Changeset 1754


Ignore:
Timestamp:
11/06/06 15:20:15 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:

Tweaked dimension swapping logic in Bio-Rad reader.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r1750 r1754  
    232232    int tSize = 1; 
    233233 
     234    orderCertain[0] = false; 
     235 
    234236    // read notes 
    235237    int noteCount = 0; 
     
    248250      String text = new String(s); 
    249251 
     252      // be sure to remove binary data from the note text 
     253      int ndx = text.length(); 
     254      for (int i=0; i<text.length(); i++) { 
     255        if (text.charAt(i) == 0) { 
     256          ndx = i; 
     257          i = text.length(); 
     258        } 
     259      } 
     260 
     261      text = text.substring(0, ndx).trim(); 
     262 
    250263      // add note to list 
    251264      noteCount++; 
     
    281294              break; 
    282295            case 2: 
    283               metadata.put(key + " time (X) in seconds", params.get(0)); 
    284               metadata.put(key + " time (Y) in seconds", params.get(1)); 
    285               zSize = 1; 
    286               tSize = npic; 
     296              if (text.indexOf("AXIS_4") != -1) { 
     297                metadata.put(key + " time (X) in seconds", params.get(0)); 
     298                metadata.put(key + " time (Y) in seconds", params.get(1)); 
     299                zSize = 1; 
     300                tSize = npic; 
     301                orderCertain[0] = true; 
     302              } 
    287303              break; 
    288304            case 3: 
     
    432448    sizeT[0] = nt; 
    433449    currentOrder[0] = order; 
    434     orderCertain[0] = false; 
    435450 
    436451    store.setPixels( 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.