Changeset 2330


Ignore:
Timestamp:
02/23/07 16:45:29 (13 years ago)
Author:
curtis
Message:

Some style fixes.

Location:
trunk/loci/ome/notebook
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/ome/notebook/Merger.java

    r2327 r2330  
    3838  public static final DocumentBuilderFactory DOC_FACT = 
    3939    DocumentBuilderFactory.newInstance(); 
    40      
     40 
    4141  /** Different mode constants.*/ 
    4242  public static final int ALL_ORIGINAL = 0x01; 
     
    5454    ome = originalOme; 
    5555    comp = c; 
    56      
     56 
    5757    try { 
    5858      compOme = new OMENode(compFile); 
    5959    } 
    6060    catch (Exception exc) { exc.printStackTrace();} 
    61      
     61 
    6262    prompt(); 
    6363    merge(); 
    6464  } 
    65    
     65 
    6666  public OMENode getRoot() { 
    6767    return finalOme; 
    6868  } 
    69    
     69 
    7070  private void merge() { 
    7171    if(mode == ALL_ORIGINAL) finalOme = ome; 
     
    7878    } 
    7979  } 
    80    
     80 
    8181  /** 
    8282  * Merge two OME-XML Trees, when a conflict arrises, use the 
     
    9494    return result; 
    9595  } 
    96      
     96 
    9797  private static OMEXMLNode merge(OMEXMLNode over, OMEXMLNode under) { 
    9898    OMEXMLNode result = over; 
     
    103103    boolean isUnderCustom = false; 
    104104    boolean addedCustom = false; 
    105      
     105 
    106106    for(int i = 0;i<overList.size();i++) { 
    107107      OMEXMLNode overNode = (OMEXMLNode)(overList.get(i)); 
     
    113113        String underID = underNode.getAttribute("ID"); 
    114114        if (underID == null) isUnderCustom = true; 
    115          
     115 
    116116        if(isOverCustom && !isUnderCustom) { 
    117117          //do nothing to alter custom tree 
     
    139139      } 
    140140    } 
    141      
     141 
    142142    return result; 
    143143  } 
    144    
     144 
    145145  public static Element createClone(Element el, Document doc) { 
    146146    String tagName = el.getTagName(); 
     
    156156      } 
    157157    } 
    158      
     158 
    159159    if(el.hasChildNodes()) { 
    160160      NodeList nodes = el.getChildNodes(); 
     
    168168      } 
    169169    } 
    170      
     170 
    171171    return clone; 
    172172  } 
    173    
     173 
    174174  private void prompt() { 
    175175    Object[] possibilities = {"Just use the original file", 
     
    187187      possibilities, 
    188188      possibilities[1]); 
    189     if ((s != null) && (s.length() > 0)) {  
     189    if ((s != null) && (s.length() > 0)) { 
    190190      if(s.equals(possibilities[0])) mode = ALL_ORIGINAL; 
    191191      else if (s.equals(possibilities[1])) mode = ALL_COMPANION; 
  • trunk/loci/ome/notebook/MetadataNotebook.java

    r2322 r2330  
    3232import javax.swing.border.*; 
    3333import javax.swing.filechooser.FileFilter; 
     34import loci.formats.*; 
    3435import org.openmicroscopy.xml.OMENode; 
    3536import org.w3c.dom.*; 
    36 import loci.formats.*; 
    3737 
    3838/** 
     
    5454 
    5555  /**The file chooser used to save and open files.*/ 
    56   protected JFileChooser opener,saver; 
    57    
     56  protected JFileChooser opener, saver; 
     57 
    5858  /**Format filters for saver JFileChooser.*/ 
    59   protected ExtensionFileFilter tiffFilter,omeFilter; 
     59  protected ExtensionFileFilter tiffFilter, omeFilter; 
    6060 
    6161  /**The MetadataPane used to display/edit OMEXML content.*/ 
     
    7171  protected boolean opening; 
    7272 
    73   /**Holds the xml viewer that displays xml data in a JTree*/ 
     73  /**Holds the xml viewer that displays xml data in a JTree.*/ 
    7474  protected loci.ome.viewer.MetadataPane mdp; 
    7575 
     
    8787 
    8888  /**The checkboxes that switch between the four views.*/ 
    89   protected JCheckBoxMenuItem advView, noteView, normView, scanView, 
    90     showID; 
     89  protected JCheckBoxMenuItem advView, noteView, normView, scanView, showID; 
    9190 
    9291  // -- Constructors -- 
     
    9897  /** Create a default notebook window with save function and editing enabled.*/ 
    9998  public MetadataNotebook(String[] args) { 
    100     this(args,(OMENode)null,(String)null,true,true); 
     99    this(args, (OMENode) null, (String) null, true, true); 
    101100  } 
    102101 
     
    161160    } 
    162161    else metadata = new MetadataPane((File) null, addSave, editable); 
    163     if(ome != null) metadata.setOMEXML(ome); 
     162    if (ome != null) metadata.setOMEXML(ome); 
    164163 
    165164    metadata.setVisible(true); 
     
    209208    fileSaveComp.addActionListener(this); 
    210209    fileSaveComp.setMnemonic('c'); 
    211     fileSaveComp.setAccelerator(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_C, MENU_MASK)); 
     210    fileSaveComp.setAccelerator( 
     211      KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_C, MENU_MASK)); 
    212212    fileSaveComp.setEnabled(addSave); 
    213213    JMenuItem fileSaveAs = new JMenuItem("Save As..."); 
     
    235235    Element[] tabs = tp.getTabs(); 
    236236    String[] tabNames = new String[tabs.length]; 
    237     for (int i = 0;i<tabs.length;i++) { 
     237    for (int i = 0; i<tabs.length; i++) { 
    238238      Element e = tabs[i]; 
    239239      tabNames[i] = MetadataPane.getTreePathName(e); 
     
    285285    mergeItem.setMnemonic('m'); 
    286286    mergeItem.setAccelerator(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_M, MENU_MASK)); 
    287      
    288287 
    289288    JMenu options = new JMenu("Options"); 
     
    309308    //make a filechooser to open and save our precious files 
    310309    tiffFilter = new ExtensionFileFilter( 
    311       new String[] {"tif", "tiff"}, "Tagged Image File     Format"); 
     310      new String[] {"tif", "tiff"}, "Tagged Image File Format"); 
    312311    omeFilter = new ExtensionFileFilter("ome", "OME-XML"); 
    313     ExtensionFileFilter allFilter = new ExtensionFileFilter(new String[] {"tif","tiff","ome"}, 
    314       "All supported file formats"); 
    315     ExtensionFileFilter[] filters = new ExtensionFileFilter[] {tiffFilter, omeFilter}; 
     312    ExtensionFileFilter allFilter = new ExtensionFileFilter( 
     313      new String[] {"tif", "tiff", "ome"}, "All supported file formats"); 
     314    ExtensionFileFilter[] filters = 
     315      new ExtensionFileFilter[] {tiffFilter, omeFilter}; 
    316316    saver = FormatHandler.buildFileChooser(filters); 
    317     saver.setCurrentDirectory(new File(System.getProperty("user.dir")));  
    318     if(metadata.reader == null) metadata.reader = new ImageReader(); 
     317    saver.setCurrentDirectory(new File(System.getProperty("user.dir"))); 
     318    if (metadata.reader == null) metadata.reader = new ImageReader(); 
    319319    opener = metadata.reader.getFileChooser(); 
    320320    opener.setCurrentDirectory(new File(System.getProperty("user.dir"))); 
     
