Changeset 2587


Ignore:
Timestamp:
04/10/07 11:16:23 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:

Eliminated remaining deprecation warnings; moved all deprecated methods to
the bottom of their respective files.

Location:
trunk
Files:
18 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/FileStitcher.java

    r2586 r2587  
    147147    throws FormatException, IOException 
    148148  { 
    149     if (!id.equals(currentId)) initFile(id); 
    150     return ag[getSeries(id)].getAxisTypes(); 
     149    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     150    return ag[getSeries()].getAxisTypes(); 
    151151  } 
    152152 
     
    163163    throws FormatException, IOException 
    164164  { 
    165     if (!id.equals(currentId)) initFile(id); 
    166     ag[getSeries(id)].setAxisTypes(axes); 
     165    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     166    ag[getSeries()].setAxisTypes(axes); 
    167167    computeAxisLengths(); 
    168168  } 
     
    183183    throws FormatException, IOException 
    184184  { 
    185     if (!id.equals(currentId)) initFile(id); 
    186     return ag[getSeries(id)]; 
     185    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     186    return ag[getSeries()]; 
    187187  } 
    188188 
     
    576576  public boolean testRead(String[] args) throws FormatException, IOException { 
    577577    return FormatTools.testRead(this, args); 
    578   } 
    579  
    580   // -- Deprecated IFormatReader API methods -- 
    581  
    582   /** @deprecated Replaced by {@link getImageCount()} */ 
    583   public int getImageCount(String id) throws FormatException, IOException { 
    584     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    585     return getImageCount();  
    586   } 
    587  
    588   /** @deprecated Replaced by {@link isRGB()} */ 
    589   public boolean isRGB(String id) throws FormatException, IOException { 
    590     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    591     return isRGB();  
    592   } 
    593  
    594   /** @deprecated Replaced by {@link getSizeX()} */ 
    595   public int getSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
    596     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    597     return getSizeX();  
    598   } 
    599  
    600   /** @deprecated Replaced by {@link getSizeY()} */ 
    601   public int getSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
    602     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    603     return getSizeY();  
    604   } 
    605  
    606   /** @deprecated Replaced by {@link getSizeZ()} */ 
    607   public int getSizeZ(String id) throws FormatException, IOException { 
    608     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    609     return getSizeZ();  
    610   } 
    611  
    612   /** @deprecated Replaced by {@link getSizeC()} */ 
    613   public int getSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
    614     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    615     return getSizeC();  
    616   } 
    617  
    618   /** @deprecated Replaced by {@link getSizeT()} */ 
    619   public int getSizeT(String id) throws FormatException, IOException { 
    620     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    621     return getSizeT();  
    622   } 
    623  
    624   /** @deprecated Replaced by {@link getPixelType()} */ 
    625   public int getPixelType(String id) throws FormatException, IOException { 
    626     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    627     return getPixelType();   
    628   } 
    629  
    630   /** @deprecated Replaced by {@link getEffectiveSizeC()} */ 
    631   public int getEffectiveSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
    632     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    633     return getImageCount() / (getSizeZ() * getSizeT()); 
    634   } 
    635  
    636   /** @deprecated Replaced by {@link getRGBChannelCount()} */ 
    637   public int getRGBChannelCount(String id) throws FormatException, IOException { 
    638     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    639     return getSizeC() / getEffectiveSizeC(); 
    640   } 
    641  
    642   /** @deprecated Replaced by {@link getChannelDimLengths()} */ 
    643   public int[] getChannelDimLengths(String id) 
    644     throws FormatException, IOException 
    645   { 
    646     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    647     int sno = getSeries(); 
    648     int len = lenC[sno].length; 
    649     int[] cLengths = new int[len]; 
    650     System.arraycopy(lenC[sno], 0, cLengths, 0, len); 
    651     return cLengths; 
    652   } 
    653  
    654   /** @deprecated Replaced by {@link getChannelDimTypes()} */ 
    655   public String[] getChannelDimTypes(String id) 
    656     throws FormatException, IOException 
    657   { 
    658     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    659     int sno = getSeries(); 
    660     int len = lenC[sno].length; 
    661     String[] cTypes = new String[len]; 
    662     Arrays.fill(cTypes, FormatTools.CHANNEL); 
    663     return cTypes; 
    664   } 
    665  
    666   /** @deprecated Replaced by {@link getThumbSizeX()} */ 
    667   public int getThumbSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
    668     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    669     return reader.getThumbSizeX(); 
    670   } 
    671  
    672   /** @deprecated Replaced by {@link getThumbSizeY()} */ 
    673   public int getThumbSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
    674     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    675     return reader.getThumbSizeY(); 
    676   } 
    677  
    678   /** @deprecated Replaced by {@link isLittleEndian()} */ 
    679   public boolean isLittleEndian(String id) throws FormatException, IOException { 
    680     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    681     return reader.isLittleEndian(); 
    682   } 
    683  
    684   /** @deprecated Replaced by {@link getDimensionOrder()} */  
    685   public String getDimensionOrder(String id) 
    686     throws FormatException, IOException 
    687   { 
    688     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    689     return order[getSeries()]; 
    690   } 
    691  
    692   /** @deprecated Replaced by {@link isOrderCertain()} */ 
    693   public boolean isOrderCertain(String id) throws FormatException, IOException { 
    694     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    695     return ag[getSeries()].isCertain(); 
    696   } 
    697  
    698   /** @deprecated Replaced by {@link isInterleaved()} */ 
    699   public boolean isInterleaved(String id) throws FormatException, IOException { 
    700     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    701     return reader.isInterleaved(); 
    702   } 
    703  
    704   /** @deprecated Replaced by {@link isInterleaved(int)} */ 
    705   public boolean isInterleaved(String id, int subC) 
    706     throws FormatException, IOException 
    707   { 
    708     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    709     return reader.isInterleaved(subC); 
    710   } 
    711  
    712   /** @deprecated Replaced by {@link openImage(int)} */  
    713   public BufferedImage openImage(String id, int no) 
    714     throws FormatException, IOException 
    715   { 
    716     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    717     return openImage(no);  
    718   } 
    719  
    720   /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int)} */  
    721   public byte[] openBytes(String id, int no) 
    722     throws FormatException, IOException 
    723   { 
    724     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    725     return openBytes(no);  
    726   } 
    727  
    728   /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int, byte[]) */ 
    729   public byte[] openBytes(String id, int no, byte[] buf) 
    730     throws FormatException, IOException 
    731   { 
    732     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    733     return openBytes(no, buf);  
    734   } 
    735  
    736   /** @deprecated Replaced by {@link openThumbImage(int)} */ 
    737   public BufferedImage openThumbImage(String id, int no) 
    738     throws FormatException, IOException 
    739   { 
    740     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    741     return openThumbImage(no);  
    742   } 
    743  
    744   /** @deprecated Replaced by {@link openThumbImage(int)} */ 
    745   public byte[] openThumbBytes(String id, int no) 
    746     throws FormatException, IOException 
    747   { 
    748     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    749     return openThumbBytes(no);  
    750   } 
    751  
    752   /** @deprecated Replaced by {@link getSeriesCount()} */ 
    753   public int getSeriesCount(String id) throws FormatException, IOException { 
    754     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    755     return reader.getSeriesCount(); 
    756   } 
    757  
    758   /** @deprecated Replaced by {@link setSeries(int)} */ 
    759   public void setSeries(String id, int no) throws FormatException, IOException { 
    760     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    761     reader.setSeries(no); 
    762   } 
    763  
    764   /** @deprecated Replaced by {@link getSeries()} */ 
    765   public int getSeries(String id) throws FormatException, IOException { 
    766     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    767     return reader.getSeries(); 
    768   } 
    769  
    770   /** @deprecated Replaced by {@link getUsedFiles()} */ 
    771   public String[] getUsedFiles(String id) throws FormatException, IOException { 
    772     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    773     return getUsedFiles(); 
    774   } 
    775  
    776   /** @deprecated Replaced by {@link getIndex(int, int, int)} */ 
    777   public int getIndex(String id, int z, int c, int t) 
    778     throws FormatException, IOException 
    779   { 
    780     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    781     return FormatTools.getIndex(this, z, c, t); 
    782   } 
    783  
    784   /** @deprecated Replaced by {@link getZCTCoords(int)} */ 
    785   public int[] getZCTCoords(String id, int index) 
    786     throws FormatException, IOException 
    787   { 
    788     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    789     return FormatTools.getZCTCoords(this, index); 
    790   } 
    791  
    792   /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataValue(String)} */ 
    793   public Object getMetadataValue(String id, String field) 
    794     throws FormatException, IOException 
    795   { 
    796     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    797     return reader.getMetadataValue(field); 
    798   } 
    799  
    800   /** @deprecated Replaced by {@link getMetadata()} */ 
    801   public Hashtable getMetadata(String id) throws FormatException, IOException { 
    802     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    803     return reader.getMetadata(); 
    804   } 
    805  
    806   /** @deprecated Replaced by {@link getCoreMetadata()} */ 
    807   public CoreMetadata getCoreMetadata(String id) 
    808     throws FormatException, IOException 
    809   { 
    810     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    811     return reader.getCoreMetadata(); 
    812   } 
    813  
    814   /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataStore()} */ 
    815   public MetadataStore getMetadataStore(String id) 
    816     throws FormatException, IOException 
    817   { 
    818     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    819     return reader.getMetadataStore(); 
    820   } 
    821  
    822   /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataStoreRoot()} */ 
    823   public Object getMetadataStoreRoot(String id) 
    824     throws FormatException, IOException 
    825   { 
    826     if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
    827     return reader.getMetadataStoreRoot(); 
    828578  } 
    829579 
     
