Changeset 2679


Ignore:
Timestamp:
04/25/07 15:06:32 (13 years ago)
Author:
curtis
Message:

More Data Browser work: move FPS to main window; fix bugs.

Location:
trunk/loci/plugins/browser
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/plugins/browser/CustomWindow.java

    r2672 r2679  
    2525package loci.plugins.browser; 
    2626 
     27import com.jgoodies.forms.layout.CellConstraints; 
     28import com.jgoodies.forms.layout.FormLayout; 
    2729import ij.*; 
    2830import ij.gui.*; 
     
    3739import javax.swing.event.ChangeListener; 
    3840import loci.formats.*; 
     41//import loci.ome.notebook.Notebook; 
    3942import org.openmicroscopy.xml.OMENode; 
    40  
    41 //import loci.ome.notebook.MetadataNotebook; 
    42  
    43 import com.jgoodies.forms.layout.CellConstraints; 
    44 import com.jgoodies.forms.layout.FormLayout; 
    4543 
    4644public class CustomWindow extends ImageWindow implements ActionListener, 
     
    6260 
    6361  protected LociDataBrowser db; 
    64   protected CacheIndicator zIndicator,tIndicator; 
     62  protected CacheIndicator zIndicator, tIndicator; 
    6563  protected OptionsWindow ow; 
    6664 
     
    8482  private CardLayout switcher; 
    8583  private JPanel channelPanel; 
     84  private JSpinner fpsSpin; 
    8685  private String patternTitle; 
    8786  protected boolean update; 
     
    102101    if (db.fStitch != null) { 
    103102      try { 
    104         fp = db.fStitch.getFilePattern(id); 
     103        fp = db.fStitch.getFilePattern(); 
    105104        patternTitle = fp.getPattern(); 
    106105      } 
     
    162161 
    163162    // options button 
    164  
    165163    options = new JButton("Options"); 
    166164    options.setActionCommand("options"); 
     
    186184    } 
    187185 
     186    // channel GUI components 
    188187    switcher = new CardLayout(); 
    189188    channelPanel = new JPanel(switcher); 
     
    207206 
    208207    // repack to take extra panel into account 
    209     c = db.numC; 
    210  
    211     if (db.numC * db.numT * db.numZ == imp.getStackSize()) { 
    212       c = db.numC; 
    213     } 
    214     else c = 1; 
    215  
     208    c = db.numC * db.numT * db.numZ == imp.getStackSize() ? db.numC : 1; 
    216209    setC(); 
     210 
     211    // frames per second 
     212    JLabel fpsLabel = new JLabel("Frame rate"); 
     213    String fpsTip = "Animation frames per second"; 
     214    fpsLabel.setToolTipText(fpsTip); 
     215    fpsSpin = new JSpinner(new SpinnerNumberModel(10, 1, 99, 1)); 
     216    fpsSpin.addChangeListener(this); 
     217    fpsSpin.setToolTipText(fpsTip); 
    217218 
    218219    JPanel zPanel = new JPanel(new BorderLayout()); 
    219220    JPanel tPanel = new JPanel(new BorderLayout()); 
    220     zPanel.add(zSliceSel,BorderLayout.CENTER); 
    221     tPanel.add(tSliceSel,BorderLayout.CENTER); 
     221    zPanel.add(zSliceSel, BorderLayout.CENTER); 
     222    tPanel.add(tSliceSel, BorderLayout.CENTER); 
    222223 
    223224    if (db.virtual) { 
    224225      zIndicator = new CacheIndicator(zSliceSel); 
    225226      tIndicator = new CacheIndicator(tSliceSel); 
    226       zPanel.add(zIndicator,BorderLayout.SOUTH); 
    227       tPanel.add(tIndicator,BorderLayout.SOUTH); 
     227      zPanel.add(zIndicator, BorderLayout.SOUTH); 
     228      tPanel.add(tIndicator, BorderLayout.SOUTH); 
    228229    } 
    229230 
    230231    //setup the layout 
    231232    lowPane = new Panel(); 
    232     FormLayout layout = new FormLayout( 
    233         TAB + ",pref," + TAB + ",pref:grow," + TAB + ",pref," + TAB + ",pref," 
    234         + TAB + ",pref," + TAB, 
    235         TAB + ",pref," + TAB + ",pref," + TAB + ",pref," + TAB); 
     233    FormLayout layout = new FormLayout(TAB + ",pref," + TAB + ",pref:grow," + 
     234      TAB + ",pref," + TAB + ",pref," + TAB + ",pref," + TAB + ",pref," + TAB, 
     235      TAB + ",pref," + TAB + ",pref," + TAB + ",pref," + TAB); 
    236236    lowPane.setLayout(layout); 
    237237    lowPane.setBackground(Color.white); 
     
