Changeset 1980


Ignore:
Timestamp:
12/28/06 16:36:08 (13 years ago)
Author:
chris
Message:

Importer:
1) changes to use a different constructer that just accepts
id and makes its own FileStitcher/ChannelSeparator.
This seems to mystically work slightly better.

Browser:
1) New constructor that works better, accepts only id.
This works better in many ways, but somehow the channels are
still fubared. No idea why this is, continuing to look into it.

Location:
trunk/loci/plugins
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/plugins/Importer.java

    r1979 r1980  
    147147    Vector stackTypes = new Vector(); 
    148148    stackTypes.add(VIEW_STANDARD); 
    149 //    if (Util.checkClass("loci.plugins.browser.LociDataBrowser")) { 
    150 //      stackTypes.add(VIEW_BROWSER); 
    151 //    } 
     149    if (Util.checkClass("loci.plugins.browser.LociDataBrowser")) { 
     150      stackTypes.add(VIEW_BROWSER); 
     151    } 
    152152    if (Util.checkClass("i5d.Image5D")) stackTypes.add(VIEW_IMAGE_5D); 
    153153    if (Util.checkClass("View5D_")) stackTypes.add(VIEW_VIEW_5D); 
     
    196196      // -- Step 4a: do some preparatory work -- 
    197197 
     198      if (stackFormat.equals(VIEW_BROWSER)) { 
     199        LociDataBrowser ldb = new LociDataBrowser(id); 
     200        ldb.run(""); 
     201        return; 
     202      } 
    198203      if (stackFormat.equals(VIEW_IMAGE_5D)) mergeChannels = false; 
    199204 
    200205      oldId = id; 
    201206      FileStitcher fs = null; 
     207       
    202208      if (stitchFiles) { 
    203209        fs = new FileStitcher(r, true); 
  • trunk/loci/plugins/browser/CacheManager.java

    r1979 r1980  
    226226        catch (Exception exc) { 
    227227          if (DEBUG) System.out.println("Error reading size of file."); 
     228          LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    228229        } 
    229230      } 
     
    239240        catch (Exception exc) { 
    240241          if (DEBUG) System.out.println("Error reading size of file."); 
     242          LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    241243        } 
    242244      } 
     
    436438        index = read.getIndex(fileName, curZ, curC, curT); 
    437439      } 
    438       catch (Exception exc) { return -1; } 
     440      catch (Exception exc) { 
     441        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     442        return -1; 
     443      } 
    439444    } 
    440445    return index; 
     
    457462        curT = coords[2]; 
    458463      } 
    459       catch (FormatException exc) { exc.printStackTrace(); } 
    460       catch (IOException exc) { exc.printStackTrace(); } 
     464      catch (FormatException exc) { 
     465        exc.printStackTrace(); 
     466        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     467      } 
     468      catch (IOException exc) { 
     469        exc.printStackTrace(); 
     470        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     471      } 
    461472    } 
    462473 
     
    498509      catch (Exception exc) { 
    499510        if (DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     511        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    500512        return null; 
    501513      } 
     
    529541      catch (Exception exc) { 
    530542        if (DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     543        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    531544        return null; 
    532545      } 
     
    10951108          catch (Exception exc) { 
    10961109            exc.printStackTrace(); 
     1110            LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    10971111            return null; 
    10981112          } 
     
    11861200          catch (Exception exc) { 
    11871201            exc.printStackTrace(); 
     1202            LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    11881203            return null; 
    11891204          } 
     
    12201235        index = read.getIndex(fileName, z, c, t); 
    12211236      } 
    1222       catch(Exception exc) {if(DEBUG) exc.printStackTrace();} 
     1237      catch(Exception exc) { 
     1238        if(DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     1239        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     1240      } 
    12231241 
    12241242      int[] result = {index}; 
     
    12961314                } 
    12971315              } 
    1298               catch(Exception exc) {if(DEBUG) exc.printStackTrace();} 
     1316              catch(Exception exc) { 
     1317                if(DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     1318                LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     1319              } 
    12991320            } 
    13001321 
     
    13411362                } 
    13421363              } 
    1343               catch(Exception exc) {if(DEBUG) exc.printStackTrace();} 
     1364              catch(Exception exc) { 
     1365                if(DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     1366                LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     1367              } 
    13441368            } 
    13451369 
     
    13861410                } 
    13871411              } 
    1388               catch(Exception exc) {if(DEBUG) exc.printStackTrace();} 
     1412              catch(Exception exc) { 
     1413                if(DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     1414                LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     1415              } 
    13891416            } 
    13901417 
     