    1123873  } 
    1124874 
     875  // -- Deprecated IFormatReader API methods -- 
     876 
     877  /** @deprecated Replaced by {@link getImageCount()} */ 
     878  public int getImageCount(String id) throws FormatException, IOException { 
     879    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     880    return getImageCount();  
     881  } 
     882 
     883  /** @deprecated Replaced by {@link isRGB()} */ 
     884  public boolean isRGB(String id) throws FormatException, IOException { 
     885    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     886    return isRGB();  
     887  } 
     888 
     889  /** @deprecated Replaced by {@link getSizeX()} */ 
     890  public int getSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
     891    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     892    return getSizeX();  
     893  } 
     894 
     895  /** @deprecated Replaced by {@link getSizeY()} */ 
     896  public int getSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
     897    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     898    return getSizeY();  
     899  } 
     900 
     901  /** @deprecated Replaced by {@link getSizeZ()} */ 
     902  public int getSizeZ(String id) throws FormatException, IOException { 
     903    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     904    return getSizeZ();  
     905  } 
     906 
     907  /** @deprecated Replaced by {@link getSizeC()} */ 
     908  public int getSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
     909    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     910    return getSizeC();  
     911  } 
     912 
     913  /** @deprecated Replaced by {@link getSizeT()} */ 
     914  public int getSizeT(String id) throws FormatException, IOException { 
     915    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     916    return getSizeT();  
     917  } 
     918 
     919  /** @deprecated Replaced by {@link getPixelType()} */ 
     920  public int getPixelType(String id) throws FormatException, IOException { 
     921    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     922    return getPixelType();   
     923  } 
     924 
     925  /** @deprecated Replaced by {@link getEffectiveSizeC()} */ 
     926  public int getEffectiveSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
     927    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     928    return getImageCount() / (getSizeZ() * getSizeT()); 
     929  } 
     930 
     931  /** @deprecated Replaced by {@link getRGBChannelCount()} */ 
     932  public int getRGBChannelCount(String id) throws FormatException, IOException { 
     933    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     934    return getSizeC() / getEffectiveSizeC(); 
     935  } 
     936 
     937  /** @deprecated Replaced by {@link getChannelDimLengths()} */ 
     938  public int[] getChannelDimLengths(String id) 
     939    throws FormatException, IOException 
     940  { 
     941    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     942    int sno = getSeries(); 
     943    int len = lenC[sno].length; 
     944    int[] cLengths = new int[len]; 
     945    System.arraycopy(lenC[sno], 0, cLengths, 0, len); 
     946    return cLengths; 
     947  } 
     948 
     949  /** @deprecated Replaced by {@link getChannelDimTypes()} */ 
     950  public String[] getChannelDimTypes(String id) 
     951    throws FormatException, IOException 
     952  { 
     953    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     954    int sno = getSeries(); 
     955    int len = lenC[sno].length; 
     956    String[] cTypes = new String[len]; 
     957    Arrays.fill(cTypes, FormatTools.CHANNEL); 
     958    return cTypes; 
     959  } 
     960 
     961  /** @deprecated Replaced by {@link getThumbSizeX()} */ 
     962  public int getThumbSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
     963    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     964    return reader.getThumbSizeX(); 
     965  } 
     966 
     967  /** @deprecated Replaced by {@link getThumbSizeY()} */ 
     968  public int getThumbSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
     969    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     970    return reader.getThumbSizeY(); 
     971  } 
     972 
     973  /** @deprecated Replaced by {@link isLittleEndian()} */ 
     974  public boolean isLittleEndian(String id) throws FormatException, IOException { 
     975    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     976    return reader.isLittleEndian(); 
     977  } 
     978 
     979  /** @deprecated Replaced by {@link getDimensionOrder()} */  
     980  public String getDimensionOrder(String id) 
     981    throws FormatException, IOException 
     982  { 
     983    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     984    return order[getSeries()]; 
     985  } 
     986 
     987  /** @deprecated Replaced by {@link isOrderCertain()} */ 
     988  public boolean isOrderCertain(String id) throws FormatException, IOException { 
     989    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     990    return ag[getSeries()].isCertain(); 
     991  } 
     992 
     993  /** @deprecated Replaced by {@link isInterleaved()} */ 
     994  public boolean isInterleaved(String id) throws FormatException, IOException { 
     995    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     996    return reader.isInterleaved(); 
     997  } 
     998 
     999  /** @deprecated Replaced by {@link isInterleaved(int)} */ 
     1000  public boolean isInterleaved(String id, int subC) 
     1001    throws FormatException, IOException 
     1002  { 
     1003    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1004    return reader.isInterleaved(subC); 
     1005  } 
     1006 
     1007  /** @deprecated Replaced by {@link openImage(int)} */  
     1008  public BufferedImage openImage(String id, int no) 
     1009    throws FormatException, IOException 
     1010  { 
     1011    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1012    return openImage(no);  
     1013  } 
     1014 
     1015  /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int)} */  
     1016  public byte[] openBytes(String id, int no) 
     1017    throws FormatException, IOException 
     1018  { 
     1019    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1020    return openBytes(no);  
     1021  } 
     1022 
     1023  /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int, byte[]) */ 
     1024  public byte[] openBytes(String id, int no, byte[] buf) 
     1025    throws FormatException, IOException 
     1026  { 
     1027    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1028    return openBytes(no, buf);  
     1029  } 
     1030 
     1031  /** @deprecated Replaced by {@link openThumbImage(int)} */ 
     1032  public BufferedImage openThumbImage(String id, int no) 
     1033    throws FormatException, IOException 
     1034  { 
     1035    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1036    return openThumbImage(no);  
     1037  } 
     1038 
     1039  /** @deprecated Replaced by {@link openThumbImage(int)} */ 
     1040  public byte[] openThumbBytes(String id, int no) 
     1041    throws FormatException, IOException 
     1042  { 
     1043    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1044    return openThumbBytes(no);  
     1045  } 
     1046 
     1047  /** @deprecated Replaced by {@link getSeriesCount()} */ 
     1048  public int getSeriesCount(String id) throws FormatException, IOException { 
     1049    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1050    return reader.getSeriesCount(); 
     1051  } 
     1052 
     1053  /** @deprecated Replaced by {@link setSeries(int)} */ 
     1054  public void setSeries(String id, int no) throws FormatException, IOException { 
     1055    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1056    reader.setSeries(no); 
     1057  } 
     1058 
     1059  /** @deprecated Replaced by {@link getSeries()} */ 
     1060  public int getSeries(String id) throws FormatException, IOException { 
     1061    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1062    return reader.getSeries(); 
     1063  } 
     1064 
     1065  /** @deprecated Replaced by {@link getUsedFiles()} */ 
     1066  public String[] getUsedFiles(String id) throws FormatException, IOException { 
     1067    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1068    return getUsedFiles(); 
     1069  } 
     1070 
     1071  /** @deprecated Replaced by {@link getIndex(int, int, int)} */ 
     1072  public int getIndex(String id, int z, int c, int t) 
     1073    throws FormatException, IOException 
     1074  { 
     1075    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1076    return FormatTools.getIndex(this, z, c, t); 
     1077  } 
     1078 
     1079  /** @deprecated Replaced by {@link getZCTCoords(int)} */ 
     1080  public int[] getZCTCoords(String id, int index) 
     1081    throws FormatException, IOException 
     1082  { 
     1083    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1084    return FormatTools.getZCTCoords(this, index); 
     1085  } 
     1086 
     1087  /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataValue(String)} */ 
     1088  public Object getMetadataValue(String id, String field) 
     1089    throws FormatException, IOException 
     1090  { 
     1091    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1092    return reader.getMetadataValue(field); 
     1093  } 
     1094 
     1095  /** @deprecated Replaced by {@link getMetadata()} */ 
     1096  public Hashtable getMetadata(String id) throws FormatException, IOException { 
     1097    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1098    return reader.getMetadata(); 
     1099  } 
     1100 
     1101  /** @deprecated Replaced by {@link getCoreMetadata()} */ 
     1102  public CoreMetadata getCoreMetadata(String id) 
     1103    throws FormatException, IOException 
     1104  { 
     1105    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1106    return reader.getCoreMetadata(); 
     1107  } 
     1108 
     1109  /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataStore()} */ 
     1110  public MetadataStore getMetadataStore(String id) 
     1111    throws FormatException, IOException 
     1112  { 
     1113    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1114    return reader.getMetadataStore(); 
     1115  } 
     1116 
     1117  /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataStoreRoot()} */ 
     1118  public Object getMetadataStoreRoot(String id) 
     1119    throws FormatException, IOException 
     1120  { 
     1121    if (!id.equals(currentId)) setId(id); 
     1122    return reader.getMetadataStoreRoot(); 
     1123  } 
     1124 
    11251125} 
  • trunk/loci/formats/FormatReader.java

    r2586 r2587  
    9595  protected void initFile(String id) throws FormatException, IOException { 
    9696    if (currentId != null) { 
    97       String[] s = getUsedFiles(currentId); 
     97      String[] s = getUsedFiles(); 
    9898      for (int i=0; i<s.length; i++) { 
    9999        if (id.equals(s[i])) return; 
     
    132132    throws FormatException, IOException 
    133133  { 
    134     String[] usedFiles = getUsedFiles(id); 
     134    String[] usedFiles = getUsedFiles(); 
    135135    for (int i=0; i<usedFiles.length; i++) { 
    136136      if (usedFiles[i].equals(file) || 
     
    475475  } 
    476476 
     477  // -- Utility methods -- 
     478 
     479  /** Toggles debug mode (more verbose output and error messages). */ 
     480  public static void setDebug(boolean debug) { 
     481    FormatReader.debug = debug; 
     482  } 
     483 
     484  /** 
     485   * Toggles debug mode verbosity (which kinds of output are produced). 
     486   * @param debugLevel 1=basic, 2=extended, 3=everything. 
     487   */ 
     488  public static void setDebugLevel(int debugLevel) { 
     489    FormatReader.debugLevel = debugLevel; 
     490  } 
     491 
    477492  // -- Deprecated IFormatReader API methods -- 
    478493 
     
