Changeset 2321


Ignore:
Timestamp:
02/22/07 16:58:38 (13 years ago)
Author:
curtis
Message:

Whitespace.

Location:
trunk/loci/formats/test
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/test/ConfigurationFiles.java

    r2195 r2321  
    4747  } 
    4848 
    49   /**  
     49  /** 
    5050   * Parses data from a new config file and stores it for later use. 
    5151   * Does not perform any checks - it is assumed that the file is properly 
     
    6565      if (!line.startsWith("#") && line.trim().length() > 0) { 
    6666        ConfigEntry entry = new ConfigEntry(); 
    67          
     67 
    6868        String file = line.substring(1, line.lastIndexOf("\"")); 
    6969        Location newLocation = new Location(l.getParent(), file); 
     
    7474        // first check if 'test' is set to false; if so, don't parse anything 
    7575        // else 
    76       
     76 
    7777        String testValue = line.substring(line.indexOf("test=") + 5).trim(); 
    7878        if (testValue.equals("false")) { 
     
    8383 
    8484          int ndx = line.indexOf("total_series=") + 13; 
    85           int nSeries =  
     85          int nSeries = 
    8686            Integer.parseInt(line.substring(ndx, line.indexOf(" ", ndx))); 
    8787          entry.numSeries = nSeries; 
     
    9999            String s = line.substring(ndx, line.indexOf("]", ndx)); 
    100100            ndx = s.indexOf("x") + 2; 
    101             entry.dimensions[i][0] =  
     101            entry.dimensions[i][0] = 
    102102              Integer.parseInt(s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx))); 
    103103            ndx = s.indexOf("y") + 2; 
    104             entry.dimensions[i][1] =  
     104            entry.dimensions[i][1] = 
    105105              Integer.parseInt(s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx))); 
    106106            ndx = s.indexOf("z") + 2; 
    107             entry.dimensions[i][2] =  
     107            entry.dimensions[i][2] = 
    108108              Integer.parseInt(s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx))); 
    109109            ndx = s.indexOf("c") + 2; 
    110             entry.dimensions[i][3] =  
     110            entry.dimensions[i][3] = 
    111111              Integer.parseInt(s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx))); 
    112112            ndx = s.indexOf("t") + 2; 
    113             entry.dimensions[i][4] =  
    114               Integer.parseInt(s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx))); 
    115            
     113            entry.dimensions[i][4] = 
     114              Integer.parseInt(s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx))); 
     115 
    116116            ndx = s.indexOf("order") + 6; 
    117117            entry.orders[i] = s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx)); 
    118118            ndx = s.indexOf("interleave") + 11; 
    119             entry.interleaved[i] =  
     119            entry.interleaved[i] = 
    120120              s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx)).equals("true"); 
    121121            ndx = s.indexOf("rgb") + 4; 
    122122            entry.rgb[i] = s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx)).equals("true"); 
    123123            ndx = s.indexOf("thumbx") + 7; 
    124             entry.thumbs[i][0] =  
     124            entry.thumbs[i][0] = 
    125125              Integer.parseInt(s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx))); 
    126126            ndx = s.indexOf("thumby") + 7; 
    127             entry.thumbs[i][1] =  
     127            entry.thumbs[i][1] = 
    128128              Integer.parseInt(s.substring(ndx, s.indexOf(" ", ndx))); 
    129129            ndx = s.indexOf("type") + 5; 
     
    135135 
    136136          ndx = line.indexOf("access=") + 7; 
    137           entry.access = Float.parseFloat(line.substring(ndx,  
     137          entry.access = Float.parseFloat(line.substring(ndx, 
    138138            line.indexOf(" ", ndx))); 
    139139          ndx = line.indexOf("mem=") + 4; 
    140           entry.mem = (int) (Long.parseLong(line.substring(ndx,  
     140          entry.mem = (int) (Long.parseLong(line.substring(ndx, 
    141141            line.indexOf(" ", ndx))) >> 20); 
    142142        } 
     
    149149 
    150150  public void setSeries(String id, int no) { 
    151     if (no < getNumSeries(id)) currentSeries = no;  
    152   } 
    153  
    154   public int getNumSeries(String id) {  
     151    if (no < getNumSeries(id)) currentSeries = no; 
     152  } 
     153 
     154  public int getNumSeries(String id) { 
    155155    if (!entries.contains(id)) return 0; 
    156156    return ((ConfigEntry) entries.get(id)).numSeries; 
    157157  } 
    158      
     158 
    159159  public int getWidth(String id) { 
    160160    if (!initialized(id)) return 0; 
    161161    return ((ConfigEntry) entries.get(id)).dimensions[currentSeries][0]; 
    162162  } 
    163      
    164   public int getHeight(String id) {  
     163 
     164  public int getHeight(String id) { 
    165165    if (!initialized(id)) return 0; 
    166166    return ((ConfigEntry) entries.get(id)).dimensions[currentSeries][1]; 
    167167  } 
    168168 
    169   public int getZ(String id) {  
     169  public int getZ(String id) { 
    170170    if (!initialized(id)) return 0; 
    171171    return ((ConfigEntry) entries.get(id)).dimensions[currentSeries][2]; 
    172172  } 
    173      
    174   public int getC(String id) {  
     173 
     174  public int getC(String id) { 
    175175    if (!initialized(id)) return 0; 
    176176    return ((ConfigEntry) entries.get(id)).dimensions[currentSeries][3]; 
    177177  } 
    178      
    179   public int getT(String id) {  
     178 
     179  public int getT(String id) { 
    180180    if (!initialized(id)) return 0; 
    181181    return ((ConfigEntry) entries.get(id)).dimensions[currentSeries][4]; 
    182182  } 
    183      
    184   public String getDimOrder(String id) {  
     183 
     184  public String getDimOrder(String id) { 
    185185    if (!initialized(id)) return null; 
    186186    return ((ConfigEntry) entries.get(id)).orders[currentSeries]; 
  • trunk/loci/formats/test/ReaderTest.java

    r2219 r2321  
    6262  public static boolean writeConfigFiles = false; 
    6363  public static float timeMultiplier = 1f; 
    64    
     64 
    6565  private static StringBuffer configLine; 
    6666  private static Vector configFiles = new Vector(); 
     
