Changeset 2692


Ignore:
Timestamp:
04/27/07 09:47:05 (13 years ago)
Author:
curtis
Message:

Fix deprecation warnings.

Location:
trunk/loci
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/apps/slim/SlimPlotter.java

    r2662 r2692  
    247247      // read SDT file header 
    248248      SDTReader reader = new SDTReader(); 
    249       SDTInfo info = reader.getInfo(file.getPath()); 
     249      reader.setId(file.getPath()); 
     250      SDTInfo info = reader.getInfo(); 
    250251      reader.close(); 
    251252      int offset = info.dataBlockOffs + 22; 
  • trunk/loci/apps/stitcher/MovieStitcher.java

    r2583 r2692  
    319319      output.setText(s); 
    320320      try { 
    321         if (!writer.canDoStacks(s)) { 
     321        writer.setId(s); 
     322        if (!writer.canDoStacks()) { 
    322323          includeZ.setEnabled(false); 
    323324          includeT.setEnabled(false); 
     
    325326        } 
    326327        codec.removeAllItems(); 
    327         String[] codecs = writer.getWriter(s).getCompressionTypes(); 
     328        String[] codecs = writer.getWriter().getCompressionTypes(); 
    328329        if (codecs == null) codecs = new String[] {"Uncompressed"}; 
    329330        for (int i=0; i<codecs.length; i++) { 
     
    494495 
    495496      int type = swap.getPixelType(); 
    496       if (force && !writer.isSupportedType(out, type)) { 
    497         int[] types = writer.getPixelTypes(out); 
     497      writer.setId(out); 
     498      if (force && !writer.isSupportedType(type)) { 
     499        int[] types = writer.getPixelTypes(); 
    498500        for (int i=0; i<types.length; i++) { 
    499501          if (types[i] > type) { 
     
    510512        } 
    511513      } 
    512       else if (!force && !writer.isSupportedType(out, type)) { 
     514      else if (!force && !writer.isSupportedType(type)) { 
    513515        throw new FormatException("Unsupported pixel type: " +  
    514516          FormatTools.getPixelTypeString(type) + 
     
    574576 
    575577                  BufferedImage img = swap.openImage(ndx); 
    576                   if (force &&  
    577                     !writer.isSupportedType(out, swap.getPixelType()))  
    578                   { 
     578                  writer.setId(out); 
     579                  if (force && !writer.isSupportedType(swap.getPixelType())) { 
    579580                    int pixelType = 0; 
    580581                    switch (type) { 
     
    603604                  } 
    604605 
    605                   writer.saveImage(outFile, img, shutdown ||  
    606                     (filePlane == planesPerFile)); 
     606                  writer.setId(outFile); 
     607                  writer.saveImage(img, shutdown || filePlane == planesPerFile); 
    607608                  if (shutdown) break; 
    608609                } 
  • trunk/loci/ome/editor/MetadataPane.java

    r2644 r2692  
    319319            options, 
    320320            options[0]); 
    321     if(n == JOptionPane.YES_OPTION) saveCompanionFile(file); 
     321    if (n == JOptionPane.YES_OPTION) saveCompanionFile(file); 
    322322  } 
    323323 
     
    327327      //use the node tree in the MetadataPane to write flattened OMECA 
    328328      //to a given file 
    329       if(testThirdParty(file)) { 
     329      if (testThirdParty(file)) { 
    330330        askCompanionInstead(file); 
    331331        return; 
     
    365365  } 
    366366 
    367   public void saveCompanionFile(File file) throws RuntimeException { 
     367  public void saveCompanionFile(File file) { 
    368368    File compFile = new File(file.getPath() + ".ome"); 
    369369    if (compFile.exists()) compFile.delete(); 
     
