Changeset 2412


Ignore:
Timestamp:
03/08/07 09:40:14 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:

Removed superfluous calls to close() and setColorTableIgnored.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/plugins/Importer.java

    r2401 r2412  
    206206    } 
    207207    else r = new OMEReader(); 
     208    OMEXMLMetadataStore store = new OMEXMLMetadataStore(); 
     209    r.setMetadataStore(store); 
    208210 
    209211    // -- Step 3: get parameter values -- 
     
    303305 
    304306      FileStitcher fs = null; 
     307      r.setColorTableIgnored(ignoreTables); 
    305308 
    306309      int pixelType = r.getPixelType(id); 
    307       r.setColorTableIgnored(ignoreTables); 
    308310      String currentFile = r.getCurrentFile(); 
    309311 
     
    324326        r = fs; 
    325327      } 
    326       if (!ignoreTables) r = new ChannelSeparator(r); 
    327       r.setColorTableIgnored(ignoreTables); 
    328       r.close(); 
    329       r.setMetadataFiltered(true); 
    330       r.setColorTableIgnored(ignoreTables); 
     328      r = new ChannelSeparator(r); 
    331329 
    332330      // store OME metadata into OME-XML structure, if available 
    333       OMEXMLMetadataStore store = new OMEXMLMetadataStore(); 
    334       store.createRoot(); 
    335       r.setMetadataStore(store); 
    336331 
    337332      int seriesCount = r.getSeriesCount(id); 
    338333      boolean[] series = new boolean[seriesCount]; 
    339334      series[0] = true; 
    340  
    341       r.close(); 
    342       store = (OMEXMLMetadataStore) r.getMetadataStore(id); 
    343       r.setColorTableIgnored(ignoreTables); 
    344335 
    345336      // build descriptive string and range for each series 
     
    361352      for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    362353        r.setSeries(id, i); 
    363         r.setColorTableIgnored(ignoreTables); 
    364354        num[i] = r.getImageCount(id); 
    365355        sizeC[i] = r.getEffectiveSizeC(id); 
     
    632622          if (!series[i]) continue; 
    633623          r.setSeries(id, i); 
    634           r.setColorTableIgnored(ignoreTables); 
    635624 
    636625          boolean[] load = new boolean[num[i]]; 
     
    883872 
    884873            applyCalibration(store, imp, i); 
    885             IFormatReader ir = new ImageReader(); 
    886             OMEXMLMetadataStore tmp = new OMEXMLMetadataStore(); 
    887             tmp.createRoot(); 
    888             ir.setMetadataStore(tmp); 
    889             if (fs == null) { 
    890               tmp = (OMEXMLMetadataStore) ir.getMetadataStore(id); 
    891             } 
    892             else { 
    893               ir = new FileStitcher(ir); 
    894               tmp = (OMEXMLMetadataStore) ir.getMetadataStore(id); 
    895             } 
    896             fi.description = tmp.dumpXML(); 
     874            fi.description = store.dumpXML(); 
    897875            imp.setFileInfo(fi); 
    898876            imp.setDimensions(cCount[i], zCount[i], tCount[i]); 
    899877            displayStack(imp, r, fs, id); 
    900             r.close(); 
    901             r.setColorTableIgnored(ignoreTables); 
    902878          } 
    903879 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.