    239239    cc = new CellConstraints(); 
    240240 
    241     lowPane.add(zLabel, cc.xy(2,2)); 
    242     lowPane.add(zPanel, cc.xyw(4,2,5)); 
    243     lowPane.add(channelPanel, cc.xy(10,2)); 
    244     lowPane.add(tLabel, cc.xy(2,4)); 
    245     lowPane.add(tPanel, cc.xyw(4,4,5)); 
    246     lowPane.add(options, cc.xy(6,6)); 
    247     if(xml != null) lowPane.add(xml, cc.xy(8,6)); 
    248     lowPane.add(animate, cc.xy(10,6, "right,center")); 
     241    lowPane.add(zLabel, cc.xy(2, 2)); 
     242    lowPane.add(zPanel, cc.xyw(4, 2, 5)); 
     243    lowPane.add(channelPanel, cc.xyw(10, 2, 3)); 
     244    lowPane.add(tLabel, cc.xy(2, 4)); 
     245    lowPane.add(tPanel, cc.xyw(4, 4, 5)); 
     246    lowPane.add(fpsLabel, cc.xy(10, 4)); 
     247    lowPane.add(fpsSpin, cc.xy(12, 4)); 
     248    lowPane.add(options, cc.xy(6, 6)); 
     249    if(xml != null) lowPane.add(xml, cc.xy(8, 6)); 
     250    lowPane.add(animate, cc.xyw(10, 6, 3, "right,center")); 
    249251 
    250252    setBackground(Color.white); 
     
    254256    setLayout(layout2); 
    255257    CellConstraints cc2 = new CellConstraints(); 
    256     add(imagePane, cc2.xyw(1,3,3)); 
    257     add(lowPane, cc2.xy(2,5)); 
     258    add(imagePane, cc2.xyw(1, 3, 3)); 
     259    add(lowPane, cc2.xy(2, 5)); 
    258260 
    259261    //final GUI tasks 
     
    298300 
    299301  public void setC() { 
    300     boolean hasThis = false; 
    301     int numThis = -1; 
    302     int value = -1; 
    303     hasThis = db.hasC; 
    304     numThis = db.numC; 
    305     value = c; 
    306     if (numThis > 2) { 
     302    if (db.numC > 2) { 
    307303      // C spinner 
    308304      switcher.last(channelPanel); 
    309305      SpinnerNumberModel snm = (SpinnerNumberModel) channelSpin.getModel(); 
    310       snm.setMaximum((Comparable) new Integer(numThis)); 
    311       snm.setValue(new Integer(value)); 
     306      snm.setMaximum((Comparable) new Integer(db.numC)); 
     307      snm.setValue(new Integer(c)); 
    312308      c = ((Integer) channelSpin.getValue()).intValue(); 
    313       if (!hasThis) { 
     309      if (!db.hasC) { 
    314310        channelSpin.setEnabled(false); 
    315311        cLabel.setEnabled(false); 
     
    321317      switcher.first(channelPanel); 
    322318      c = channelBox.isSelected() ? 2 : 1; 
    323       if (!hasThis) { 
     319      if (!db.hasC) { 
    324320        channelBox.setEnabled(false); 
    325321        c = 1; 
     
    574570 
    575571      if (!src.getValueIsAdjusting() || db.manager == null) showSlice(z, t, c); 
    576       else showTempSlice(z,t,c); 
     572      else showTempSlice(z, t, c); 
    577573    } 
    578574  } 
     
    595591 
    596592  public void stateChanged(ChangeEvent e) { 
    597     if(update) { 
    598       if( (JSpinner) e.getSource() == channelSpin) { 
     593    if (update) { 
     594      Object src = e.getSource(); 
     595      if (src == channelSpin) { 
    599596        c = ((Integer) channelSpin.getValue()).intValue(); 
    600597        z = zSliceSel.getValue(); 
    601598        t = tSliceSel.getValue(); 
    602599        showSlice(z, t, c); 
     600      } 
     601      else if (src == fpsSpin) { 
     602        setFps(((Integer) fpsSpin.getValue()).intValue()); 
    603603      } 
    604604    } 
  • trunk/loci/plugins/browser/LociDataBrowser.java

    r2672 r2679  
    2828import ij.gui.ImageCanvas; 
    2929import ij.io.FileInfo; 
     30import java.awt.event.WindowAdapter; 
     31import java.awt.event.WindowEvent; 
    3032import java.io.ByteArrayOutputStream; 
    3133import java.io.PrintStream; 
     
    192194      numT = reader.getSizeT(); 
    193195      order = reader.getDimensionOrder(); 
     196      if (DEBUG) { 
     197        System.out.println("setDimensions: numZ=" + numZ + 
     198          ", numC=" + numC + ", numT=" + numT + ", order=" + order); 
     199      } 
    194200    } 
    195201    catch (Exception exc) { 
    196       if (DEBUG) exc.printStackTrace(); 
    197202      dumpException(exc); 
    198203      return; 
     
    215220  public int getIndex(int z, int t, int c) { 
    216221    int result = -23; 
    217     synchronized(reader) { 
     222    synchronized (reader) { 
    218223      try { 
    219224        result = reader.getIndex(z, c, t); 
    220225      } 
    221       catch (Exception exc) { 
    222         if (DEBUG) exc.printStackTrace(); 
     226      catch (FormatException exc) { 
    223227        dumpException(exc); 
    224228      } 
     
