Changeset 2791


Ignore:
Timestamp:
05/16/07 12:15:58 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:

Added main method to OMEWriter; updated omeul to use OMEWriter.

Location:
trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/ome/OMEWriter.java

    r2740 r2791  
    341341  } 
    342342 
     343  // -- Main method -- 
     344 
     345  public static void main(String[] args) throws Exception { 
     346    String server = null, user = null, pass = null; 
     347    String id = null; 
     348 
     349    // parse command-line arguments 
     350    boolean doUsage = false; 
     351    if (args.length == 0) doUsage = true; 
     352    for (int i=0; i<args.length; i++) { 
     353      if (args[i].startsWith("-")) { 
     354        // argument is a command line flag 
     355        String param = args[i]; 
     356        try { 
     357          if (param.equalsIgnoreCase("-s")) server = args[++i]; 
     358          else if (param.equalsIgnoreCase("-u")) user = args[++i]; 
     359          else if (param.equalsIgnoreCase("-p")) pass = args[++i]; 
     360          else if (param.equalsIgnoreCase("-h") || param.equalsIgnoreCase("-?")) 
     361          { 
     362            doUsage = true; 
     363          } 
     364          else { 
     365            System.err.println("Error: unknown flag: "+ param); 
     366            System.err.println(); 
     367            doUsage = true; 
     368            break; 
     369          } 
     370        } 
     371        catch (ArrayIndexOutOfBoundsException exc) { 
     372          if (i == args.length - 1) { 
     373            System.err.println("Error: flag " + param +  
     374              " must be followed by a parameter value."); 
     375            System.err.println(); 
     376            doUsage = true; 
     377            break;  
     378          } 
     379          else throw exc;  
     380        } 
     381      } 
     382      else { 
     383        if (id == null) id = args[i]; 
     384        else { 
     385          System.err.println("Error: unknown argument: " + args[i]); 
     386          System.err.println(); 
     387        } 
     388      } 
     389    } 
     390   
     391    if (id == null) doUsage = true; 
     392    if (doUsage) { 
     393      System.err.println("Usage: omeul [-s server.address] " + 
     394        "[-u username] [-p password] filename"); 
     395      System.err.println(); 
     396      System.exit(1); 
     397    } 
     398   
     399    // ask for information if necessary  
     400    BufferedReader cin = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in)); 
     401    if (server == null) { 
     402      System.out.print("Server address? "); 
     403      try { server = cin.readLine(); } 
     404      catch (IOException exc) { } 
     405    } 
     406    if (user == null) { 
     407      System.out.print("Username? "); 
     408      try { user = cin.readLine(); } 
     409      catch (IOException exc) { } 
     410    } 
     411    if (pass == null) { 
     412      System.out.print("Password? "); 
     413      try { pass = cin.readLine(); } 
     414      catch (IOException exc) { } 
     415    } 
     416 
     417    if (server == null || user == null || pass == null) { 
     418      System.err.println("Error: could not obtain server login information"); 
     419      System.exit(2); 
     420    } 
     421    System.out.println("Using server " + server + " as user " + user); 
     422 
     423    // create image uploader 
     424    OMEWriter uploader = new OMEWriter(); 
     425    uploader.addStatusListener(new StatusListener() { 
     426      public void statusUpdated(StatusEvent e) { 
     427        System.out.println(e.getStatusMessage()); 
     428      } 
     429    }); 
     430 
     431    uploader.setId(server + "?user=" + user + "&password=" + pass); 
     432 
     433    FileStitcher reader = new FileStitcher(); 
     434    reader.setMetadataStore(new OMEXMLMetadataStore());  
     435    reader.setId(id);  
     436    uploader.setMetadataStore((OMEXMLMetadataStore) reader.getMetadataStore());  
     437    for (int i=0; i<reader.getImageCount(); i++) { 
     438      uploader.saveImage(reader.openImage(i), i == reader.getImageCount() - 1); 
     439    } 
     440    reader.close(); 
     441    uploader.close(); 
     442  } 
     443 
    343444} 
  • trunk/tools/omeul

    r2435 r2791  
    1212# LOCI_DEVEL environment variable to use them instead. 
    1313 
    14 PROG=loci.formats.ome.OMEUploader 
     14PROG=loci.formats.ome.OMEWriter 
    1515 
    1616if [ $LOCI_DEVEL ] 
  • trunk/tools/omeul.bat

    r2435 r2791  
    1212rem LOCI_DEVEL environment variable to use them instead. 
    1313 
    14 set PROG=loci.formats.ome.OMEImporter 
     14set PROG=loci.formats.ome.OMEWriter 
    1515 
    1616if "%LOCI_DEVEL%" == "" ( 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.