Changeset 2265


Ignore:
Timestamp:
02/14/07 16:32:35 (13 years ago)
Author:
curtis
Message:

Change setPixels to have separate Image and Pixels indices.

Location:
trunk/loci/formats
Files:
41 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/AggregateMetadataStore.java

    r2178 r2265  
    206206  /* 
    207207   * @see MetadataStore#setPixels(Integer, Integer, Integer, 
    208    *   Integer, Integer, String, Boolean, String, Integer) 
     208   *   Integer, Integer, String, Boolean, String, Integer, Integer) 
    209209   */ 
    210210  public void setPixels(Integer sizeX, Integer sizeY, Integer sizeZ, 
    211211    Integer sizeC, Integer sizeT, Integer pixelType, Boolean bigEndian, 
    212     String dimensionOrder, Integer i) 
     212    String dimensionOrder, Integer imageNo, Integer pixelsNo) 
    213213  { 
    214214    for (Iterator iter = delegates.iterator(); iter.hasNext();) { 
    215215      MetadataStore s = (MetadataStore) iter.next(); 
    216216      s.setPixels(sizeX, sizeY, sizeZ, sizeC, sizeT, pixelType, bigEndian, 
    217                   dimensionOrder, i); 
     217                  dimensionOrder, imageNo, pixelsNo); 
    218218    } 
    219219  } 
  • trunk/loci/formats/DummyMetadataStore.java

    r2178 r2265  
    8181  public void setPixels(Integer sizeX, Integer sizeY, Integer sizeZ, 
    8282    Integer sizeC, Integer sizeT, Integer pixelType, Boolean bigEndian, 
    83     String dimensionOrder, Integer i) 
     83    String dimensionOrder, Integer imageNo, Integer pixelsNo) 
    8484  { 
    8585  } 
  • trunk/loci/formats/FileStitcher.java

    r2193 r2265  
    788788      new Integer(totalSizeZ[sno]), new Integer(totalSizeC[sno]), 
    789789      new Integer(totalSizeT[sno]), new Integer(pixelType), 
    790       new Boolean(!little), order[sno], new Integer(sno)); 
     790      new Boolean(!little), order[sno], new Integer(sno), null); 
    791791  } 
    792792 
  • trunk/loci/formats/FormatReader.java

    r2255 r2265  
    452452    store.setPixels(new Integer(sizeX[series]), new Integer(sizeY[series]), 
    453453      new Integer(sizeZ[series]), new Integer(sizeC[series]), 
    454       new Integer(sizeT[series]), null, null, order, new Integer(series)); 
     454      new Integer(sizeT[series]), null, null, order, new Integer(series), null); 
    455455  } 
    456456 
     
    633633        Class c = Class.forName("loci.formats.OMEXMLMetadataStore"); 
    634634        MetadataStore ms = (MetadataStore) c.newInstance(); 
    635         ms.createRoot(); 
    636635        reader.setMetadataStore(ms); 
    637636      } 
  • trunk/loci/formats/MetadataStore.java

    r2178 r2265  
    149149 
    150150  /** 
    151    * Creates a pixels set in the metadata store with a particular index. 
     151   * Creates a pixels set in the metadata store with a particular 
     152   * image and pixels index. 
    152153   * @param sizeX size of an individual plane or section's X axis (width) 
    153154   * @param sizeY size of an individual plane of section's Y axis (height) 
     
    160161   * @param bigEndian if the pixels set is big endian or not. 
    161162   * @param dimensionOrder the dimension order of the pixels set. 
    162    * @param i the index to use in the store. If <code>null</code> the default 
    163    * index of 0 will be used. 
     163   * @param imageNo the image index to use in the store. 
     164   * If <code>null</code> the default index of 0 will be used. 
     165   * @param pixelsNo the pixels index to use in the store. 
     166   * If <code>null</code> the default index of 0 will be used. 
    164167   */ 
    165168  void setPixels(Integer sizeX, Integer sizeY, Integer sizeZ, 
    166169                 Integer sizeC, Integer sizeT, Integer pixelType, 
    167                  Boolean bigEndian, String dimensionOrder, Integer i); 
     170                 Boolean bigEndian, String dimensionOrder, 
     171                 Integer imageNo, Integer pixelsNo); 
    168172 
    169173  /** 
  • trunk/loci/formats/OMEXMLMetadataStore.java

    r2183 r2265  
    6565 
    6666  /** Creates a new instance. */ 
    67   public OMEXMLMetadataStore() { } 
     67  public OMEXMLMetadataStore() { createRoot(); } 
    6868 
    6969  // -- OMEXMLMetadataStore methods -- 
     