    355359      System.exit(1); 
    356360    } 
    357     new ImageJ(null); 
    358     new LociDataBrowser(args[0]).run(); 
     361    ImageJ ij = new ImageJ(null); 
     362    LociDataBrowser ldb = new LociDataBrowser(args[0]); 
     363    ldb.run(); 
     364    WindowAdapter closer = new WindowAdapter() { 
     365      public void windowClosing(WindowEvent e) { 
     366        System.exit(0); 
     367      } 
     368    }; 
     369    ij.addWindowListener(closer); 
     370    ldb.cw.addWindowListener(closer); 
    359371  } 
    360372 
  • trunk/loci/plugins/browser/OptionsWindow.java

    r2672 r2679  
    4545  private static final String TAB = "7dlu"; 
    4646 
    47   /** FPS spinner */ 
    48   private JSpinner fps; 
    49  
    5047  /** Parent window. */ 
    5148  private CustomWindow cw; 
     
    5855 
    5956  /** CheckBoxes to indicate which axes to store.*/ 
    60   private JCheckBox zCheck,tCheck,cCheck; 
     57  private JCheckBox zCheck, tCheck, cCheck; 
    6158 
    6259  /** CheckBoxes to control if caching is on or off */ 
    63   private JCheckBox cacheToggle,mergeCheck; 
     60  private JCheckBox cacheToggle, mergeCheck; 
    6461 
    6562  /** Spinners for slice storage.*/ 
    66   private JSpinner zFSpin,zBSpin,tFSpin,tBSpin,cFSpin,cBSpin; 
     63  private JSpinner zFSpin, zBSpin, tFSpin, tBSpin, cFSpin, cBSpin; 
    6764 
    6865  /** Combo Boxes for cache mode selection.*/ 
    69   private JComboBox modeBox,stratBox; 
     66  private JComboBox modeBox, stratBox; 
    7067 
    7168  /** Combo Boxes for dimensional priority selection.*/ 
    72   private JComboBox topBox,midBox,lowBox; 
     69  private JComboBox topBox, midBox, lowBox; 
    7370 
    7471  /** Button to reset CacheManager to default modes. */ 
     
    7976 
    8077  /** Storage of what priority settings used to be.*/ 
    81   private int oldTop,oldMid,oldLow; 
     78  private int oldTop, oldMid, oldLow; 
    8279 
    8380  JComboBox[] blockBoxes; 
    84   String id = null,order = null,suffix = null; 
    85   String[] prefixes = null,blocks = null; 
    86   int sizeZ = -1,sizeT = -1,sizeC = -1; 
     81  String id = null, order = null, suffix = null; 
     82  String[] prefixes = null, blocks = null; 
     83  int sizeZ = -1, sizeT = -1, sizeC = -1; 
    8784  int[] axes = null; 
    8885  FilePattern fp = null; 
    8986 
    90   JComboBox zGroup,tGroup,cGroup; 
     87  JComboBox zGroup, tGroup, cGroup; 
    9188 
    9289  // -- Constructor -- 
     
    106103 
    107104    // get FilePattern Data 
    108     if(fs != null) { 
     105    if (fs != null) { 
    109106      try { 
    110107        id = cw.db.id; 
     
    114111        sizeT = fs.getSizeT(); 
    115112        sizeC = fs.getSizeC(); 
    116         axes = fs.getAxisTypes(id); 
    117         fp = fs.getFilePattern(id); 
     113        axes = fs.getAxisTypes(); 
     114        fp = fs.getFilePattern(); 
    118115        prefixes = fp.getPrefixes(); 
    119116        blocks = fp.getBlocks(); 
    120117        suffix = fp.getSuffix(); 
    121118      } 
    122       catch(Exception exc) { 
     119      catch (Exception exc) { 
    123120        exc.printStackTrace(); 
    124121        LociDataBrowser.dumpException(exc); 
     
    134131        sizeC = cw.db.reader.getSizeC(); 
    135132      } 
    136       catch(Exception exc) { 
     133      catch (Exception exc) { 
    137134        exc.printStackTrace(); 
    138135        LociDataBrowser.dumpException(exc); 
     
    153150    Vector blockLabelsV = new Vector(); 
    154151    JLabel[] blockLabels = {new JLabel()}; 
    155     if(fs != null) { 
    156       for(int i = 0;i<blocks.length;i++) { 
     152    if (fs != null) { 
     153      for (int i = 0;i<blocks.length;i++) { 
    157154        JLabel temp = new JLabel("Block " + blocks[i] + ":"); 
    158155        blockLabelsV.add(temp); 
     
    160157      Object[] blockLabelsO = blockLabelsV.toArray(); 
    161158      blockLabels = new JLabel[blockLabelsO.length]; 
    162       for(int i = 0;i<blockLabelsO.length;i++) { 
     159      for (int i = 0;i<blockLabelsO.length;i++) { 
    163160        blockLabels[i] = (JLabel) blockLabelsO[i]; 
    164161        blockLabels[i].setForeground(getColor(i)); 
     
    170167    tGroup = new JComboBox(choices); 
    171168    cGroup = new JComboBox(choices); 
    172     setBox(zGroup,0); 
    173     setBox(tGroup,1); 
    174     setBox(cGroup,2); 
     169    setBox(zGroup, 0); 
     170    setBox(tGroup, 1); 
     171    setBox(cGroup, 2); 
    175172    zGroup.addActionListener(this); 
    176173    tGroup.addActionListener(this); 
    177174    cGroup.addActionListener(this); 
    178175 
    179     if(fs != null) { 
     176    if (fs != null) { 
    180177      Vector blockBoxesV = new Vector(); 
    181       for(int i = 0;i<blocks.length;i++) { 
     178      for (int i = 0;i<blocks.length;i++) { 
    182179        JComboBox temp = new JComboBox(choices); 
    183180        if (axes[i] == AxisGuesser.Z_AXIS) temp.setSelectedIndex(0); 
     
