Changeset 2021


Ignore:
Timestamp:
01/04/07 15:24:38 (13 years ago)
Author:
chris
Message:

Browser:
1) OptionsWindow now functional for both FileStitcher and
non-FileStitcher.

Location:
trunk/loci/plugins/browser
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/plugins/browser/CacheManager.java

    r2019 r2021  
    5959 
    6060  /** Flags debug messages on/off.*/ 
    61   public static final boolean DEBUG = true; 
     61  public static final boolean DEBUG = false; 
    6262 
    6363  // -- Fields -- 
  • trunk/loci/plugins/browser/LociDataBrowser.java

    r2010 r2021  
    228228 
    229229  public static void exceptionMessage(Exception exc) { 
     230/* 
    230231    String msg = exc.toString(); 
    231232    StackTraceElement[] ste = exc.getStackTrace(); 
     
    235236 
    236237    IJ.showMessage(msg); 
     238*/ 
    237239  } 
    238240 
  • trunk/loci/plugins/browser/OptionsWindow.java

    r2007 r2021  
    5555 
    5656  /** The FileStitcher used to stich files together.*/ 
    57   private FileStitcher fStitch; 
     57  private FileStitcher fs; 
    5858 
    5959  /** CheckBoxes to indicate which axes to store.*/ 
     
    8181  private int oldTop,oldMid,oldLow; 
    8282 
    83   FileStitcher fs; 
     83 
    8484 
    8585  JComboBox[] blockBoxes; 
     
    108108 
    109109    // get FilePattern Data 
    110     try { 
    111       id = cw.db.id; 
    112       order = fs.getDimensionOrder(id).substring(2); 
    113       sizeZ = fs.getSizeZ(id); 
    114       sizeT = fs.getSizeT(id); 
    115       sizeC = fs.getSizeC(id); 
    116       axes = fs.getAxisTypes(id); 
    117       fp = fs.getFilePattern(id); 
    118       prefixes = fp.getPrefixes(); 
    119       blocks = fp.getBlocks(); 
    120       suffix = fp.getSuffix(); 
    121     } 
    122     catch(Exception exc) { 
    123       exc.printStackTrace(); 
    124       LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     110    if(fs != null) { 
     111      try { 
     112        id = cw.db.id; 
     113        order = fs.getDimensionOrder(id).substring(2); 
     114        sizeZ = fs.getSizeZ(id); 
     115        sizeT = fs.getSizeT(id); 
     116        sizeC = fs.getSizeC(id); 
     117        axes = fs.getAxisTypes(id); 
     118        fp = fs.getFilePattern(id); 
     119        prefixes = fp.getPrefixes(); 
     120        blocks = fp.getBlocks(); 
     121        suffix = fp.getSuffix(); 
     122      } 
     123      catch(Exception exc) { 
     124        exc.printStackTrace(); 
     125        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     126      } 
     127    } 
     128    else { 
     129      try { 
     130        id = cw.db.id; 
     131        order = cw.db.reader.getDimensionOrder(id).substring(2); 
     132        sizeZ = cw.db.reader.getSizeZ(id); 
     133        sizeT = cw.db.reader.getSizeT(id); 
     134        sizeC = cw.db.reader.getSizeC(id); 
     135      } 
     136      catch(Exception exc) { 
     137        exc.printStackTrace(); 
     138        LociDataBrowser.exceptionMessage(exc); 
     139      } 
    125140    } 
    126141 
     