    333333  // -- MetadataNotebook API methods -- 
    334334 
    335   /**Set the current file being displayed to this file.*/ 
     335  /** Sets the current file being displayed to this file. */ 
    336336  protected void setCurrentFile(File aFile) { currentFile = aFile; } 
    337337 
    338   /** opens a file, sets the title of the frame to reflect the current file.*/ 
     338  /** Opens a file, sets the title of the frame to reflect the current file. */ 
    339339  public void openFile(File file) { 
    340340    metadata.setOMEXML(file); 
    341341    mdp.setOMEXML(file); 
    342342    scanP.setOMEXML(metadata.getRoot()); 
    343     if(noteView.getState()) noteP.setPanels(metadata.panelList); 
     343    if (noteView.getState()) noteP.setPanels(metadata.panelList); 
    344344    setTitle("OME Metadata Notebook - " + file); 
    345345  } 
    346346 
    347   /** saves to a file, sets title of frame to reflect the current file */ 
     347  /** Saves to a file, sets title of frame to reflect the current file. */ 
    348348  public void saveFile(File file) { 
    349349    metadata.saveFile(file); 
    350350  } 
    351    
    352   /** saves to a companion file, same path with .meta extenstion, pure ome*/ 
     351 
     352  /** Saves to a companion file, same path with .meta extenstion, pure ome. */ 
    353353  public void saveCompanionFile(File file) { 
    354354    metadata.saveCompanionFile(file); 
    355355  } 
    356    
     356 
    357357  public void saveTiffFile(File file) { 
    358358    metadata.saveTiffFile(file); 
    359359  } 
    360    
     360 
    361361  public void saveTiffFile(File file, String outPath) { 
    362     metadata.saveTiffFile(file,outPath); 
    363   } 
    364  
    365   /**Given an array of Strings of appropriate tab names, this method 
    366    * sets up the tab menu accordingly. 
     362    metadata.saveTiffFile(file, outPath); 
     363  } 
     364 
     365  /** 
     366   * Given an array of Strings of appropriate tab names, 
     367   * this method sets up the tab menu accordingly. 
    367368   */ 
    368369  public void changeTabMenu(String[] tabs) { 
     
    464465    } 
    465466    else if ("exit".equals(cmd)) { 
    466           if (metadata.getState()) { 
     467      if (metadata.getState()) { 
    467468        Object[] options = {"Yes, exit!", "No thanks."}; 
    468469        int n = JOptionPane.showOptionDialog(this, 
     
    493494    } 
    494495    else if (cmd.startsWith("tabChange")) { 
    495       metadata.tabChange( Integer.parseInt(cmd.substring(9)) ); 
     496      metadata.tabChange(Integer.parseInt(cmd.substring(9))); 
    496497    } 
    497498    else if ("export".equals(cmd)) { 
     
    598599      File outFile = saver.getSelectedFile(); 
    599600      FileFilter filter = saver.getFileFilter(); 
    600       if(filter.equals((FileFilter)omeFilter)) { 
     601      if (filter.equals((FileFilter) omeFilter)) { 
    601602        if (outFile.getPath().endsWith(".ome")) { 
    602           currentFile = outFile;  
     603          currentFile = outFile; 
    603604          saveFile(outFile); 
    604605        } 
     
    609610        } 
    610611      } 
    611       else if(filter.equals((FileFilter)tiffFilter)) { 
    612         if(outFile.getPath().endsWith(".tif") || outFile.getPath().endsWith(".tiff")) { 
    613           saveTiffFile(currentFile,outFile.getPath()); 
     612      else if (filter.equals((FileFilter) tiffFilter)) { 
     613        if (outFile.getPath().endsWith(".tif") || 
     614          outFile.getPath().endsWith(".tiff")) 
     615        { 
     616          saveTiffFile(currentFile, outFile.getPath()); 
    614617          currentFile = outFile; 
    615618        } 
    616619        else { 
    617620          outFile = new File(outFile.getPath() + ".tif"); 
    618           saveTiffFile(currentFile,outFile.getPath()); 
     621          saveTiffFile(currentFile, outFile.getPath()); 
    619622          currentFile = outFile; 
    620623        } 
     
    622625      else { 
    623626        String path = outFile.getPath(); 
    624         if(path.endsWith("ome")) saveFile(currentFile); 
    625         else if(path.endsWith("tif") || path.endsWith("tiff")) saveTiffFile(currentFile,path); 
    626         else System.out.println("We could not identify which format you wanted, so the file" 
    627           + " was not saved."); 
     627        if (path.endsWith("ome")) saveFile(currentFile); 
     628        else if (path.endsWith("tif") || path.endsWith("tiff")) { 
     629          saveTiffFile(currentFile, path); 
     630        } 
     631        else { 
     632          System.out.println("We could not identify which format you wanted, " + 
     633            "so the file was not saved."); 
     634        } 
    628635      } 
    629636    } 
  • trunk/loci/ome/notebook/MetadataPane.java

    r2329 r2330  
    4444import javax.xml.parsers.*; 
    4545 
    46  
    4746/** 
    4847 * A panel that displays OME-XML metadata. 
     
    7675  /**The color that signifies a button's operation is to add something.*/ 
    7776  public static final Color ADD_COLOR = 
    78     new Color(0,100,0); 
     77    new Color(0, 100, 0); 
    7978 
    8079  /**The color that signifies a button's operation is to delete something.*/ 
    8180  public static final Color DELETE_COLOR = 
    82     new Color(100,0,0); 
     81    new Color(100, 0, 0); 
    8382 
    8483  /**The main text color of most things.*/ 
    8584  public static final Color TEXT_COLOR = 
    86     new Color(0,0,50); 
     85    new Color(0, 0, 50); 
    8786 
    8887  // -- Fields -- 
     
    138137  /** Holds the first image of a tiff file.*/ 
    139138  public BufferedImage img, thumb; 
    140    
    141   public BufferedImage[] images,thumbs; 
    142    
     139 
     140  public BufferedImage[] images, thumbs; 
     141 
    143142  /** Holds the ImageReader used to open image or null if none used.*/ 
    144143  protected ImageReader reader; 
    145    
     144 
    146145  private int minPixNum; 
    147    
     146 
    148147  private boolean pixelsIDProblem, isOMETiff; 
    149    
     148 
    150149  protected String fileID; 
    151    
     150 
    152151  protected Hashtable tiffDataStore; 
    153    
     152 
    154153  protected OMEXMLMetadataStore ms; 
    155154 
     
    183182  * @param save Whether saving should be allowed. 
    184183  */ 
    185   public MetadataPane(File file, boolean save) { this(file,save,true); } 
     184  public MetadataPane(File file, boolean save) { this(file, save, true); } 
    186185 
    187186  /** 
     
    216215    setupTabs(); 
    217216    setLayout(new CardLayout()); 
    218     add(tabPane,"tabs"); 
     217    add(tabPane, "tabs"); 
    219218    setPreferredSize(new Dimension(700, 500)); 
    220219    tabPane.setVisible(true); 
     
    241240    rawPanel.add(new JScrollPane(rawText), BorderLayout.CENTER); 
    242241    rawPanel.setVisible(false); 
    243     add(rawPanel,"raw"); 
    244      
     242    add(rawPanel, "raw"); 
     243 
    245244    //open initial file 
    246245    if (file != null) { 
     
    279278  public void stateChanged(boolean change) { 
    280279    hasChanged = change; 
    281     for (int i = 0; i < tabPanelList.size();i++) { 
     280    for (int i = 0; i < tabPanelList.size(); i++) { 
    282281      TabPanel thisTab = (TabPanel) tabPanelList.get(i); 
    283282      if (change) thisTab.saveButton.setForeground(ADD_COLOR); 
     
    288287  /** Get the OMENode currently being edited.*/ 
    289288  public OMENode getRoot() { return thisOmeNode; } 
    290    
     289 
    291290  public boolean testThirdParty(File file) { 
    292291    String id = file.getPath(); 
     
    306305    } 
    307306  } 
    308    
     307 
    309308  public void askCompanionInstead(File file) { 
    310309    Object[] options = {"Sounds good", "Cancel"}; 
    311          
     310 
    312311    int n = JOptionPane.showOptionDialog(getTopLevelAncestor(), 
    313312            "The file you are trying to save to is a third-party format." 
     