    730745  } 
    731746 
    732   // -- Utility methods -- 
    733  
    734   /** Toggles debug mode (more verbose output and error messages). */ 
    735   public static void setDebug(boolean debug) { 
    736     FormatReader.debug = debug; 
    737   } 
    738  
    739   /** 
    740    * Toggles debug mode verbosity (which kinds of output are produced). 
    741    * @param debugLevel 1=basic, 2=extended, 3=everything. 
    742    */ 
    743   public static void setDebugLevel(int debugLevel) { 
    744     FormatReader.debugLevel = debugLevel; 
    745   } 
    746  
    747747} 
  • trunk/loci/formats/FormatWriter.java

    r2574 r2587  
    7272    throws FormatException, IOException; 
    7373 
    74   /** @deprecated Replaced by {@link #saveImage(String, Image, boolean)} */ 
    75   public void save(String id, Image image, boolean last) 
    76     throws FormatException, IOException 
    77   { 
    78     saveImage(id, image, last); 
    79   } 
    80  
    8174  /** Reports whether the writer can save multiple images to a single file. */ 
    8275  public abstract boolean canDoStacks(String id); 
     
    133126  } 
    134127 
     128  // -- Deprecated IFormatWriter API methods -- 
     129 
     130  /** @deprecated Replaced by {@link #saveImage(String, Image, boolean)} */ 
     131  public void save(String id, Image image, boolean last) 
     132    throws FormatException, IOException 
     133  { 
     134    saveImage(id, image, last); 
     135  } 
     136 
    135137} 
  • trunk/loci/formats/IFormatWriter.java

    r2569 r2587  
    3939    throws FormatException, IOException; 
    4040   
    41   /** @deprecated Replaced by {@link #saveImage(String, Image, boolean)} */ 
    42   void save(String id, Image image, boolean last) 
    43     throws FormatException, IOException; 
    44  
    4541  /** Closes open files. */ 
    4642  void close() throws FormatException, IOException; 
     
    7773  boolean testConvert(String[] args) throws FormatException, IOException; 
    7874 
     75  // -- Deprecated API methods -- 
     76 
     77  /** @deprecated Replaced by {@link #saveImage(String, Image, boolean)} */ 
     78  void save(String id, Image image, boolean last) 
     79    throws FormatException, IOException; 
     80 
    7981} 
  • trunk/loci/formats/ImageReader.java

    r2586 r2587  
    414414  } 
    415415 
    416   // -- Deprecated IFormatReader API methods -- 
    417  
    418   /** @deprecated Replaced by {@link getImageCount()} */ 
    419   public int getImageCount(String id) throws FormatException, IOException { 
    420     setId(id); 
    421     return getReader().getImageCount(); 
    422   } 
    423  
    424   /** @deprecated Replaced by {@link isRGB()} */ 
    425   public boolean isRGB(String id) throws FormatException, IOException { 
    426     setId(id); 
    427     return getReader().isRGB(); 
    428   } 
    429  
    430   /** @deprecated Replaced by {@link getSizeX()} */ 
    431   public int getSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
    432     setId(id); 
    433     return getReader().getSizeX(); 
    434   } 
    435  
    436   /** @deprecated Replaced by {@link getSizeY()} */ 
    437   public int getSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
    438     setId(id); 
    439     return getReader().getSizeY(); 
    440   } 
    441  
    442   /** @deprecated Replaced by {@link getSizeZ()} */ 
    443   public int getSizeZ(String id) throws FormatException, IOException { 
    444     setId(id); 
    445     return getReader().getSizeZ(); 
    446   } 
    447  
    448   /** @deprecated Replaced by {@link getSizeC()} */ 
    449   public int getSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
    450     setId(id); 
    451     return getReader().getSizeC(); 
    452   } 
    453  
    454   /** @deprecated Replaced by {@link getSizeT()} */ 
    455   public int getSizeT(String id) throws FormatException, IOException { 
    456     setId(id); 
    457     return getReader().getSizeT(); 
    458   } 
    459  
    460   /** @deprecated Replaced by {@link getPixelType()} */ 
    461   public int getPixelType(String id) throws FormatException, IOException { 
    462     setId(id); 
    463     return getReader().getPixelType(); 
    464   } 
    465  
    466   /** @deprecated Replaced by {@link getEffectiveSizeC()} */ 
    467   public int getEffectiveSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
    468     setId(id); 
    469     return getReader().getEffectiveSizeC(); 
    470   } 
    471  
    472   /** @deprecated Replaced by {@link getRGBChannelCount()} */ 
    473   public int getRGBChannelCount(String id) throws FormatException, IOException { 
    474     setId(id); 
    475     return getReader().getRGBChannelCount(); 
    476   } 
    477  
    478   /** @deprecated Replaced by {@link getChannelDimLengths()} */ 
    479   public int[] getChannelDimLengths(String id) 
    480     throws FormatException, IOException 
    481   { 
    482     setId(id); 
    483     return getReader().getChannelDimLengths(); 
    484   } 
    485  
    486   /** @deprecated Replaced by {@link getChannelDimTypes()} */ 
    487   public String[] getChannelDimTypes(String id) 
    488     throws FormatException, IOException 
    489   { 
    490     setId(id); 
    491     return getReader().getChannelDimTypes(); 
    492   } 
    493  
    494   /** @deprecated Replaced by {@link getThumbSizeX()} */ 
    495   public int getThumbSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
    496     setId(id); 
    497     return getReader().getThumbSizeX(); 
    498   } 
    499  
    500   /** @deprecated Replaced by {@link getThumbSizeY()} */ 
    501   public int getThumbSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
    502     setId(id); 
    503     return getReader().getThumbSizeY(); 
    504   } 
    505  
    506   /** @deprecated Replaced by {@link isLittleEndian()} */ 
    507   public boolean isLittleEndian(String id) throws FormatException, IOException { 
    508     setId(id); 
    509     return getReader().isLittleEndian(); 
    510   } 
    511  
    512   /** @deprecated Replaced by {@link getDimensionOrder()} */ 
    513   public String getDimensionOrder(String id) 
    514     throws FormatException, IOException 
    515   { 
    516     setId(id); 
    517     return getReader().getDimensionOrder(); 
    518   } 
    519  
    520   /** @deprecated Replaced by {@link isOrderCertain()} */ 
    521   public boolean isOrderCertain(String id) throws FormatException, IOException { 
    522     setId(id); 
    523     return getReader().isOrderCertain(); 
    524   } 
    525  
    526   /** @deprecated Replaced by {@link isInterleaved()} */ 
    527   public boolean isInterleaved(String id) throws FormatException, IOException { 
    528     setId(id); 
    529     return getReader().isInterleaved(); 
    530   } 
    531  
    532   /** @deprecated Replaced by {@link isInterleaved(int)} */ 
    533   public boolean isInterleaved(String id, int subC) 
    534     throws FormatException, IOException 
    535   { 
    536     setId(id); 
    537     return getReader().isInterleaved(subC); 
    538   } 
    539  
    540   /** @deprecated Replaced by {@link openImage(int)} */ 
    541   public BufferedImage openImage(String id, int no) 
    542     throws FormatException, IOException 
    543   { 
    544     setId(id); 
    545     return getReader().openImage(no); 
    546   } 
    547  
    548   /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int)} */ 
    549   public byte[] openBytes(String id, int no) 
    550     throws FormatException, IOException 
    551   { 
    552     setId(id); 
    553     return getReader().openBytes(no); 
    554   } 
    555  
    556   /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int, byte[])} */ 
    557   public byte[] openBytes(String id, int no, byte[] buf) 
    558     throws FormatException, IOException 
    559   { 
    560     setId(id); 
    561     return getReader().openBytes(no, buf); 
    562   } 
    563  
    564   /** @deprecated Replaced by {@link openThumbImage(int)} */ 
    565   public BufferedImage openThumbImage(String id, int no) 
    566     throws FormatException, IOException 
    567   { 
    568     setId(id); 
    569     return getReader().openThumbImage(no); 
    570   } 
    571  
    572   /** @deprecated Replaced by {@link openThumbBytes(int)} */ 
    573   public byte[] openThumbBytes(String id, int no) 
    574     throws FormatException, IOException 
    575   { 
    576     setId(id); 
    577     return getReader().openThumbBytes(no); 
    578   } 
    579  
    580   /** @deprecated Replaced by {@link getSeriesCount()} */ 
    581   public int getSeriesCount(String id) throws FormatException, IOException { 
    582     setId(id); 
    583     return getReader().getSeriesCount(); 
    584   } 
    585  
    586   /** @deprecated Replaced by {@link setSeries(int)} */ 
    587   public void setSeries(String id, int no) throws FormatException, IOException { 
    588     setId(id); 
    589     getReader().setSeries(no); 
    590   } 
    591  
    592   /** @deprecated Replaced by {@link getSeries()} */ 
    593   public int getSeries(String id) throws FormatException, IOException { 
    594     setId(id); 
    595     return getReader().getSeries(); 
    596   } 
    597  
    598   /** @deprecated Replaced by {@link getUsedFiles()} */ 
    599   public String[] getUsedFiles(String id) throws FormatException, IOException { 
    600     setId(id); 
    601     return getReader().getUsedFiles(); 
    602   } 
    603  
    604   /** @deprecated Replaced by {@link getIndex(int, int, int)} */ 
    605   public int getIndex(String id, int z, int c, int t) 
    606     throws FormatException, IOException 
    607   { 
    608     setId(id); 
    609     return getReader().getIndex(z, c, t); 
    610   } 
    611  
    612   /** @deprecated Replaced by {@link getZCTCoords(int)} */ 
    613   public int[] getZCTCoords(String id, int index) 
    614     throws FormatException, IOException 
    615   { 
    616     setId(id); 
    617     return getReader().getZCTCoords(index); 
    618   } 
    619  
    620   /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataValue(String)} */ 
    621   public Object getMetadataValue(String id, String field) 
    622     throws FormatException, IOException 
    623   { 
    624     setId(id); 
    625     return getReader().getMetadataValue(field); 
    626   } 
    627  
    628   /** @deprecated Replaced by {@link getMetadata()} */ 
    629   public Hashtable getMetadata(String id) throws FormatException, IOException { 
    630     setId(id); 
    631     return getReader().getMetadata(); 
    632   } 
    633  
    634   /** @deprecated Replaced by {@link getCoreMetadata()} */ 
    635   public CoreMetadata getCoreMetadata(String id) 
    636     throws FormatException, IOException 
    637   { 
    638     setId(id); 
    639     return getReader().getCoreMetadata(); 
    640   } 
    641  
    642   /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataStore()} */ 
    643   public MetadataStore getMetadataStore(String id) 
    644     throws FormatException, IOException 
    645   { 
    646     setId(id); 
    647     return getReader().getMetadataStore(); 
    648   } 
    649  
    650   /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataStoreRoot()} */ 
    651   public Object getMetadataStoreRoot(String id) 
    652     throws FormatException, IOException 
    653   { 
    654     setId(id); 
    655     return getReader().getMetadataStoreRoot(); 
    656   } 
    657  
    658416  // -- IFormatHandler API methods -- 
    659417 
     