    14311458                } 
    14321459              } 
    1433               catch(Exception exc) {if(DEBUG) exc.printStackTrace();} 
     1460              catch(Exception exc) { 
     1461                if(DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     1462                LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     1463              } 
    14341464            } 
    14351465 
     
    15221552      catch (Exception exc) { 
    15231553        exc.printStackTrace(); 
     1554        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    15241555      } 
    15251556 
     
    15391570        catch (Exception exc) { 
    15401571          exc.printStackTrace(); 
     1572          LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    15411573        } 
    15421574 
     
    15561588      catch (Exception exc) { 
    15571589        exc.printStackTrace(); 
     1590        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    15581591      } 
    15591592 
     
    15731606        catch (Exception exc) { 
    15741607          exc.printStackTrace(); 
     1608          LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    15751609        } 
    15761610 
     
    18321866        cache = new ImageProcessor[fs.getImageCount(fileName)]; 
    18331867      } 
    1834       catch(Exception exc){} 
     1868      catch(Exception exc){ 
     1869        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     1870      } 
    18351871      erase = false; 
    18361872    } 
     
    19061942      catch (Exception exc) { 
    19071943        if (DEBUG) System.out.println("Error reading size of file."); 
     1944        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    19081945      } 
    19091946    } 
     
    19221959        index = read.getIndex(fileName, i, aC - 1, aT - 1); 
    19231960      } 
    1924       catch(Exception exc) {} 
     1961      catch(Exception exc) { 
     1962        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     1963      } 
    19251964       
    19261965      if (index != -1 && cache[index] != null) zInCache.add(new Integer(i)); 
     
    19321971        index = read.getIndex(fileName, aZ - 1, aC - 1, i); 
    19331972      } 
    1934       catch(Exception exc) {} 
     1973      catch(Exception exc) { 
     1974        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     1975      } 
    19351976       
    19361977      if (index != -1 && cache[index] != null) tInCache.add(new Integer(i)); 
     
    19491990        coords = read.getZCTCoords(fileName, loadCopy[i]); 
    19501991      } 
    1951       catch(Exception exc) {} 
     1992      catch(Exception exc) { 
     1993        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     1994      } 
    19521995      if (coords != null) { 
    19531996        int myZ = coords[0]; 
  • trunk/loci/plugins/browser/CustomWindow.java

    r1979 r1980  
    9898      patternTitle = fp.getPattern(); 
    9999    } 
    100     catch (Exception exc) {exc.printStackTrace();} 
     100    catch (Exception exc) { 
     101      exc.printStackTrace(); 
     102      LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     103    } 
    101104 
    102105    if (fp == null) patternTitle = id; 
     
    166169      Class.forName("com.jgoodies.forms.layout.FormLayout"); // forms-1.0.4.jar 
    167170    } 
    168     catch (Throwable e) { canDoXML = false; } 
     171    catch (Throwable e) {  
     172      canDoXML = false; 
     173    } 
    169174    xml = null; 
    170175    if (canDoXML) { 
     
    487492          "Sorry, there has been an error creating the metadata editor.", 
    488493          "LOCI 4D Data Browser", JOptionPane.ERROR_MESSAGE); 
     494        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
    489495      } 
    490496    } 
  • trunk/loci/plugins/browser/ImagePlusWrapper.java

    r1840 r1980  
    5454        r.setMetadataStore(store); 
    5555      } 
    56       catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } 
     56      catch (Exception e) { 
     57        e.printStackTrace(); 
     58        LociDataBrowser.exceptionMessage(e); 
     59      } 
    5760 
    5861      // get # images in all matching files 
     
    7174        } 
    7275      } 
    73       catch(Exception exc) { exc.printStackTrace();} 
     76      catch(Exception exc) { 
     77        exc.printStackTrace(); 
     78        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     79      } 
    7480 
    7581      int num = r.getImageCount(name); 
     
    195201        sizeC = read.getSizeC(name); 
    196202      } 
    197       catch (FormatException exc) { problem = exc; } 
    198       catch (IOException exc) { problem = exc; } 
     203      catch (FormatException exc) { 
     204        problem = exc; 
     205        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     206      } 
     207      catch (IOException exc) { 
     208        problem = exc; 
     209        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     210      } 
    199211      if (problem != null) { 
    200212        problem.printStackTrace(); 
     