    190187      Object[] blockBoxesO = blockBoxesV.toArray(); 
    191188      blockBoxes = new JComboBox[blockBoxesO.length]; 
    192       for(int i = 0;i<blockBoxesO.length;i++) { 
     189      for (int i = 0;i<blockBoxesO.length;i++) { 
    193190        JComboBox temp = (JComboBox) blockBoxesO[i]; 
    194191        temp.setForeground(getColor(i)); 
     
    207204 
    208205    JPanel filePane = new JPanel(); 
    209     if(fs!=null) { 
     206    if (fs!=null) { 
    210207      filePane = new JPanel(new FlowLayout()); 
    211       for(int i = 0;i<prefixes.length;i++) { 
     208      for (int i = 0;i<prefixes.length;i++) { 
    212209        JLabel prefLab = new JLabel(prefixes[i]); 
    213210        JLabel blokLab = new JLabel(blocks[i]); 
     
    220217    } 
    221218 
    222     JLabel zLab,tLab,cLab, fileLab; 
     219    JLabel zLab, tLab, cLab, fileLab; 
    223220    int[] internalSizes = null; 
    224221 
    225222    internalSizes = new int[3]; 
    226     for(int i = 0;i<internalSizes.length;i++) { 
     223    for (int i = 0;i<internalSizes.length;i++) { 
    227224      internalSizes[i] = getOrderSize(i); 
    228225    } 
     
    233230    fileLab = new JLabel("Filename:"); 
    234231 
    235     String rowString = "pref," + TAB + ",pref,pref,pref," + TAB + 
    236       ",pref,pref"; 
    237     for(int i = 0; i<blockLabels.length;i++) { 
     232    String rowString = "pref," + TAB + ",pref,pref,pref," + TAB + ",pref,pref"; 
     233    for (int i = 0; i<blockLabels.length;i++) { 
    238234      rowString += ",pref"; 
    239235    } 
     
    245241    CellConstraints cc = new CellConstraints(); 
    246242 
    247     disPane.add(slicePanel,cc.xyw(1,1,5)); 
    248     disPane.add(zLab,cc.xy(2,3)); 
    249     disPane.add(zGroup,cc.xy(4,3)); 
    250     if(internalSizes[1] != 1) { 
    251       disPane.add(tLab,cc.xy(2,4)); 
    252       disPane.add(tGroup,cc.xy(4,4)); 
    253     } 
    254     if(internalSizes[2] != 1) { 
    255       disPane.add(cLab,cc.xy(2,5)); 
    256       disPane.add(cGroup,cc.xy(4,5)); 
    257     } 
    258     if(fs != null) { 
    259       disPane.add(blockPanel,cc.xyw(1,7,5)); 
    260       disPane.add(fileLab,cc.xy(2,8)); 
    261       disPane.add(filePane,cc.xy(4,8)); 
    262       for(int i = 0;i<blockLabels.length;i++) { 
    263         disPane.add(blockLabels[i], cc.xy(2,9+i)); 
    264         disPane.add(blockBoxes[i], cc.xy(4,9+i)); 
     243    disPane.add(slicePanel, cc.xyw(1, 1, 5)); 
     244    disPane.add(zLab, cc.xy(2, 3)); 
     245    disPane.add(zGroup, cc.xy(4, 3)); 
     246    if (internalSizes[1] != 1) { 
     247      disPane.add(tLab, cc.xy(2, 4)); 
     248      disPane.add(tGroup, cc.xy(4, 4)); 
     249    } 
     250    if (internalSizes[2] != 1) { 
     251      disPane.add(cLab, cc.xy(2, 5)); 
     252      disPane.add(cGroup, cc.xy(4, 5)); 
     253    } 
     254    if (fs != null) { 
     255      disPane.add(blockPanel, cc.xyw(1, 7, 5)); 
     256      disPane.add(fileLab, cc.xy(2, 8)); 
     257      disPane.add(filePane, cc.xy(4, 8)); 
     258      for (int i = 0;i<blockLabels.length;i++) { 
     259        disPane.add(blockLabels[i], cc.xy(2, 9+i)); 
     260        disPane.add(blockBoxes[i], cc.xy(4, 9+i)); 
    265261      } 
    266262    } 
    267263 
    268264    //set up animation options pane 
    269  
    270     JPanel aniPane = new JPanel(); 
    271     TitledBorder aniB = BorderFactory.createTitledBorder( 
    272       etchB, "Animation Options"); 
    273     aniPane.setBorder(aniB); 
    274  
    275     JLabel fpsLab = new JLabel("Frames per second:"); 
    276  
    277     SpinnerNumberModel model = new SpinnerNumberModel(10, 1, 99, 1); 
    278     fps = new JSpinner(model); 
    279     fps.addChangeListener(this); 
    280  
    281     FormLayout layout2 = new FormLayout( 
    282         TAB + ",pref," + TAB + ",pref:grow," + TAB, 
    283         "pref"); 
    284     aniPane.setLayout(layout2); 
    285     CellConstraints cc2 = new CellConstraints(); 
    286  
    287     aniPane.add(fpsLab,cc2.xy(2,1)); 
    288     aniPane.add(fps,cc2.xy(4,1)); 
    289265 
    290266    JPanel cachePane = new JPanel(); 
    291267    TitledBorder cacheB = BorderFactory.createTitledBorder( 
    292       etchB, "CacheManager Options"); 
     268      etchB, "Caching Options"); 
    293269    cachePane.setBorder(cacheB); 
    294270 
     