    716474  } 
    717475 
     476  // -- Deprecated IFormatReader API methods -- 
     477 
     478  /** @deprecated Replaced by {@link getImageCount()} */ 
     479  public int getImageCount(String id) throws FormatException, IOException { 
     480    setId(id); 
     481    return getReader().getImageCount(); 
     482  } 
     483 
     484  /** @deprecated Replaced by {@link isRGB()} */ 
     485  public boolean isRGB(String id) throws FormatException, IOException { 
     486    setId(id); 
     487    return getReader().isRGB(); 
     488  } 
     489 
     490  /** @deprecated Replaced by {@link getSizeX()} */ 
     491  public int getSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
     492    setId(id); 
     493    return getReader().getSizeX(); 
     494  } 
     495 
     496  /** @deprecated Replaced by {@link getSizeY()} */ 
     497  public int getSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
     498    setId(id); 
     499    return getReader().getSizeY(); 
     500  } 
     501 
     502  /** @deprecated Replaced by {@link getSizeZ()} */ 
     503  public int getSizeZ(String id) throws FormatException, IOException { 
     504    setId(id); 
     505    return getReader().getSizeZ(); 
     506  } 
     507 
     508  /** @deprecated Replaced by {@link getSizeC()} */ 
     509  public int getSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
     510    setId(id); 
     511    return getReader().getSizeC(); 
     512  } 
     513 
     514  /** @deprecated Replaced by {@link getSizeT()} */ 
     515  public int getSizeT(String id) throws FormatException, IOException { 
     516    setId(id); 
     517    return getReader().getSizeT(); 
     518  } 
     519 
     520  /** @deprecated Replaced by {@link getPixelType()} */ 
     521  public int getPixelType(String id) throws FormatException, IOException { 
     522    setId(id); 
     523    return getReader().getPixelType(); 
     524  } 
     525 
     526  /** @deprecated Replaced by {@link getEffectiveSizeC()} */ 
     527  public int getEffectiveSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
     528    setId(id); 
     529    return getReader().getEffectiveSizeC(); 
     530  } 
     531 
     532  /** @deprecated Replaced by {@link getRGBChannelCount()} */ 
     533  public int getRGBChannelCount(String id) throws FormatException, IOException { 
     534    setId(id); 
     535    return getReader().getRGBChannelCount(); 
     536  } 
     537 
     538  /** @deprecated Replaced by {@link getChannelDimLengths()} */ 
     539  public int[] getChannelDimLengths(String id) 
     540    throws FormatException, IOException 
     541  { 
     542    setId(id); 
     543    return getReader().getChannelDimLengths(); 
     544  } 
     545 
     546  /** @deprecated Replaced by {@link getChannelDimTypes()} */ 
     547  public String[] getChannelDimTypes(String id) 
     548    throws FormatException, IOException 
     549  { 
     550    setId(id); 
     551    return getReader().getChannelDimTypes(); 
     552  } 
     553 
     554  /** @deprecated Replaced by {@link getThumbSizeX()} */ 
     555  public int getThumbSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
     556    setId(id); 
     557    return getReader().getThumbSizeX(); 
     558  } 
     559 
     560  /** @deprecated Replaced by {@link getThumbSizeY()} */ 
     561  public int getThumbSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
     562    setId(id); 
     563    return getReader().getThumbSizeY(); 
     564  } 
     565 
     566  /** @deprecated Replaced by {@link isLittleEndian()} */ 
     567  public boolean isLittleEndian(String id) throws FormatException, IOException { 
     568    setId(id); 
     569    return getReader().isLittleEndian(); 
     570  } 
     571 
     572  /** @deprecated Replaced by {@link getDimensionOrder()} */ 
     573  public String getDimensionOrder(String id) 
     574    throws FormatException, IOException 
     575  { 
     576    setId(id); 
     577    return getReader().getDimensionOrder(); 
     578  } 
     579 
     580  /** @deprecated Replaced by {@link isOrderCertain()} */ 
     581  public boolean isOrderCertain(String id) throws FormatException, IOException { 
     582    setId(id); 
     583    return getReader().isOrderCertain(); 
     584  } 
     585 
     586  /** @deprecated Replaced by {@link isInterleaved()} */ 
     587  public boolean isInterleaved(String id) throws FormatException, IOException { 
     588    setId(id); 
     589    return getReader().isInterleaved(); 
     590  } 
     591 
     592  /** @deprecated Replaced by {@link isInterleaved(int)} */ 
     593  public boolean isInterleaved(String id, int subC) 
     594    throws FormatException, IOException 
     595  { 
     596    setId(id); 
     597    return getReader().isInterleaved(subC); 
     598  } 
     599 
     600  /** @deprecated Replaced by {@link openImage(int)} */ 
     601  public BufferedImage openImage(String id, int no) 
     602    throws FormatException, IOException 
     603  { 
     604    setId(id); 
     605    return getReader().openImage(no); 
     606  } 
     607 
     608  /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int)} */ 
     609  public byte[] openBytes(String id, int no) 
     610    throws FormatException, IOException 
     611  { 
     612    setId(id); 
     613    return getReader().openBytes(no); 
     614  } 
     615 
     616  /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int, byte[])} */ 
     617  public byte[] openBytes(String id, int no, byte[] buf) 
     618    throws FormatException, IOException 
     619  { 
     620    setId(id); 
     621    return getReader().openBytes(no, buf); 
     622  } 
     623 
     624  /** @deprecated Replaced by {@link openThumbImage(int)} */ 
     625  public BufferedImage openThumbImage(String id, int no) 
     626    throws FormatException, IOException 
     627  { 
     628    setId(id); 
     629    return getReader().openThumbImage(no); 
     630  } 
     631 
     632  /** @deprecated Replaced by {@link openThumbBytes(int)} */ 
     633  public byte[] openThumbBytes(String id, int no) 
     634    throws FormatException, IOException 
     635  { 
     636    setId(id); 
     637    return getReader().openThumbBytes(no); 
     638  } 
     639 
     640  /** @deprecated Replaced by {@link getSeriesCount()} */ 
     641  public int getSeriesCount(String id) throws FormatException, IOException { 
     642    setId(id); 
     643    return getReader().getSeriesCount(); 
     644  } 
     645 
     646  /** @deprecated Replaced by {@link setSeries(int)} */ 
     647  public void setSeries(String id, int no) throws FormatException, IOException { 
     648    setId(id); 
     649    getReader().setSeries(no); 
     650  } 
     651 
     652  /** @deprecated Replaced by {@link getSeries()} */ 
     653  public int getSeries(String id) throws FormatException, IOException { 
     654    setId(id); 
     655    return getReader().getSeries(); 
     656  } 
     657 
     658  /** @deprecated Replaced by {@link getUsedFiles()} */ 
     659  public String[] getUsedFiles(String id) throws FormatException, IOException { 
     660    setId(id); 
     661    return getReader().getUsedFiles(); 
     662  } 
     663 
     664  /** @deprecated Replaced by {@link getIndex(int, int, int)} */ 
     665  public int getIndex(String id, int z, int c, int t) 
     666    throws FormatException, IOException 
     667  { 
     668    setId(id); 
     669    return getReader().getIndex(z, c, t); 
     670  } 
     671 
     672  /** @deprecated Replaced by {@link getZCTCoords(int)} */ 
     673  public int[] getZCTCoords(String id, int index) 
     674    throws FormatException, IOException 
     675  { 
     676    setId(id); 
     677    return getReader().getZCTCoords(index); 
     678  } 
     679 
     680  /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataValue(String)} */ 
     681  public Object getMetadataValue(String id, String field) 
     682    throws FormatException, IOException 
     683  { 
     684    setId(id); 
     685    return getReader().getMetadataValue(field); 
     686  } 
     687 
     688  /** @deprecated Replaced by {@link getMetadata()} */ 
     689  public Hashtable getMetadata(String id) throws FormatException, IOException { 
     690    setId(id); 
     691    return getReader().getMetadata(); 
     692  } 
     693 
     694  /** @deprecated Replaced by {@link getCoreMetadata()} */ 
     695  public CoreMetadata getCoreMetadata(String id) 
     696    throws FormatException, IOException 
     697  { 
     698    setId(id); 
     699    return getReader().getCoreMetadata(); 
     700  } 
     701 
     702  /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataStore()} */ 
     703  public MetadataStore getMetadataStore(String id) 
     704    throws FormatException, IOException 
     705  { 
     706    setId(id); 
     707    return getReader().getMetadataStore(); 
     708  } 
     709 
     710  /** @deprecated Replaced by {@link getMetadataStoreRoot()} */ 
     711  public Object getMetadataStoreRoot(String id) 
     712    throws FormatException, IOException 
     713  { 
     714    setId(id); 
     715    return getReader().getMetadataStoreRoot(); 
     716  } 
     717 
    718718} 
  • trunk/loci/formats/ImageWriter.java

    r2574 r2587  
    162162  } 
    163163 
    164   /** @deprecated Replaced by {@link #saveImage(String, Image, boolean)} */ 
    165   public void save(String id, Image image, boolean last) 
    166     throws FormatException, IOException 
    167   { 
    168     getWriter(id).save(id, image, last); 
    169   } 
    170  
    171164  /* @see IFormatWriter#close() */ 
    172165  public void close() throws FormatException, IOException { 
     