    119119    try { 
    120120      int planesRead = 0; 
    121        
     121 
    122122      long l1 = System.currentTimeMillis(); 
    123123      for (int i=0; i<reader.getSeriesCount(id); i++) { 
     
    128128        int sizeX = reader.getSizeX(id); 
    129129        int sizeY = reader.getSizeY(id); 
    130          
     130 
    131131        for (int j=0; j<imageCount; j++) { 
    132132          BufferedImage b = reader.openImage(id, j); 
     
    152152    } 
    153153    if (!success) writeLog(id + " failed BufferedImage test"); 
    154     try {  
    155       reader.close();  
     154    try { 
     155      reader.close(); 
    156156      System.gc(); 
    157157      Thread.sleep(100); 
     
    290290  } 
    291291 
    292   /**  
    293    * Checks that the core metadata values match those given in  
     292  /** 
     293   * Checks that the core metadata values match those given in 
    294294   * the configuration file.  If there is no configuration file, this test 
    295295   * is not run. 
     
    343343        ras.close(); 
    344344        configLine.append(" test=true\n"); 
    345      
     345 
    346346        File f = new File(new Location(id).getParent(), ".bioformats"); 
    347347        BufferedWriter w = new BufferedWriter(new FileWriter(f, true)); 
     
    351351      catch (Exception e) { 
    352352        if (FormatReader.debug) e.printStackTrace(); 
    353       
     353 
    354354        configLine = new StringBuffer(); 
    355355        configLine.append("\""); 
     
    409409            if (!config.getDimOrder(id).equals(reader.getDimensionOrder(id))) { 
    410410              success = false; 
    411               writeLog(id +  
     411              writeLog(id + 
    412412                " failed consistent dimension order check in series " + i); 
    413413            } 
    414414            if (config.isInterleaved(id) != reader.isInterleaved(id)) { 
    415415              success = false; 
    416               writeLog(id +  
     416              writeLog(id + 
    417417                " failed consistent interleaving flag check in series " + i); 
    418418            } 
     
    423423            if (config.getThumbX(id) != reader.getThumbSizeX(id)) { 
    424424              success = false; 
    425               writeLog(id +  
     425              writeLog(id + 
    426426                " failed consistent thumbnail width check in series " + i); 
    427427            } 
    428428            if (config.getThumbY(id) != reader.getThumbSizeY(id)) { 
    429429              success = false; 
    430               writeLog(id +  
     430              writeLog(id + 
    431431                " failed consistent thumbnail height check in series " + i); 
    432432            } 
    433433            if (config.getPixelType(id) != reader.getPixelType(id)) { 
    434434              success = false; 
    435               writeLog(id +  
     435              writeLog(id + 
    436436                " failed consistent pixel type check in series " + i); 
    437437            } 
    438438            if (config.isLittleEndian(id) != reader.isLittleEndian(id)) { 
    439439              success = false; 
    440               writeLog(id +  
     440              writeLog(id + 
    441441                " failed consistent endianness flag check in series " + i); 
    442442            } 
     
    455455  public void testMemoryUsage() { 
    456456    boolean success = true; 
    457      
     457 
    458458    // we want the maximum usage to be no more than twice the file size 
    459459    if (maxMemory - initialMemory > 2*(config.getFileSize(id)+1)) { 
    460460      success = false; 
    461       writeLog(id + " failed maximum memory usage test (used " +  
    462         (maxMemory - initialMemory) + "MB; expected <= " +  
     461      writeLog(id + " failed maximum memory usage test (used " + 
     462        (maxMemory - initialMemory) + "MB; expected <= " + 
    463463        (2*config.getFileSize(id) + 1) + "MB)"); 
    464464    } 
    465    
     465 
    466466    // check that the reader doesn't have any (significant) memory leaks 
    467467    if (finalMemory - initialMemory > 10) { 
    468468      success = false; 
    469       writeLog(id + " failed memory leak test (" +  
     469      writeLog(id + " failed memory leak test (" + 
    470470        (finalMemory - initialMemory) + "MB leaked)"); 
    471471    } 
     
    559559    f = null; 
    560560    Arrays.sort(subs); 
    561      
     561 
    562562    // make sure that if a config file exists, it is first on the list 
    563563    for (int i=0; i<subs.length; i++) { 
     
    569569      } 
    570570    } 
    571      
     571 
    572572    if (subs == null) { 
    573573      System.out.println("Invalid directory: " + root); 
     
    581581        subs[i]; 
    582582      if (isBadFile(subs[i]) || similarFiles.contains(subs[i]) || 
    583         similarFiles.contains(new Location(root, subs[i]).getAbsolutePath()))  
     583        similarFiles.contains(new Location(root, subs[i]).getAbsolutePath())) 
    584584      { 
    585585        if (FormatReader.debug) debug(subs[i] + " is a bad file"); 
     
    673673      if (used == null) { 
    674674        System.out.println("Warning: used files list is null for " + id); 
    675        
     675 
    676676        used = new FilePattern(pattern).getFiles(); 
    677677        if (used != null) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.