitchDefault"/> 
     129    <module name="RedundantThrows"/> 
     130    <module name="SimplifyBooleanExpression"/> 
     131    <module name="SimplifyBooleanReturn"/> 
     132 
     133    <!-- Checks for class design                         --> 
     134    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_design.html --> 
     135<!--    <module name="DesignForExtension"/> --> 
     136    <module name="FinalClass"/> 
     137    <module name="HideUtilityClassConstructor"/> 
     138    <module name="InterfaceIsType"/> 
     139    <module name="VisibilityModifier"> 
     140      <property name="protectedAllowed" value="true"/> 
     141    </module> 
     142 
     143    <!-- Miscellaneous other checks.                   --> 
     144    <!-- See http://checkstyle.sf.net/config_misc.html --> 
     145    <module name="ArrayTypeStyle"/> 
     146<!--    <module name="FinalParameters"/> --> 
     147    <module name="GenericIllegalRegexp"> 
     148      <property name="format" value="\s+$"/> 
     149      <property name="message" value="Line has trailing spaces."/> 
     150    </module> 
     151    <module name="TodoComment"> 
     152      <property name="format" value="TODO"/> 
     153    </module> 
     154    <module name="UpperEll"/> 
     155  </module> 
     156 
    188157</module> 
  • trunk/loci/MultiLUT.java

    r1377 r1388  
    1717import java.rmi.RemoteException; 
    1818 
     19/** An application for weighted spectral mapping. */ 
    1920public class MultiLUT extends Object implements ActionListener { 
    2021 
     
    4748 
    4849  private DataReferenceImpl lineRef = null; 
     50 
    4951  /** 
    50       run with 'java -mx256m MultiLUT' 
    51       in directory with SPB1.PIC, SPB2.PIC, ..., SPB17.PIC 
    52   */ 
    53   public static void main(String args[]) 
    54          throws IOException, VisADException, RemoteException { 
    55  
     52   * Run with 'java -mx256m MultiLUT' 
     53   * in directory with SPB1.PIC, SPB2.PIC, ..., SPB17.PIC. 
     54   */ 
     55  public static void main(String[] args) throws IOException, VisADException { 
    5656    MultiLUT ml = new MultiLUT(); 
    5757    ml.go(args); 
    5858  } 
    5959 
    60   public void go(String args[]) 
    61          throws IOException, VisADException, RemoteException { 
    62  
     60  public void go(String[] args) throws IOException, VisADException { 
    6361    String dir = ""; 
    6462    String slash = System.getProperty("file.separator"); 
     
    237235          ss[1][i] = y1 + a * (y2 - y1); 
    238236        } 
    239         Gridded2DSet line = new Gridded2DSet(fdomain, ss, nsamp); 
    240         xref.setData(line); 
     237        Gridded2DSet lineSet = new Gridded2DSet(fdomain, ss, nsamp); 
     238        xref.setData(lineSet); 
    241239        FlatField lineField = (FlatField) 
    242240        //   bigData.resample(line, Data.WEIGHTED_AVERAGE, Data.NO_ERRORS); 
     
    279277    JFrame frame = new JFrame("VisAD MultiLUT"); 
    280278    frame.addWindowListener(new WindowAdapter() { 
    281       public void windowClosing(WindowEvent e) {System.exit(0);} 
     279      public void windowClosing(WindowEvent e) { System.exit(0); } 
    282280    }); 
    283281 
     
    378376 
    379377    doit(); 
    380  
    381378  } 
    382379 
     
    384381  public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    385382    String cmd = e.getActionCommand(); 
    386     if (cmd.equals("compute")) { 
    387       doit(); 
    388     } 
     383    if (cmd.equals("compute")) doit(); 
    389384    else if (cmd.equals("valueClear")) { 
    390385      try { 
  • trunk/loci/apps/leica/LeicaConverter.java

    r1276 r1388  
    2020import loci.formats.out.TiffWriter; 
    2121 
     22/** A tool for converting between Leica TIFF formats. */ 
    2223public class LeicaConverter extends JFrame 
    2324  implements ActionListener, Runnable 
  • trunk/loci/apps/slim/SlimPlotter.java

    r1379 r1388  
    2828import visad.java3d.*; 
    2929 
     30/** A tool for visualization of spectral lifetime data. */ 
    3031public class SlimPlotter implements ActionListener, 
    3132  ChangeListener, DisplayListener, Runnable, WindowListener 
     
