Changeset 2286


Ignore:
Timestamp:
02/15/07 19:37:06 (13 years ago)
Author:
chris
Message:

Notebook:
added capacity to find lowest ID number in pixels.
no longer breaks the whole code.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/ome/notebook/MetadataPane.java

    r2285 r2286  
    140140  protected ImageReader reader; 
    141141   
     142  private int minPixNum; 
     143   
     144  private boolean pixelsIDProblem; 
    142145   
    143146 
     
    501504          ome = merge.getRoot(); 
    502505        } 
     506 
     507        //find minimum pixel ID, doesn't have to be zero, if not in 
     508        //standard format, flag this, all thumbs will be the same         
     509        minPixNum = 0; 
     510        pixelsIDProblem = false; 
     511 
     512        try {         
     513          Vector pixList = DOMUtil.findElementList("Pixels",ome.getOMEDocument(true)); 
     514           
     515          int lowestInt = -1; 
     516           
     517          for(int i = 0;i<pixList.size();i++) { 
     518            Element thisPix = (Element) pixList.get(i); 
     519            String thisID = thisPix.getAttribute("ID"); 
     520            int colonIndex = thisID.indexOf(":"); 
     521            if (colonIndex == -1) { 
     522              pixelsIDProblem = true; 
     523              break; 
     524            } 
     525            String pixNumString = thisID.substring(colonIndex + 1); 
     526            int pixNum = -1; 
     527            try { 
     528              pixNum = Integer.parseInt(pixNumString); 
     529            } 
     530            catch (java.lang.NumberFormatException exc) { 
     531              pixelsIDProblem = true; 
     532              break; 
     533            } 
     534            if(lowestInt == -1) { 
     535              lowestInt = pixNum; 
     536              continue; 
     537            } 
     538            if(lowestInt > pixNum) lowestInt = pixNum; 
     539          } 
     540           
     541          minPixNum = lowestInt; 
     542          if(minPixNum == -1) pixelsIDProblem = true; 
     543        } 
     544        catch(Exception exc) { exc.printStackTrace(); } 
     545         
    503546        setOMEXML(ome); 
    504547      } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.