Changeset 2478


Ignore:
Timestamp:
03/19/07 09:15:50 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:

Added status events to readers.

Location:
trunk/loci/formats/in
Files:
39 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/AVIReader.java

    r2461 r2478  
    201201    in.order(true); 
    202202 
     203    status("Verifying AVI format"); 
     204 
    203205    offsets = new Vector(); 
    204206 
     
    218220    pos = in.getFilePointer(); 
    219221    long spos = pos; 
     222 
     223    status("Searching for image data"); 
    220224 
    221225    while ((in.length() - in.getFilePointer()) > 4) { 
     
    506510      pos = in.getFilePointer(); 
    507511    } 
     512    status("Populating metadata");   
     513     
    508514    numImages = offsets.size(); 
    509515 
  • trunk/loci/formats/in/BMPReader.java

    r2455 r2478  
    210210    in = new RandomAccessStream(id); 
    211211 
     212    status("Reading bitmap header"); 
     213 
    212214    littleEndian = true; 
    213215    in.order(littleEndian); 
     
    286288    global = in.getFilePointer(); 
    287289    addMeta("Indexed color", palette == null ? "false" : "true"); 
     290 
     291    status("Populating metadata"); 
    288292 
    289293    int c = (palette == null & bpp == 8) ? 1 : 3; 
  • trunk/loci/formats/in/BaseTiffReader.java

    r2465 r2478  
    809809    if (in.readShort() == 0x4949) in.order(true); 
    810810 
     811    status("Reading IFDs"); 
     812 
    811813    ifds = TiffTools.getIFDs(in); 
    812814    if (ifds == null) throw new FormatException("No IFDs found"); 
     815     
     816    status("Populating metadata");  
     817 
    813818    numImages = ifds.length; 
    814819    initMetadata(); 
  • trunk/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r2455 r2478  
    192192    in = new RandomAccessStream(id); 
    193193    in.order(true); 
     194 
     195    status("Reading image dimensions"); 
    194196 
    195197    // read header 
     
    254256 
    255257    orderCertain[0] = false; 
     258 
     259    status("Reading notes"); 
    256260 
    257261    // read notes 
     
    589593    } 
    590594 
     595    status("Reading color table"); 
     596 
    591597    // read color tables 
    592598    int numLuts = 0; 
     
    630636 
    631637    addMeta("luts", colorString); 
     638 
     639    status("Populating metadata"); 
    632640 
    633641    // Populate the metadata store 
  • trunk/loci/formats/in/DeltavisionReader.java

    r2455 r2478  
    244244 
    245245    in = new RandomAccessStream(id); 
     246 
     247    status("Reading header"); 
    246248 
    247249    // read in the image header data 
     
    481483    // ----- The Extended Header data handler begins here ------ 
    482484 
     485    status("Reading extended header"); 
     486 
    483487    numIntsPerSection = DataTools.bytesToInt(header, 128, 2, little); 
    484488    numFloatsPerSection = DataTools.bytesToInt(header, 130, 2, little); 
     
    515519      } 
    516520    } 
     521 
     522    status("Populating metadata"); 
    517523 
    518524    for (int w=0; w<numW; w++) { 
  • trunk/loci/formats/in/DicomReader.java

    r2455 r2478  
    200200    // some DICOM files have a 128 byte header followed by a 4 byte identifier 
    201201 
     202    status("Verifying DICOM format"); 
     203 
    202204    byte[] four = new byte[4]; 
    203205    long pos = 0; 
     
    214216    } 
    215217    else in.seek(pos); 
     218 
     219    status("Reading tags"); 
    216220 
    217221    boolean decodingTags = true; 
     
    325329    } 
    326330    if (numImages == 0) numImages = 1; 
     331 
     332    status("Populating metadata"); 
    327333 
    328334    sizeX[0] = width; 
  • trunk/loci/formats/in/EPSReader.java

    r2455 r2478  
    178178    super.initFile(id); 
    179179    in = new RandomAccessStream(id); 
     180     
     181    status("Verifying EPS format");   
     182     
    180183    String line = in.readLine(); 
    181184    if (!line.trim().startsWith("%!PS")) { 
    182185      throw new FormatException("Invalid EPS file."); 
    183186    } 
     187 
     188    status("Finding image data"); 
    184189 
    185190    binary = false; 
     