    137152 
    138153    Vector blockLabelsV = new Vector(); 
    139     for(int i = 0;i<blocks.length;i++) { 
    140       JLabel temp = new JLabel("Block " + blocks[i] + ":"); 
    141       blockLabelsV.add(temp); 
    142     } 
    143     Object[] blockLabelsO = blockLabelsV.toArray(); 
    144     JLabel[] blockLabels = new JLabel[blockLabelsO.length]; 
    145     for(int i = 0;i<blockLabelsO.length;i++) { 
    146       blockLabels[i] = (JLabel) blockLabelsO[i]; 
    147       blockLabels[i].setForeground(getColor(i)); 
     154    JLabel[] blockLabels = {new JLabel()}; 
     155    if(fs != null) { 
     156      for(int i = 0;i<blocks.length;i++) { 
     157        JLabel temp = new JLabel("Block " + blocks[i] + ":"); 
     158        blockLabelsV.add(temp); 
     159      } 
     160      Object[] blockLabelsO = blockLabelsV.toArray(); 
     161      blockLabels = new JLabel[blockLabelsO.length]; 
     162      for(int i = 0;i<blockLabelsO.length;i++) { 
     163        blockLabels[i] = (JLabel) blockLabelsO[i]; 
     164        blockLabels[i].setForeground(getColor(i)); 
     165      } 
    148166    } 
    149167 
    150168    Object[] choices = {"Z-Depth", "Time", "Channel"}; 
    151169    zGroup = new JComboBox(choices); 
     170    tGroup = new JComboBox(choices); 
     171    cGroup = new JComboBox(choices); 
    152172    setBox(zGroup,0); 
    153     tGroup = new JComboBox(choices); 
    154173    setBox(tGroup,1); 
    155     cGroup = new JComboBox(choices); 
    156174    setBox(cGroup,2); 
    157175    zGroup.addActionListener(this); 
    158176    tGroup.addActionListener(this); 
    159177    cGroup.addActionListener(this); 
    160     Vector blockBoxesV = new Vector(); 
    161     for(int i = 0;i<blocks.length;i++) { 
    162       JComboBox temp = new JComboBox(choices); 
    163       if (axes[i] == AxisGuesser.Z_AXIS) temp.setSelectedIndex(0); 
    164       else if (axes[i] == AxisGuesser.T_AXIS) temp.setSelectedIndex(1); 
    165       else temp.setSelectedIndex(2); 
    166       temp.setActionCommand("Block1"); 
    167       temp.addActionListener(this); 
    168       blockBoxesV.add(temp); 
    169     } 
    170     Object[] blockBoxesO = blockBoxesV.toArray(); 
    171     blockBoxes = new JComboBox[blockBoxesO.length]; 
    172     for(int i = 0;i<blockBoxesO.length;i++) { 
    173       JComboBox temp = (JComboBox) blockBoxesO[i]; 
    174       temp.setForeground(getColor(i)); 
    175       blockBoxes[i] = temp; 
     178     
     179    if(fs != null) { 
     180      Vector blockBoxesV = new Vector(); 
     181      for(int i = 0;i<blocks.length;i++) { 
     182        JComboBox temp = new JComboBox(choices); 
     183        if (axes[i] == AxisGuesser.Z_AXIS) temp.setSelectedIndex(0); 
     184        else if (axes[i] == AxisGuesser.T_AXIS) temp.setSelectedIndex(1); 
     185        else temp.setSelectedIndex(2); 
     186        temp.setActionCommand("Block1"); 
     187        temp.addActionListener(this); 
     188        blockBoxesV.add(temp); 
     189      } 
     190      Object[] blockBoxesO = blockBoxesV.toArray(); 
     191      blockBoxes = new JComboBox[blockBoxesO.length]; 
     192      for(int i = 0;i<blockBoxesO.length;i++) { 
     193        JComboBox temp = (JComboBox) blockBoxesO[i]; 
     194        temp.setForeground(getColor(i)); 
     195        blockBoxes[i] = temp; 
     196      } 
    176197    } 
    177198 
     
    185206    blockLab.setForeground(Color.lightGray); 
    186207 
    187     JPanel filePane = new JPanel(new FlowLayout()); 
    188     for(int i = 0;i<prefixes.length;i++) { 
    189       JLabel prefLab = new JLabel(prefixes[i]); 
    190       JLabel blokLab = new JLabel(blocks[i]); 
    191       blokLab.setForeground(getColor(i)); 
    192       filePane.add(prefLab); 
    193       filePane.add(blokLab); 
    194     } 
    195     JLabel sufLab = new JLabel(suffix); 
    196     filePane.add(sufLab); 
    197  
    198     int[] internalSizes = new int[3]; 
     208    JPanel filePane = new JPanel(); 
     209    if(fs!=null) { 
     210      filePane = new JPanel(new FlowLayout()); 
     211      for(int i = 0;i<prefixes.length;i++) { 
     212        JLabel prefLab = new JLabel(prefixes[i]); 
     213        JLabel blokLab = new JLabel(blocks[i]); 
     214        blokLab.setForeground(getColor(i)); 
     215        filePane.add(prefLab); 
     216        filePane.add(blokLab); 
     217      } 
     218      JLabel sufLab = new JLabel(suffix); 
     219      filePane.add(sufLab); 
     220    } 
     221 
     222    JLabel zLab,tLab,cLab, fileLab; 
     223    int[] internalSizes = null; 
     224 
     225    internalSizes = new int[3]; 
    199226    for(int i = 0;i<internalSizes.length;i++) { 
    200227      internalSizes[i] = getOrderSize(i); 
    201228    } 
    202229 
    203     JLabel zLab = new JLabel("First ("+ internalSizes[0] + "):"); 
    204     JLabel tLab = new JLabel("Second (" + internalSizes[1] + "):"); 
    205     JLabel cLab = new JLabel("Third (" + internalSizes[2] + "):"); 
    206     JLabel fileLab = new JLabel("Filename:"); 
     230    zLab = new JLabel("First ("+ internalSizes[0] + "):"); 
     231    tLab = new JLabel("Second (" + internalSizes[1] + "):"); 
     232    cLab = new JLabel("Third (" + internalSizes[2] + "):"); 
     233    fileLab = new JLabel("Filename:"); 
     234     
    207235 
    208236    String rowString = "pref," + TAB + ",pref,pref,pref," + TAB + 
     
