Changeset 2033


Ignore:
Timestamp:
01/05/07 15:44:47 (13 years ago)
Author:
curtis
Message:

Eliminate totally squashed exceptions (print stack trace if debug flag is set).
Add "CTR TODO" note where Exception or Throwable is caught with a reminder to
narrow the exception handling in those places as time permits.

Location:
trunk/loci/formats/in
Files:
25 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/AVIReader.java

    r1947 r2033  
    274274                  in.seek((int) (spos + size)); 
    275275                } 
    276                 catch (Exception e) { } 
     276                catch (Exception e) { 
     277                  // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     278                  if (debug) e.printStackTrace(); 
     279                } 
    277280              } 
    278281            } 
     
    321324                  in.seek((int) (spos + size)); 
    322325                } 
    323                 catch (Exception e) { } 
     326                catch (Exception e) { 
     327                  // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     328                  if (debug) e.printStackTrace(); 
     329                } 
    324330              } 
    325331 
     
    437443            in.seek(startPos + 8 + streamSize); 
    438444          } 
    439           catch (Exception e) { } 
     445          catch (Exception e) { 
     446            // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     447            if (debug) e.printStackTrace(); 
     448          } 
    440449        } 
    441450        else if (fcc.equals("movi")) { 
     
    499508          in.skipBytes(size); 
    500509        } 
    501         catch (Exception iae) { } 
     510        catch (Exception iae) { 
     511          // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     512          if (debug) iae.printStackTrace(); 
     513        } 
    502514      } 
    503515      pos = in.getFilePointer(); 
  • trunk/loci/formats/in/AndorReader.java

    r2010 r2033  
    110110      little = isLittleEndian(currentId); 
    111111    } 
    112     catch (Exception e) { } 
     112    catch (Exception e) { 
     113      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     114      if (debug) e.printStackTrace(); 
     115    } 
    113116 
    114117    int vb = 0; // number of valid bits per pixel 
     
    361364        new Float(pixelSizeZ), null, null, null); 
    362365    } 
    363     catch (Exception e) { } 
     366    catch (Exception e) { 
     367      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     368      if (debug) e.printStackTrace(); 
     369    } 
    364370  } 
    365371 
  • trunk/loci/formats/in/BaseTiffReader.java

    r2010 r2033  
    518518      currentOrder[0] = "XYCZT"; 
    519519    } 
    520     catch (Exception e) { } 
     520    catch (Exception e) { 
     521      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     522      if (debug) e.printStackTrace(); 
     523    } 
    521524  } 
    522525 
     
    575578          } 
    576579        } 
    577         catch (Exception e) { } 
     580        catch (Exception e) { 
     581          // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     582          if (debug) e.printStackTrace(); 
     583        } 
    578584      } 
    579585 
     
    674680    } 
    675681    catch (Exception e) { 
     682      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     683      if (debug) e.printStackTrace(); 
    676684      return TiffTools.getIFDIntValue(ifds[0], 
    677685        TiffTools.SAMPLES_PER_PIXEL, true, 0) > 1; 
  • trunk/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r2010 r2033  
    375375      } 
    376376      catch (Exception exc) { 
     377        // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
    377378        eof = true; 
    378379        if (debug) exc.printStackTrace(); 
  • trunk/loci/formats/in/DicomReader.java

    r1947 r2033  
    513513        in.skipBytes((int) skipCount); 
    514514      } 
    515       catch (Exception e) { } 
     515      catch (Exception e) { 
     516        // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     517        if (debug) e.printStackTrace(); 
     518      } 
    516519      location += elementLength; 
    517520      value = ""; 
  • trunk/loci/formats/in/EPSReader.java

    r2010 r2033  
    196196          } 
    197197          catch (Exception exc) { 
     198            // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     199            if (debug) exc.printStackTrace(); 
    198200            channels = Integer.parseInt(t.nextToken()); 
    199201          } 
  • trunk/loci/formats/in/FluoviewReader.java

    r2010 r2033  
    432432      currentOrder[series] = order; 
    433433    } 
    434     catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } 
     434    catch (Exception e) { 
     435      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     436      if (debug) e.printStackTrace(); 
     437    } 
    435438  } 
    436439 
  • trunk/loci/formats/in/ICSReader.java

