Changeset 1987


Ignore:
Timestamp:
01/02/07 12:33:30 (13 years ago)
Author:
curtis
Message:

Whitespace.

Location:
trunk/loci/plugins
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/plugins/Importer.java

    r1985 r1987  
    2828import ij.*; 
    2929import ij.gui.GenericDialog; 
    30 import ij.gui.MessageDialog; 
    3130import ij.io.FileInfo; 
    3231import ij.io.OpenDialog; 
     
    5150 */ 
    5251public class Importer { 
    53    
     52 
    5453  // -- Constants -- 
    5554 
     
    205204      oldId = id; 
    206205      FileStitcher fs = null; 
    207        
     206 
    208207      if (stitchFiles) { 
    209208        fs = new FileStitcher(r, true); 
     
    449448      if(!stackFormat.equals(VIEW_BROWSER)) { 
    450449        IJ.showStatus("Reading " + fileName); 
    451    
     450 
    452451        for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    453452          if (!series[i]) continue; 
    454453          r.setSeries(id, i); 
    455    
     454 
    456455          String name = store.getImageName(new Integer(i)); 
    457456          String imageName = fileName; 
    458457          if (name != null && name.length() > 0) imageName += " - " + name; 
    459    
     458 
    460459          boolean[] load = new boolean[num[i]]; 
    461460          if (certain[i]) { 
     
    474473          int total = 0; 
    475474          for (int j=0; j<num[i]; j++) if (load[j]) total++; 
    476    
     475 
    477476          // dump OME-XML to ImageJ's description field, if available 
    478477          FileInfo fi = new FileInfo(); 
    479478          fi.description = store.dumpXML(); 
    480    
     479 
    481480          long startTime = System.currentTimeMillis(); 
    482481          long time = startTime; 
    483482          ImageStack stackB = null, stackS = null, stackF = null, stackO = null; 
    484    
     483 
    485484          int q = 0; 
    486485          for (int j=0; j<num[i]; j++) { 
    487486            if (!load[j]) continue; 
    488    
     487 
    489488            // limit message update rate 
    490489            long clock = System.currentTimeMillis(); 
     
    496495            } 
    497496            IJ.showProgress((double) q++ / total); 
    498    
     497 
    499498            byte[] b = r.openBytes(id, j); 
    500    
     499 
    501500            int w = r.getSizeX(id); 
    502501            int h = r.getSizeY(id); 
    503502            int c = r.isRGB(id) ? r.getSizeC(id) : 1; 
    504503            int type = r.getPixelType(id); 
    505    
     504 
    506505            // construct image processor and add to stack 
    507506            ImageProcessor ip = null; 
    508    
     507 
    509508            int bpp = 0; 
    510509            switch (type) { 
     
    518517              case FormatReader.DOUBLE: bpp = 8; break; 
    519518            } 
    520    
     519 
    521520            if (b.length != w * h * c * bpp) { 
    522521              // HACK - byte array dimensions are incorrect - image is probably 
     
    524523              // so open this plane as a BufferedImage instead 
    525524              BufferedImage bi = r.openImage(id, j); 
    526               b = ImageTools.padImage(b, r.isInterleaved(id), c,  
     525              b = ImageTools.padImage(b, r.isInterleaved(id), c, 
    527526                bi.getWidth() * bpp, w, h); 
    528527            } 
    529              
     528 
    530529            Object pixels = DataTools.makeDataArray(b, bpp, 
    531530              type == FormatReader.FLOAT || type == FormatReader.DOUBLE, 
    532531              r.isLittleEndian(id)); 
    533    
     532 
    534533            if (pixels instanceof byte[]) { 
    535534              byte[] bytes = (byte[]) pixels; 
     
    549548                byte[][] pix = new byte[c][w*h]; 
    550549                for (int k=0; k<c; k++) { 
    551                   System.arraycopy(bytes, k*pix[k].length, pix[k], 0,  
     550                  System.arraycopy(bytes, k*pix[k].length, pix[k], 0, 
    552551                    pix[k].length); 
    553552                } 
    554                 ((ColorProcessor) ip).setRGB(pix[0], pix[1],  
     553                ((ColorProcessor) ip).setRGB(pix[0], pix[1], 
    555554                  pix.length >= 3 ? pix[2] : new byte[w*h]); 
    556555                stackO.addSlice(imageName + ":" + (j + 1), ip); 
     
    573572                short[][] pix = new short[c][w*h]; 
    574573                for (int k=0; k<c; k++) { 
    575                   System.arraycopy(s, k*pix[k].length, pix[k], 0,  
     574                  System.arraycopy(s, k*pix[k].length, pix[k], 0, 
    576575                    pix[k].length); 
    577576                } 
     