    686687  private Thread plotThread; 
    687688  private boolean plotCanceled; 
    688   private boolean rescale, refit; 
     689  private boolean doRescale, doRefit; 
    689690 
    690691  /** Plots the data in a separate thread. */ 
    691   public void plotData(boolean rescale, boolean refit) { 
    692     final boolean doRescale = rescale; 
    693     final boolean doRefit = refit; 
     692  public void plotData(final boolean rescale, final boolean refit) { 
    694693    final SlimPlotter sp = this; 
    695694    new Thread("PlotSpawner") { 
     
    702701            catch (InterruptedException exc) { exc.printStackTrace(); } 
    703702          } 
    704           sp.rescale = doRescale; 
    705           sp.refit = doRefit; 
     703          sp.doRescale = rescale; 
     704          sp.doRefit = refit; 
    706705          plotCanceled = false; 
    707706          plotThread = new Thread(sp, "Plotter"); 
     
    866865    ProgressMonitor progress = new ProgressMonitor(null, "Plotting data", 
    867866      "Calculating sums", 0, 
    868       channels * timeBins + (refit ? channels : 0) + 1); 
     867      channels * timeBins + (doRefit ? channels : 0) + 1); 
    869868    progress.setMillisToPopup(100); 
    870869    progress.setMillisToDecideToPopup(50); 
     
    909908    double[][] fitResults = null; 
    910909    int numExp = ((Integer) numCurves.getValue()).intValue(); 
    911     if (adjustPeaks && refit) { 
     910    if (adjustPeaks && doRefit) { 
    912911      // perform exponential curve fitting: y(x) = a * e^(-b*t) + c 
    913912      progress.setNote("Fitting curves"); 
     
    10011000      } 
    10021001 
    1003       if (rescale) { 
     1002      if (doRescale) { 
    10041003        float max = maxVal == 0 ? 1 : maxVal; 
    10051004        zMap.setRange(0, max); 
     
    11381137  // -- Helper classes -- 
    11391138 
     1139  /** 
     1140   * A summed exponential function of the form: 
     1141   * y(t) = a1*e^(-b1*t) + ... + an*e^(-bn*t) + c. 
     1142   */ 
    11401143  public class ExpFunction extends LMAFunction { 
    11411144    /** Number of exponentials to fit. */ 
    1142     public int numExp = 1; 
     1145    private int numExp = 1; 
    11431146 
    11441147    /** Constructs a function with the given number of summed exponentials. */ 
     
    11611164        case 1: return -a[e] * x * Math.exp(-a[e + 1] * x); 
    11621165        case 2: return 1; 
    1163       } 
    1164       throw new RuntimeException("No such parameter index: " + parameterIndex); 
     1166        default: 
     1167          throw new RuntimeException("No such parameter index: " + 
     1168            parameterIndex); 
     1169      } 
    11651170    } 
    11661171  } 
  • trunk/loci/formats/AggregateMetadataStore.java

    r1357 r1388  
    8989  public Object getRoot() { 
    9090    throw new RuntimeException("Unsupported with AggregateMetadataStore. Use" + 
    91         " getDelegates() and getRoot()."); 
     91      " getDelegates() and getRoot()."); 
    9292  } 
    9393 
     
    9696   * the caller. 
    9797   */ 
    98   public void setRoot(Object root) throws IllegalArgumentException { 
     98  public void setRoot(Object root) { 
    9999    throw new RuntimeException("Unsupported with AggregateMetadataStore. Use" + 
    100         " getDelegates() and setRoot()."); 
     100      " getDelegates() and setRoot()."); 
    101101  } 
    102102 
     