    372372    } 
    373373    catch (Exception exc) { 
    374       if(exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException)exc; 
     374      if (exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException) exc; 
    375375      else exc.printStackTrace(); 
    376376    } 
    377377  } 
    378378 
    379   public void saveTiffFile(File file) throws RuntimeException{ 
    380     if(originalTIFF != null && originalTIFF.equals(file)) saveFile(file); 
     379  public void saveTiffFile(File file) { 
     380    if (originalTIFF != null && originalTIFF.equals(file)) saveFile(file); 
    381381    else { 
    382382      String id = currentFile.getPath(); 
    383383      String outId = id + ".tif"; 
    384384      File outFile = new File(outId); 
    385       if(outFile.exists()) outFile.delete(); 
    386       if(reader == null) reader = new ImageReader(); 
     385      if (outFile.exists()) outFile.delete(); 
     386      if (reader == null) reader = new ImageReader(); 
    387387      TiffWriter writer = new TiffWriter(); 
    388388 
     
    396396        imageCount = reader.getImageCount(); 
    397397      } 
    398       catch(Exception exc) { 
    399         if(exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException)exc; 
     398      catch (Exception exc) { 
     399        if (exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException) exc; 
    400400        else exc.printStackTrace(); 
    401401      } 
     
    407407          plane = reader.openImage(i); 
    408408        } 
    409         catch(Exception exc) { 
    410           if(exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException)exc; 
     409        catch (Exception exc) { 
     410          if (exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException) exc; 
    411411          else exc.printStackTrace(); 
    412412        } 
     
    421421 
    422422        try { 
    423           writer.saveImage(outId, plane, ifd, i == imageCount - 1); 
    424         } 
    425         catch(Exception exc) { 
    426           if(exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException)exc; 
     423          writer.setId(outId); 
     424          writer.saveImage(plane, ifd, i == imageCount - 1); 
     425        } 
     426        catch (Exception exc) { 
     427          if (exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException) exc; 
    427428          else exc.printStackTrace(); 
    428429        } 
     
    436437  } 
    437438 
    438   public void saveTiffFile(File file, String outId) throws RuntimeException{ 
     439  public void saveTiffFile(File file, String outId) { 
    439440    String id = currentFile.getPath(); 
    440441    File outFile = new File(outId); 
    441     if(outFile.exists()) outFile.delete(); 
    442     if(reader == null) reader = new ImageReader(); 
     442    if (outFile.exists()) outFile.delete(); 
     443    if (reader == null) reader = new ImageReader(); 
    443444    TiffWriter writer = new TiffWriter(); 
    444445 
     
    452453      imageCount = reader.getImageCount(); 
    453454    } 
    454     catch(Exception exc) { 
    455       if(exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException)exc; 
     455    catch (Exception exc) { 
     456      if (exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException) exc; 
    456457      else exc.printStackTrace(); 
    457458    } 
     
    463464        plane = reader.openImage(i); 
    464465      } 
    465       catch(Exception exc) { 
    466         if(exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException)exc; 
     466      catch (Exception exc) { 
     467        if (exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException) exc; 
    467468        else exc.printStackTrace(); 
    468469      } 
     
    477478 
    478479      try { 
    479         writer.saveImage(outId, plane, ifd, i == imageCount - 1); 
    480       } 
    481       catch(Exception exc) { 
    482         if(exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException)exc; 
     480        writer.setId(outId); 
     481        writer.saveImage(plane, ifd, i == imageCount - 1); 
     482      } 
     483      catch (Exception exc) { 
     484        if (exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException) exc; 
    483485        else exc.printStackTrace(); 
    484486      } 
     
    491493  } 
    492494 
    493   public void merge() throws RuntimeException { 
     495  public void merge() { 
    494496    if (currentFile != null) { 
    495497      String id = currentFile.getPath(); 
     
    504506//        BufferedImage whatever = reader.openImage(id, imageCount/2); 
    505507      } 
    506       catch(Exception exc) { 
    507         if(exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException)exc; 
     508      catch (Exception exc) { 
     509        if (exc instanceof RuntimeException) throw (RuntimeException) exc; 
    508510        else exc.printStackTrace(); 
    509511      } 
     
    610612 
    611613    //creating tiffData from non-OME-Tiff 
    612     if(!isOMETiff) { 
     614    if (!isOMETiff) { 
    613615      for(int i = 0; i<pixList.size(); i++) { 
    614616        Element thisEle = (Element) pixList.get(i); 
     