    436436  /* 
    437437   * @see MetadataStore#setPixels(Integer, Integer, Integer, 
    438    *   Integer, Integer, String, Boolean, String, Integer) 
     438   *   Integer, Integer, String, Boolean, String, Integer, Integer) 
    439439   */ 
    440440  public void setPixels(Integer sizeX, Integer sizeY, Integer sizeZ, 
    441441    Integer sizeC, Integer sizeT, Integer pixelType, Boolean bigEndian, 
    442     String dimensionOrder, Integer i) 
    443   { 
    444     int ndx = i == null ? 0 : i.intValue(); 
     442    String dimensionOrder, Integer imageNo, Integer pixelsNo) 
     443  { 
     444    int img = imageNo == null ? 0 : imageNo.intValue(); 
     445    int pix = pixelsNo == null ? 0 : pixelsNo.intValue(); 
    445446    
    446     ImageNode image = (ImageNode) getChild(root, "Image", ndx); 
     447    ImageNode image = (ImageNode) getChild(root, "Image", img); 
    447448    CustomAttributesNode ca = (CustomAttributesNode) 
    448449      getChild(image, "CustomAttributes", 0); 
    449     PixelsNode pixels = (PixelsNode) getChild(ca, "Pixels", 0); 
     450    PixelsNode pixels = (PixelsNode) getChild(ca, "Pixels", pix); 
    450451    pixels.setSizeX(sizeX); 
    451452    pixels.setSizeY(sizeY); 
     
    456457    pixels.setBigEndian(bigEndian); 
    457458    pixels.setDimensionOrder(dimensionOrder); 
    458     if (ndx == 0) { 
    459       // assign Pixels as default for the Image 
    460       image.setDefaultPixels(pixels); 
    461     } 
     459 
     460    // assign Pixels as default for the Image 
     461    image.setDefaultPixels(pixels); 
    462462  } 
    463463 
  • trunk/loci/formats/in/AVIReader.java

    r2245 r2265  
    550550      new Boolean(!little), // BigEndian 
    551551      order, // DimensionOrder 
    552       null); // Use index 0 
     552      null, // Use image index 0 
     553      null); // Use pixels index 0 
    553554  } 
    554555 
  • trunk/loci/formats/in/AliconaReader.java

    r2182 r2265  
    227227      new Boolean(true), 
    228228      "XYCTZ", 
     229      null, 
    229230      null 
    230231    ); 
  • trunk/loci/formats/in/BMPReader.java

    r2253 r2265  
    365365      new Boolean(!littleEndian), // BigEndian 
    366366      "XYCTZ", // Dimension order 
    367       null); // Use index 0 
     367      null, // Use image index 0 
     368      null); // Use pixels index 0 
    368369 
    369370    // resolution is stored as pixels per meter; we want to convert to 
  • trunk/loci/formats/in/BaseTiffReader.java

    r2257 r2265  
    536536        new Integer(getPixelType(currentId)), 
    537537        new Boolean(!isLittleEndian(currentId)), 
    538         getDimensionOrder(currentId), null); 
     538        getDimensionOrder(currentId), null, null); 
    539539 
    540540      // populate Experimenter element 
  • trunk/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r2222 r2265  
    471471      Boolean.FALSE, // BigEndian 
    472472      dimOrder, // DimensionOrder 
    473       null); // Use index 0 
     473      null, // Use image index 0 
     474      null); // Use pixels index 0 
    474475 
    475476    // populate Dimensions element 
  • trunk/loci/formats/in/DeltavisionReader.java

    r2256 r2265  
    478478    store.setPixels(new Integer(width), new Integer(height), new Integer(numZ), 
    479479      new Integer(numW), new Integer(numT), new Integer(pixelType[0]), 
    480       new Boolean(!little), dimOrder, null); 
     480      new Boolean(!little), dimOrder, null, null); 
    481481 
    482482    store.setDimensions( 
  • trunk/loci/formats/in/DicomReader.java

    r2219 r2265  
    420420      new Boolean(!little),  // BigEndian 
    421421      "XYZTC", // Dimension order 
    422       null); // Use index 0 
     422      null, // Use image index 0 
     423      null); // Use pixels index 0 
    423424 
    424425    store.setImage( 
  • trunk/loci/formats/in/EPSReader.java