    107107   */ 
    108108  public void setChannelGlobalMinMax(int channel, Double globalMin, 
    109       Double globalMax, Integer i) { 
     109    Double globalMax, Integer i) 
     110  { 
    110111    for (Iterator iter = delegates.iterator(); iter.hasNext();) { 
    111112      MetadataStore s = (MetadataStore) iter.next(); 
     
    133134   */ 
    134135  public void setDimensions(Float pixelSizeX, Float pixelSizeY, 
    135       Float pixelSizeZ, Float pixelSizeC, Float pixelSizeT, Integer i) { 
     136    Float pixelSizeZ, Float pixelSizeC, Float pixelSizeT, Integer i) 
     137  { 
    136138    for (Iterator iter = delegates.iterator(); iter.hasNext();) { 
    137139      MetadataStore s = (MetadataStore) iter.next(); 
    138140      s.setDimensions(pixelSizeX, pixelSizeY, pixelSizeZ, pixelSizeC, 
    139                       pixelSizeT,i); 
     141        pixelSizeT, i); 
    140142    } 
    141143  } 
     
    149151   */ 
    150152  public void setDisplayROI(Integer x0, Integer y0, Integer z0, Integer x1, 
    151       Integer y1, Integer z1, Integer t0, Integer t1, Object displayOptions, 
    152       Integer i) { 
     153    Integer y1, Integer z1, Integer t0, Integer t1, Object displayOptions, 
     154    Integer i) 
     155  { 
    153156    for (Iterator iter = delegates.iterator(); iter.hasNext();) { 
    154157      MetadataStore s = (MetadataStore) iter.next(); 
     
    164167   */ 
    165168  public void setExperimenter(String firstName, String lastName, String email, 
    166       String institution, String dataDirectory, Object group, Integer i) { 
     169    String institution, String dataDirectory, Object group, Integer i) 
     170  { 
    167171    for (Iterator iter = delegates.iterator(); iter.hasNext();) { 
    168172      MetadataStore s = (MetadataStore) iter.next(); 
     
    190194   */ 
    191195  public void setImage(String name, String creationDate, String description, 
    192       Integer i) { 
     196    Integer i) 
     197  { 
    193198    for (Iterator iter = delegates.iterator(); iter.hasNext();) { 
    194199      MetadataStore s = (MetadataStore) iter.next(); 
     
    203208   */ 
    204209  public void setInstrument(String manufacturer, String model, 
    205       String serialNumber, String type, Integer i) { 
     210    String serialNumber, String type, Integer i) 
     211  { 
    206212    for (Iterator iter = delegates.iterator(); iter.hasNext();) { 
    207213      MetadataStore s = (MetadataStore) iter.next(); 
     
    217223   */ 
    218224  public void setLogicalChannel(int channelIdx, String name, Float ndFilter, 
    219       Integer emWave, Integer exWave, String photometricInterpretation, 
    220       String mode, Integer i) { 
     225    Integer emWave, Integer exWave, String photometricInterpretation, 
     226    String mode, Integer i) 
     227  { 
    221228    for (Iterator iter = delegates.iterator(); iter.hasNext();) { 
    222229      MetadataStore s = (MetadataStore) iter.next(); 
     
    234241   */ 
    235242  public void setPixels(Integer sizeX, Integer sizeY, Integer sizeZ, 
    236       Integer sizeC, Integer sizeT, String pixelType, Boolean bigEndian, 
    237       String dimensionOrder, Integer i) { 
     243    Integer sizeC, Integer sizeT, String pixelType, Boolean bigEndian, 
     244    String dimensionOrder, Integer i) 
     245  { 
    238246    for (Iterator iter = delegates.iterator(); iter.hasNext();) { 
    239247      MetadataStore s = (MetadataStore) iter.next(); 
     