    254259    } 
    255260 
     261    status("Populating metadata"); 
     262 
    256263    if (bps == 0) bps = 8; 
    257264 
  • trunk/loci/formats/in/GIFReader.java

    r2455 r2478  
    233233    super.initFile(id); 
    234234 
     235    status("Verifying GIF format"); 
     236 
    235237    numFrames = 0; 
    236238    status = STATUS_OK; 
     
    245247      throw new FormatException("Not a valid GIF file."); 
    246248    } 
     249 
     250    status("Reading dimensions"); 
    247251 
    248252    width = DataTools.read2UnsignedBytes(in, true); 
     
    272276 
    273277    bgColor = gct[bgIndex]; 
     278 
     279    status("Reading data blocks"); 
    274280 
    275281    boolean done = false; 
     
    391397    } 
    392398 
     399    status("Populating metadata"); 
     400 
    393401    sizeX[0] = width; 
    394402    sizeY[0] = height; 
  • trunk/loci/formats/in/GatanReader.java

    r2455 r2478  
    186186    in = new RandomAccessStream(id); 
    187187 
     188    status("Verifying Gatan format"); 
     189 
    188190    littleEndian = false; 
    189191    pixelSizes = new Vector(); 
     
    196198    } 
    197199 
     200    status("Reading tags"); 
     201 
    198202    in.skipBytes(4); 
    199203    in.read(temp); 
     
    207211 
    208212    int datatype = Integer.parseInt((String) getMeta("DataType")); 
     213 
     214    status("Populating metadata"); 
    209215 
    210216    pixelType[0] = FormatTools.INT8; 
  • trunk/loci/formats/in/ICSReader.java

    r2455 r2478  
    256256    super.initFile(id); 
    257257 
     258    status("Finding companion file"); 
     259 
    258260    String icsId = id, idsId = id; 
    259261    int dot = id.lastIndexOf("."); 
    260262    String ext = dot < 0 ? "" : id.substring(dot + 1).toLowerCase(); 
    261     if(ext.equals("ics")) { 
     263    if (ext.equals("ics")) { 
    262264      // convert C to D regardless of case 
    263265      char[] c = idsId.toCharArray(); 
     
    265267      idsId = new String(c); 
    266268    } 
    267     else if(ext.equals("ids")) { 
     269    else if (ext.equals("ids")) { 
    268270      // convert D to C regardless of case 
    269271      char[] c = icsId.toCharArray(); 
     
    275277    Location icsFile = new Location(icsId); 
    276278    if (!icsFile.exists()) throw new FormatException("ICS file not found."); 
     279 
     280    status("Checking file version"); 
    277281 
    278282    // check if we have a v2 ICS file 
     
    296300 
    297301    icsIn = icsFile; 
     302 
     303    status("Reading metadata"); 
    298304 
    299305    RandomAccessStream reader = new RandomAccessStream(icsIn.getAbsolutePath()); 
     
    341347    } 
    342348 
     349    status("Populating metadata"); 
     350 
    343351    String images = (String) getMeta("layout sizes"); 
    344352    String ord = (String) getMeta("layout order"); 
     
    412420      ((data.length / (numImages) < (width * height * dimensions[0]/8)))) 
    413421    { 
     422      status("Decompressing pixel data");  
    414423      idsIn.read(data); 
    415424      byte[] buf = new byte[8192]; 
     
    430439    } 
    431440    else idsIn.readFully(data); 
     441 
     442    status("Populating metadata"); 
    432443 
    433444    // Populate metadata store 
  • trunk/loci/formats/in/IPLabReader.java

    r2455 r2478  
    190190    in = new RandomAccessStream(id); 
    191191 
     192    status("Populating metadata"); 
     193 
    192194    byte[] fourBytes = new byte[4]; 
    193195    in.read(fourBytes); 
     