    318311  } 
    319312 
     313  // -- Deprecated IFormatWriter API methods -- 
     314 
     315  /** @deprecated Replaced by {@link #saveImage(String, Image, boolean)} */ 
     316  public void save(String id, Image image, boolean last) 
     317    throws FormatException, IOException 
     318  { 
     319    getWriter(id).save(id, image, last); 
     320  } 
     321 
    320322} 
  • trunk/loci/formats/MinMaxCalculator.java

    r2583 r2587  
    192192  } 
    193193 
    194   // -- Deprecated IFormatReader API methods -- 
    195  
    196   /** @deprecated Replaced by {@link openImage(int)} */ 
    197   public BufferedImage openImage(String id, int no) 
    198     throws FormatException, IOException 
    199   { 
    200     setId(id); 
    201     BufferedImage b = super.openImage(no); 
    202     updateMinMax(b, no); 
    203     return b; 
    204   } 
    205  
    206   /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int)} */ 
    207   public byte[] openBytes(String id, int no) throws FormatException, IOException 
    208   { 
    209     setId(id); 
    210     byte[] b = super.openBytes(no); 
    211     updateMinMax(b, no); 
    212     return b; 
    213   } 
    214  
    215   /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int, byte[])} */ 
    216   public byte[] openBytes(String id, int no, byte[] buf) 
    217     throws FormatException, IOException 
    218   { 
    219     setId(id); 
    220     super.openBytes(no, buf); 
    221     updateMinMax(buf, no); 
    222     return buf; 
    223   } 
    224  
    225194  // -- Helper methods -- 
    226195 
     
    230199  { 
    231200    if (b == null) return; 
    232     String id = getCurrentFile();  
    233201    initMinMax(); 
    234202 
    235203    // check whether min/max values have already been computed for this plane 
    236     if (planeMin[getSeries(id)][ndx] == planeMin[getSeries(id)][ndx]) return; 
    237  
    238     int[] coords = getZCTCoords(getCurrentFile(), ndx); 
    239     int numRGB = getRGBChannelCount(getCurrentFile()); 
     204    if (planeMin[getSeries()][ndx] == planeMin[getSeries()][ndx]) return; 
     205 
     206    int[] coords = getZCTCoords(ndx); 
     207    int numRGB = getRGBChannelCount(); 
    240208    int cBase = coords[1] * numRGB; 
    241209    int pBase = ndx * numRGB; 
    242210    for (int c=0; c<numRGB; c++) { 
    243       planeMin[getSeries(id)][pBase + c] = Double.POSITIVE_INFINITY; 
    244       planeMax[getSeries(id)][pBase + c] = Double.NEGATIVE_INFINITY; 
     211      planeMin[getSeries()][pBase + c] = Double.POSITIVE_INFINITY; 
     212      planeMax[getSeries()][pBase + c] = Double.NEGATIVE_INFINITY; 
    245213    } 
    246214  
     
    250218        for (int c=0; c<numRGB; c++) { 
    251219          double v = pixels.getSampleDouble(x, y, c); 
    252           if (v > chanMax[getSeries(id)][cBase + c]) { 
    253             chanMax[getSeries(id)][cBase + c] = v; 
     220          if (v > chanMax[getSeries()][cBase + c]) { 
     221            chanMax[getSeries()][cBase + c] = v; 
    254222          }  
    255           if (v < chanMin[getSeries(id)][cBase + c]) { 
    256             chanMin[getSeries(id)][cBase + c] = v; 
     223          if (v < chanMin[getSeries()][cBase + c]) { 
     224            chanMin[getSeries()][cBase + c] = v; 
    257225          }  
    258           if (v > planeMax[getSeries(id)][pBase + c]) { 
    259             planeMax[getSeries(id)][pBase + c] = v; 
     226          if (v > planeMax[getSeries()][pBase + c]) { 
     227            planeMax[getSeries()][pBase + c] = v; 
    260228          }  
    261           if (v < planeMin[getSeries(id)][pBase + c]) { 
    262             planeMin[getSeries(id)][pBase + c] = v; 
     229          if (v < planeMin[getSeries()][pBase + c]) { 
     230            planeMin[getSeries()][pBase + c] = v; 
    263231          }  
    264232        } 
     
    266234    } 
    267235   
    268     minMaxDone[getSeries(id)]++;  
    269    
    270     if (minMaxDone[getSeries(id)] == getImageCount(id)) { 
    271       MetadataStore store = getMetadataStore(id); 
    272       for (int c=0; c<getSizeC(id); c++) {  
    273         store.setChannelGlobalMinMax(c, new Double(chanMin[getSeries(id)][c]),  
    274           new Double(chanMax[getSeries(id)][c]), new Integer(getSeries(id))); 
     236    minMaxDone[getSeries()]++;  
     237   
     238    if (minMaxDone[getSeries()] == getImageCount()) { 
     239      MetadataStore store = getMetadataStore(); 
     240      for (int c=0; c<getSizeC(); c++) {  
     241        store.setChannelGlobalMinMax(c, new Double(chanMin[getSeries()][c]),  
     242          new Double(chanMax[getSeries()][c]), new Integer(getSeries())); 
    275243      }  
    276244    } 
     
    282250  { 
    283251    if (b == null) return; 
    284     String id = getCurrentFile();  
    285252    initMinMax(); 
    286253 
    287254    // check whether min/max values have already been computed for this plane 
    288     if (planeMin[getSeries(id)][ndx] == planeMin[getSeries(id)][ndx]) return; 
    289  
    290     boolean little = isLittleEndian(getCurrentFile()); 
    291     int bytes = FormatTools.getBytesPerPixel(getPixelType(getCurrentFile())); 
    292     int pixels = getSizeX(getCurrentFile()) * getSizeY(getCurrentFile()); 
    293     boolean interleaved = isInterleaved(getCurrentFile()); 
    294  
    295     int[] coords = getZCTCoords(getCurrentFile(), ndx); 
    296     int numRGB = getRGBChannelCount(getCurrentFile()); 
     255    if (planeMin[getSeries()][ndx] == planeMin[getSeries()][ndx]) return; 
     256 
     257    boolean little = isLittleEndian(); 
     258    int bytes = FormatTools.getBytesPerPixel(getPixelType()); 
     259    int pixels = getSizeX() * getSizeY(); 
     260    boolean interleaved = isInterleaved(); 
     261 
     262    int[] coords = getZCTCoords(ndx); 
     263    int numRGB = getRGBChannelCount(); 
    297264    int cBase = coords[1] * numRGB; 
    298265    int pBase = ndx * numRGB; 
    299266    for (int c=0; c<numRGB; c++) { 
    300       planeMin[getSeries(id)][pBase + c] = Double.POSITIVE_INFINITY; 
    301       planeMax[getSeries(id)][pBase + c] = Double.NEGATIVE_INFINITY; 
     267      planeMin[getSeries()][pBase + c] = Double.POSITIVE_INFINITY; 
     268      planeMax[getSeries()][pBase + c] = Double.NEGATIVE_INFINITY; 
    302269    } 
    303270    
     
    309276        long bits = DataTools.bytesToLong(value, little); 
    310277        double v = Double.longBitsToDouble(bits); 
    311         if (v > chanMax[getSeries(id)][cBase + c]) { 
    312           chanMax[getSeries(id)][cBase + c] = v; 
     278        if (v > chanMax[getSeries()][cBase + c]) { 
     279          chanMax[getSeries()][cBase + c] = v; 
    313280        }  
    314         if (v < chanMin[getSeries(id)][cBase + c]) { 
    315           chanMin[getSeries(id)][cBase + c] = v; 
     281        if (v < chanMin[getSeries()][cBase + c]) { 
     282          chanMin[getSeries()][cBase + c] = v; 
    316283        }  
    317         if (v > planeMax[getSeries(id)][pBase + c]) { 
    318           planeMax[getSeries(id)][pBase + c] = v; 
     284        if (v > planeMax[getSeries()][pBase + c]) { 
     285          planeMax[getSeries()][pBase + c] = v; 
    319286        }  
    320         if (v < planeMin[getSeries(id)][pBase + c]) { 
    321           planeMin[getSeries(id)][pBase + c] = v; 
     287        if (v < planeMin[getSeries()][pBase + c]) { 
     288          planeMin[getSeries()][pBase + c] = v; 
    322289        }  
    323290     } 
    324291    } 
    325292   
    326     minMaxDone[getSeries(id)]++;  
    327    
    328     if (minMaxDone[getSeries(id)] == getImageCount(id)) { 
    329       MetadataStore store = getMetadataStore(id); 
    330       for (int c=0; c<getSizeC(id); c++) {  
    331         store.setChannelGlobalMinMax(c, new Double(chanMin[getSeries(id)][c]),  
    332           new Double(chanMax[getSeries(id)][c]), new Integer(getSeries(id))); 
     293    minMaxDone[getSeries()]++;  
     294   
     295    if (minMaxDone[getSeries()] == getImageCount()) { 
     296      MetadataStore store = getMetadataStore(); 
     297      for (int c=0; c<getSizeC(); c++) {  
     298        store.setChannelGlobalMinMax(c, new Double(chanMin[getSeries()][c]),  
     299          new Double(chanMax[getSeries()][c]), new Integer(getSeries())); 
    333300      }  
    334301    } 
     