    r2253 r2265  
    280280      new Boolean(false), 
    281281      "XYCZT", 
     282      null, 
    282283      null); 
    283284  } 
  • trunk/loci/formats/in/GIFReader.java

    r2258 r2265  
    408408      new Boolean(false), 
    409409      getDimensionOrder(id), 
     410      null, 
    410411      null); 
    411412  } 
  • trunk/loci/formats/in/GatanReader.java

    r2182 r2265  
    257257      new Boolean(!littleEndian), // BigEndian 
    258258      "XYZTC", // DimensionOrder 
    259       null); // Use index 0 
     259      null, // Use image index 0 
     260      null); // Use pixels index 0 
    260261   
    261262    Float pixX = null; 
  • trunk/loci/formats/in/ICSReader.java

    r2219 r2265  
    448448      new Boolean(!littleEndian), // BigEndian 
    449449      order.trim(), // DimensionOrder 
    450       null); // Use index 0 
     450      null, // Use image index 0 
     451      null); // Use pixels index 0 
    451452  } 
    452453 
  • trunk/loci/formats/in/IPLabReader.java

    r2219 r2265  
    262262      new Boolean(!littleEndian), // BigEndian 
    263263      order, // DimensionOrder 
    264       null); // Use index 0 
     264      null, // Use image index 0 
     265      null); // Use pixels index 0 
    265266 
    266267    in.read(fourBytes); 
  • trunk/loci/formats/in/IPWReader.java

    r2182 r2265  
    391391 
    392392    store.setPixels(null, null, zSize, cSize, tSize, new Integer(pixelType[0]), 
    393       new Boolean(!isLittleEndian(id)), getDimensionOrder(id), null); 
     393      new Boolean(!isLittleEndian(id)), getDimensionOrder(id), null, null); 
    394394    store.setImage(null, null, (String) getMeta("Version"), null); 
    395395  } 
  • trunk/loci/formats/in/ImageIOReader.java

    r2253 r2265  
    152152      new Boolean(false), 
    153153      getDimensionOrder(id), 
     154      null, 
    154155      null); 
    155156    setMetadataStore(store); 
  • trunk/loci/formats/in/ImageJReader.java

    r2253 r2265  
    173173    store.setPixels(new Integer(sizeX[0]), new Integer(sizeY[0]), 
    174174      new Integer(1), new Integer(sizeC[0]), new Integer(1), 
    175       new Integer(pixelType[0]), Boolean.TRUE, currentOrder[0], null); 
     175      new Integer(pixelType[0]), Boolean.TRUE, currentOrder[0], null, null); 
    176176  } 
    177177 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisReader.java

    r2205 r2265  
    146146      new Boolean(!IS_LITTLE), 
    147147      "XYZCT", 
     148      null, 
    148149      null); 
    149150 
  • trunk/loci/formats/in/LIFReader.java

    r2219 r2265  
    554554        new Boolean(!littleEndian), // BigEndian 
    555555        getDimensionOrder(currentId), // DimensionOrder 
    556         ii); // Index 
     556        ii, // Image index 
     557        null); // Pixels index 
    557558 
    558559      Float xf = i < xcal.size() ? (Float) xcal.get(i) : null; 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyZVIReader.java

    r2182 r2265  
    429429        Boolean.FALSE, // BigEndian 
    430430        new String(dimensionOrder), // DimensionOrder 
    431         null); // Use index 0 
     431        null, // Use image index 0 
     432        null); // Use pixels index 0 
    432433    } 
    433434 
  • trunk/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r2252 r2265  
    10881088        new Boolean(!littleEndian), // BigEndian 
    10891089        "XYZTC", // DimensionOrder 
    1090         new Integer(i)); 
     1090        new Integer(i), 
     1091        null); 
    10911092 
    10921093      String timestamp = (String) getMeta("Timestamp " + (i+1)); 
  • trunk/loci/formats/in/MNGReader.java

    r2253 r2265  
    225225    store.setPixels(new Integer(width), new Integer(height), new Integer(1), 
    226226      new Integer(sizeC[0]), new Integer(numImages), new Integer(pixelType[0]), 
    227       Boolean.TRUE, currentOrder[0], null); 
     227      Boolean.TRUE, currentOrder[0], null, null); 
    228228  } 
    229229 
  • trunk/loci/formats/in/MRCReader.java