    583582                } 
    584583                ip = new ColorProcessor(w, h); 
    585                 ((ColorProcessor) ip).setRGB(bytes[0], bytes[1],  
     584                ((ColorProcessor) ip).setRGB(bytes[0], bytes[1], 
    586585                  pix.length >= 3 ? bytes[2] : new byte[w*h]); 
    587586                stackO.addSlice(imageName + ":" + (j + 1), ip); 
     
    604603                int[][] pix = new int[c][w*h]; 
    605604                for (int k=0; k<c; k++) { 
    606                   System.arraycopy(s, k*pix[k].length, pix[k], 0,  
     605                  System.arraycopy(s, k*pix[k].length, pix[k], 0, 
    607606                    pix[k].length); 
    608607                } 
     
    614613                } 
    615614                ip = new ColorProcessor(w, h); 
    616                 ((ColorProcessor) ip).setRGB(bytes[0], bytes[1],  
     615                ((ColorProcessor) ip).setRGB(bytes[0], bytes[1], 
    617616                  pix.length >= 3 ? bytes[2] : new byte[w*h]); 
    618617                stackO.addSlice(imageName + ":" + (j + 1), ip); 
     
    629628                ip = new FloatProcessor(w, h, f, null); 
    630629                if (stackF == null) stackF = new ImageStack(w, h); 
    631    
     630 
    632631                if (stackB != null) { 
    633632                  ip = ip.convertToByte(true); 
     
    654653                else { 
    655654                  for (int k=0; k<c; k++) { 
    656                     System.arraycopy(f, k*pix[k].length, pix[k], 0,  
     655                    System.arraycopy(f, k*pix[k].length, pix[k], 0, 
    657656                      pix[k].length); 
    658657                  } 
     
    665664                } 
    666665                ip = new ColorProcessor(w, h); 
    667                 ((ColorProcessor) ip).setRGB(bytes[0], bytes[1],  
     666                ((ColorProcessor) ip).setRGB(bytes[0], bytes[1], 
    668667                  pix.length >= 3 ? bytes[2] : new byte[w*h]); 
    669668                stackO.addSlice(imageName + ":" + (j + 1), ip); 
     
    686685                double[][] pix = new double[c][w*h]; 
    687686                for (int k=0; k<c; k++) { 
    688                   System.arraycopy(d, k*pix[k].length, pix[k], 0,  
     687                  System.arraycopy(d, k*pix[k].length, pix[k], 0, 
    689688                    pix[k].length); 
    690689                } 
     
    696695                } 
    697696                ip = new ColorProcessor(w, h); 
    698                 ((ColorProcessor) ip).setRGB(bytes[0], bytes[1],  
     697                ((ColorProcessor) ip).setRGB(bytes[0], bytes[1], 
    699698                  pix.length >= 3 ? bytes[2] : new byte[w*h]); 
    700699                stackO.addSlice(imageName + ":" + (j + 1), ip); 
     
    702701            } 
    703702          } 
    704    
     703 
    705704          IJ.showStatus("Creating image"); 
    706705          IJ.showProgress(1); 
     
    734733            else imp = new ImagePlus(imageName, stackO); 
    735734          } 
    736    
     735 
    737736          if (imp != null) { 
    738737            // retrieve the spatial calibration information, if available 
    739    
     738 
    740739            applyCalibration(store, imp, i); 
    741740            imp.setFileInfo(fi); 
    742    
     741 
    743742//            int c = r.getSizeC(id); 
    744743            displayStack(imp, r, fs, id); 
    745744            r.close(); 
    746745          } 
    747    
     746 
    748747          long endTime = System.currentTimeMillis(); 
    749748          double elapsed = (endTime - startTime) / 1000.0; 
     
    757756          } 
    758757        } 
    759    
     758 
    760759        r.close(); 
    761          
     760 
    762761      } 
    763762 
     
    773772      Prefs.set("bioformats.specifyRanges", specifyRanges); 
    774773      Prefs.set("bioformats.stackFormat", stackFormat); 
    775        
     774 
    776775      if (stackFormat.equals(VIEW_BROWSER)) { 
    777776        LociDataBrowser ldb = new LociDataBrowser(r,fs,id); 
     
    798797  /** Opens each channel of the source stack in a separate window. */ 
    799798  private void slice(ImageStack is, String id, int z, int c, int t, 
    800     FileInfo fi, IFormatReader r, FileStitcher fs, boolean range, boolean colorize) 
    801     throws FormatException, IOException 
     799    FileInfo fi, IFormatReader r, FileStitcher fs, boolean range, 
     800    boolean colorize) throws FormatException, IOException 
    802801  { 
    803802    int step = 1; 
     