    328327      //use the node tree in the MetadataPane to write flattened OMECA 
    329328      //to a given file 
    330       if( testThirdParty(file) ) { 
     329      if(testThirdParty(file)) { 
    331330        askCompanionInstead(file); 
    332331        return; 
     
    338337          //just rewrite image description of original file. 
    339338          RandomAccessFile raf = new RandomAccessFile(file, "rw"); 
    340           xml = addTiffData(xml,file); 
     339          xml = addTiffData(xml, file); 
    341340          TiffTools.overwriteIFDValue(raf, 0, TiffTools.IMAGE_DESCRIPTION, xml); 
    342341          raf.close(); 
     
    362361        "Unable to Write to Specified File", JOptionPane.ERROR_MESSAGE); 
    363362      System.out.println("ERROR! Attempt failed to open file: " + 
    364         file.getName() ); 
    365     } 
    366   } 
    367    
     363        file.getName()); 
     364    } 
     365  } 
     366 
    368367  public void saveCompanionFile(File file) throws RuntimeException { 
    369368    File compFile = new File(file.getPath() + ".ome"); 
     
    377376    } 
    378377  } 
    379    
     378 
    380379  public void saveTiffFile(File file) throws RuntimeException{ 
    381380    if(originalTIFF != null && originalTIFF.equals(file)) saveFile(file); 
     
    391390      String xml = null; 
    392391 
    393       try {       
     392      try { 
    394393        xml = thisOmeNode.writeOME(false); 
    395394        xml = addTiffData(xml, file); 
     
    401400      } 
    402401 
    403       for(int i = 0;i < imageCount;i++) { 
     402      for(int i = 0; i < imageCount; i++) { 
    404403        BufferedImage plane = null; 
    405          
    406         try {       
     404 
     405        try { 
    407406          plane = reader.openImage(id, i); 
    408407        } 
     
    412411        } 
    413412 
    414         Hashtable ifd = null;   
     413        Hashtable ifd = null; 
    415414        if (i == 0) { 
    416           // save OME-XML metadata to TIFF file's first IFD   
     415          // save OME-XML metadata to TIFF file's first IFD 
    417416          ifd = new Hashtable(); 
    418417          TiffTools.putIFDValue(ifd, TiffTools.IMAGE_DESCRIPTION, xml); 
    419         }   
     418        } 
    420419        // write plane to output file 
    421          
    422         try {       
     420 
     421        try { 
    423422          writer.saveImage(outId, plane, ifd, i == imageCount - 1); 
    424423        } 
     
    435434    } 
    436435  } 
    437    
     436 
    438437  public void saveTiffFile(File file, String outId) throws RuntimeException{ 
    439438    String id = currentFile.getPath(); 
     
    446445    String xml = null; 
    447446 
    448     try {       
     447    try { 
    449448      xml = thisOmeNode.writeOME(false); 
    450449      xml = addTiffData(xml, file); 
     
    456455    } 
    457456 
    458     for(int i = 0;i < imageCount;i++) { 
     457    for(int i = 0; i < imageCount; i++) { 
    459458      BufferedImage plane = null; 
    460        
    461       try {       
     459 
     460      try { 
    462461        plane = reader.openImage(id, i); 
    463462      } 
     
    467466      } 
    468467 
    469       Hashtable ifd = null;   
     468      Hashtable ifd = null; 
    470469      if (i == 0) { 
    471         // save OME-XML metadata to TIFF file's first IFD   
     470        // save OME-XML metadata to TIFF file's first IFD 
    472471        ifd = new Hashtable(); 
    473472        TiffTools.putIFDValue(ifd, TiffTools.IMAGE_DESCRIPTION, xml); 
    474       }   
     473      } 
    475474      // write plane to output file 
    476        
    477       try {       
     475 
     476      try { 
    478477        writer.saveImage(outId, plane, ifd, i == imageCount - 1); 
    479478      } 
     
    489488    } 
    490489  } 
    491    
     490 
    492491  public void merge() throws RuntimeException { 
    493492    if (currentFile != null) { 
     
    496495      OMEXMLMetadataStore oms = new OMEXMLMetadataStore(); 
    497496      read.setMetadataStore(oms); 
    498        
    499       try {  
    500         //just to repopulate the metadatastore to original state      
     497 
     498      try { 
     499        //just to repopulate the metadatastore to original state 
    501500        int imageCount = read.getImageCount(id); 
    502501//        BufferedImage whatever = reader.openImage(id, imageCount/2); 
     
    507506      } 
    508507      OMENode ome = (OMENode)oms.getRoot(); 
    509      
     508 
    510509      File companion = new File(currentFile.getPath() + ".ome"); 
    511510      if (companion.exists()) { 
    512         Merger merge = new Merger(ome,companion,this); 
     511        Merger merge = new Merger(ome, companion, this); 
    513512        setOMEXML(merge.getRoot()); 
    514513      } 
     
    525524    } 
    526525  } 
    527    
     526 
    528527  public void storeTiffData(File file) { 
    529528    tiffDataStore = new Hashtable(); 
    530529    Document doc; 
    531530    Vector pixList = new Vector(); 
    532     DocumentBuilderFactory docFact =  
     531    DocumentBuilderFactory docFact = 
    533532      DocumentBuilderFactory.newInstance(); 
    534          
     533 
    535534    try { 
    536535      DocumentBuilder db = docFact.newDocumentBuilder(); 
    537        
     536 
    538537      //get TIFF comment without parsing out TiffData Elements 
    539538      RandomAccessStream in = new RandomAccessStream(currentFile.getPath()); 
    540       Hashtable ifd = TiffTools.getFirstIFD(in);   
    541       in.close();  // extract comment   
    542       Object o = TiffTools.getIFDValue(ifd, TiffTools.IMAGE_DESCRIPTION);   
    543       String comment = null;   
    544       if (o instanceof String) comment = (String) o;   
    545       else if (o instanceof String[]) {   
     539      Hashtable ifd = TiffTools.getFirstIFD(in); 
     540      in.close();  // extract comment 
     541      Object o = TiffTools.getIFDValue(ifd, TiffTools.IMAGE_DESCRIPTION); 
     542      String comment = null; 
     543      if (o instanceof String) comment = (String) o; 
     544      else if (o instanceof String[]) { 
    546545        String[] s = (String[]) o; 
    547546        if (s.length > 0) comment = s[0]; 
    548       }   
     547      } 
    549548      else if (o != null) comment = o.toString(); 
    550        
     549 
    551550      ByteArrayInputStream bis = new ByteArrayInputStream(comment.getBytes()); 
    552551      doc = db.parse((java.io.InputStream)bis); 
    553       pixList = DOMUtil.findElementList("Pixels",doc); 
    554        
     552      pixList = DOMUtil.findElementList("Pixels", doc); 
     553 
    555554    } 
    556555    catch (IOException exc) { 
     
    563562      exc.printStackTrace(); 
    564563    } 
    565      
    566     for(int i = 0;i<pixList.size();i++) { 
     564 
     565    for(int i = 0; i<pixList.size(); i++) { 
    567566      Element thisEle = (Element) pixList.get(i); 
    568567      String thisID = DOMUtil.getAttribute("ID", thisEle); 
    569       Vector dataList = DOMUtil.getChildElements("TiffData",thisEle); 
    570       Vector tiffDataAttrs = new Vector();; 
    571       for(int j = 0;j<dataList.size();j++) { 
     568      Vector dataList = DOMUtil.getChildElements("TiffData", thisEle); 
     569      Vector tiffDataAttrs = new Vector(); 
     570      for(int j = 0; j<dataList.size(); j++) { 
    572571        Element thisData = (Element) dataList.get(j); 
    573572        String[] attrNames = DOMUtil.getAttributeNames(thisData); 
    574573        String[] attrValues = DOMUtil.getAttributeValues(thisData); 
    575574        Hashtable attrs = new Hashtable(); 
    576         for(int k= 0;k<attrNames.length;k++) { 
    577           attrs.put(attrNames[k],attrValues[k]); 
     575        for(int k= 0; k<attrNames.length; k++) { 
     576          attrs.put(attrNames[k], attrValues[k]); 
    578577        } 
    579578        tiffDataAttrs.add(attrs); 
    580579      } 
    581580 
    582       tiffDataStore.put(thisID,tiffDataAttrs); 
    583     } 
    584      
    585   } 
    586    
     581      tiffDataStore.put(thisID, tiffDataAttrs); 
     582    } 
     583 
     584  } 
     585 
    587586  public String addTiffData(String xml, File file) { 
    588587    Document doc = null; 
    589588    Vector pixList = new Vector(); 
    590     DocumentBuilderFactory docFact =  
     589    DocumentBuilderFactory docFact = 
    591590      DocumentBuilderFactory.newInstance(); 
    592            
     591 
    593592    try { 
    594593      DocumentBuilder db = docFact.newDocumentBuilder(); 
    595594      ByteArrayInputStream bis = new ByteArrayInputStream(xml.getBytes()); 
    596595      doc = db.parse((java.io.InputStream)bis); 
    597       pixList = DOMUtil.findElementList("Pixels",doc); 
     596      pixList = DOMUtil.findElementList("Pixels", doc); 
    598597    } 
    599598    catch (IOException exc) { 
     
