Changeset 2302


Ignore:
Timestamp:
02/21/07 08:36:52 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:

Set the Z, C and T values in ImageJ.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/plugins/Importer.java

    r2301 r2302  
    600600        IJ.showStatus("Reading " + r.getCurrentFile()); 
    601601 
    602         r.close(); 
    603         store = (OMEXMLMetadataStore) r.getMetadataStore(id); 
    604          
    605602        for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    606603          if (!series[i]) continue; 
     
    631628 
    632629          // dump OME-XML to ImageJ's description field, if available 
     630          store = (OMEXMLMetadataStore) r.getMetadataStore(id); 
    633631          FileInfo fi = new FileInfo(); 
    634632          fi.description = store.dumpXML(); 
     
    815813 
    816814            applyCalibration(store, imp, i); 
     815            ImageReader ir = new ImageReader(); 
     816            OMEXMLMetadataStore tmp = new OMEXMLMetadataStore(); 
     817            tmp.createRoot(); 
     818            ir.setMetadataStore(tmp); 
     819            tmp = (OMEXMLMetadataStore) ir.getReader(id).getMetadataStore(id); 
     820            fi.description = tmp.dumpXML(); 
    817821            imp.setFileInfo(fi); 
    818  
    819 //            int c = r.getSizeC(id); 
     822            imp.setDimensions((cEnd[i] - cBegin[i] + 1) / cStep[i],  
     823              (zEnd[i] - zBegin[i] + 1) / zStep[i],  
     824              (tEnd[i] - tBegin[i] + 1) / tStep[i]); 
    820825            displayStack(imp, r, fs, id); 
    821826            r.close(); 
     
    10471052 
    10481053      imp.setFileInfo(fi); 
     1054      imp.setDimensions(1, r.getSizeZ(id), r.getSizeT(id)); 
    10491055      displayStack(imp, r, fs, id); 
    10501056    } 
     
    11281134      } 
    11291135 
     1136      imp.setDimensions(r.getSizeC(id) / (mergeChannels ? 3 : 1),  
     1137        imp.getNSlices(), imp.getNFrames()); 
    11301138      if (stackFormat.equals(VIEW_STANDARD)) { 
    11311139        if (!stitchStack) imp.show(); 
     
    11711179        int sizeT = r.getSizeT(id); 
    11721180        if (imp.getStackSize() == sizeZ * sizeT) sizeC = 1; 
     1181        ChannelMerger ndxReader = new ChannelMerger(r); 
    11731182 
    11741183        // reorder stack to View5D's preferred order: XYZCT 
     
    11791188            for (int c=0; c<sizeC; c++) { 
    11801189              for (int z=0; z<sizeZ; z++) { 
    1181                 int ndx = r.getIndex(id, z, c, t) + 1; 
     1190                int ndx = mergeChannels ? ndxReader.getIndex(id, z, c, t) + 1 : 
     1191                  r.getIndex(id, z, c, t) + 1; 
    11821192                is.addSlice(stack.getSliceLabel(ndx), stack.getProcessor(ndx)); 
    11831193              } 
     
    11871197        } 
    11881198        WindowManager.setTempCurrentImage(imp); 
    1189         IJ.run("View5D ", "slicecount=" + sizeZ + " timecount=" + sizeT); 
     1199        IJ.run("View5D ", ""); 
    11901200      } 
    11911201    } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.