    330306    tCheck.setSelected(true); 
    331307    cCheck = new JCheckBox("C"); 
    332     JPanel checkPanel = new JPanel(new GridLayout(1,3)); 
     308    JPanel checkPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 3)); 
    333309    checkPanel.add(zCheck); 
    334310    checkPanel.add(tCheck); 
     
    344320    String[] modes = {"Crosshair", "Rectangle", "Cross/Rect"}; 
    345321    modeBox = new JComboBox(modes); 
    346     String[] strats = {"Forward","Surround"}; 
     322    String[] strats = {"Forward", "Surround"}; 
    347323    stratBox = new JComboBox(strats); 
    348324    topBox = new JComboBox(choices); 
     
    358334    lowBox.addActionListener(this); 
    359335 
    360     SpinnerNumberModel zFMod = new SpinnerNumberModel(0,0,9999,1); 
     336    SpinnerNumberModel zFMod = new SpinnerNumberModel(0, 0, 9999, 1); 
    361337    zFSpin = new JSpinner(zFMod); 
    362     SpinnerNumberModel zBMod = new SpinnerNumberModel(0,0,9999,1); 
     338    SpinnerNumberModel zBMod = new SpinnerNumberModel(0, 0, 9999, 1); 
    363339    zBSpin = new JSpinner(zBMod); 
    364     SpinnerNumberModel tFMod = new SpinnerNumberModel(20,0,9999,1); 
     340    SpinnerNumberModel tFMod = new SpinnerNumberModel(20, 0, 9999, 1); 
    365341    tFSpin = new JSpinner(tFMod); 
    366     SpinnerNumberModel tBMod = new SpinnerNumberModel(0,0,9999,1); 
     342    SpinnerNumberModel tBMod = new SpinnerNumberModel(0, 0, 9999, 1); 
    367343    tBSpin = new JSpinner(tBMod); 
    368     SpinnerNumberModel cFMod = new SpinnerNumberModel(0,0,9999,1); 
     344    SpinnerNumberModel cFMod = new SpinnerNumberModel(0, 0, 9999, 1); 
    369345    cFSpin = new JSpinner(cFMod); 
    370     SpinnerNumberModel cBMod = new SpinnerNumberModel(0,0,9999,1); 
     346    SpinnerNumberModel cBMod = new SpinnerNumberModel(0, 0, 9999, 1); 
    371347    cBSpin = new JSpinner(cBMod); 
    372348    zFSpin.addChangeListener(this); 
     