    627629 
    628630        //fixes if TiffData Elements not in File but should be 
    629         if(dataEles.size() == 0) { 
    630           if(!prompted) { 
     631        if (dataEles.size() == 0) { 
     632          if (!prompted) { 
    631633            Object[] options = 
    632634              {"Sounds good", "Cancel (Nothing bad will happen)"}; 
     
    647649          } 
    648650 
    649           if(addElements) { 
     651          if (addElements) { 
    650652            DOMUtil.createChild(thisEle, "TiffData"); 
    651653            continue; 
     
    766768        currentFile = file; 
    767769        File companionFile = new File(id + ".ome"); 
    768         if(companionFile.exists()) { 
     770        if (companionFile.exists()) { 
    769771          Object[] options = {"Sounds good", "No, open original file"}; 
    770772 
     
    803805        ome = (OMENode) ms.getRoot(); 
    804806 
    805         if(doMerge) { 
     807        if (doMerge) { 
    806808          Merger merge = new Merger(ome, companionFile, this); 
    807809          ome = merge.getRoot(); 
     
    809811 
    810812        //handle if tiff after reader has been constructed 
    811         if(originalTIFF != null) { 
     813        if (originalTIFF != null) { 
    812814          isOMETiff = checkOMETiff(file); 
    813815          storeTiffData(file); 
     
    842844              break; 
    843845            } 
    844             if(lowestInt == -1) { 
     846            if (lowestInt == -1) { 
    845847              lowestInt = pixNum; 
    846848              continue; 
    847849            } 
    848             if(lowestInt > pixNum) lowestInt = pixNum; 
     850            if (lowestInt > pixNum) lowestInt = pixNum; 
    849851          } 
    850852 
    851853          minPixNum = lowestInt; 
    852           if(minPixNum == -1) pixelsIDProblem = true; 
    853         } 
    854         catch(Exception exc) { exc.printStackTrace(); } 
     854          if (minPixNum == -1) pixelsIDProblem = true; 
     855        } 
     856        catch (Exception exc) { exc.printStackTrace(); } 
    855857 
    856858        if (pixList.size() == 1) pixelsIDProblem = false; 
     
    962964    internalDefs = new Hashtable(); 
    963965    try { thisOmeNode = new OMENode(); } 
    964     catch(Exception e) { e.printStackTrace(); } 
     966    catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } 
    965967 
    966968    //use the list acquired from Template.xml to form the initial tabs 
     
    19191921      imageLabel = null; 
    19201922      if (name.endsWith("Pixels")) { 
    1921         if(pixelsIDProblem || on == null) { 
     1923        if (pixelsIDProblem || on == null) { 
    19221924          if (thumb != null && !pixelsIDProblem) { 
    19231925            tableThumb = thumb; 
  • trunk/loci/plugins/Exporter.java

    r2569 r2692  
    8686    try { 
    8787      IFormatWriter w = new ImageWriter().getWriter(outfile); 
     88      w.setId(outfile); 
    8889 
    8990      // prompt for options 
     
    9697      boolean forceType = false; 
    9798 
    98       if ((codecs != null && codecs.length > 1) || 
    99         !w.isSupportedType(null, thisType)) 
    100       { 
     99      boolean notSupportedType = !w.isSupportedType(thisType); 
     100      if ((codecs != null && codecs.length > 1) || notSupportedType) { 
    101101        GenericDialog gd = 
    102102          new GenericDialog("LOCI Bio-Formats Exporter Options"); 
     
    104104          gd.addChoice("Compression type: ", codecs, codecs[0]); 
    105105        } 
    106         if (!w.isSupportedType(null, thisType)) { 
     106        if (notSupportedType) { 
    107107          gd.addCheckbox("Force compatible pixel type", true); 
    108108        } 
     
    111111 
    112112        if (codecs != null) w.setCompression(gd.getNextChoice()); 
    113         if (!w.isSupportedType(null, thisType)) { 
    114           forceType = gd.getNextBoolean(); 
    115         } 
     113        if (notSupportedType) forceType = gd.getNextBoolean(); 
    116114      } 
    117115 
     