    337304  /** Ensures internal min/max variables are initialized properly. */ 
    338305  private void initMinMax() throws FormatException, IOException { 
    339     int seriesCount = getSeriesCount(getCurrentFile()); 
    340     String id = getCurrentFile();  
     306    int seriesCount = getSeriesCount(); 
    341307 
    342308    if (chanMin == null) { 
    343309      chanMin = new double[seriesCount][]; 
    344310      for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    345         chanMin[i] = new double[getSizeC(id)]; 
     311        chanMin[i] = new double[getSizeC()]; 
    346312        Arrays.fill(chanMin[i], Double.POSITIVE_INFINITY); 
    347313      } 
     
    350316      chanMax = new double[seriesCount][]; 
    351317      for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    352         chanMax[i] = new double[getSizeC(id)]; 
     318        chanMax[i] = new double[getSizeC()]; 
    353319        Arrays.fill(chanMax[i], Double.NEGATIVE_INFINITY); 
    354320      } 
     
    356322    if (planeMin == null) {  
    357323      planeMin = new double[seriesCount][]; 
    358       int oldSeries = getSeries(id); 
     324      int oldSeries = getSeries(); 
    359325      for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    360         setSeries(getCurrentFile(), i); 
    361         int numRGB = getRGBChannelCount(getCurrentFile()); 
    362         planeMin[i] = new double[getImageCount(getCurrentFile()) * numRGB]; 
     326        setSeries(i); 
     327        int numRGB = getRGBChannelCount(); 
     328        planeMin[i] = new double[getImageCount() * numRGB]; 
    363329        Arrays.fill(planeMin[i], Double.NaN); 
    364330      } 
    365       setSeries(getCurrentFile(), oldSeries);  
     331      setSeries(oldSeries);  
    366332    } 
    367333    if (planeMax == null) {  
    368334      planeMax = new double[seriesCount][]; 
    369       int oldSeries = getSeries(id); 
     335      int oldSeries = getSeries(); 
    370336      for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
    371         setSeries(getCurrentFile(), i); 
    372         int numRGB = getRGBChannelCount(getCurrentFile()); 
    373         planeMax[i] = new double[getImageCount(getCurrentFile()) * numRGB]; 
     337        setSeries(i); 
     338        int numRGB = getRGBChannelCount(); 
     339        planeMax[i] = new double[getImageCount() * numRGB]; 
    374340        Arrays.fill(planeMax[i], Double.NaN); 
    375341      } 
    376       setSeries(getCurrentFile(), oldSeries);  
     342      setSeries(oldSeries);  
    377343    } 
    378344    if (minMaxDone == null) minMaxDone = new int[seriesCount]; 
    379345  } 
    380346 
     347  // -- Deprecated IFormatReader API methods -- 
     348 
     349  /** @deprecated Replaced by {@link openImage(int)} */ 
     350  public BufferedImage openImage(String id, int no) 
     351    throws FormatException, IOException 
     352  { 
     353    setId(id); 
     354    BufferedImage b = super.openImage(no); 
     355    updateMinMax(b, no); 
     356    return b; 
     357  } 
     358 
     359  /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int)} */ 
     360  public byte[] openBytes(String id, int no) throws FormatException, IOException 
     361  { 
     362    setId(id); 
     363    byte[] b = super.openBytes(no); 
     364    updateMinMax(b, no); 
     365    return b; 
     366  } 
     367 
     368  /** @deprecated Replaced by {@link openBytes(int, byte[])} */ 
     369  public byte[] openBytes(String id, int no, byte[] buf) 
     370    throws FormatException, IOException 
     371  { 
     372    setId(id); 
     373    super.openBytes(no, buf); 
     374    updateMinMax(buf, no); 
     375    return buf; 
     376  } 
     377 
    381378} 
  • trunk/loci/formats/ReaderWrapper.java

    r2586 r2587  
    250250  } 
    251251 
    252   // -- Deprecated IFormatReader API methods -- 
    253  
    254   public int getImageCount(String id) throws FormatException, IOException { 
    255     reader.setId(id);  
    256     return reader.getImageCount(); 
    257   } 
    258  
    259   public boolean isRGB(String id) throws FormatException, IOException { 
    260     reader.setId(id);  
    261     return reader.isRGB(); 
    262   } 
    263  
    264   public int getSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
    265     reader.setId(id);  
    266     return reader.getSizeX(); 
    267   } 
    268  
    269   public int getSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
    270     reader.setId(id);  
    271     return reader.getSizeY(); 
    272   } 
    273  
    274   public int getSizeZ(String id) throws FormatException, IOException { 
    275     reader.setId(id);  
    276     return reader.getSizeZ(); 
    277   } 
    278  
    279   public int getSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
    280     reader.setId(id);  
    281     return reader.getSizeC(); 
    282   } 
    283  
    284   public int getSizeT(String id) throws FormatException, IOException { 
    285     reader.setId(id);  
    286     return reader.getSizeT(); 
    287   } 
    288  
    289   public int getPixelType(String id) throws FormatException, IOException { 
    290     reader.setId(id);  
    291     return reader.getPixelType(); 
    292   } 
    293  
    294   public int getEffectiveSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
    295     reader.setId(id);  
    296     return getImageCount() / (getSizeZ() * getSizeT()); 
    297   } 
    298  
    299   public int getRGBChannelCount(String id) throws FormatException, IOException { 
    300     reader.setId(id);  
    301     return getSizeC() / getEffectiveSizeC(); 
    302   } 
    303  
    304   public int[] getChannelDimLengths(String id) 
    305     throws FormatException, IOException 
    306   { 
    307     reader.setId(id);  
    308     return reader.getChannelDimLengths(); 
    309   } 
    310  
    311   public String[] getChannelDimTypes(String id) 
    312     throws FormatException, IOException 
    313   { 
    314     reader.setId(id);  
    315     return reader.getChannelDimTypes(); 
    316   } 
    317  
    318   public int getThumbSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
    319     reader.setId(id);  
    320     return reader.getThumbSizeX(); 
    321   } 
    322  
    323   public int getThumbSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
    324     reader.setId(id);  
    325     return reader.getThumbSizeY(); 
    326   } 
    327  
    328   public boolean isLittleEndian(String id) throws FormatException, IOException { 
    329     reader.setId(id);  
    330     return reader.isLittleEndian(); 
    331   } 
    332  
    333   public String getDimensionOrder(String id) 
    334     throws FormatException, IOException 
    335   { 
    336     reader.setId(id);  
    337     return reader.getDimensionOrder(); 
    338   } 
    339  
    340   public boolean isOrderCertain(String id) throws FormatException, IOException { 
    341     reader.setId(id);  
    342     return reader.isOrderCertain(); 
    343   } 
    344  
    345   public boolean isInterleaved(String id) throws FormatException, IOException { 
    346     reader.setId(id);  
    347     return reader.isInterleaved(); 
    348   } 
    349  
    350   public boolean isInterleaved(String id, int subC) 
    351     throws FormatException, IOException 
    352   { 
    353     reader.setId(id);  
    354     return reader.isInterleaved(subC); 
    355   } 
    356  
    357   public BufferedImage openImage(String id, int no) 
    358     throws FormatException, IOException 
    359   { 
    360     reader.setId(id);  
    361     return reader.openImage(no); 
    362   } 
    363  
    364   public byte[] openBytes(String id, int no) 
    365     throws FormatException, IOException 
    366   { 
    367     reader.setId(id);  
    368     return reader.openBytes(no); 
    369   } 
    370  
    371   public byte[] openBytes(String id, int no, byte[] buf) 
    372     throws FormatException, IOException 
    373   { 
    374     reader.setId(id);  
    375     return reader.openBytes(no, buf); 
    376   } 
    377  
    378   public BufferedImage openThumbImage(String id, int no) 
    379     throws FormatException, IOException 
    380   { 
    381     reader.setId(id);  
    382     return reader.openThumbImage(no); 
    383   } 
    384  
    385   public byte[] openThumbBytes(String id, int no) 
    386     throws FormatException, IOException 
    387   { 
    388     reader.setId(id);  
    389     return reader.openThumbBytes(no); 
    390   } 
    391  
    392   public int getSeriesCount(String id) throws FormatException, IOException { 
    393     reader.setId(id);  
    394     return reader.getSeriesCount(); 
    395   } 
    396  
    397   public void setSeries(String id, int no) throws FormatException, IOException { 
    398     reader.setId(id);  
    399     reader.setSeries(no); 
    400   } 
    401  
    402   public int getSeries(String id) throws FormatException, IOException { 
    403     reader.setId(id);  
    404     return reader.getSeries(); 
    405   } 
    406  
    407   public String[] getUsedFiles(String id) throws FormatException, IOException { 
    408     reader.setId(id);  
    409     return reader.getUsedFiles(); 
    410   } 
    411  
    412   public int getIndex(String id, int z, int c, int t) 
    413     throws FormatException, IOException 
    414   { 
    415     reader.setId(id);  
    416     return reader.getIndex(z, c, t); 
    417   } 
    418  
    419   public int[] getZCTCoords(String id, int index) 
    420     throws FormatException, IOException 
    421   { 
    422     reader.setId(id);  
    423     return reader.getZCTCoords(index); 
    424   } 
    425  
    426   public Object getMetadataValue(String id, String field) 
    427     throws FormatException, IOException 
    428   { 
    429     reader.setId(id);  
    430     return reader.getMetadataValue(field); 
    431   } 
    432  
    433   public Hashtable getMetadata(String id) throws FormatException, IOException { 
    434     reader.setId(id);  
    435     return reader.getMetadata(); 
    436   } 
    437  
    438   public CoreMetadata getCoreMetadata(String id) 
    439     throws FormatException, IOException 
    440   { 
    441     reader.setId(id);  
    442     return reader.getCoreMetadata(); 
    443   } 
    444  
    445   public MetadataStore getMetadataStore(String id) 
    446     throws FormatException, IOException 
    447   { 
    448     reader.setId(id);  
    449     return reader.getMetadataStore(); 
    450   } 
    451  
    452   public Object getMetadataStoreRoot(String id) 
    453     throws FormatException, IOException 
    454   { 
    455     reader.setId(id);  
    456     return reader.getMetadataStoreRoot(); 
    457   } 
    458  
    459252  // -- IFormatHandler API methods -- 
    460253 
     