    387363    CellConstraints cc3 = new CellConstraints(); 
    388364 
    389     cachePane.add(typePanel,cc3.xyw(1,1,7)); 
    390     cachePane.add(axesL,cc3.xyw(2,2,3)); 
    391     cachePane.add(checkPanel,cc3.xy(6,2)); 
    392     cachePane.add(modeL,cc3.xyw(2,3,3)); 
    393     cachePane.add(modeBox,cc3.xy(6,3)); 
    394     cachePane.add(stratL,cc3.xyw(2,4,3)); 
    395     cachePane.add(stratBox,cc3.xy(6,4)); 
    396     cachePane.add(sizePanel,cc3.xyw(1,6,7)); 
    397     cachePane.add(forL,cc3.xy(4,7)); 
    398     cachePane.add(backL,cc3.xy(6,7)); 
    399     cachePane.add(zL,cc3.xy(2,8)); 
    400     cachePane.add(zFSpin,cc3.xy(4,8)); 
    401     cachePane.add(zBSpin,cc3.xy(6,8)); 
    402     cachePane.add(tL,cc3.xy(2,9)); 
    403     cachePane.add(tFSpin,cc3.xy(4,9)); 
    404     cachePane.add(tBSpin,cc3.xy(6,9)); 
    405     cachePane.add(cL,cc3.xy(2,10)); 
    406     cachePane.add(cFSpin,cc3.xy(4,10)); 
    407     cachePane.add(cBSpin,cc3.xy(6,10)); 
    408     cachePane.add(priorPanel,cc3.xyw(1,12,7)); 
    409     cachePane.add(topL,cc3.xyw(2,14,3)); 
    410     cachePane.add(topBox,cc3.xy(6,14)); 
    411     cachePane.add(midL,cc3.xyw(2,15,3)); 
    412     cachePane.add(midBox,cc3.xy(6,15)); 
    413     cachePane.add(lowL,cc3.xyw(2,16,3)); 
    414     cachePane.add(lowBox,cc3.xy(6,16)); 
    415     cachePane.add(genPanel,cc3.xyw(1,18,7)); 
    416     cachePane.add(cacheToggle,cc3.xyw(2,20,5,"left,center")); 
    417     cachePane.add(resetBtn,cc3.xyw(2,22,5,"right,center")); 
    418  
    419     if(!cw.db.virtual) enableCache(false); 
     365    cachePane.add(typePanel, cc3.xyw(1, 1, 7)); 
     366    cachePane.add(axesL, cc3.xyw(2, 2, 3)); 
     367    cachePane.add(checkPanel, cc3.xy(6, 2)); 
     368    cachePane.add(modeL, cc3.xyw(2, 3, 3)); 
     369    cachePane.add(modeBox, cc3.xy(6, 3)); 
     370    cachePane.add(stratL, cc3.xyw(2, 4, 3)); 
     371    cachePane.add(stratBox, cc3.xy(6, 4)); 
     372    cachePane.add(sizePanel, cc3.xyw(1, 6, 7)); 
     373    cachePane.add(forL, cc3.xy(4, 7)); 
     374    cachePane.add(backL, cc3.xy(6, 7)); 
     375    cachePane.add(zL, cc3.xy(2, 8)); 
     376    cachePane.add(zFSpin, cc3.xy(4, 8)); 
     377    cachePane.add(zBSpin, cc3.xy(6, 8)); 
     378    cachePane.add(tL, cc3.xy(2, 9)); 
     379    cachePane.add(tFSpin, cc3.xy(4, 9)); 
     380    cachePane.add(tBSpin, cc3.xy(6, 9)); 
     381    cachePane.add(cL, cc3.xy(2, 10)); 
     382    cachePane.add(cFSpin, cc3.xy(4, 10)); 
     383    cachePane.add(cBSpin, cc3.xy(6, 10)); 
     384    cachePane.add(priorPanel, cc3.xyw(1, 12, 7)); 
     385    cachePane.add(topL, cc3.xyw(2, 14, 3)); 
     386    cachePane.add(topBox, cc3.xy(6, 14)); 
     387    cachePane.add(midL, cc3.xyw(2, 15, 3)); 
     388    cachePane.add(midBox, cc3.xy(6, 15)); 
     389    cachePane.add(lowL, cc3.xyw(2, 16, 3)); 
     390    cachePane.add(lowBox, cc3.xy(6, 16)); 
     391    cachePane.add(genPanel, cc3.xyw(1, 18, 7)); 
     392    cachePane.add(cacheToggle, cc3.xyw(2, 20, 5, "left,center")); 
     393    cachePane.add(resetBtn, cc3.xyw(2, 22, 5, "right,center")); 
     394 
     395    if (!cw.db.virtual) enableCache(false); 
    420396 
    421397    // --Input Options Panel-- 
     
    431407 
    432408    FormLayout inputLayout = new FormLayout( 
    433       TAB + ",pref:grow," + TAB, 
    434       "pref"); 
     409      TAB + ",pref:grow," + TAB, "pref"); 
    435410    inputPane.setLayout(inputLayout); 
    436411    CellConstraints cci = new CellConstraints(); 
    437412 
    438     inputPane.add(mergeCheck,cci.xy(2,1,"left,center")); 
     413    inputPane.add(mergeCheck, cci.xy(2, 1, "left,center")); 
    439414 
    440415    //configure/layout content pane 
     
    444419    FormLayout lastLayout = new FormLayout( 
    445420      "pref:grow", 
    446       "pref,pref,pref,pref"); 
     421      "pref,pref,pref"); 
    447422    viewPanel.setLayout(lastLayout); 
    448423    CellConstraints ccs = new CellConstraints(); 
    449424 
    450     viewPanel.add(aniPane,ccs.xy(1,1)); 
    451     viewPanel.add(cachePane,ccs.xy(1,2)); 
    452     viewPanel.add(disPane,ccs.xy(1,3)); 
    453     viewPanel.add(inputPane,ccs.xy(1,4)); 
     425    viewPanel.add(cachePane, ccs.xy(1, 1)); 
     426    viewPanel.add(disPane, ccs.xy(1, 2)); 
     427    viewPanel.add(inputPane, ccs.xy(1, 3)); 
    454428 
    455429    oldTop = topBox.getSelectedIndex(); 
     
    459433    JScrollPane jsp = new JScrollPane((Component)viewPanel); 
    460434    Dimension viewSize = viewPanel.getPreferredSize(); 
    461     jsp.setPreferredSize(new Dimension(viewSize.width + 20,600)); 
     435    jsp.setPreferredSize(new Dimension(viewSize.width + 20, 600)); 
    462436    setContentPane(jsp); 
    463437 
     
    473447 
    474448  private int getBoxIndex(JComboBox jcb) { 
    475     for(int i = 0;i<blockBoxes.length;i++) { 
     449    for (int i = 0;i<blockBoxes.length;i++) { 
    476450      if (jcb == blockBoxes[i]) return i; 
    477451    } 
     
    480454 
    481455  public static Color getColor(int i) { 
    482     switch(i) { 
     456    switch (i) { 
    483457      case 0: 
    484458        return Color.blue; 
     
    507481  */ 
    508482  private int getConv(int index) { 
    509     switch(index) { 
     483    switch (index) { 
    510484      case 0: 
    511485        return CacheManager.Z_AXIS; 
     