    249257   */ 
    250258  public void setPlaneInfo(int theZ, int theC, int theT, Float timestamp, 
    251       Float exposureTime, Integer i) { 
     259    Float exposureTime, Integer i) 
     260  { 
    252261    for (Iterator iter = delegates.iterator(); iter.hasNext();) { 
    253262      MetadataStore s = (MetadataStore) iter.next(); 
  • trunk/loci/formats/ChannelMerger.java

    r1385 r1388  
    177177 
    178178  /** Return true if the data is in little-endian format. */ 
    179   public boolean isLittleEndian(String id) throws FormatException, IOException 
    180   { 
     179  public boolean isLittleEndian(String id) throws FormatException, IOException { 
    181180    if (!id.equals(currentId)) initFile(id); 
    182181    return reader.isLittleEndian(id); 
     
    187186   * within the file. 
    188187   */ 
    189   public String getDimensionOrder(String id) throws FormatException, IOException 
     188  public String getDimensionOrder(String id) 
     189    throws FormatException, IOException 
    190190  { 
    191191    if (!id.equals(currentId)) initFile(id); 
     
    289289 
    290290  /** Initializes the given file. */ 
    291   protected void initFile(String id) throws FormatException, IOException 
    292   { 
     291  protected void initFile(String id) throws FormatException, IOException { 
    293292    currentId = id; 
    294293 
  • trunk/loci/formats/ComboFileFilter.java

    r1264 r1388  
    3636  // -- Fields -- 
    3737 
    38   /** list of filters to be combined */ 
     38  /** List of filters to be combined. */ 
    3939  private FileFilter[] filts; 
    4040 
    41   /** description */ 
     41  /** Description. */ 
    4242  private String desc; 
    43  
    4443 
    4544  // -- Constructor -- 
    4645 
    47   /** construct a new filter from a list of other filters */ 
     46  /** Constructs a new filter from a list of other filters. */ 
    4847  public ComboFileFilter(FileFilter[] filters, String description) { 
    4948    filts = new FileFilter[filters.length]; 
     
    5251  } 
    5352 
    54  
    5553  // -- Static ComboFileFilter API methods -- 
    56  
    5754 
    5855  /** 
     
    10198  } 
    10299 
    103  
    104100  // -- FileFilter API methods -- 
    105101 
    106   /** accept files with the proper filename prefix */ 
     102  /** Accepts files with the proper filename prefix. */ 
    107103  public boolean accept(File f) { 
    108104    for (int i=0; i<filts.length; i++) { 
     
    112108  } 
    113109 
    114   /** return the filter's description */ 
     110  /** Returns the filter's description. */ 
    115111  public String getDescription() { return desc; } 
    116  
    117112 
    118113  // -- Comparable API methods -- 
  • trunk/loci/formats/Compression.java

    r1264 r1388  
    9595  } 
    9696 
     97  // -- Constructor -- 
     98 
     99  private Compression() { } 
    97100 
    98101  // -- Compression methods -- 
  • trunk/loci/formats/DataTools.java

    r1386 r1388  
    3434 */ 
    3535public abstract class DataTools { 
     36 
     37  // -- Constructor -- 
     38 
     39  private DataTools() { } 
    3640 
    3741  // -- Data reading -- 
  • trunk/loci/formats/DummyMetadataStore.java

    r1264 r1388  
    3333public class DummyMetadataStore implements MetadataStore { 
    3434 
    35   public void createRoot() { 
    36   } 
     35  public void createRoot() { } 
    3736 
    38   public Object getRoot() { 
    39     return null; 
    40   } 
     37  public Object getRoot() { return null; } 
    4138 
    4239  public void setChannelGlobalMinMax(int channel, Double globalMin, 
     
    4542  } 
    4643 
    47   public void setDefaultDisplaySettings(Integer i) { 
    48   } 
     44  public void setDefaultDisplaySettings(Integer i) { } 
    4945 
    5046  public void setDimensions(Float pixelSizeX, Float pixelSizeY, 
     
    9490  } 
    9591 
    96   public void setRoot(Object root) throws IllegalArgumentException { 
    97   } 
     92  public void setRoot(Object root) { } 
    9893 
    9994  public void setStageLabel(String name, Float x, Float y, Float z, Integer i) { 
  • trunk/loci/formats/ExtensionFileFilter.java

    r1264 r1388  
    9494  public String[] getExtensions() { return exts; } 
    9595 
    96   /** Gets the filter's description */ 
     96  /** Gets the filter's description. */ 
    9797  public String getDescription() { return desc; } 
    9898 
  • trunk/loci/formats/FilePattern.java

    r1284 r1388  
    7979  /** File listing for this file pattern. */ 
    8080  private String[] files; 
    81  
    8281 
    8382  // -- Constructors -- 
     