    835834    for (int i=0; i<newStacks.length; i++) { 
    836835      ImagePlus imp = new ImagePlus(id + " - Ch" + (i+1), newStacks[i]); 
    837       applyCalibration((OMEXMLMetadataStore) r.getMetadataStore(id), imp,  
     836      applyCalibration((OMEXMLMetadataStore) r.getMetadataStore(id), imp, 
    838837        r.getSeries(id)); 
    839         
     838 
    840839      // colorize channels; mostly copied from the ImageJ source 
    841840 
     
    866865  } 
    867866 
    868   /** Apply spatial calibrations to an image stack. */ 
    869   private void applyCalibration(OMEXMLMetadataStore store, ImagePlus imp,  
    870     int series)  
     867  /** Applies spatial calibrations to an image stack. */ 
     868  private void applyCalibration(OMEXMLMetadataStore store, ImagePlus imp, 
     869    int series) 
    871870  { 
    872871    double xcal = Double.NaN, ycal = Double.NaN, zcal = Double.NaN; 
     
    890889  } 
    891890 
    892   /** Display the image stack using the appropriate plugin */ 
    893   private void displayStack(ImagePlus imp, IFormatReader r, FileStitcher fs, String id) {    
     891  /** Displays the image stack using the appropriate plugin. */ 
     892  private void displayStack(ImagePlus imp, IFormatReader r, 
     893    FileStitcher fs, String id) 
     894  { 
    894895    try { 
    895896      if (stackFormat.equals(VIEW_STANDARD)) imp.show(); 
     
    900901        int sizeC = r.getSizeC(id); 
    901902        if (imp.getStackSize() == r.getSizeZ(id) * r.getSizeT(id)) sizeC = 1; 
    902      
    903         // need to re-order the stack so that the order is XYCZT  
     903 
     904        // need to re-order the stack so that the order is XYCZT 
    904905 
    905906        ImageStack is = new ImageStack(r.getSizeX(id), r.getSizeY(id)); 
     
    934935    } 
    935936    catch (Exception e) { 
    936       imp.show();  
     937      imp.show(); 
    937938    } 
    938939  } 
  • trunk/loci/plugins/LociUploader.java

    r1909 r1987  
    5050 
    5151  // -- PlugIn API methods -- 
    52   
     52 
    5353  public synchronized void run(String arg) { 
    5454    // check that we can safely execute the plugin 
     
    6363 
    6464  // -- Helper methods -- 
    65   
     65 
    6666  /** Open a dialog box that prompts for a username, password, and server. */ 
    6767  private void promptForLogin() { 
    68     GenericDialog prompt = new GenericDialog("Login to OME");  
     68    GenericDialog prompt = new GenericDialog("Login to OME"); 
    6969    prompt.addStringField("Server:   ", Prefs.get("uploader.server", ""), 120); 
    7070    prompt.addStringField("Username: ", Prefs.get("uploader.user", ""), 120); 
     
    7474    prompt.showDialog(); 
    7575 
    76     server = prompt.getNextString();  
    77     user = prompt.getNextString();  
    78     pass = prompt.getNextString();  
    79     
     76    server = prompt.getNextString(); 
     77    user = prompt.getNextString(); 
     78    pass = prompt.getNextString(); 
     79 
    8080    Prefs.set("uploader.server", server); 
    8181    Prefs.set("uploader.user", user); 
     
    9797      FileInfo fi = imp.getOriginalFileInfo(); 
    9898      OMEXMLMetadataStore store = new OMEXMLMetadataStore(); 
    99        
     99 
    100100      // if we opened this stack with the Bio-Formats importer, then the 
    101101      // appropriate OME-XML is in fi.description 
    102102      if (fi.description != null && fi.description.endsWith("</OME>")) { 
    103         store.createRoot(fi.description);   
     103        store.createRoot(fi.description); 
    104104      } 
    105105      else { 
     
    112112 
    113113        store.setPixels( 
    114           new Integer(imp.getWidth()),   
     114          new Integer(imp.getWidth()), 
    115115          new Integer(imp.getHeight()), 
    116116          new Integer(imp.getNSlices()), 
     
    121121          "XYCZT",  // TODO : figure out a way to calculate the dimension order 
    122122          null); 
    123        
     123 
    124124        store.setImage(fi.fileName, null, fi.info, null); 
    125        
     125 
    126126      } 
    127127      boolean little = !store.getBigEndian(null).booleanValue(); 
    128        
     128 
    129129      for (int i=0; i<is.getSize(); i++) { 
    130130        IJ.showStatus("Reading plane " + (i+1) + "/" + is.getSize()); 
    131131        Object pix = is.getProcessor(i + 1).getPixels(); 
    132        
     132 
    133133        if (pix instanceof byte[]) { 
    134           pixels.add((byte[]) pix);     
     134          pixels.add((byte[]) pix); 
    135135        } 
    136136        else if (pix instanceof short[]) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.