    520494  /** Set up the combo box to reflect appropriate axis.*/ 
    521495  private void setBox(JComboBox thisBox, int index) { 
    522     switch(order.charAt(index)) { 
     496    switch (order.charAt(index)) { 
    523497      case 'Z': 
    524498        thisBox.setSelectedIndex(0); 
     
    561535  private int getOrderSize(int i) { 
    562536    int thisSize = 1; 
    563     switch(order.charAt(i)) { 
     537    switch (order.charAt(i)) { 
    564538      case 'Z': 
    565539        thisSize = sizeZ; 
    566         if(fs != null) thisSize /= getBlockCount(0); 
     540        if (fs != null) thisSize /= getBlockCount(0); 
    567541        break; 
    568542      case 'T': 
    569543        thisSize = sizeT; 
    570         if(fs != null) thisSize /= getBlockCount(1); 
     544        if (fs != null) thisSize /= getBlockCount(1); 
    571545        break; 
    572546      case 'C': 
    573547        thisSize = sizeC; 
    574         if(fs != null) thisSize /= getBlockCount(2); 
     548        if (fs != null) thisSize /= getBlockCount(2); 
    575549        break; 
    576550    } 
     
    581555    int total = 0; 
    582556    int[] blockSizes = fp.getCount(); 
    583     for(int i = 0;i<blockBoxes.length;i++) { 
     557    for (int i = 0;i<blockBoxes.length;i++) { 
    584558      if (blockBoxes[i].getSelectedIndex() == index) { 
    585559        total += blockSizes[i]; 
     
    628602 
    629603  public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    630     if(update) { 
     604    if (update) { 
    631605      Object source = e.getSource(); 
    632606 
    633607      if (source == modeBox) { 
    634         if(modeBox.getSelectedIndex() == 0) 
     608        if (modeBox.getSelectedIndex() == 0) 
    635609          manager.setMode(CacheManager.CROSS_MODE); 
    636         else if(modeBox.getSelectedIndex() == 1) 
     610        else if (modeBox.getSelectedIndex() == 1) 
    637611          manager.setMode(CacheManager.RECT_MODE); 
    638612        else //modeBox.getSelectedIndex() == 2 
     
    640614      } 
    641615      else if (source == stratBox) { 
    642         if(stratBox.getSelectedIndex() == 0) 
     616        if (stratBox.getSelectedIndex() == 0) 
    643617          manager.setStrategy(CacheManager.FORWARD_FIRST); 
    644618        else //stratBox.getSelectedIndex() == 1 
     
    658632        midBox.setSelectedIndex(0); 
    659633        lowBox.setSelectedIndex(2); 
    660         manager.setPriority(CacheManager.T_AXIS,CacheManager.Z_AXIS, 
     634        manager.setPriority(CacheManager.T_AXIS, CacheManager.Z_AXIS, 
    661635          CacheManager.C_AXIS); 
    662636 
     
    669643        cFSpin.setValue(zeroI); 
    670644        cBSpin.setValue(zeroI); 
    671         manager.setSize(0,0,0,20,0,0); 
     645        manager.setSize(0, 0, 0, 20, 0, 0); 
    672646 
    673647        oldTop = topBox.getSelectedIndex(); 
     
    746720        sel = tGroup.getSelectedIndex(); 
    747721        char tChar = convertInt(sel); 
    748         if(tChar == zChar) tChar = oldChar; 
     722        if (tChar == zChar) tChar = oldChar; 
    749723 
    750724        sel = cGroup.getSelectedIndex(); 
    751725        char cChar = convertInt(sel); 
    752         if(cChar == zChar) cChar = oldChar; 
     726        if (cChar == zChar) cChar = oldChar; 
    753727 
    754728        order = String.valueOf(zChar) + String.valueOf(tChar) 
     
    761735          sizeC = cw.db.reader.getSizeC(); 
    762736        } 
    763         catch(Exception exc) { 
     737        catch (Exception exc) { 
    764738          exc.printStackTrace(); 
    765739          LociDataBrowser.dumpException(exc); 
    766740        } 
    767741        update = false; 
    768         setBox(zGroup,0); 
    769         setBox(tGroup,1); 
    770         setBox(cGroup,2); 
     742        setBox(zGroup, 0); 
     743        setBox(tGroup, 1); 
     744        setBox(cGroup, 2); 
    771745        update = true; 
    772746        cw.db.setDimensions(); 
    773         if(cw.db.virtual) cw.db.manager.dimChange(); 
     747        if (cw.db.virtual) cw.db.manager.dimChange(); 
    774748        cw.updateControls(); 
    775749      } 
     
    781755        sel = zGroup.getSelectedIndex(); 
    782756        char zChar = convertInt(sel); 
    783         if(zChar == tChar) zChar = oldChar; 
     757        if (zChar == tChar) zChar = oldChar; 
    784758 
    785759        sel = cGroup.getSelectedIndex(); 
    786760        char cChar = convertInt(sel); 
    787         if(cChar == tChar) cChar = oldChar; 
     761        if (cChar == tChar) cChar = oldChar; 
    788762 
    789763        order = String.valueOf(zChar) + String.valueOf(tChar) 
     