    489282  } 
    490283 
     284  // -- Deprecated IFormatReader API methods -- 
     285 
     286  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getImageCount() */ 
     287  public int getImageCount(String id) throws FormatException, IOException { 
     288    reader.setId(id);  
     289    return reader.getImageCount(); 
     290  } 
     291 
     292  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#isRGB() */ 
     293  public boolean isRGB(String id) throws FormatException, IOException { 
     294    reader.setId(id);  
     295    return reader.isRGB(); 
     296  } 
     297 
     298  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getSizeX() */ 
     299  public int getSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
     300    reader.setId(id);  
     301    return reader.getSizeX(); 
     302  } 
     303 
     304  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getSizeY() */ 
     305  public int getSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
     306    reader.setId(id);  
     307    return reader.getSizeY(); 
     308  } 
     309 
     310  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getSizeZ() */ 
     311  public int getSizeZ(String id) throws FormatException, IOException { 
     312    reader.setId(id);  
     313    return reader.getSizeZ(); 
     314  } 
     315 
     316  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getSizeC() */ 
     317  public int getSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
     318    reader.setId(id);  
     319    return reader.getSizeC(); 
     320  } 
     321 
     322  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getSizeT() */ 
     323  public int getSizeT(String id) throws FormatException, IOException { 
     324    reader.setId(id);  
     325    return reader.getSizeT(); 
     326  } 
     327 
     328  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getPixelType() */ 
     329  public int getPixelType(String id) throws FormatException, IOException { 
     330    reader.setId(id);  
     331    return reader.getPixelType(); 
     332  } 
     333 
     334  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getEffectiveSizeC() */ 
     335  public int getEffectiveSizeC(String id) throws FormatException, IOException { 
     336    reader.setId(id);  
     337    return getImageCount() / (getSizeZ() * getSizeT()); 
     338  } 
     339 
     340  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getRGBChannelCount() */ 
     341  public int getRGBChannelCount(String id) throws FormatException, IOException { 
     342    reader.setId(id);  
     343    return getSizeC() / getEffectiveSizeC(); 
     344  } 
     345 
     346  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getChannelDimLengths() */ 
     347  public int[] getChannelDimLengths(String id) 
     348    throws FormatException, IOException 
     349  { 
     350    reader.setId(id);  
     351    return reader.getChannelDimLengths(); 
     352  } 
     353 
     354  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getChannelDimTypes() */ 
     355  public String[] getChannelDimTypes(String id) 
     356    throws FormatException, IOException 
     357  { 
     358    reader.setId(id);  
     359    return reader.getChannelDimTypes(); 
     360  } 
     361 
     362  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getThumbSizeX() */ 
     363  public int getThumbSizeX(String id) throws FormatException, IOException { 
     364    reader.setId(id);  
     365    return reader.getThumbSizeX(); 
     366  } 
     367 
     368  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getThumbSizeY() */ 
     369  public int getThumbSizeY(String id) throws FormatException, IOException { 
     370    reader.setId(id);  
     371    return reader.getThumbSizeY(); 
     372  } 
     373 
     374  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#isLittleEndian() */ 
     375  public boolean isLittleEndian(String id) throws FormatException, IOException { 
     376    reader.setId(id);  
     377    return reader.isLittleEndian(); 
     378  } 
     379 
     380  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getDimensionOrder() */ 
     381  public String getDimensionOrder(String id) 
     382    throws FormatException, IOException 
     383  { 
     384    reader.setId(id);  
     385    return reader.getDimensionOrder(); 
     386  } 
     387 
     388  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#isOrderCertain() */ 
     389  public boolean isOrderCertain(String id) throws FormatException, IOException { 
     390    reader.setId(id);  
     391    return reader.isOrderCertain(); 
     392  } 
     393 
     394  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#isInterleaved() */ 
     395  public boolean isInterleaved(String id) throws FormatException, IOException { 
     396    reader.setId(id);  
     397    return reader.isInterleaved(); 
     398  } 
     399 
     400  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#isInterleaved(int) */ 
     401  public boolean isInterleaved(String id, int subC) 
     402    throws FormatException, IOException 
     403  { 
     404    reader.setId(id);  
     405    return reader.isInterleaved(subC); 
     406  } 
     407 
     408  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#openImage(int) */ 
     409  public BufferedImage openImage(String id, int no) 
     410    throws FormatException, IOException 
     411  { 
     412    reader.setId(id);  
     413    return reader.openImage(no); 
     414  } 
     415 
     416  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#openBytes(int) */ 
     417  public byte[] openBytes(String id, int no) 
     418    throws FormatException, IOException 
     419  { 
     420    reader.setId(id);  
     421    return reader.openBytes(no); 
     422  } 
     423 
     424  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#openBytes(int, byte[]) */ 
     425  public byte[] openBytes(String id, int no, byte[] buf) 
     426    throws FormatException, IOException 
     427  { 
     428    reader.setId(id);  
     429    return reader.openBytes(no, buf); 
     430  } 
     431 
     432  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#openThumbImage(int) */ 
     433  public BufferedImage openThumbImage(String id, int no) 
     434    throws FormatException, IOException 
     435  { 
     436    reader.setId(id);  
     437    return reader.openThumbImage(no); 
     438  } 
     439 
     440  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#openThumbBytes(int) */ 
     441  public byte[] openThumbBytes(String id, int no) 
     442    throws FormatException, IOException 
     443  { 
     444    reader.setId(id);  
     445    return reader.openThumbBytes(no); 
     446  } 
     447 
     448  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getSeriesCount() */ 
     449  public int getSeriesCount(String id) throws FormatException, IOException { 
     450    reader.setId(id);  
     451    return reader.getSeriesCount(); 
     452  } 
     453 
     454  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#setSeries(int) */ 
     455  public void setSeries(String id, int no) throws FormatException, IOException { 
     456    reader.setId(id);  
     457    reader.setSeries(no); 
     458  } 
     459 
     460  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getSeries() */ 
     461  public int getSeries(String id) throws FormatException, IOException { 
     462    reader.setId(id);  
     463    return reader.getSeries(); 
     464  } 
     465 
     466  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getUsedFiles() */ 
     467  public String[] getUsedFiles(String id) throws FormatException, IOException { 
     468    reader.setId(id);  
     469    return reader.getUsedFiles(); 
     470  } 
     471 
     472  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getIndex(int, int, int) */ 
     473  public int getIndex(String id, int z, int c, int t) 
     474    throws FormatException, IOException 
     475  { 
     476    reader.setId(id);  
     477    return reader.getIndex(z, c, t); 
     478  } 
     479 
     480  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getZCTCoords(int) */ 
     481  public int[] getZCTCoords(String id, int index) 
     482    throws FormatException, IOException 
     483  { 
     484    reader.setId(id);  
     485    return reader.getZCTCoords(index); 
     486  } 
     487 
     488  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getMetadataValue(String) */ 
     489  public Object getMetadataValue(String id, String field) 
     490    throws FormatException, IOException 
     491  { 
     492    reader.setId(id);  
     493    return reader.getMetadataValue(field); 
     494  } 
     495 
     496  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getMetadata() */ 
     497  public Hashtable getMetadata(String id) throws FormatException, IOException { 
     498    reader.setId(id);  
     499    return reader.getMetadata(); 
     500  } 
     501 
     502  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getCoreMetadata() */ 
     503  public CoreMetadata getCoreMetadata(String id) 
     504    throws FormatException, IOException 
     505  { 
     506    reader.setId(id);  
     507    return reader.getCoreMetadata(); 
     508  } 
     509 
     510  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getMetadataStore() */ 
     511  public MetadataStore getMetadataStore(String id) 
     512    throws FormatException, IOException 
     513  { 
     514    reader.setId(id);  
     515    return reader.getMetadataStore(); 
     516  } 
     517 
     518  /** @deprecated Replaced by IFormatReader#getMetadataStoreRoot() */ 
     519  public Object getMetadataStoreRoot(String id) 
     520    throws FormatException, IOException 
     521  { 
     522    reader.setId(id);  
     523    return reader.getMetadataStoreRoot(); 
     524  } 
     525 
    491526} 
  • trunk/loci/ome/editor/MetadataPane.java

    r2522 r2587  
    393393        xml = thisOmeNode.writeOME(false); 
    394394        xml = addTiffData(xml, file); 
    395         imageCount = reader.getImageCount(id); 
     395        reader.setId(id);  
     396        imageCount = reader.getImageCount(); 
    396397      } 
    397398      catch(Exception exc) { 
     
    404405 
    405406        try { 
    406           plane = reader.openImage(id, i); 
     407          plane = reader.openImage(i); 
    407408        } 
    408409        catch(Exception exc) { 
     
    448449      xml = thisOmeNode.writeOME(false); 
    449450      xml = addTiffData(xml, file); 
    450       imageCount = reader.getImageCount(id); 
     451      reader.setId(id); 
     452      imageCount = reader.getImageCount(); 
    451453    } 
    452454    catch(Exception exc) { 
     
    459461 
    460462      try { 
    461         plane = reader.openImage(id, i); 
     463        plane = reader.openImage(i); 
    462464      } 
    463465      catch(Exception exc) { 
     
    498500      try { 
    499501        //just to repopulate the metadatastore to original state 
    500         int imageCount = read.getImageCount(id); 
     502        read.setId(id); 
     503        int imageCount = read.getImageCount(); 
    501504//        BufferedImage whatever = reader.openImage(id, imageCount/2); 
    502505      } 
     