    606605      exc.printStackTrace(); 
    607606    } 
    608      
     607 
    609608    //creating tiffData from non-OME-Tiff 
    610609    if(!isOMETiff) { 
    611       for(int i = 0;i<pixList.size();i++) { 
     610      for(int i = 0; i<pixList.size(); i++) { 
    612611        Element thisEle = (Element) pixList.get(i); 
    613612        DOMUtil.createChild(thisEle, "TiffData"); 
     
    615614    } 
    616615    //creating tiff from OMETiff file 
    617     
    618     else if (isOMETiff) {  
     616 
     617    else if (isOMETiff) { 
    619618      boolean prompted = false; 
    620       boolean addElements = false;      
    621       for(int i = 0;i<pixList.size();i++) { 
     619      boolean addElements = false; 
     620      for(int i = 0; i<pixList.size(); i++) { 
    622621        Element thisEle = (Element) pixList.get(i); 
    623622        String thisID = DOMUtil.getAttribute("ID", thisEle); 
     
    627626        if(dataEles.size() == 0) { 
    628627          if(!prompted) { 
    629             Object[] options = {"Sounds good", "Cancel (Nothing bad will happen)"}; 
    630            
     628            Object[] options = 
     629              {"Sounds good", "Cancel (Nothing bad will happen)"}; 
     630 
    631631            int n = JOptionPane.showOptionDialog(getTopLevelAncestor(), 
    632632              "We detected that an OME-xml companion file exists for" 
    633                 + " the file you just opened,\n would you like to merge these" 
     633                + " the file you just opened, \n would you like to merge these" 
    634634                + " files in some manner?", 
    635635              "Companion File Detected", 
     
    639639              options, 
    640640              options[0]); 
    641                
     641 
    642642              if (n == JOptionPane.YES_OPTION)  addElements = true; 
    643643              prompted = true; 
    644644          } 
    645              
     645 
    646646          if(addElements) { 
    647647            DOMUtil.createChild(thisEle, "TiffData"); 
     
    649649          } 
    650650        } 
    651          
    652         for(int j = 0;j<dataEles.size();j++) { 
     651 
     652        for(int j=0; j<dataEles.size(); j++) { 
    653653          Element thisData = DOMUtil.createChild(thisEle, "TiffData"); 
    654654          Hashtable attrs = (Hashtable) dataEles.get(j); 
    655655          Object[] attrKeys = attrs.keySet().toArray(); 
    656           for(int k = 0;k<attrKeys.length;k++) { 
     656          for(int k = 0; k<attrKeys.length; k++) { 
    657657            String name = (String)attrKeys[k]; 
    658658            String value = (String)(attrs.get(name)); 
    659659            if (value == null) value = ""; 
    660             DOMUtil.setAttribute(name,value,thisData); 
     660            DOMUtil.setAttribute(name, value, thisData); 
    661661          } 
    662662        } 
     
    666666    try { 
    667667      ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream(); 
    668       DOMUtil.writeXML(baos,doc); 
     668      DOMUtil.writeXML(baos, doc); 
    669669      result = baos.toString(); 
    670670    } 
     
    674674    return result; 
    675675  } 
    676    
     676 
    677677  public boolean checkOMETiff(File file) { 
    678678    Hashtable ifd; 
     
    685685      return false; 
    686686    } 
    687      
    688     // extract comment   
    689     Object o = TiffTools.getIFDValue(ifd, TiffTools.IMAGE_DESCRIPTION);   
    690     String comment = null;   
    691     if (o instanceof String) comment = (String) o;   
    692     else if (o instanceof String[]) {   
    693       String[] s = (String[]) o;  if (s.length > 0) comment = s[0];   
    694     }   
     687 
     688    // extract comment 
     689    Object o = TiffTools.getIFDValue(ifd, TiffTools.IMAGE_DESCRIPTION); 
     690    String comment = null; 
     691    if (o instanceof String) comment = (String) o; 
     692    else if (o instanceof String[]) { 
     693      String[] s = (String[]) o;  if (s.length > 0) comment = s[0]; 
     694    } 
    695695    else if (o != null) comment = o.toString(); 
    696696    try { 
     
    748748 
    749749      OMENode ome = null; 
    750        
     750 
    751751      boolean doMerge = false; 
    752752 
     
    755755        ms = new OMEXMLMetadataStore(); 
    756756        ms.createRoot(); 
    757          
     757 
    758758        // tell reader to write metadata as it's being 
    759759        // parsed to an OMENode (DOM in memory) 
     
    765765        if(companionFile.exists()) { 
    766766          Object[] options = {"Sounds good", "No, open original file"}; 
    767          
     767 
    768768          int n = JOptionPane.showOptionDialog(getTopLevelAncestor(), 
    769769            "We detected that an OME-xml companion file exists for" 
    770               + " the file you just opened,\n would you like to merge these" 
     770              + " the file you just opened, \n would you like to merge these" 
    771771              + " files in some manner?", 
    772772            "Companion File Detected", 
     
    781781        //Set up thumbnails 
    782782        int numSeries = reader.getSeriesCount(id); 
    783          
     783 
    784784        images = new BufferedImage[numSeries+1]; 
    785785        thumbs = new BufferedImage[numSeries+1]; 
    786         for(int i = 0; i<numSeries;i++) { 
    787           if (numSeries > 1) reader.setSeries(id,i); 
     786        for(int i = 0; i<numSeries; i++) { 
     787          if (numSeries > 1) reader.setSeries(id, i); 
    788788          int num = reader.getImageCount(id); 
    789789          if (num > 0) { 
     
    798798        } 
    799799        ome = (OMENode) ms.getRoot(); 
    800          
     800 
    801801        if(doMerge) { 
    802           Merger merge = new Merger(ome,companionFile,this); 
     802          Merger merge = new Merger(ome, companionFile, this); 
    803803          ome = merge.getRoot(); 
    804804        } 
     
    809809          storeTiffData(file); 
    810810        } 
    811         
     811 
    812812        //find minimum pixel ID, doesn't have to be zero, if not in 
    813         //standard format, flag this, all thumbs will be the same         
     813        //standard format, flag this, all thumbs will be the same 
    814814        minPixNum = 0; 
    815815        pixelsIDProblem = false; 
    816816        Vector pixList = new Vector(); 
    817817 
    818         try {         
    819           pixList = DOMUtil.findElementList("Pixels",ome.getOMEDocument(true)); 
    820            
     818        try { 
     819          pixList = DOMUtil.findElementList("Pixels", ome.getOMEDocument(true)); 
     820 
    821821          int lowestInt = -1; 
    822            
    823           for(int i = 0;i<pixList.size();i++) { 
     822 
     823          for(int i = 0; i<pixList.size(); i++) { 
    824824            Element thisPix = (Element) pixList.get(i); 
    825825            String thisID = thisPix.getAttribute("ID"); 
     
    844844            if(lowestInt > pixNum) lowestInt = pixNum; 
    845845          } 
    846            
     846 
    847847          minPixNum = lowestInt; 
    848848          if(minPixNum == -1) pixelsIDProblem = true; 
    849849        } 
    850850        catch(Exception exc) { exc.printStackTrace(); } 
    851          
     851 
    852852        if (pixList.size() == 1) pixelsIDProblem = false; 
    853          
     853 
    854854        setOMEXML(ome); 
    855855      } 
     