    r2182 r2265  
    336336      new Boolean(!little), 
    337337      currentOrder[0], 
     338      null, 
    338339      null); 
    339340 
  • trunk/loci/formats/in/ND2Reader.java

    r2219 r2265  
    570570      new Boolean(isLittleEndian(id)), 
    571571      currentOrder[0], 
     572      null, 
    572573      null); 
    573574 
  • trunk/loci/formats/in/OIBReader.java

    r2255 r2265  
    501501        new Boolean(false), 
    502502        currentOrder[i], 
    503         new Integer(i)); 
     503        new Integer(i), 
     504        null); 
    504505 
    505506      Float pixX = new Float(getMeta( 
  • trunk/loci/formats/in/OIFReader.java

    r2188 r2265  
    436436      new Boolean(false), 
    437437      "XYZTC", 
     438      null, 
    438439      null); 
    439440 
  • trunk/loci/formats/in/OMEReader.java

    r2183 r2265  
    300300      new Boolean(!isLittleEndian(id)), 
    301301      currentOrder[0], 
    302       null 
    303     ); 
     302      null, 
     303      null); 
    304304  } 
    305305   
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabRawReader.java

    r2182 r2265  
    217217      new Boolean(true), 
    218218      "XYZTC", 
     219      null, 
    219220      null); 
    220221  } 
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabReader.java

    r2219 r2265  
    702702        new Boolean(!isLittleEndian(id)), 
    703703        getDimensionOrder(id), 
    704         new Integer(i)); 
     704        new Integer(i), 
     705        null); 
    705706      store.setDimensions(new Float(xCal), new Float(yCal), new Float(zCal), 
    706707        null, null, new Integer(i)); 
  • trunk/loci/formats/in/PerkinElmerReader.java

    r2219 r2265  
    583583      null, // BigEndian 
    584584      "XYCTZ", // DimensionOrder 
    585       null); // Use index 0 
     585      null, // Use image index 0 
     586      null); // Use pixels index 0 
    586587 
    587588    // populate StageLabel element 
  • trunk/loci/formats/in/PictReader.java

    r2253 r2265  
    218218      new Integer(d.width), new Integer(d.height), 
    219219      new Integer(1), new Integer(sizeC[0]), new Integer(1), 
    220       new Integer(pixelType[0]), new Boolean(!little), "XYCZT", null); 
     220      new Integer(pixelType[0]), new Boolean(!little), "XYCZT", null, null); 
    221221  } 
    222222 
  • trunk/loci/formats/in/PrairieReader.java

    r2219 r2265  
    329329          new Boolean(isLittleEndian(id)), 
    330330          currentOrder[0], 
     331          null, 
    331332          null); 
    332333        store.setDimensions(new Float(pixSizeX), new Float(pixSizeY), null, 
  • trunk/loci/formats/in/QTReader.java

    r2182 r2265  
    606606      new Boolean(!little), 
    607607      "XYCZT", 
     608      null, 
    608609      null); 
    609610 
  • trunk/loci/formats/in/SDTReader.java

    r2260 r2265  
    230230      new Integer(getSizeZ(id)), new Integer(getSizeC(id)), 
    231231      new Integer(getSizeT(id)), new Integer(pixelType[0]), 
    232       new Boolean(!isLittleEndian(id)), getDimensionOrder(id), null); 
     232      new Boolean(!isLittleEndian(id)), getDimensionOrder(id), null, null); 
    233233  } 
    234234 
  • trunk/loci/formats/in/TiffReader.java

    r2178 r2265  
    5757   * @param zSize the number of optical sections to use when making a call to 
    5858   * {@link loci.formats.MetadataStore#setPixels(Integer, Integer, Integer, 
    59    *   Integer, Integer, Integer, Boolean, String, Integer)}. 
     59   *   Integer, Integer, Integer, Boolean, String, Integer, Integer)}. 
    6060   */ 
    6161  protected void setSizeZ(int zSize) { 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissLSMReader.java

    r2219 r2265  
    476476        null, // BigEndian 
    477477        dimOrder, // DimensionOrder 
    478         null); 
     478        null, // Image index 
     479        null); // Pixels index 
    479480 
    480481      int pos = in.getFilePointer(); 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r2219 r2265  
    486486      new Boolean(false), 
    487487      getDimensionOrder(currentId), 
     488      null, 
    488489      null); 
    489490 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.