    288290    } 
    289291 
     292    status("Reading tags"); 
     293 
    290294    in.read(fourBytes); 
    291295    String tag = new String(fourBytes); 
  • trunk/loci/formats/in/IPWReader.java

    r2455 r2478  
    222222      r.exec("dir = fs.getRoot()"); 
    223223      parseDir(0, r.getVar("dir")); 
     224      status("Populating metadata");  
    224225      initMetadata(id); 
    225226    } 
     
    430431      r.exec("dirName = dir.getName()"); 
    431432      if (isInstance)  { 
     433        status("Parsing embedded folder (" + (depth + 1) + ")");  
    432434        parseDir(depth + 1, r.getVar("entry")); 
    433435      } 
    434436      else if (isDocument) { 
     437        status("Parsing embedded file (" + depth + ")"); 
    435438        r.exec("entryName = entry.getName()"); 
    436439        r.exec("dis = new DocumentInputStream(entry)"); 
  • trunk/loci/formats/in/ImageIOReader.java

    r2455 r2478  
    128128    super.initFile(id); 
    129129 
     130    status("Populating metadata"); 
    130131    BufferedImage img = openImage(id, 0); 
    131132 
  • trunk/loci/formats/in/ImageJReader.java

    r2455 r2478  
    163163    if (debug) debug("ImageJReader.initFile(" + id + ")"); 
    164164    super.initFile(id); 
     165 
     166    status("Populating metadata"); 
    165167 
    166168    BufferedImage img = openImage(id, 0); 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisReader.java

    r2455 r2478  
    7272    super.initFile(id); 
    7373    in = new RandomAccessStream(id); 
     74     
     75    status("Verifying Imaris RAW format");  
     76     
    7477    in.order(IS_LITTLE); 
    7578 
     
    8083      throw new FormatException("Imaris magic number not found."); 
    8184    } 
     85 
     86    status("Reading header"); 
    8287 
    8388    int version = in.readInt(); 
     
    116121    addMeta("Survey performed", isSurvey == 0 ? "true" : "false"); 
    117122 
     123    status("Calculating image offsets"); 
     124 
    118125    numImages = dims[2] * dims[3]; 
    119126    offsets = new int[numImages]; 
     
    125132      } 
    126133    } 
     134 
     135    status("Populating metadata"); 
    127136 
    128137    sizeX[0] = dims[0]; 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisTiffReader.java

    r2455 r2478  
    114114    close(); 
    115115    currentId = id; 
    116     //metadata = new Hashtable(); 
    117116 
    118117    sizeX = new int[1]; 
     
    138137    // IFDs defines a stack of tiled planes. 
    139138 
     139    status("Verifying IFD sanity"); 
     140 
    140141    Vector tmp = new Vector(); 
    141142 
     
    153154      } 
    154155    } 
     156 
     157    status("Populating metadata"); 
    155158 
    156159    sizeC[0] = ifds.length - 1; 
     
    200203      } 
    201204    } 
     205 
     206    status("Parsing comment"); 
    202207 
    203208    String comment = (String) getMeta("Comment"); 
  • trunk/loci/formats/in/LIFReader.java

    r2456 r2478  
    223223    // read the header 
    224224 
     225    status("Reading header"); 
     226 
    225227    byte checkOne = (byte) in.read(); 
    226228    in.skipBytes(2); 
     
    245247    String xml = DataTools.stripString(new String(s)); 
    246248 
     249    status("Finding image offsets"); 
     250 
    247251    while (in.getFilePointer() < in.length()) { 
    248252      if (DataTools.read4SignedBytes(in, littleEndian) != 0x70) { 
     
    280284    Vector elements = new Vector(); 
    281285    seriesNames = new Vector(); 
     286 
     287    status("Populating native metadata"); 
    282288 
    283289    // first parse each element in the XML string 
     