    902902    Element thisRoot = ome.getDOMElement(); 
    903903    NodeList nl = thisRoot.getChildNodes(); 
    904     for (int j = 0;j < nl.getLength();j++) { 
     904    for (int j = 0; j < nl.getLength(); j++) { 
    905905      Node node = nl.item(j); 
    906906      if (!(node instanceof Element)) continue; 
     
    910910      } 
    911911      NodeList omeEleList = node.getChildNodes(); 
    912       for (int k = 0;k < omeEleList.getLength();k++) { 
     912      for (int k = 0; k < omeEleList.getLength(); k++) { 
    913913        node = omeEleList.item(k); 
    914914        if (!(node instanceof Element)) continue; 
     
    917917        NodeList omeAttrList = node.getChildNodes(); 
    918918        Hashtable thisHash = new Hashtable(10); 
    919         for (int l = 0;l < omeAttrList.getLength();l++) { 
     919        for (int l = 0; l < omeAttrList.getLength(); l++) { 
    920920          node = omeAttrList.item(l); 
    921921          if (!(node instanceof Element)) continue; 
     
    927927          String attrName = omeAttr.getAttribute("Name"); 
    928928          String refType = omeAttr.getAttribute("RefersTo"); 
    929           thisHash.put(attrName,refType); 
     929          thisHash.put(attrName, refType); 
    930930        } 
    931931        internalDefs.put(omeEle.getAttribute("Name"), thisHash); 
     
    962962    //use the list acquired from Template.xml to form the initial tabs 
    963963    Element[] tabList = tParse.getTabs(); 
    964     for (int i = 0;i< tabList.length;i++) { 
     964    for (int i = 0; i< tabList.length; i++) { 
    965965      String thisName = tabList[i].getAttribute("Name"); 
    966966      if (thisName.length() == 0) thisName = tabList[i].getAttribute("XMLName"); 
     
    987987      else tabPane.addTab(thisName, NO_DATA_BULLET, scrollPane, desc); 
    988988      int keyNumber = getKey(i+1); 
    989       if (keyNumber !=0 ) tabPane.setMnemonicAt(i, keyNumber); 
     989      if (keyNumber !=0) tabPane.setMnemonicAt(i, keyNumber); 
    990990    } 
    991991 
    992992    //Makes sure that the external references do not mirror the internal ones 
    993993    //since there should be no intersection between the two sets 
    994     for (int j = 0;j<panelsWithID.size();j++) { 
     994    for (int j = 0; j<panelsWithID.size(); j++) { 
    995995      TablePanel tempTP = (TablePanel) panelsWithID.get(j); 
    996996      String tryID = "(External) " + tempTP.id; 
     
    10001000    //this part sets up the refTable's comboBox editor to have choices 
    10011001    //corresponding to every TablePanel that has a valid ID attribute 
    1002     for (int i = 0;i<panelList.size();i++) { 
     1002    for (int i = 0; i<panelList.size(); i++) { 
    10031003      TablePanel p = (TablePanel) panelList.get(i); 
    10041004      p.setEditor(); 
     
    10071007    //set the displayed tab to be by default the first image 
    10081008    TabPanel firstImageTab = null; 
    1009     for (int i=0;i<tabPanelList.size();i++) { 
     1009    for (int i=0; i<tabPanelList.size(); i++) { 
    10101010      TabPanel tabP = (TabPanel) tabPanelList.get(i); 
    10111011      if (tabP.name.startsWith("Image")) { 
     
    10431043    Vector actualTabs = new Vector(2 * tabList.length); 
    10441044    Vector oNodeList = new Vector(2 * tabList.length); 
    1045     for (int i = 0;i< tabList.length;i++) { 
     1045    for (int i = 0; i< tabList.length; i++) { 
    10461046      //since we have an OMEXML file to compare to now, we have to worry about 
    10471047      //repeat elements 
     
    10521052      //work-around checks if we need to look in CustomAttributes, 
    10531053      //and subsequently ignore it 
    1054       if ( aName.equals("Image") || aName.equals("Feature") || 
    1055         aName.equals("Dataset") || aName.equals("Project") ) 
     1054      if (aName.equals("Image") || aName.equals("Feature") || 
     1055        aName.equals("Dataset") || aName.equals("Project")) 
    10561056      { 
    10571057        inOmeList = ome.getChildNodes(aName); 
    10581058      } 
    10591059      else { 
    1060         if ( ome.getChild("CustomAttributes") != null) 
     1060        if (ome.getChild("CustomAttributes") != null) 
    10611061          inOmeList = ome.getChild("CustomAttributes").getChildNodes(aName); 
    10621062      } 
     
    10661066      //(a.k.a. "XMLName") exist in the file 
    10671067      if (vSize >0) { 
    1068         for (int j = 0;j<vSize;j++) { 
     1068        for (int j = 0; j<vSize; j++) { 
    10691069          String thisName = tabList[i].getAttribute("Name"); 
    10701070          if (thisName.length() == 0) { 
     
    10871087          //test if a description is associated with this tab in the template 
    10881088          String desc = tabList[i].getAttribute("Description"); 
    1089           thisName = getTreePathName(tPanel.el,tPanel.oNode); 
     1089          thisName = getTreePathName(tPanel.el, tPanel.oNode); 
    10901090          if (desc.length() == 0) { 
    10911091            tabPane.addTab(thisName, DATA_BULLET, scrollPane, null); 
     
    11231123    //set up mnemonics, and form an array holding the names of the tabs 
    11241124    String[] tabNames = new String[actualTabs.size()]; 
    1125     for (int i = 0;i<actualTabs.size();i++) { 
     1125    for (int i = 0; i<actualTabs.size(); i++) { 
    11261126      int keyNumber = getKey(i+1); 
    1127       if (keyNumber !=0 ) tabPane.setMnemonicAt(i, keyNumber); 
     1127      if (keyNumber !=0) tabPane.setMnemonicAt(i, keyNumber); 
    11281128      Element e = (Element) actualTabs.get(i); 
    11291129      tabNames[i] = getTreePathName(e, (OMEXMLNode) oNodeList.get(i)); 
     
    11391139    //Makes sure that the external references do not mirror the internal ones 
    11401140    //since there should be no intersection between the two sets 
    1141     for (int j = 0;j<panelsWithID.size();j++) { 
     1141    for (int j = 0; j<panelsWithID.size(); j++) { 
    11421142      TablePanel tempTP = (TablePanel) panelsWithID.get(j); 
    11431143      String tryID = "(External) " + tempTP.id; 
     
    11471147    //this part sets up the refTable's comboBox editor to have choices 
    11481148    //corresponding to every TablePanel that has a valid ID attribute 
    1149     for (int i = 0;i<panelList.size();i++) { 
     1149    for (int i = 0; i<panelList.size(); i++) { 
    11501150      TablePanel p = (TablePanel) panelList.get(i); 
    11511151      p.setEditor(); 
     
    11541154    //set the displayed tab to be by default the first image 
    11551155    TabPanel firstImageTab = null; 
    1156     for (int i=0;i<tabPanelList.size();i++) { 
     1156    for (int i=0; i<tabPanelList.size(); i++) { 
    11571157      TabPanel tabP = (TabPanel) tabPanelList.get(i); 
    11581158      if (tabP.name.startsWith("Image")) { 
     
