Changeset 2037


Ignore:
Timestamp:
01/05/07 15:51:34 (13 years ago)
Author:
curtis
Message:

Avoid shadowed fields.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/AxisGuesser.java

    r1818 r2037  
    7878 
    7979  /** Guessed axis types. */ 
    80   protected int[] axes; 
     80  protected int[] axisTypes; 
    8181 
    8282  /** Whether the guesser is confident that all axis types are correct. */ 
     
    113113    BigInteger[] step = fp.getStep(); 
    114114    int[] count = fp.getCount(); 
    115     axes = new int[count.length]; 
     115    axisTypes = new int[count.length]; 
    116116    boolean foundZ = false, foundT = false, foundC = false; 
    117117 
    118118    // -- 1) fill in "known" axes based on known patterns and conventions -- 
    119119 
    120     for (int i=0; i<axes.length; i++) { 
     120    for (int i=0; i<axisTypes.length; i++) { 
    121121      String p = prefixes[i].toLowerCase(); 
    122122 
     
    138138      for (int j=0; j<Z.length; j++) { 
    139139        if (p.equals(Z[j])) { 
    140           axes[i] = Z_AXIS; 
     140          axisTypes[i] = Z_AXIS; 
    141141          foundZ = true; 
    142142          break; 
    143143        } 
    144144      } 
    145       if (axes[i] != UNKNOWN_AXIS) continue; 
     145      if (axisTypes[i] != UNKNOWN_AXIS) continue; 
    146146 
    147147      // check against known T prefixes 
    148148      for (int j=0; j<T.length; j++) { 
    149149        if (p.equals(T[j])) { 
    150           axes[i] = T_AXIS; 
     150          axisTypes[i] = T_AXIS; 
    151151          foundT = true; 
    152152          break; 
    153153        } 
    154154      } 
    155       if (axes[i] != UNKNOWN_AXIS) continue; 
     155      if (axisTypes[i] != UNKNOWN_AXIS) continue; 
    156156 
    157157      // check against known C prefixes 
    158158      for (int j=0; j<C.length; j++) { 
    159159        if (p.equals(C[j])) { 
    160           axes[i] = C_AXIS; 
     160          axisTypes[i] = C_AXIS; 
    161161          foundC = true; 
    162162          break; 
    163163        } 
    164164      } 
    165       if (axes[i] != UNKNOWN_AXIS) continue; 
     165      if (axisTypes[i] != UNKNOWN_AXIS) continue; 
    166166 
    167167      // check special case: <2-3> (Bio-Rad PIC) 
     
    169169        step[i].equals(BigInteger.ONE) && suffix.equalsIgnoreCase(".pic")) 
    170170      { 
    171         axes[i] = C_AXIS; 
     171        axisTypes[i] = C_AXIS; 
    172172        foundC = true; 
    173173        break; 
     
    201201    certain = isCertain; 
    202202 
    203     for (int i=0; i<axes.length; i++) { 
    204       if (axes[i] != UNKNOWN_AXIS) continue; 
     203    for (int i=0; i<axisTypes.length; i++) { 
     204      if (axisTypes[i] != UNKNOWN_AXIS) continue; 
    205205      certain = false; 
    206206 
    207207      if (canBeZ) { 
    208         axes[i] = Z_AXIS; 
     208        axisTypes[i] = Z_AXIS; 
    209209        canBeZ = false; 
    210210      } 
    211211      else if (canBeT) { 
    212         axes[i] = T_AXIS; 
     212        axisTypes[i] = T_AXIS; 
    213213        canBeT = false; 
    214214      } 
    215       else axes[i] = C_AXIS; 
     215      else axisTypes[i] = C_AXIS; 
    216216    } 
    217217  } 
     
    240240   *   </ul> 
    241241   */ 
    242   public int[] getAxisTypes() { return axes; } 
     242  public int[] getAxisTypes() { return axisTypes; } 
    243243 
    244244  /** 
     
    251251   *   </ul> 
    252252   */ 
    253   public void setAxisTypes(int[] axes) { this.axes = axes; } 
     253  public void setAxisTypes(int[] axes) { axisTypes = axes; } 
    254254 
    255255  /** Gets the number of Z axes in the pattern. */ 
     
    272272  public int getAxisCount(int axisType) { 
    273273    int num = 0; 
    274     for (int i=0; i<axes.length; i++) { 
    275       if (axes[i] == axisType) num++; 
     274    for (int i=0; i<axisTypes.length; i++) { 
     275      if (axisTypes[i] == axisType) num++; 
    276276    } 
    277277    return num; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.