    r2010 r2033  
    360360      } 
    361361      catch (Exception dfe) { 
    362         dfe.printStackTrace(); 
    363         throw new FormatException("Error uncompressing gzip'ed data."); 
     362        // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     363        throw new FormatException("Error uncompressing gzip'ed data", dfe); 
    364364      } 
    365365    } 
  • trunk/loci/formats/in/IPLabReader.java

    r2010 r2033  
    450450        tag = new String(fourBytes); 
    451451      } 
    452       catch (Exception e) { tag = "fini"; } 
    453  
     452      catch (Exception e) { 
     453        // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     454        if (debug) e.printStackTrace(); 
     455        tag = "fini"; 
     456      } 
    454457    } 
    455458 
  • trunk/loci/formats/in/IPWReader.java

    r2010 r2033  
    5959      r.exec("import java.util.Iterator"); 
    6060    } 
    61     catch (Throwable exc) { noPOI = true; } 
     61    catch (Throwable t) { 
     62      noPOI = true; 
     63    } 
    6264    return r; 
    6365  } 
  • trunk/loci/formats/in/ImageJReader.java

    r1992 r2033  
    7575      r.setVar("false", false); 
    7676    } 
    77     catch (Throwable t) { noImageJ = true; } 
     77    catch (Throwable t) { 
     78      noImageJ = true; 
     79    } 
    7880  } 
    7981 
  • trunk/loci/formats/in/LIFReader.java

    r2010 r2033  
    390390                  channelMaxs.add(new Integer((String) tmp.get("Maxs"))); 
    391391                } 
    392                 catch (Exception e) { } 
     392                catch (Exception e) { 
     393                  // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     394                  if (debug) e.printStackTrace(); 
     395                } 
    393396              } 
    394397            } 
     
    428431            token = (String) elements.get(ndx); 
    429432          } 
    430           catch (Exception e) { break; } 
     433          catch (Exception e) { 
     434            // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     435            if (debug) e.printStackTrace(); 
     436            break; 
     437          } 
    431438        } 
    432439        extraDims.add(new Integer(extras)); 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyQTReader.java

    r1947 r2033  
    233233    } 
    234234    catch (Exception e) { 
     235      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
    235236      throw new FormatException("Open movie failed", e); 
    236237    } 
  • trunk/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r2016 r2033  
    747747          } 
    748748        } 
    749         catch (Throwable t) { } 
     749        catch (Throwable t) { 
     750          // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     751          if (debug) t.printStackTrace(); 
     752        } 
    750753      } 
    751754 
     
    863866      // However, the sizeC field will be adjusted anyway by a later call to 
    864867      // BaseTiffReader.initMetadata 
     868 
     869      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     870      if (debug) e.printStackTrace(); 
    865871    } 
    866872 
     
    884890      store = getMetadataStore(currentId); 
    885891    } 
    886     catch (Exception e) { } 
     892    catch (Exception e) { 
     893      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     894      if (debug) e.printStackTrace(); 
     895    } 
    887896 
    888897    for (int i=0; i<numSeries; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/MDBParser.java

    r1988 r2033  
    6060      r.exec("import mdbtools.libmdb.mem"); 
    6161    } 
    62     catch (Throwable exc) { noMDB = true; } 
     62    catch (Throwable exc) { 
     63      noMDB = true; 
     64    } 
    6365    return r; 
    6466  } 
  • trunk/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r2010 r2033  
    146146        } 
    147147      } 
    148       catch (Exception e) { } 
     148      catch (Exception e) { 
     149        // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     150        if (debug) e.printStackTrace(); 
     151      } 
    149152 
    150153      // copy ifds into a new array of Hashtables that will accomodate the 
     
    235238    catch (FormatException e) { e.printStackTrace(); } 
    236239 
    237     try { super.initStandardMetadata(); } 
    238     catch (Throwable t) { t.printStackTrace(); } 
     240    try { 
     241      super.initStandardMetadata(); 
     242    } 
     243    catch (Throwable t) { 
     244      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     245      t.printStackTrace(); 
     246    } 
    239247 
    240248    // parse (mangle) TIFF comment 
     