    11831183    //add a title label to show which element 
    11841184    JPanel titlePanel = new JPanel(); 
    1185     titlePanel.setLayout(new GridLayout(2,1)); 
     1185    titlePanel.setLayout(new GridLayout(2, 1)); 
    11861186    JLabel title = new JLabel(); 
    11871187    Font thisFont = title.getFont(); 
    1188     Font newFont = new Font(thisFont.getFontName(),Font.BOLD,18); 
     1188    Font newFont = new Font(thisFont.getFontName(), Font.BOLD, 18); 
    11891189    title.setFont(newFont); 
    11901190    if (tp.oNode != null) { 
    1191       title.setText(" " + getTreePathName(tp.el,tp.oNode) + ":"); 
     1191      title.setText(" " + getTreePathName(tp.el, tp.oNode) + ":"); 
    11921192    } 
    11931193    else title.setText(" " + getTreePathName(tp.el) + ":"); 
    1194     title.setForeground(new Color(255,255,255)); 
     1194    title.setForeground(new Color(255, 255, 255)); 
    11951195 
    11961196    tp.saveButton = new JButton("QuickSave"); 
    1197     tp.saveButton.setPreferredSize(new Dimension(100,17)); 
     1197    tp.saveButton.setPreferredSize(new Dimension(100, 17)); 
    11981198    tp.saveButton.setActionCommand("save"); 
    11991199    tp.saveButton.addActionListener(this); 
     
    12151215        descrip.setBackground(aColor); 
    12161216        newFont = new Font(thisFont.getFontName(), 
    1217           Font.ITALIC,thisFont.getSize()); 
     1217          Font.ITALIC, thisFont.getSize()); 
    12181218        descrip.setFont(newFont); 
    1219         descrip.setText( "     " + tp.el.getAttribute("Description")); 
     1219        descrip.setText("     " + tp.el.getAttribute("Description")); 
    12201220      } 
    12211221    } 
     
    12271227    CellConstraints cellC = new CellConstraints(); 
    12281228 
    1229     build.add( title, cellC.xy(1, 2, "left,center")); 
    1230     build.add( tp.saveButton, cellC.xy(3, 2, "right,center")); 
    1231     build.add( descrip, cellC.xyw(1, 4, 4, "fill,center")); 
     1229    build.add(title, cellC.xy(1, 2, "left, center")); 
     1230    build.add(tp.saveButton, cellC.xy(3, 2, "right, center")); 
     1231    build.add(descrip, cellC.xyw(1, 4, 4, "fill, center")); 
    12321232    titlePanel = build.getPanel(); 
    12331233    titlePanel.setBackground(TEXT_COLOR); 
     
    12461246    //look at the template to get the nested Elements we need to display 
    12471247    //with their own TablePanels 
    1248     Vector theseElements = DOMUtil.getChildElements("OMEElement",tp.el); 
     1248    Vector theseElements = DOMUtil.getChildElements("OMEElement", tp.el); 
    12491249    //will be a list of those nested elements that have their own nested 
    12501250    //elements 
     
    12521252 
    12531253    //check out each nested Element 
    1254     for (int i = 0;i<theseElements.size();i++) { 
     1254    for (int i = 0; i<theseElements.size(); i++) { 
    12551255      Element e = null; 
    12561256      if (theseElements.get(i) instanceof Element) { 
    12571257        e = (Element) theseElements.get(i); 
    12581258      } 
    1259       if (DOMUtil.getChildElements("OMEElement",e).size() != 0) { 
     1259      if (DOMUtil.getChildElements("OMEElement", e).size() != 0) { 
    12601260        branchElements.add(e); 
    12611261      } 
     
    12641264          Vector v = new Vector(); 
    12651265          String aName = e.getAttribute("XMLName"); 
    1266           if ( aName.equals("Image") || aName.equals("Feature") || 
    1267             aName.equals("Dataset") || aName.equals("Project") ) 
     1266          if (aName.equals("Image") || aName.equals("Feature") || 
     1267            aName.equals("Dataset") || aName.equals("Project")) 
    12681268          { 
    12691269            v = DOMUtil.getChildElements(aName, tp.oNode.getDOMElement()); 
     
    12801280          } 
    12811281          else { 
    1282             for (int j = 0;j<v.size();j++) { 
     1282            for (int j = 0; j<v.size(); j++) { 
    12831283              Element anEle = (Element) v.get(j); 
    12841284 
     
    13301330 
    13311331    String rowString = "pref, 10dlu, "; 
    1332     for (int i = 0;i<iHoldTables.size();i++) { 
     1332    for (int i = 0; i<iHoldTables.size(); i++) { 
    13331333      rowString = rowString + "pref, 5dlu, "; 
    13341334    } 
     
    13411341    CellConstraints cc = new CellConstraints(); 
    13421342 
    1343     tp.add(titlePanel, cc.xyw(1,1,5)); 
     1343    tp.add(titlePanel, cc.xyw(1, 1, 5)); 
    13441344 
    13451345    int row = 1; 
    1346     for (int i = 0;i<iHoldTables.size();i++) { 
     1346    for (int i = 0; i<iHoldTables.size(); i++) { 
    13471347      row = row + 2; 
    13481348      Component c = (Component) iHoldTables.get(i); 
    1349       tp.add(c, cc.xyw(i == 0 ? 2 : 3, row, 2, "fill,center")); 
     1349      tp.add(c, cc.xyw(i == 0 ? 2 : 3, row, 2, "fill, center")); 
    13501350    } 
    13511351 
     
    13861386      } 
    13871387      else JOptionPane.showMessageDialog(getTopLevelAncestor(), 
    1388         "There is no current file specified,\n" + 
     1388        "There is no current file specified, \n" + 
    13891389        "so you cannot QuickSave.", 
    13901390        "No Current File Found", JOptionPane.ERROR_MESSAGE); 
     
    14121412    else thisName = e.getAttribute("XMLName"); 
    14131413 
    1414     Element aParent = DOMUtil.getAncestorElement("OMEElement",e); 
     1414    Element aParent = DOMUtil.getAncestorElement("OMEElement", e); 
    14151415    while (aParent != null) { 
    14161416      if (aParent.hasAttribute("Name")) { 
     
    14181418      } 
    14191419      else thisName = aParent.getAttribute("XMLName") + ": " + thisName; 
    1420       aParent = DOMUtil.getAncestorElement("OMEElement",aParent); 
     1420      aParent = DOMUtil.getAncestorElement("OMEElement", aParent); 
    14211421    } 
    14221422    return thisName; 
     
    14411441      pathList.add(aParent); 
    14421442 
    1443       for (int i = 1;i<pathNames.size();i++) { 
     1443      for (int i = 1; i<pathNames.size(); i++) { 
    14441444        String s = (String) pathNames.get(i); 
    14451445        aParent = DOMUtil.getAncestorElement(s, aParent); 
    1446         pathList.add(0,aParent); 
     1446        pathList.add(0, aParent); 
    14471447      } 
    14481448 
    14491449      String result = ""; 
    14501450 
    1451       for (int i = 0;i<pathList.size() - 1;i++) { 
     1451      for (int i = 0; i<pathList.size() - 1; i++) { 
    14521452        aParent = (Element) pathList.get(i); 
    14531453        Element aChild = (Element) pathList.get(i+1); 
     
    14621462        } 
    14631463        else { 
    1464           for (int j = 0;j<nl.getLength();j++) { 
     1464          for (int j = 0; j<nl.getLength(); j++) { 
    14651465            Element e = (Element) nl.item(j); 
    14661466            if (e == aChild) { 
     
    15301530        else { 
    15311531          Element cloneEle = DOMUtil.createChild( 
    1532             parent.getDOMElement(),"CustomAttributes"); 
     1532            parent.getDOMElement(), "CustomAttributes"); 
    15331533          caNode = new CustomAttributesNode(cloneEle); 
    15341534          r.exec("import org.openmicroscopy.xml.CustomAttributesNode"); 
     
    15581558    thisPath.add(e.getAttribute("XMLName")); 
    15591559 
    1560     Element aParent = DOMUtil.getAncestorElement("OMEElement",e); 
     1560    Element aParent = DOMUtil.getAncestorElement("OMEElement", e); 
    15611561    while (aParent != null) { 
    15621562      thisPath.add(aParent.getAttribute("XMLName")); 
    1563       aParent = DOMUtil.getAncestorElement("OMEElement",aParent); 
     1563      aParent = DOMUtil.getAncestorElement("OMEElement", aParent); 
    15641564    } 
    15651565    return thisPath; 
     