    206218        img = read.openImage(name, index); 
    207219      } 
    208       catch (FormatException exc) { exc.printStackTrace(); } 
    209       catch (IOException exc) { exc.printStackTrace(); } 
     220      catch (FormatException exc) { 
     221        exc.printStackTrace(); 
     222        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     223      } 
     224      catch (IOException exc) { 
     225        exc.printStackTrace(); 
     226        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     227      } 
    210228    } 
    211229 
  • trunk/loci/plugins/browser/LociDataBrowser.java

    r1979 r1980  
    9797  } 
    9898   
     99  public LociDataBrowser(String name) { 
     100    this(); 
     101    id = name; 
     102  } 
     103   
    99104  public LociDataBrowser(IFormatReader r, FileStitcher fs, String name) { 
    100105    virtual = true; 
     
    163168      catch (Exception exc) { 
    164169        if (DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     170        exceptionMessage(exc); 
    165171        return; 
    166172      } 
     
    175181      catch (Exception exc) { 
    176182        if (DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     183        exceptionMessage(exc); 
    177184        return; 
    178185      } 
     
    199206        result = reader.getIndex(id,z,c,t); 
    200207      } 
    201       catch (Exception exc) {if (DEBUG) exc.printStackTrace();} 
     208      catch (Exception exc) { 
     209        if (DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     210        exceptionMessage(exc); 
     211      } 
    202212    } 
    203213    return result; 
     
    218228 
    219229    series = Integer.parseInt(datasets.getNextChoice()); 
     230  } 
     231   
     232  public static void exceptionMessage(Exception exc) { 
     233    String msg = exc.toString(); 
     234    StackTraceElement[] ste = exc.getStackTrace(); 
     235    for(int i = 0;i<ste.length;i++) { 
     236     msg = msg + "\n" + ste[i].toString(); 
     237    } 
     238     
     239    IJ.showMessage(msg); 
    220240  } 
    221241 
     
    291311            fi.description = store.dumpXML(); 
    292312          } 
    293           catch (Exception exc) { exc.printStackTrace(); } 
     313          catch (Exception exc) { 
     314            exc.printStackTrace(); 
     315            exceptionMessage(exc); 
     316          } 
    294317 
    295318          imp.setFileInfo(fi); 
     
    312335            fi.description = ((OMEXMLMetadataStore) ipw.store).dumpXML(); 
    313336          } 
    314           catch (Exception e) { } 
     337          catch (Exception exc) { 
     338            exceptionMessage(exc); 
     339          } 
    315340          ipw.getImagePlus().setFileInfo(fi); 
    316341 
     
    323348        IJ.showStatus(""); 
    324349        if (!quiet) { 
    325            String msg = exc.toString(); 
    326            StackTraceElement[] ste = exc.getStackTrace(); 
    327            for(int i = 0;i<ste.length;i++) { 
    328              msg = msg + "\n" + ste[i].toString(); 
    329            } 
    330 //          String msg = exc.getMessage(); 
     350          exceptionMessage(exc); 
     351          String msg = exc.getMessage(); 
    331352          IJ.showMessage("LOCI Bio-Formats", "Sorry, there was a problem " + 
    332353            "reading the data" + (msg == null ? "." : (": " + msg))); 
  • trunk/loci/plugins/browser/OptionsWindow.java

    r1907 r1980  
    117117      suffix = fp.getSuffix(); 
    118118    } 
    119     catch(Exception exc) {exc.printStackTrace();} 
     119    catch(Exception exc) { 
     120      exc.printStackTrace(); 
     121      LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     122    } 
    120123 
    121124    // add Display Pane 
     
    688691          sizeC = fs.getSizeC(id); 
    689692        } 
    690         catch(Exception exc) {exc.printStackTrace();} 
     693        catch(Exception exc) { 
     694          exc.printStackTrace(); 
     695          LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     696        } 
    691697        update = false; 
    692698        setBox(zGroup,0); 
     
    719725          sizeC = fs.getSizeC(id); 
    720726        } 
    721         catch(Exception exc) {exc.printStackTrace();} 
     727        catch(Exception exc) { 
     728          exc.printStackTrace(); 
     729          LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     730        } 
    722731        update = false; 
    723732        setBox(zGroup,0); 
     
    750759          sizeC = fs.getSizeC(id); 
    751760        } 
    752         catch(Exception exc) {exc.printStackTrace();} 
     761        catch(Exception exc) { 
     762          exc.printStackTrace(); 
     763          LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     764        } 
    753765        update = false; 
    754766        setBox(zGroup,0); 
     
    766778          fs.setAxisTypes(id,axes); 
    767779        } 
    768         catch(Exception exc) {exc.printStackTrace();} 
     780        catch(Exception exc) { 
     781          exc.printStackTrace(); 
     782          LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     783        } 
    769784        cw.db.setDimensions(); 
    770785        if(cw.db.virtual) cw.db.manager.dimChange(); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.