    204203  } 
    205204 
    206  
    207205  // -- FilePattern API methods -- 
    208206 
     
    261259    return s; 
    262260  } 
    263  
    264261 
    265262  // -- Utility methods -- 
     
    386383  } 
    387384 
    388  
    389385  // -- Utility helper methods -- 
    390386 
     
    449445  } 
    450446 
    451  
    452447  // -- Helper methods -- 
    453448 
    454449  /** Recursive method for building filenames for the file listing. */ 
    455   private void buildFiles(String prefix, int ndx, Vector files) { 
     450  private void buildFiles(String prefix, int ndx, Vector fileList) { 
    456451    // compute bounds for constant (non-block) pattern fragment 
    457452    int num = startIndex.length; 
     
    460455    String pre = pattern.substring(n1, n2); 
    461456 
    462     if (ndx == 0) files.add(pre + prefix); 
     457    if (ndx == 0) fileList.add(pre + prefix); 
    463458    else { 
    464459      // for (int i=begin[ndx]; i<end[ndx]; i+=step[ndx]) 
     
    469464        if (fixed[ndx]) z += end[ndx].toString().length() - s.length(); 
    470465        for (int j=0; j<z; j++) s = "0" + s; 
    471         buildFiles(s + pre + prefix, ndx, files); 
     466        buildFiles(s + pre + prefix, ndx, fileList); 
    472467        bi = bi.add(step[ndx]); 
    473468      } 
    474469    } 
    475470  } 
    476  
    477471 
    478472  // -- Main method -- 
     
    503497} 
    504498 
    505  
    506499// -- Notes -- 
    507500 
  • trunk/loci/formats/FileStitcher.java

    r1385 r1388  
    2727import java.awt.image.BufferedImage; 
    2828import java.io.*; 
    29 import java.lang.*; 
    3029import java.util.Hashtable; 
    3130import java.util.Vector; 
     
    196195 
    197196  /** Return true if the data is in little-endian format. */ 
    198   public boolean isLittleEndian(String id) throws FormatException, IOException 
    199   { 
     197  public boolean isLittleEndian(String id) throws FormatException, IOException { 
    200198    return reader.isLittleEndian(id); 
    201199  } 
     
    205203   * within the file. 
    206204   */ 
    207   public String getDimensionOrder(String id) throws FormatException, IOException 
     205  public String getDimensionOrder(String id) 
     206    throws FormatException, IOException 
    208207  { 
    209208    if (!id.equals(currentId)) initFile(id); 
     
    337336   * @param dims - the dimensions of each file in the dataset 
    338337   */ 
    339   private void setDimensions(int[][] dims) throws FormatException, IOException 
    340   { 
     338  private void setDimensions(int[][] dims) throws FormatException, IOException { 
    341339    // first set X and Y 
    342340    // this is relatively easy - we can just take the maximum value 
  • trunk/loci/visbio/util/LAFUtil.java

    r1264 r1388  
    3232/** LAFUtil contains useful functions relating to Look and Feel. */ 
    3333public abstract class LAFUtil { 
     34 
     35  // -- Constructor -- 
     36 
     37  private LAFUtil() { } 
     38 
     39  // -- Utility methods -- 
    3440 
    3541  /** Initializes some look and feel parameters. */ 
  • trunk/loci/visbio/util/SwingUtil.java

    r1264 r1388  
    4141public abstract class SwingUtil { 
    4242 
     43  // -- Constructor -- 
     44 
     45  private SwingUtil() { } 
     46 
     47  // -- Utility methods -- 
     48 
    4349  /** Constructs a JButton with an icon from the given file id. */ 
    4450  public static JButton makeButton(Object owner, String id, 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.