    421427                String sMax = (String) tmp.get("Max"); 
    422428                if (sMin != null && sMax != null) { 
    423                     /* 
    424                     Integer min = new Integer(sMin); 
    425                     Integer max = new Integer(sMax); 
    426                     channelMins.add(min); 
    427                     channelMaxs.add(max); 
    428                     */ 
    429429                  double min = Double.parseDouble(sMin); 
    430430                  double max = Double.parseDouble(sMax); 
     
    467467        } 
    468468        extraDims.add(new Integer(extras)); 
    469         //if (numChannels == 2) numChannels--; 
    470469        if (numChannels == 0) numChannels++; 
    471470        channels.add(new Integer(numChannels)); 
     
    507506 
    508507    // Populate metadata store 
     508 
     509    status("Populating metadata"); 
    509510 
    510511    // The metadata store we're working with. 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyPictReader.java

    r2455 r2478  
    113113    if (debug) debug("LegacyPictReader.initFile(" + id + ")"); 
    114114    super.initFile(id); 
     115    status("Populating metadata");  
    115116    BufferedImage img = openImage(id, 0); 
    116117    sizeX[0] = img.getWidth(); 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyQTReader.java

    r2455 r2478  
    167167  { 
    168168    if (debug) debug("LegacyQTReader.initFile(" + id + ")"); 
     169     
     170    status("Checking for QuickTime Java");  
     171     
    169172    if (tools == null) { 
    170173      tools = new LegacyQTTools(); 
     
    178181    super.initFile(id); 
    179182 
     183    status("Reading movie dimensions"); 
    180184    try { 
    181185      r.exec("QTSession.open()"); 
     
    233237      } 
    234238 
     239      status("Populating metadata"); 
     240 
    235241      BufferedImage img = ImageTools.makeBuffered(image); 
    236242 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyZVIReader.java

    r2455 r2478  
    230230    while (true) { 
    231231      // search for start of next image header 
     232      status("Searching for next image");  
    232233      long header = findBlock(in, ZVI_MAGIC_BLOCK_1, pos); 
    233234 
     
    328329      pos += ZVI_MAGIC_BLOCK_3.length; 
    329330 
     331      status("Reading image header"); 
     332 
    330333      // read more header information 
    331334      int width = (int) DataTools.read4UnsignedBytes(in, true); 
     
    454457      } 
    455458    } 
     459 
     460    status("Verifying image count"); 
    456461 
    457462    if (blockList.isEmpty()) { 
  • trunk/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r2455 r2478  
    301301      in.seek(0); 
    302302 
     303      status("Finding companion file name"); 
     304 
    303305      // open the TIFF file and look for the "Image Description" field 
    304306 
     
    328330      String last; 
    329331 
    330       while(descr.indexOf("[") != -1) { 
     332      while (descr.indexOf("[") != -1) { 
    331333        first = descr.substring(0, descr.indexOf("[")); 
    332334        last = descr.substring(descr.indexOf("\n", descr.indexOf("["))); 
     
    341343      int eqIndex = descr.indexOf("="); 
    342344 
    343       while(eqIndex != -1) { 
     345      while (eqIndex != -1) { 
    344346        key = descr.substring(0, eqIndex); 
    345347        newLineNdx = descr.indexOf("\n", eqIndex); 
     
    391393      in.order(littleEndian); 
    392394 
     395      status("Reading metadata blocks"); 
     396  
    393397      in.skipBytes(8); 
    394398      int addr = in.readInt(); 
     
    437441 
    438442      int maxPlanes = 0; 
     443 
     444      status("Parsing metadata blocks"); 
    439445 
    440446      for (int i=0; i<headerIFDs.length; i++) { 
     
    480486 
    481487        if (!tiffsExist) { 
     488          status("Handling renamed TIFF files"); 
     489 
    482490          // first thing is to get original LEI name associate with each TIFF 
    483491          // this lets us figure out which TIFFs we need for this dataset 
     