    289297      sizeT[0] = getImageCount(currentId) / sizeZ[0]; 
    290298    } 
    291     catch (Exception e) { } 
     299    catch (Exception e) { 
     300      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     301      if (debug) e.printStackTrace(); 
     302    } 
    292303  } 
    293304 
  • trunk/loci/formats/in/ND2Reader.java

    r1991 r2033  
    5858      r.exec("import jj2000.j2k.io.BEBufferedRandomAccessFile"); 
    5959    } 
    60     catch (Throwable exc) { noJAI = true; } 
     60    catch (Throwable exc) { 
     61      noJAI = true; 
     62    } 
    6163    return r; 
    6264  } 
     
    320322                      } 
    321323                    } 
    322                     catch (Exception e) { } 
     324                    catch (Exception e) { 
     325                      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     326                      if (debug) e.printStackTrace(); 
     327                    } 
    323328                  } 
    324329                } 
  • trunk/loci/formats/in/NikonReader.java

    r2010 r2033  
    209209    } 
    210210    catch (Exception e) { 
     211      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     212      if (debug) e.printStackTrace(); 
    211213      long[] array = TiffTools.getIFDLongArray(ifds[0], 330, false); 
    212214      offset = (int) array[array.length - 1]; 
     
    226228        metadata.get("CFA pattern")); 
    227229    } 
    228     catch (Exception e) { } 
     230    catch (Exception e) { 
     231      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     232      if (debug) e.printStackTrace(); 
     233    } 
    229234  } 
    230235 
     
    292297      } 
    293298    } 
    294     catch (Exception io) { } 
     299    catch (Exception io) { 
     300      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     301      if (debug) io.printStackTrace(); 
     302    } 
    295303  } 
    296304 
  • trunk/loci/formats/in/OIBReader.java

    r2010 r2033  
    440440    } 
    441441 
    442     try { initMetadata(); } 
    443     catch (Exception e) { } 
     442    try { 
     443      initMetadata(); 
     444    } 
     445    catch (Exception e) { 
     446      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     447      if (debug) e.printStackTrace(); 
     448    } 
    444449  } 
    445450 
  • trunk/loci/formats/in/OMEXMLReader.java

    r2010 r2033  
    329329      ome = new OMENode(new File(getMappedId(id))); 
    330330    } 
    331     catch (Exception exc) { throw new FormatException(exc); } 
     331    catch (Exception exc) { 
     332      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     333      throw new FormatException(exc); 
     334    } 
    332335    MetadataStore store = getMetadataStore(id); 
    333336    store.setRoot(ome); 
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabReader.java

    r1988 r2033  
    112112        in.read(b); 
    113113      } 
    114       catch (Exception e) { } 
     114      catch (Exception e) { 
     115        // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     116        if (debug) e.printStackTrace(); 
     117      } 
    115118      return isThisType(b); 
    116119    } 
     
    213216      } 
    214217      catch (Exception e) { 
     218        // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     219        if (debug) e.printStackTrace(); 
     220 
    215221        b = null; 
    216222        in.seek(info.layerStart + 12); 
     
    410416      } 
    411417      catch (Exception e) { 
     418        // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     419        if (debug) e.printStackTrace(); 
     420 
    412421        if (in.getFilePointer() >= in.length()) break; 
    413422        else throw new FormatException(e.getMessage()); 
     
    522531      } 
    523532      catch (Exception e) { 
     533        // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     534        if (debug) e.printStackTrace(); 
    524535        in.seek(nextTag); 
    525536      } 
  • trunk/loci/formats/in/PerkinElmerReader.java

    r2010 r2033  
    274274        } 
    275275        catch (Exception e) { 
     276          // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     277          if (debug) e.printStackTrace(); 
     278 
    276279          try { 
    277280            String ext = filename.substring(filename.lastIndexOf(".") + 1); 
     
    282285          } 
    283286          catch (Exception f) { 
     287            // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     288            if (debug) f.printStackTrace(); 
    284289          } 
    285290        } 
     
    375380        if (tNum == 4) { 
    376381          try { Integer.parseInt(token); } 
    377           catch (Exception e) { tNum++; } 
     382          catch (NumberFormatException e) { tNum++; } 
    378383        } 
    379384        metadata.put(hashKeys[tNum], token); 
     
    446451          new Object[] {regex}); 
    447452      } 
    448       catch (Throwable e) { } 
     453      catch (Throwable th) { 
     454        // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     455        if (debug) th.printStackTrace(); 
     456      } 
    449457 
    450458      for (int j=0; j<tokens.length; j++) { 
     
