Changeset 2220


Ignore:
Timestamp:
02/07/07 09:59:24 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:

Attempt to free up some memory.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/OMEXMLReader.java

    r2182 r2220  
    7878 
    7979  /** Internal OME-XML store, for convenient access to metadata fields. */ 
    80   private OMEXMLMetadataStore omexml = new OMEXMLMetadataStore(); 
     80  private OMEXMLMetadataStore omexml; 
    8181 
    8282  // -- Constructor -- 
     
    146146    in.read(buf); 
    147147    String data = new String(buf); 
     148    buf = null; 
    148149 
    149150    // retrieve the compressed pixel data 
     
    154155      pix = pix.substring(0, pix.indexOf("<")); 
    155156    } 
     157    data = null; 
    156158 
    157159    //byte[] pixels = Compression.base64Decode(pix); 
    158160    Base64Encoder e = new Base64Encoder(); 
    159161    byte[] pixels = e.base64Decode(pix); 
     162    pix = null; 
    160163 
    161164    if (compression[series].equals("bzip2")) { 
     
    170173        pixels[i] = (byte) bzip.read(); 
    171174      } 
     175      tempPixels = null; 
     176      bais.close(); 
     177      bais = null; 
     178      bzip = null; 
    172179    } 
    173180    else if (compression[series].equals("zlib")) { 
     
    183190      } 
    184191    } 
     192 
    185193    return pixels; 
    186194  } 
     
    204212    if (in != null) in.close(); 
    205213    in = null; 
     214    if (omexml != null) omexml.createRoot(); 
     215    omexml = null; 
    206216    currentId = null; 
    207217  } 
     
    214224    metadata = new Hashtable(); 
    215225    in = new RandomAccessStream(id); 
     226    omexml = new OMEXMLMetadataStore(); 
    216227 
    217228    in.skipBytes(200); 
     
    286297              (int) in.getFilePointer() - (numRead - ndx))); 
    287298          } 
     299          test = null; 
    288300        } 
    289301        else { 
     
    315327              byte[] b = buf; 
    316328              System.arraycopy(b, 8192 - 15, buf, 0, 14); 
     329              b = null; 
    317330            } 
    318331            else { 
     
    320333              in.seek(in.getFilePointer() - (8192 - ndx)); 
    321334            } 
     335            test = null; 
    322336          } 
    323337          else { 
     
    332346      in.read(buf); 
    333347    } 
     348    buf = null; 
    334349 
    335350    OMENode ome = null; 
     
    426441        numImages[i] = offsets[i].size(); 
    427442      } 
     443      buf = null; 
    428444    } 
    429445    setSeries(currentId, oldSeries); 
     
    436452    orderCertain = new boolean[currentOrder.length]; 
    437453    Arrays.fill(orderCertain, true); 
     454 
     455    try { 
     456      ome = new OMENode((String) null); 
     457    } 
     458    catch (Exception e) { } 
     459    ome = null; 
     460    omexml = null; 
     461    System.gc(); 
    438462  } 
    439463 
     
    474498            ndx = test.indexOf("<Bin", ndx+1); 
    475499          } 
     500          test = null; 
    476501        } 
    477502        else { 
     
    479504        } 
    480505      } 
     506      buf = null; 
    481507 
    482508      iteration++; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.