    229257      disPane.add(cGroup,cc.xy(4,5)); 
    230258    } 
    231     disPane.add(blockPanel,cc.xyw(1,7,5)); 
    232     disPane.add(fileLab,cc.xy(2,8)); 
    233     disPane.add(filePane,cc.xy(4,8)); 
    234     for(int i = 0;i<blockLabels.length;i++) { 
    235       disPane.add(blockLabels[i], cc.xy(2,9+i)); 
    236       disPane.add(blockBoxes[i], cc.xy(4,9+i)); 
     259    if(fs != null) { 
     260      disPane.add(blockPanel,cc.xyw(1,7,5)); 
     261      disPane.add(fileLab,cc.xy(2,8)); 
     262      disPane.add(filePane,cc.xy(4,8)); 
     263      for(int i = 0;i<blockLabels.length;i++) { 
     264        disPane.add(blockLabels[i], cc.xy(2,9+i)); 
     265        disPane.add(blockBoxes[i], cc.xy(4,9+i)); 
     266      } 
    237267    } 
    238268 
     
    513543      case 'Z': 
    514544        thisSize = sizeZ; 
    515         thisSize /= getBlockCount(0); 
     545        if(fs != null) thisSize /= getBlockCount(0); 
    516546        break; 
    517547      case 'T': 
    518548        thisSize = sizeT; 
    519         thisSize /= getBlockCount(1); 
     549        if(fs != null) thisSize /= getBlockCount(1); 
    520550        break; 
    521551      case 'C': 
    522552        thisSize = sizeC; 
    523         thisSize /= getBlockCount(2); 
     553        if(fs != null) thisSize /= getBlockCount(2); 
    524554        break; 
    525555    } 
     
    704734          + String.valueOf(cChar); 
    705735        try { 
    706           fs.swapDimensions(id,"XY" + order); 
    707           sizeZ = fs.getSizeZ(id); 
    708           sizeT = fs.getSizeT(id); 
    709           sizeC = fs.getSizeC(id); 
     736          cw.db.reader.swapDimensions(id,"XY" + order); 
     737          sizeZ = cw.db.reader.getSizeZ(id); 
     738          sizeT = cw.db.reader.getSizeT(id); 
     739          sizeC = cw.db.reader.getSizeC(id); 
    710740        } 
    711741        catch(Exception exc) { 
     
    738768          + String.valueOf(cChar); 
    739769        try { 
    740           fs.swapDimensions(id,"XY" + order); 
    741           sizeZ = fs.getSizeZ(id); 
    742           sizeT = fs.getSizeT(id); 
    743           sizeC = fs.getSizeC(id); 
     770          cw.db.reader.swapDimensions(id,"XY" + order); 
     771          sizeZ = cw.db.reader.getSizeZ(id); 
     772          sizeT = cw.db.reader.getSizeT(id); 
     773          sizeC = cw.db.reader.getSizeC(id); 
    744774        } 
    745775        catch(Exception exc) { 
     
    772802          + String.valueOf(cChar); 
    773803        try { 
    774           fs.swapDimensions(id,"XY" + order); 
    775           sizeZ = fs.getSizeZ(id); 
    776           sizeT = fs.getSizeT(id); 
    777           sizeC = fs.getSizeC(id); 
     804          cw.db.reader.swapDimensions(id,"XY" + order); 
     805          sizeZ = cw.db.reader.getSizeZ(id); 
     806          sizeT = cw.db.reader.getSizeT(id); 
     807          sizeC = cw.db.reader.getSizeC(id); 
    778808        } 
    779809        catch(Exception exc) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.