    570578                        new Float(originZ), null); 
    571579    } 
    572     catch (Exception e) { } 
     580    catch (Exception e) { 
     581      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     582      if (debug) e.printStackTrace(); 
     583    } 
    573584  } 
    574585 
  • trunk/loci/formats/in/SEQReader.java

    r2010 r2033  
    115115      if (isRGB(currentId) && sizeC[0] != 3) sizeC[0] *= 3; 
    116116    } 
    117     catch (Exception e) { } 
     117    catch (Exception e) { 
     118      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     119      if (debug) e.printStackTrace(); 
     120    } 
    118121 
    119122    currentOrder[0] = "XY"; 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissLSMReader.java

    r2031 r2033  
    202202      } 
    203203    } 
    204     catch (Exception e) { } 
     204    catch (Exception e) { 
     205      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     206      if (debug) e.printStackTrace(); 
     207    } 
    205208 
    206209    // now copy ifds to a temp array so that we can get rid of 
     
    643646      in.seek(pos); 
    644647    } 
    645     catch (FormatException e) { if (debug) e.printStackTrace(); } 
    646     catch (IOException e) { if (debug) e.printStackTrace(); } 
    647     catch (Exception e) { } 
     648    catch (FormatException e) { 
     649      if (debug) e.printStackTrace(); 
     650    } 
     651    catch (IOException e) { 
     652      if (debug) e.printStackTrace(); 
     653    } 
     654    catch (Exception e) { 
     655      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     656      if (debug) e.printStackTrace(); 
     657    } 
    648658 
    649659    sizeZ[0] = zSize > 0 ? zSize : 1; 
     
    660670      store.setDimensions(pixX, pixY, pixZ, null, null, null); 
    661671    } 
    662     catch (Exception e) { } 
     672    catch (Exception e) { 
     673      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     674      if (debug) e.printStackTrace(); 
     675    } 
    663676 
    664677    // see if we have an associated MDB file 
     
    673686          MDBParser.parseDatabase(dirList[i], metadata); 
    674687        } 
    675         catch (FormatException f) { } 
     688        catch (FormatException f) { 
     689          if (debug) f.printStackTrace(); 
     690        } 
    676691        i = dirList.length; 
    677692      } 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r2010 r2033  
    6060      r.exec("import java.util.Iterator"); 
    6161    } 
    62     catch (Throwable exc) { noPOI = true; } 
     62    catch (Throwable t) { 
     63      noPOI = true; 
     64    } 
    6365    return r; 
    6466  } 
     
    426428    } 
    427429    catch (Throwable t) { 
     430      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
    428431      needLegacy = true; 
    429432      if (debug) t.printStackTrace(); 
     
    431434    } 
    432435 
    433     try { initMetadata(); } 
    434     catch (Exception e) { } 
     436    try { 
     437      initMetadata(); 
     438    } 
     439    catch (Exception e) { 
     440      // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     441      if (debug) e.printStackTrace(); 
     442    } 
    435443  } 
    436444 
     
    645653                  pt += len; 
    646654                } 
    647                 catch (Exception e) { return; } 
     655                catch (Exception e) { 
     656                  // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     657                  if (debug) e.printStackTrace(); 
     658                  return; 
     659                } 
    648660                break; 
    649661              case 20: 
     
    673685                  value = new String(data, oldPt, pt - oldPt); 
    674686                } 
    675                 catch (Exception e) { return; } 
     687                catch (Exception e) { 
     688                  // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     689                  if (debug) e.printStackTrace(); 
     690                  return; 
     691                } 
    676692            } 
    677693 
     
    710726            pt += len; 
    711727          } 
    712           catch (Exception e) { break; } 
     728          catch (Exception e) { 
     729            // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     730            if (debug) e.printStackTrace(); 
     731            break; 
     732          } 
    713733 
    714734          vt = DataTools.bytesToInt(data, pt, 2, true); 
     
    782802            } 
    783803          } 
    784           catch (Exception e) { } 
     804          catch (Exception e) { 
     805            // CTR TODO - eliminate catch-all exception handling 
     806            if (debug) e.printStackTrace(); 
     807          } 
    785808          pt -= 8; 
    786809          findFailed = !foundWidth && !foundHeight; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.