    15681568  /**Converts a number into the KeyEvent for that number.*/ 
    15691569  public static int getKey(int i) { 
    1570       int keyNumber = 0; 
    1571       switch (i) { 
    1572         case 1 : 
    1573           keyNumber = KeyEvent.VK_1; 
    1574           break; 
    1575         case 2 : 
    1576           keyNumber = KeyEvent.VK_2; 
    1577           break; 
    1578         case 3 : 
    1579           keyNumber = KeyEvent.VK_3; 
    1580           break; 
    1581         case 4 : 
    1582           keyNumber = KeyEvent.VK_4; 
    1583           break; 
    1584         case 5 : 
    1585           keyNumber = KeyEvent.VK_5; 
    1586           break; 
    1587         case 6 : 
    1588           keyNumber = KeyEvent.VK_6; 
    1589           break; 
    1590         case 7 : 
    1591           keyNumber = KeyEvent.VK_7; 
    1592           break; 
    1593         case 8 : 
    1594           keyNumber = KeyEvent.VK_8; 
    1595           break; 
    1596         case 9 : 
    1597           keyNumber = KeyEvent.VK_9; 
    1598           break; 
    1599         case 10 : 
    1600           keyNumber = KeyEvent.VK_0; 
    1601           break; 
    1602         default: 
    1603           keyNumber = 0; 
    1604       } 
    1605       return keyNumber; 
     1570    int keyNumber = 0; 
     1571    switch (i) { 
     1572      case 1: 
     1573        keyNumber = KeyEvent.VK_1; 
     1574        break; 
     1575      case 2: 
     1576        keyNumber = KeyEvent.VK_2; 
     1577        break; 
     1578      case 3: 
     1579        keyNumber = KeyEvent.VK_3; 
     1580        break; 
     1581      case 4: 
     1582        keyNumber = KeyEvent.VK_4; 
     1583        break; 
     1584      case 5: 
     1585        keyNumber = KeyEvent.VK_5; 
     1586        break; 
     1587      case 6: 
     1588        keyNumber = KeyEvent.VK_6; 
     1589        break; 
     1590      case 7: 
     1591        keyNumber = KeyEvent.VK_7; 
     1592        break; 
     1593      case 8: 
     1594        keyNumber = KeyEvent.VK_8; 
     1595        break; 
     1596      case 9: 
     1597        keyNumber = KeyEvent.VK_9; 
     1598        break; 
     1599      case 10: 
     1600        keyNumber = KeyEvent.VK_0; 
     1601        break; 
     1602      default: 
     1603        keyNumber = 0; 
     1604    } 
     1605    return keyNumber; 
    16061606  } 
    16071607 
     
    16621662 
    16631663    public int getScrollableUnitIncrement(Rectangle visibleRect, 
    1664       int orientation, int direction) {return 5;} 
     1664      int orientation, int direction) 
     1665    { 
     1666      return 5; 
     1667    } 
    16651668    public int getScrollableBlockIncrement(Rectangle visibleRect, 
    1666       int orientation, int direction) {return visibleRect.height;} 
    1667     public boolean getScrollableTracksViewportWidth() {return true;} 
    1668     public boolean getScrollableTracksViewportHeight() {return false;} 
     1669      int orientation, int direction) 
     1670    { 
     1671      return visibleRect.height; 
     1672    } 
     1673    public boolean getScrollableTracksViewportWidth() { 
     1674      return true; 
     1675    } 
     1676    public boolean getScrollableTracksViewportHeight() { 
     1677      return false; 
     1678    } 
    16691679  } 
    16701680 
     
    17261736    /**The JLabels for the title and the optional image.*/ 
    17271737    protected JLabel tableName, imageLabel; 
    1728      
     1738 
    17291739    protected BufferedImage tableThumb; 
    1730      
     1740 
    17311741    protected BufferedImage tableImage; 
    17321742 
     
    17461756          tParse.getRoot()); 
    17471757 
    1748         for (int i = 0;i < foundEles.size();i++) { 
     1758        for (int i = 0; i < foundEles.size(); i++) { 
    17491759          Element thisNode = (Element) foundEles.get(i); 
    17501760          if (thisNode == e) isTopLevel = true; 
     
    17581768      id = null; 
    17591769      JComboBox comboBox = null; 
    1760       if (on != null) name = getTreePathName(e,on); 
     1770      if (on != null) name = getTreePathName(e, on); 
    17611771      else name = getTreePathName(e); 
    17621772      String thisName = name; 
     
    17681778      //Check which "types" the various template attributes are and 
    17691779      //group them into Vectors. 
    1770       Vector fullList = DOMUtil.getChildElements("OMEAttribute",e); 
     1780      Vector fullList = DOMUtil.getChildElements("OMEAttribute", e); 
    17711781      attrList = new Vector(); 
    17721782      refList = new Vector(); 
    1773       for (int i = 0;i<fullList.size();i++) { 
     1783      for (int i = 0; i<fullList.size(); i++) { 
    17741784        Element thisE = (Element) fullList.get(i); 
    1775         if (thisE.hasAttribute("Type") ) { 
     1785        if (thisE.hasAttribute("Type")) { 
    17761786          if (thisE.getAttribute("Type").equals("Ref")) { 
    17771787            if (oNode != null) { 
    17781788              String value = oNode.getAttribute(thisE.getAttribute("XMLName")); 
    17791789              if (value != null && !value.equals("")) { 
    1780                 if ( addItems.indexOf("(External) " + value) < 0) { 
     1790                if (addItems.indexOf("(External) " + value) < 0) { 
    17811791                  addItems.add("(External) " + value); 
    17821792                } 
     
    18151825          System.out.println(openIndex + " " + refDetails.charAt(openIndex)); 
    18161826        } 
    1817         int closeIndex = refDetails.indexOf('%',openIndex + 1); 
     1827        int closeIndex = refDetails.indexOf('%', openIndex + 1); 
    18181828        if (debug) { 
    18191829          System.out.println(closeIndex + " " + refDetails.charAt(closeIndex)); 
    18201830        } 
    1821         String thisCommand = refDetails.substring(openIndex + 1,closeIndex); 
     1831        String thisCommand = refDetails.substring(openIndex + 1, closeIndex); 
    18221832        if (debug) { 
    18231833          System.out.println("Command: " + thisCommand); 
    18241834        } 
    1825         String processed = refDetails.substring(0,openIndex); 
     1835        String processed = refDetails.substring(0, openIndex); 
    18261836        if (debug) { 
    18271837          System.out.println("Processed: " + processed); 
     
    18411851          if (endIndex < 0) endIndex = thisCommand.length(); 
    18421852          if (debug) System.out.println("endIndex: " + endIndex); 
    1843           String prefix = thisCommand.substring(0,varIndex); 
     1853          String prefix = thisCommand.substring(0, varIndex); 
    18441854          if (debug) System.out.println("Prefix: " + prefix); 
    1845           String thisVar = thisCommand.substring(varIndex+1,endIndex); 
     1855          String thisVar = thisCommand.substring(varIndex+1, endIndex); 
    18461856          if (debug) System.out.println("thisVar: " + thisVar); 
    18471857          String suffix; 
    18481858          if (endIndex != thisCommand.length()) 
    1849             suffix = thisCommand.substring(endIndex + 1,thisCommand.length()); 
     1859            suffix = thisCommand.substring(endIndex + 1, thisCommand.length()); 
    18501860          else suffix = ""; 
    18511861          if (debug) System.out.println("Suffix: " + suffix); 
     
    18781888      if (showIDs) refDetails = refDetails + " (ID: " + id + ")"; 
    18791889 
    1880       Element cDataEl = DOMUtil.getChildElement("CData",e); 
    1881       if (cDataEl != null) attrList.add(0,cDataEl); 
     1890      Element cDataEl = DOMUtil.getChildElement("CData", e); 
     1891      if (cDataEl != null) attrList.add(0, cDataEl); 
    18821892 
    18831893      tableName = null; 
     
    18871897      Font thisFont = tableName.getFont(); 
    18881898      thisFont = new Font(thisFont.getFontName(), 
    1889         Font.BOLD,12); 
     1899        Font.BOLD, 12); 
    18901900      tableName.setFont(thisFont); 
    18911901      if (el.hasAttribute("ShortDesc")) 
     