    147145 
    148146        if (forceType) { 
    149           if (!w.isSupportedType(null, thisType)) { 
    150             int[] types = w.getPixelTypes(null); 
     147          if (notSupportedType) { 
     148            int[] types = w.getPixelTypes(); 
    151149            img = ImageTools.makeType(img, types[types.length - 1]); 
    152150          } 
    153           w.saveImage(outfile, img, i == is.getSize() - 1); 
     151          w.saveImage(img, i == is.getSize() - 1); 
    154152        } 
    155         else w.saveImage(outfile, img, i == is.getSize() - 1); 
     153        else w.saveImage(img, i == is.getSize() - 1); 
    156154      } 
    157155    } 
  • trunk/loci/visbio/data/ExportPane.java

    r2594 r2692  
    246246              task.setStatus(count++, max, 
    247247                "Writing #" + (i + 1) + "/" + numTotal); 
    248               if (tiffSaver == null) saver.saveImage(filename, image, true); 
     248              if (tiffSaver == null) { 
     249                saver.setId(filename); 
     250                saver.saveImage(image, true); 
     251              } 
    249252              else { 
    250253                // save image to TIFF file 
     
    258261                  TiffTools.putIFDValue(ifd, TiffTools.PREDICTOR, 2); 
    259262                } 
    260                 tiffSaver.saveImage(filename, image, ifd, true); 
     263                tiffSaver.setId(filename); 
     264                tiffSaver.saveImage(image, ifd, true); 
    261265              } 
    262266            } 
     
    274278                  "Writing #" + img + "/" + numTotal); 
    275279                boolean last = j == lengths[excl] - 1; 
    276                 if (tiffSaver == null) saver.saveImage(filename, image, last); 
     280                if (tiffSaver == null) { 
     281                  saver.setId(filename); 
     282                  saver.saveImage(image, last); 
     283                } 
    277284                else { 
    278285                  // save image to TIFF file 
     
    286293                    TiffTools.putIFDValue(ifd, TiffTools.PREDICTOR, 2); 
    287294                  } 
    288                   tiffSaver.saveImage(filename, image, ifd, last); 
     295                  tiffSaver.setId(filename); 
     296                  tiffSaver.saveImage(image, ifd, last); 
    289297                } 
    290298              } 
  • trunk/loci/visbio/ome/ImageUploader.java

    r2682 r2692  
    6363   
    6464      String id = server + "?user=" + username + "&password=" + password; 
     65      writer.setId(id); 
    6566 
    6667      int numFiles = data.getFilenames().length; 
     
    7374            store.getSizeT(null).intValue(),  
    7475            numImages*numFiles, numImages*i + j); 
    75           writer.saveImage(id,  
     76          writer.saveImage( 
    7677            data.getImage(new int[] {coords[0], coords[1], coords[2], j}),  
    77             (i == numFiles - 1) && (j == numImages - 1)); 
     78            i == numFiles - 1 && j == numImages - 1); 
    7879        } 
    7980      } 
  • trunk/loci/visbio/view/CaptureHandler.java

    r2579 r2692  
    149149        ImageWriter writer = new ImageWriter(); 
    150150        try { 
    151           writer.saveImage(id, getSnapshot(), true); 
     151          writer.setId(id); 
     152          writer.saveImage(getSnapshot(), true); 
    152153          writer.close(); 
    153154        } 
     
    253254            BufferedImage image = captureImage(pc, mx, d); 
    254255            String name = doMovie ? filename : (pre + count + post); 
    255             try { writer.saveImage(name, image, !doMovie); } 
     256            try { 
     257              writer.setId(name); 
     258              writer.saveImage(image, !doMovie); 
     259            } 
    256260            catch (IOException exc) { exc.printStackTrace(); } 
    257261            catch (FormatException exc) { exc.printStackTrace(); } 
     
    265269        BufferedImage image = captureImage(pc, mxStart, d); 
    266270        String name = doMovie ? filename : (pre + count + post); 
    267         try { writer.saveImage(name, image, true); } 
     271        try { 
     272          writer.setId(name); 
     273          writer.saveImage(image, true); 
     274        } 
    268275        catch (IOException exc) { exc.printStackTrace(); } 
    269276        catch (FormatException exc) { exc.printStackTrace(); } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.