    780783 
    781784        //Set up thumbnails 
    782         int numSeries = reader.getSeriesCount(id); 
     785        reader.setId(id);  
     786        int numSeries = reader.getSeriesCount(); 
    783787 
    784788        images = new BufferedImage[numSeries+1]; 
    785789        thumbs = new BufferedImage[numSeries+1]; 
    786790        for(int i = 0; i<numSeries; i++) { 
    787           if (numSeries > 1) reader.setSeries(id, i); 
    788           int num = reader.getImageCount(id); 
     791          if (numSeries > 1) reader.setSeries(i); 
     792          int num = reader.getImageCount(); 
    789793          if (num > 0) { 
    790794            // get middle image from the file 
    791             img = reader.openImage(id, num / 2); 
     795            img = reader.openImage(num / 2); 
    792796          } 
    793797          else img = null; 
  • trunk/loci/plugins/browser/CustomWindow.java

    r2463 r2587  
    524524      String title = db.id; 
    525525      try { 
    526         OMENode ome = (OMENode)(db.reader.getMetadataStoreRoot(db.id)); 
     526        OMENode ome = (OMENode)(db.reader.getMetadataStoreRoot()); 
    527527         
    528528        ReflectedUniverse r = new ReflectedUniverse(); 
  • trunk/loci/plugins/browser/LociDataBrowser.java

    r2564 r2587  
    185185 
    186186    try { 
    187       numZ = reader.getSizeZ(id); 
    188       numC = reader.getEffectiveSizeC(id); 
    189       numT = reader.getSizeT(id); 
    190       order = reader.getDimensionOrder(id); 
     187      reader.setId(id);  
     188      numZ = reader.getSizeZ(); 
     189      numC = reader.getEffectiveSizeC(); 
     190      numT = reader.getSizeT(); 
     191      order = reader.getDimensionOrder(); 
    191192    } 
    192193    catch (Exception exc) { 
     
    214215    synchronized(reader) { 
    215216      try { 
    216         result = reader.getIndex(id,z,c,t); 
     217        result = reader.getIndex(z, c, t); 
    217218      } 
    218219      catch (Exception exc) { 
     
    319320        if (virtual) { 
    320321          synchronized (reader) { 
    321             reader.setSeries(id, series); 
    322  
    323             int num = reader.getImageCount(id); 
     322            reader.setId(id);  
     323            reader.setSeries(series); 
     324 
     325            int num = reader.getImageCount(); 
    324326            if(manager != null) { 
    325327              manager.finish(); 
     
    334336 
    335337              // CTR: stack must not be null 
    336               int sizeX = reader.getSizeX(id); 
    337               int sizeY = reader.getSizeY(id); 
     338              int sizeX = reader.getSizeX(); 
     339              int sizeY = reader.getSizeY(); 
    338340              stack = new ImageStack(sizeX, sizeY); 
    339341              // CTR: must add at least one image to the stack 
     
    355357          try { 
    356358            OMEXMLMetadataStore store = 
    357               (OMEXMLMetadataStore) reader.getMetadataStore(id); 
     359              (OMEXMLMetadataStore) reader.getMetadataStore(); 
    358360            fi.description = store.dumpXML(); 
    359361          } 
  • trunk/loci/visbio/data/Dataset.java

    r2499 r2587  
    220220 
    221221    int numImg = -1; 
    222     try { numImg = readers[fileIndex].getImageCount(ids[fileIndex]); } 
     222    try {  
     223      readers[fileIndex].setId(ids[fileIndex]);  
     224      numImg = readers[fileIndex].getImageCount();  
     225    } 
    223226    catch (IOException exc) { numImg = -1; } 
    224227    catch (FormatException exc) { numImg = -1; } 
     
    241244      boolean again = false; 
    242245      try { 
    243         img = readers[fileIndex].openImage(ids[fileIndex], imgIndex); 
     246        img = readers[fileIndex].openImage(imgIndex); 
    244247      } 
    245248      catch (IOException exc) { 
     
    484487    String filename = "\"" + new File(ids[0]).getName() + "\""; 
    485488    try { 
    486       numImages = readers[0].getImageCount(ids[0]); 
     489      readers[0].setId(ids[0]);  
     490      numImages = readers[0].getImageCount(); 
    487491      format = readers[0].getFormat(ids[0]); 
    488492      if (format.startsWith("TIFF")) { 
     
    515519    status(2, numTasks, "Reading first image"); 
    516520    BufferedImage img = null; 
    517     try { img = readers[0].openImage(ids[0], 0); } 
     521    try { img = readers[0].openImage(0); } 
    518522    catch (IOException exc) { img = null; } 
    519523    catch (FormatException exc) { img = null; } 
     
    565569    String fname = new File(ids[0]).getName(); 
    566570    status(3, numTasks, "Reading " + fname + " metadata"); 
    567     try { metadata = readers[0].getMetadata(ids[0]); } 
     571    try { metadata = readers[0].getMetadata(); } 
    568572    catch (IOException exc) { metadata = null; } 
    569573    catch (FormatException exc) { metadata = null; } 
     
    574578    } 
    575579    try { 
    576       MetadataStore ms = readers[0].getMetadataStore(ids[0]); 
     580      MetadataStore ms = readers[0].getMetadataStore(); 
    577581      if (ms instanceof OMEXMLMetadataStore) { 
    578582        ome = (OMENode) ((OMEXMLMetadataStore) ms).getRoot(); 
  • trunk/loci/visbio/data/DatasetPane.java

    r1989 r2587  
    388388    ImageReader reader = new ImageReader(); 
    389389    try { 
    390       numImages = reader.getImageCount(ids[0]); 
     390      reader.setId(ids[0]);  
     391      numImages = reader.getImageCount(); 
    391392    } 
    392393    catch (IOException exc) { 
     
    409410    int sizeZ = 1, sizeT = 1, sizeC = 1; 
    410411    try { 
    411       dimOrder = reader.getDimensionOrder(ids[0]); 
    412       sizeZ = reader.getSizeZ(ids[0]); 
    413       sizeT = reader.getSizeT(ids[0]); 
    414       sizeC = reader.getSizeC(ids[0]); 
     412      dimOrder = reader.getDimensionOrder(); 
     413      sizeZ = reader.getSizeZ(); 
     414      sizeT = reader.getSizeT(); 
     415      sizeC = reader.getSizeC(); 
    415416    } 
    416417    catch (FormatException exc) { exc.printStackTrace(); } 
  • trunk/loci/visbio/ome/OMEImage.java

    r2327 r2587  
    280280    try { 
    281281      for (int c=0; c<sizeC; c++) { 
    282         int ndx = downloader.getIndex(id, z, c, t); 
    283         samples[c] = ImageTools.getFloats(downloader.openImage(id, ndx))[0]; 
     282        int ndx = downloader.getIndex(z, c, t); 
     283        samples[c] = ImageTools.getFloats(downloader.openImage(ndx))[0]; 
    284284      } 
    285285    } 
     
    379379      id += "?user=" + user + "&password=" + password + "&id=" + imageId; 
    380380    } 
    381      
     381    
    382382    try { 
    383       sizeX = downloader.getSizeX(id); 
    384       sizeY = downloader.getSizeY(id); 
    385       sizeZ = downloader.getSizeZ(id); 
    386       sizeC = downloader.getSizeC(id); 
    387       sizeT = downloader.getSizeT(id); 
     383      downloader.setId(id);  
     384      sizeX = downloader.getSizeX(); 
     385      sizeY = downloader.getSizeY(); 
     386      sizeZ = downloader.getSizeZ(); 
     387      sizeC = downloader.getSizeC(); 
     388      sizeT = downloader.getSizeT(); 
    388389      name = downloader.getCurrentFile(); 
    389390    } 
  • trunk/utils/ConvertToOmeTiff.java

    r2368 r2587  
    2626      String outId = id + ".tif"; 
    2727      System.out.print("Converting " + id + " to " + outId + " "); 
    28       int imageCount = reader.getImageCount(id); 
     28      reader.setId(id);  
     29      int imageCount = reader.getImageCount(); 
    2930      // insert TiffData element into OME-XML 
    3031      // currently handles only single series (single Image, single Pixels) 
     
    3637      // write out image planes 
    3738      for (int j=0; j<imageCount; j++) { 
    38         BufferedImage plane = reader.openImage(id, j); 
     39        BufferedImage plane = reader.openImage(j); 
    3940        Hashtable ifd = null; 
    4041        if (j == 0) { 
  • trunk/utils/EditImageName.java

    r2368 r2587  
    2121    String id = args[0]; 
    2222    System.out.print("Reading metadata "); 
     23    reader.setId(id);  
    2324    OMEXMLMetadataStore store = 
    24       (OMEXMLMetadataStore) reader.getMetadataStore(id); 
     25      (OMEXMLMetadataStore) reader.getMetadataStore(); 
    2526    System.out.println(" [done]"); 
    2627    // get OME root node 
  • trunk/utils/MakeLZW.java

    r2368 r2587  
    2222      String nf = "lzw-" + f; 
    2323      System.out.print("Converting " + f + " to " + nf); 
    24       int blocks = reader.getImageCount(f); 
     24      reader.setId(f);  
     25      int blocks = reader.getImageCount(); 
    2526      OMENode ome = (OMENode) ms.getRoot(); 
    2627      for (int b=0; b<blocks; b++) { 
    2728        System.out.print("."); 
    28         BufferedImage img = reader.openImage(f, b); 
     29        BufferedImage img = reader.openImage(b); 
    2930 
    3031        Hashtable ifd = new Hashtable(); 
  • trunk/utils/SewTiffs.java

    r2272 r2587  
    4040    System.out.print("   "); 
    4141    boolean comment = false; 
     42     
    4243    for (int t=0; t<num; t++) { 
    4344      String inId = base + "_C" + c + "_TP" + (t + 1) + ".tiff"; 
     45      in.setId(inId); 
    4446 
    4547      // read first image plane 
    46       BufferedImage image = in.openImage(inId, 0); 
     48      BufferedImage image = in.openImage(0); 
    4749      in.close(); 
    4850 
     
    7173 
    7274      // write image plane 
    73       out.save(outId, image, t == num - 1); 
     75      out.saveImage(outId, image, t == num - 1); 
    7476 
    7577      // update status 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.