    18961906 
    18971907      noteButton = new JButton("Notes"); 
    1898 //      noteButton.setPreferredSize(new Dimension(85,17)); 
     1908//      noteButton.setPreferredSize(new Dimension(85, 17)); 
    18991909      noteButton.addActionListener(this); 
    19001910      noteButton.setActionCommand("getNotes"); 
     
    19051915      imageLabel = null; 
    19061916      if (name.endsWith("Pixels")) { 
    1907         if(pixelsIDProblem || on == null) {         
     1917        if(pixelsIDProblem || on == null) { 
    19081918          if (thumb != null && !pixelsIDProblem) { 
    19091919            tableThumb = thumb; 
     
    19481958      { 
    19491959        public boolean isCellEditable(int row, int col) { 
    1950           if (editable) { 
    1951             if (col < 1) return false; 
    1952             else return true; 
    1953           } 
    1954           else { 
    1955             if (col < 2) return false; 
    1956             else return true; 
    1957           } 
     1960          return col >= (editable ? 1 : 2); 
    19581961        } 
    19591962      }; 
     
    19631966 
    19641967      table = new ClickableTable(myTableModel, this, vcEdit); 
    1965 //      table.setAutoResizeMode( JTable.AUTO_RESIZE_OFF ); 
     1968//      table.setAutoResizeMode(JTable.AUTO_RESIZE_OFF); 
    19661969      table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(125); 
    19671970      table.getColumnModel().getColumn(1).setPreferredWidth(430); 
     
    19771980 
    19781981      String clippedName = name; 
    1979       if (name.endsWith(")")) clippedName = name.substring(0,name.length() - 4); 
     1982      if (name.endsWith(")")) { 
     1983        clippedName = name.substring(0, name.length() - 4); 
     1984      } 
    19801985 
    19811986      addButton = new JButton("New Table"); 
    1982 //      addButton.setPreferredSize(new Dimension(130,17)); 
     1987//      addButton.setPreferredSize(new Dimension(130, 17)); 
    19831988      addButton.addActionListener(table); 
    19841989      addButton.setActionCommand("bigAdd"); 
    19851990      addButton.setToolTipText("Create a new " + clippedName + " table."); 
    1986       if ( !isTopLevel && tPanel.oNode == null) addButton.setEnabled(false); 
    1987       if ( !editable) addButton.setEnabled(false); 
     1991      if (!isTopLevel && tPanel.oNode == null) addButton.setEnabled(false); 
     1992      if (!editable) addButton.setEnabled(false); 
    19881993      addButton.setForeground(ADD_COLOR); 
    19891994 
    19901995      delButton = new JButton("Delete Table"); 
    1991 //      delButton.setPreferredSize(new Dimension(130,17)); 
     1996//      delButton.setPreferredSize(new Dimension(130, 17)); 
    19921997      delButton.addActionListener(table); 
    19931998      delButton.setActionCommand("bigRem"); 
    19941999      delButton.setToolTipText("Delete this " + clippedName + " table."); 
    1995       if ( oNode == null) delButton.setVisible(false); 
    1996       if ( !editable) delButton.setEnabled(false); 
     2000      if (oNode == null) delButton.setVisible(false); 
     2001      if (!editable) delButton.setEnabled(false); 
    19972002      delButton.setForeground(DELETE_COLOR); 
    19982003 
     
    20022007      FormLayout layout = new FormLayout( 
    20032008        "pref, 10dlu, pref, 10dlu, pref, pref:grow:right, 5dlu, pref", 
    2004         "pref,2dlu,pref,pref,3dlu,pref,3dlu"); 
     2009        "pref, 2dlu, pref, pref, 3dlu, pref, 3dlu"); 
    20052010      setLayout(layout); 
    20062011      CellConstraints cc = new CellConstraints(); 
    20072012 
    2008       add(tableName, cc.xy(1,1)); 
    2009       add(noteButton, cc.xy(3,1, "left,center")); 
     2013      add(tableName, cc.xy(1, 1)); 
     2014      add(noteButton, cc.xy(3, 1, "left, center")); 
    20102015      if (imageLabel != null) { 
    2011         add(imageLabel, cc.xy(5,1, "center,top")); 
    2012       } 
    2013       add(addButton, cc.xy(6,1, "right,center")); 
    2014       add(delButton, cc.xy(8,1, "right,center")); 
    2015       add(tHead, cc.xyw(1,3,8, "fill, center")); 
    2016       add(table, cc.xyw(1,4,8, "fill, center")); 
    2017       add(noteP, cc.xyw(1,6,8, "fill,center")); 
     2016        add(imageLabel, cc.xy(5, 1, "center, top")); 
     2017      } 
     2018      add(addButton, cc.xy(6, 1, "right, center")); 
     2019      add(delButton, cc.xy(8, 1, "right, center")); 
     2020      add(tHead, cc.xyw(1, 3, 8, "fill, center")); 
     2021      add(table, cc.xyw(1, 4, 8, "fill, center")); 
     2022      add(noteP, cc.xyw(1, 6, 8, "fill, center")); 
    20182023 
    20192024      if (oNode == null) { 
     
    20632068                if (DOMUtil.getCharacterData(oNode.getDOMElement()) != null) { 
    20642069                  myTableModel.setValueAt( 
    2065                     DOMUtil.getCharacterData(oNode.getDOMElement() ), i, 1); 
     2070                    DOMUtil.getCharacterData(oNode.getDOMElement()), i, 1); 
    20662071                } 
    20672072              } 
     
    21022107        TableModel model = table.getModel(); 
    21032108        TableColumn refColumn = table.getColumnModel().getColumn(1); 
    2104         for (int i = 0;i < table.getRowCount();i++) { 
    2105           if ( i < attrList.size()) { 
     2109        for (int i = 0; i < table.getRowCount(); i++) { 
     2110          if (i < attrList.size()) { 
    21062111          } 
    21072112          else { 
    21082113            boolean isLocal = false; 
    2109             String attrName = (String) model.getValueAt(i,0); 
     2114            String attrName = (String) model.getValueAt(i, 0); 
    21102115            String value = null; 
    21112116            if (oNode != null) value = oNode.getAttribute(attrName); 
    2112             for (int j = 0;j < panelsWithID.size();j++) { 
     2117            for (int j = 0; j < panelsWithID.size(); j++) { 
    21132118              TablePanel tp = (TablePanel) panelsWithID.get(j); 
    21142119              if (tp.id != null && value != null) { 
     
    21162121                  isLocal = true; 
    21172122                  if (tp.refDetails != null && !tp.refDetails.equals("")) 
    2118                     model.setValueAt(tp.name + " - " + tp.refDetails,i,1); 
    2119                   else model.setValueAt(tp.name,i,1); 
     2123                    model.setValueAt(tp.name + " - " + tp.refDetails, i, 1); 
     2124                  else model.setValueAt(tp.name, i, 1); 
    21202125                } 
    21212126              } 
    21222127            } 
    21232128            if (!isLocal && value != null && !value.equals("")) { 
    2124               model.setValueAt("(External) " + value,i,1); 
     2129              model.setValueAt("(External) " + value, i, 1); 
    21252130            } 
    21262131            //makes the initial value non-null to display the buttons 
     
    21532158          int whichNum = -23; 
    21542159 
    2155           for (int i = 0;i<panelsWithID.size();i++) { 
     2160          for (int i = 0; i<panelsWithID.size(); i++) { 
    21562161            aPanel = (TablePanel) panelsWithID.get(i); 
    21572162            if (aName.startsWith(aPanel.name)) whichNum = i; 
     
    22272232 
    22282233    /** @return MetadataPane.currentFile*/ 
    2229     public File getCurrentFile() {return currentFile;} 
     2234    public File getCurrentFile() { return currentFile; } 
    22302235 
    22312236    /** 
     
    22332238    * @return MetadataPane.editable 
    22342239    */ 
    2235     public boolean isEditable() {return editable;} 
     2240    public boolean isEditable() { return editable; } 
    22362241  } 
    22372242 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.