Changeset 2252


Ignore:
Timestamp:
02/09/07 11:58:35 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:

Better handling of ignoreColorTable flag - fixes files in data/leica/joel.

Location:
trunk/loci
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r2219 r2252  
    233233    in = null; 
    234234    currentId = null; 
     235    leiFilename = null; 
     236    files = null; 
    235237    if (tiff != null) { 
    236238      for (int i=0; i<tiff.length; i++) { 
     
    250252    String idLow = id.toLowerCase(); 
    251253    close(); 
     254     
    252255    if (idLow.endsWith("tif") || idLow.endsWith("tiff")) { 
    253256      if (ifds == null) super.initFile(id); 
     
    971974 
    972975          String name = DataTools.stripString(new String(temp, pt, length)); 
     976          /* 
    973977          if (name.equals("Green") || name.equals("Red") || name.equals("Blue")) 
    974978          { 
    975979            numChannels[i] = 3; 
    976980          } 
     981          */ 
    977982          addMeta("LUT Channel " + j + " name", name); 
    978983          pt += length; 
     
    10011006        for (int i=0; i<sizeC.length; i++) { 
    10021007          setSeries(currentId, i); 
    1003           if (isRGB(currentId)) sizeC[i] = 3; 
    1004           else sizeC[i] = 1; 
     1008          if (!ignoreColorTable) { 
     1009            if (isRGB(currentId)) sizeC[i] = 3; 
     1010            else sizeC[i] = 1; 
     1011          } 
     1012          else { 
     1013            sizeZ[i] /= sizeC[i]; 
     1014          } 
    10051015        } 
    10061016        setSeries(currentId, oldSeries); 
     
    10451055      if (sizeC[i] == 0) sizeC[i] = 1; 
    10461056      sizeT[i] += 1; 
    1047       currentOrder[i] = "XYZTC"; 
     1057      currentOrder[i] = sizeC[i] == 1 ? "XYZTC" : "XYCZT"; 
    10481058 
    10491059      int tPixelType = ((Integer) getMeta("Bytes per pixel")).intValue(); 
  • trunk/loci/plugins/Importer.java

    r2251 r2252  
    332332      } 
    333333      r.setColorTableIgnored(ignoreTables); 
     334      r.close(); 
    334335      r.setMetadataFiltered(true); 
    335336 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.