Changeset 2085


Ignore:
Timestamp:
01/12/07 15:00:43 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:
  • Fixed a bug in the importer that caused remote import + stitched files to throw an exception.
  • Changed OMEReader.getCurrentFile to return <server>:<id>.
  • Added logic to OMETools to properly format the server name.
Location:
trunk/loci
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/OMEReader.java

    r2064 r2085  
    196196  /* @see IFormatReader#initFile(String) */ 
    197197  protected void initFile(String id) throws FormatException, IOException { 
    198     if (id.equals(loginString) || id.equals(imageId)) return; 
     198    if (id.equals(loginString)) return; 
    199199    super.initFile(id); 
    200200 
     
    215215      imageId = id.substring(ndx + 4); 
    216216    } 
    217     currentId = imageId; 
    218217 
    219218    // do sanity check on server name 
     
    226225    int colon = server.indexOf(":"); 
    227226    if (colon >= 0) server = server.substring(0, colon); 
     227 
     228    currentId = server + ":" + imageId; 
    228229 
    229230    server = "http://" + server + "/shoola/"; 
  • trunk/loci/plugins/Importer.java

    r2084 r2085  
    3636import java.awt.event.ItemListener; 
    3737import java.awt.image.*; 
    38 import java.io.File; 
    3938import java.io.IOException; 
    4039import java.util.Hashtable; 
     
    141140 
    142141        // if no valid filename, give up 
    143         if (id == null || !new File(id).exists()) { 
     142        if (id == null || !new FileWrapper(id).exists()) { 
    144143          if (!quiet) { 
    145144            IJ.error("LOCI Bio-Formats", "The specified file " + 
     
    286285        fs = new FileStitcher(r, true); 
    287286        // prompt user to confirm detected file pattern 
    288         id = FilePattern.findPattern(new File(id)); 
     287        id = FilePattern.findPattern(new FileWrapper(id)); 
    289288        gd = new GenericDialog("LOCI Bio-Formats File Stitching"); 
    290289        int len = id.length() + 1; 
  • trunk/loci/plugins/ome/OMETools.java

    r2080 r2085  
    101101 
    102102    server = gd.getNextString(); 
     103   
     104    // do sanity check on server name 
     105    if (server.startsWith("http:")) { 
     106      server = server.substring(5); 
     107    } 
     108    while (server.startsWith("/")) server = server.substring(1); 
     109    int slash = server.indexOf("/"); 
     110    if (slash >= 0) server = server.substring(0, slash); 
     111    int colon = server.indexOf(":"); 
     112    if (colon >= 0) server = server.substring(0, colon); 
     113 
     114    server = "http://" + server + "/shoola/"; 
     115     
    103116    username = gd.getNextString(); 
    104117    password = gd.getNextString(); 
     
    107120  public static void setPlugin(boolean isCancelled) { 
    108121    cancelPlugin = isCancelled; 
    109   } 
    110  
    111   public void pluginCancelled() { 
    112     IJ.showProgress(1); 
    113     IJ.showStatus("OME: Exited."); 
    114     cancelPlugin = false; 
    115122  } 
    116123 
     
    125132      IJ.showProgress(0); 
    126133      getInput(); 
    127       if(cancelPlugin) { 
    128         pluginCancelled(); 
     134      if (cancelPlugin) { 
    129135        return; 
    130136      } 
     
    133139      while(!loggedIn) { 
    134140        if(cancelPlugin) { 
    135           pluginCancelled(); 
    136141          return; 
    137142        } 
     
    147152      IJ.error("Input Error", "The login information is not valid."); 
    148153      login(); 
    149       if(cancelPlugin) { 
    150         pluginCancelled(); 
    151       } 
    152154    } 
    153155  } 
     
    159161      IJ.showProgress(.1); 
    160162      if(cancelPlugin) { 
    161         pluginCancelled(); 
    162163        return; 
    163164      } 
     
    200201  /** returns a list of images that the user chooses */ 
    201202  private Image[] getDownPicks(Image[] ima, DataFactory df, PixelsFactory pf) { 
     203    if (cancelPlugin) return null; 
     204     
    202205    //table array 
    203206    Object[][] props = new Object[ima.length][4]; 
     
    265268    if (results == null) { 
    266269      cancelPlugin = true; 
    267       pluginCancelled(); 
    268270      return null; 
    269271    } 
     
    284286    try { 
    285287      login(); 
     288      if (cancelPlugin) { 
     289        cancelPlugin = false; 
     290        return; 
     291      } 
    286292      getHelpers(); 
    287293 
     
    338344      gd.showDialog(); 
    339345      if (gd.wasCanceled()) { 
    340         pluginCancelled(); 
    341346        return; 
    342347      } 
     
    398403          images = getDownPicks(images,df, pf); 
    399404          if (cancelPlugin) { 
    400             pluginCancelled(); 
    401405            return; 
    402406          } 
     
    412416 
    413417        if (cancelPlugin) { 
    414           pluginCancelled(); 
    415418          return; 
    416419        } 
     
    420423    catch(NullPointerException e) { 
    421424      e.printStackTrace(); 
    422       pluginCancelled(); 
    423425    } 
    424426    catch(IllegalArgumentException f) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.