    622630      } 
    623631 
     632      status("Populating metadata"); 
    624633      initMetadata(); 
    625634    } 
  • trunk/loci/formats/in/MNGReader.java

    r2455 r2478  
    151151    in = new RandomAccessStream(id); 
    152152 
     153    status("Verifying MNG format"); 
     154 
    153155    offsets = new Vector(); 
    154156    lengths = new Vector(); 
     
    163165    } 
    164166 
     167    status("Reading dimensions"); 
     168 
    165169    width = (int) DataTools.read4UnsignedBytes(in, false); 
    166170    height = (int) DataTools.read4UnsignedBytes(in, false); 
     
    177181    int maxIterations = 0; 
    178182    int currentIteration = 0; 
     183 
     184    status("Finding image offsets"); 
     185 
    179186    while (in.getFilePointer() < in.length()) { 
    180187      long len = DataTools.read4UnsignedBytes(in, false); 
     
    212219    } 
    213220 
     221    status("Populating metadata"); 
     222 
    214223    sizeX[0] = width; 
    215224    sizeY[0] = height; 
  • trunk/loci/formats/in/MRCReader.java

    r2455 r2478  
    168168    in = new RandomAccessStream(id); 
    169169 
     170    status("Reading header"); 
     171 
    170172    // check endianness 
    171173 
     
    355357 
    356358    in.skipBytes(extHeaderSize); 
     359 
     360    status("Populating metadata"); 
    357361 
    358362    sizeT[0] = 1; 
  • trunk/loci/formats/in/MicromanagerReader.java

    r2455 r2478  
    170170    tiffReader = new TiffReader(); 
    171171 
     172    status("Reading metadata file"); 
     173 
    172174    // find metadata.txt 
    173175 
     
    182184    String s = new String(meta); 
    183185    meta = null; 
     186 
     187    status("Finding image file names"); 
    184188 
    185189    // first find the name of each TIFF file 
     
    195199 
    196200    // now parse the rest of the metadata 
     201 
     202    status("Populating metadata"); 
    197203 
    198204    int start = s.indexOf("Summary"); 
  • trunk/loci/formats/in/ND2Reader.java

    r2455 r2478  
    277277    in = new RandomAccessStream(id); 
    278278 
     279    status("Calculating image offsets"); 
     280 
    279281    try { 
    280282      File f = new File(Location.getMappedId(id)); 
     
    301303    } 
    302304    catch (ReflectException e) { throw new FormatException(e); } 
     305 
     306    status("Finding XML metadata"); 
    303307 
    304308    numImages = offsets.length; 
     
    333337      } 
    334338    } 
     339 
     340    status("Parsing XML"); 
    335341 
    336342    if (off > 0 && off < in.length() - 5) { 
     
    411417    } 
    412418 
     419    status("Populating metadata"); 
     420 
    413421    BufferedImage img = openImage(id, 0); 
    414422    sizeX[0] = img.getWidth(); 
  • trunk/loci/formats/in/OIBReader.java

    r2455 r2478  
    310310 
    311311      int numSeries = width.size(); 
     312 
     313      status("Sorting images"); 
    312314 
    313315      // sort names 
     
    347349      } 
    348350 
     351      status("Populating metadata"); 
     352 
    349353      String[] labels = new String[9]; 
    350354      String[] dims = new String[9]; 
     
    578582      r.exec("dirName = dir.getName()"); 
    579583      if (isInstance)  { 
     584        status("Parsing embedded folder (" + (depth + 1) + ")");  
    580585        parseDir(depth + 1, r.getVar("entry")); 
    581586      } 
    582587      else if (isDocument) { 
     588        status("Parsing embedded file (" + depth + ")"); 
    583589        r.exec("entryName = entry.getName()"); 
    584590        if (debug) { 
  • trunk/loci/formats/in/OIFReader.java

    r2455 r2478  
    264264    // if not, we need to look for it in the parent directory 
    265265 
     266    status("Finding metadata file"); 
     267 
    266268    String oifFile = id; 
    267269    if (!id.toLowerCase().endsWith("oif")) { 
     