    796770          sizeC = cw.db.reader.getSizeC(); 
    797771        } 
    798         catch(Exception exc) { 
     772        catch (Exception exc) { 
    799773          exc.printStackTrace(); 
    800774          LociDataBrowser.dumpException(exc); 
    801775        } 
    802776        update = false; 
    803         setBox(zGroup,0); 
    804         setBox(tGroup,1); 
    805         setBox(cGroup,2); 
     777        setBox(zGroup, 0); 
     778        setBox(tGroup, 1); 
     779        setBox(cGroup, 2); 
    806780        update = true; 
    807781        cw.db.setDimensions(); 
    808         if(cw.db.virtual) cw.db.manager.dimChange(); 
     782        if (cw.db.virtual) cw.db.manager.dimChange(); 
    809783        cw.updateControls(); 
    810784      } 
     
    816790        sel = zGroup.getSelectedIndex(); 
    817791        char zChar = convertInt(sel); 
    818         if(zChar == cChar) zChar = oldChar; 
     792        if (zChar == cChar) zChar = oldChar; 
    819793 
    820794        sel = tGroup.getSelectedIndex(); 
    821795        char tChar = convertInt(sel); 
    822         if(tChar == cChar) tChar = oldChar; 
     796        if (tChar == cChar) tChar = oldChar; 
    823797 
    824798        order = String.valueOf(zChar) + String.valueOf(tChar) 
     
    831805          sizeC = cw.db.reader.getSizeC(); 
    832806        } 
    833         catch(Exception exc) { 
     807        catch (Exception exc) { 
    834808          exc.printStackTrace(); 
    835809          LociDataBrowser.dumpException(exc); 
    836810        } 
    837811        update = false; 
    838         setBox(zGroup,0); 
    839         setBox(tGroup,1); 
    840         setBox(cGroup,2); 
     812        setBox(zGroup, 0); 
     813        setBox(tGroup, 1); 
     814        setBox(cGroup, 2); 
    841815        update = true; 
    842816        cw.db.setDimensions(); 
    843         if(cw.db.virtual) cw.db.manager.dimChange(); 
     817        if (cw.db.virtual) cw.db.manager.dimChange(); 
    844818        cw.updateControls(); 
    845819      } 
     
    849823        axes[index] = getAxis(blockBoxes[index].getSelectedIndex()); 
    850824        try { 
    851           fs.setAxisTypes(id,axes); 
    852         } 
    853         catch(Exception exc) { 
     825          fs.setAxisTypes(axes); 
     826        } 
     827        catch (Exception exc) { 
    854828          exc.printStackTrace(); 
    855829          LociDataBrowser.dumpException(exc); 
    856830        } 
    857831        cw.db.setDimensions(); 
    858         if(cw.db.virtual) cw.db.manager.dimChange(); 
     832        if (cw.db.virtual) cw.db.manager.dimChange(); 
    859833        cw.updateControls(); 
    860834        cw.update = true; 
     
    864838 
    865839  public void itemStateChanged(ItemEvent e) { 
    866     if(update) { 
     840    if (update) { 
    867841      Object source = e.getItemSelectable(); 
    868842 
     
    893867      } 
    894868      else if (source == cacheToggle) { 
    895         if(e.getStateChange() == ItemEvent.DESELECTED) { 
     869        if (e.getStateChange() == ItemEvent.DESELECTED) { 
    896870          cw.db.toggleCache(false); 
    897871        } 
     
    904878      } 
    905879 
    906       int zState = 0x00,tState = 0x00,cState = 0x00; 
     880      int zState = 0x00, tState = 0x00, cState = 0x00; 
    907881 
    908882      if (zCheck.isSelected()) zState = CacheManager.Z_AXIS; 
     
    918892 
    919893  public void stateChanged(ChangeEvent e) { 
    920     if(update) { 
    921       if (e.getSource() == fps) { 
    922         // the frames per second changed 
    923         cw.setFps(((Integer) fps.getValue()).intValue()); 
    924       } 
    925       else { 
    926         int zF,zB,tF,tB,cF,cB; 
    927         zF = ((Integer) zFSpin.getValue()).intValue(); 
    928         zB = ((Integer) zBSpin.getValue()).intValue(); 
    929         tF = ((Integer) tFSpin.getValue()).intValue(); 
    930         tB = ((Integer) tBSpin.getValue()).intValue(); 
    931         cF = ((Integer) cFSpin.getValue()).intValue(); 
    932         cB = ((Integer) cBSpin.getValue()).intValue(); 
    933         manager.setSize(zB,zF,tB,tF,cB,cF); 
    934       } 
     894    if (update) { 
     895      int zF = ((Integer) zFSpin.getValue()).intValue(); 
     896      int zB = ((Integer) zBSpin.getValue()).intValue(); 
     897      int tF = ((Integer) tFSpin.getValue()).intValue(); 
     898      int tB = ((Integer) tBSpin.getValue()).intValue(); 
     899      int cF = ((Integer) cFSpin.getValue()).intValue(); 
     900      int cB = ((Integer) cBSpin.getValue()).intValue(); 
     901      manager.setSize(zB, zF, tB, tF, cB, cF); 
    935902    } 
    936903  } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.