    299301 
    300302    // parse each key/value pair (one per line) 
     303 
     304    status("Parsing metadata values"); 
    301305 
    302306    byte[] b = new byte[(int) reader.length()]; 
     
    326330    } 
    327331 
     332    status("Initializing helper readers"); 
     333 
    328334    thumbReader = new BMPReader(); 
    329335    thumbReader.setColorTableIgnored(isColorTableIgnored()); 
     
    338344 
    339345    // open each INI file (.pty extension) 
     346 
     347    status("Reading additional metadata"); 
    340348 
    341349    String tiffPath = null; 
     
    380388      } 
    381389    } 
     390 
     391    status("Populating metadata"); 
    382392 
    383393    for (int i=0; i<9; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/OMEXMLReader.java

    r2455 r2478  
    251251    omexml = new OMEXMLMetadataStore(); 
    252252 
     253    status("Determining endianness"); 
     254 
    253255    in.skipBytes(200); 
    254256 
     
    291293      offsets[i] = new Vector(); 
    292294    } 
     295 
     296    status("Finding image offsets"); 
    293297 
    294298    // look for the first BinData element in each series 
     
    373377    buf = null; 
    374378 
     379    status("Populating metadata"); 
     380 
    375381    OMENode ome = null; 
    376382    try { 
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabRawReader.java

    r2455 r2478  
    163163    // read the 12 byte file header 
    164164 
     165    status("Verifying Openlab RAW format"); 
     166 
    165167    byte[] header = new byte[4]; 
    166168    in.read(header); 
     
    169171      throw new FormatException("Openlab RAW magic string not found."); 
    170172    } 
     173 
     174    status("Populating metadata"); 
    171175 
    172176    int version = in.readInt(); 
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabReader.java

    r2455 r2478  
    401401    in = new RandomAccessStream(id); 
    402402 
     403    status("Verifying Openlab LIFF format"); 
     404 
    403405    in.skipBytes(4); 
    404406    byte[] b = new byte[4]; 
     
    419421    int offset = DataTools.read4SignedBytes(in, false); 
    420422    in.seek(offset); 
     423 
     424    status("Finding image offsets"); 
    421425 
    422426    layerInfoList = new Vector[2]; 
     
    567571 
    568572    // determine if we have a multi-series file 
     573 
     574    status("Determining series count"); 
    569575 
    570576    int oldChannels = openBytes(id, 0).length / (width[0] * height[0] * 3); 
     
    661667      height[1] = oldH; 
    662668    } 
     669 
     670    status("Populating metadata"); 
    663671 
    664672    numSeries = numImages.length; 
  • trunk/loci/formats/in/PerkinElmerReader.java

    r2455 r2478  
    188188    } 
    189189 
     190    status("Finding HTML companion file"); 
     191 
    190192    if (debug) debug("PerkinElmerReader.initFile(" + id + ")"); 
    191193    // always init on the HTML file - this prevents complications with 
     
    215217 
    216218    allFiles.add(id); 
     219 
     220    status("Searching for all metadata companion files"); 
    217221 
    218222    // check if we have any of the required header file types 
     
    329333    String[] tempFiles = files; 
    330334    files = new String[filesPt]; 
    331     //System.arraycopy(tempFiles, 0, files, 0, filesPt); 
    332335 
    333336    // determine the number of different extensions we have 
     337 
     338    status("Finding image files"); 
    334339 
    335340    int extCount = 0; 
     
    389394    // we always parse the .tim and .htm files if they exist, along with 
    390395    // either the .csv file or the .zpo file 
     396 
     397    status("Parsing metadata values"); 
    391398 
    392399    if (timPos != -1) { 
     
    533540      } 
    534541    } 
     542 
     543    status("Populating metadata"); 
    535544 
    536545    channels = Integer.parseInt(wavelengths); 
  • trunk/loci/formats/in/PictReader.java

    r2455 r2478  
    194194    super.initFile(id); 
    195195    in = new RandomAccessStream(id); 
     196 
     197    status("Populating metadata"); 
    196198 
    197199    little = false; 
  • trunk/loci/formats/in/PrairieReader.java

    r2455 r2478  
    225225    if (id.endsWith("xml") || id.endsWith("cfg")) { 
    226226      // we have been given the XML file that lists TIFF files (best case) 
     227 
     228      status("Parsing XML"); 
    227229 
    228230      if (id.endsWith("xml")) { 
     
    317319        f.copyInto(files); 
    318320 
     321        status("Populating metadata"); 
     322 
    319323        boolean isZ = 
    320324          ((String) getMeta("PVScan Sequence type")).equals("ZSeries"); 
     
    399403      // we have been given a TIFF file - reinitialize with the proper XML file 
    400404 
     405      status("Finding XML file"); 
     406 
    401407      Location f = new Location(id); 
    402408      f = f.getAbsoluteFile(); 
  • trunk/loci/formats/in/QTReader.java

    r2455 r2478  
    578578    offsets = new Vector(); 
    579579    chunkSizes = new Vector(); 
     580    status("Parsing tags");  
    580581    parse(0, 0, in.length()); 
    581582    numImages = offsets.size(); 
     583 
     584    status("Populating metadata"); 
    582585 
    583586    int bytesPerPixel = bitsPerPixel / 8; 
  • trunk/loci/formats/in/SDTReader.java

    r2455 r2478  
    217217    in.order(true); 
    218218 
     219    status("Reading header"); 
     220 
    219221    // read file header information 
    220222    info = new SDTInfo(in, metadata); 
     
    225227    addMeta("channels", new Integer(channels)); 
    226228 
     229    status("Populating metadata"); 
     230 
    227231    sizeX[0] = info.width; 
    228232    sizeY[0] = info.height; 
  • trunk/loci/formats/in/SlidebookReader.java

    r2455 r2478  
    152152    in = new RandomAccessStream(id); 
    153153 
     154    status("Determining series count"); 
     155 
    154156    in.skipBytes(4); 
    155157    little = in.read() == 0x49; 
     
    168170 
    169171    // determine the number of images 
     172 
     173    status("Determining image count");  
    170174 
    171175    byte[] buf = new byte[8192]; 
     
    224228    // look for the first "i...II" block - this will have the width and height 
    225229 
     230    status("Populating metadata"); 
     231 
    226232    in.seek(lastH); 
    227233    in.skipBytes(335); 
  • trunk/loci/formats/in/TiffReader.java

    r2455 r2478  
    7171    String comment = (String) getMeta("Comment"); 
    7272 
     73    status("Checking comment style"); 
     74 
    7375    // check for OME-XML in TIFF comment (OME-TIFF format) 
    7476    boolean omeTiff = comment != null && comment.indexOf("ome.xsd") >= 0; 
    7577    put("OME-TIFF", omeTiff ? "yes" : "no"); 
    7678    if (omeTiff) { 
     79      status("Found OME-TIFF: parsing OME-XML"); 
     80 
    7781      // convert string to DOM 
    7882      ByteArrayInputStream is = new ByteArrayInputStream(comment.getBytes()); 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissLSMReader.java

    r2465 r2478  
    165165    // NEW_SUBFILE_TYPE = 1 indicates that the IFD 
    166166    // contains a thumbnail image 
     167 
     168    status("Removing thumbnails"); 
    167169 
    168170    int numThumbs = 0; 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r2455 r2478  
    375375      r.exec("dir = fs.getRoot()"); 
    376376      parseDir(0, r.getVar("dir")); 
     377 
     378      status("Populating metadata"); 
    377379 
    378380      zSize = zIndices.size(); 
     
    519521 
    520522      if (isInstance)  { 
     523        status("Parsing embedded folder (" + (depth + 1) + ")");  
    521524        parseDir(depth + 1, r.getVar("entry")); 
    522525      } 
    523526      else if (isDocument) { 
     527        status("Parsing embedded file (" + depth + ")"); 
    524528        r.exec("entryName = entry.getName()"); 
    525529        if (debug) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.