Changeset 2800


Ignore:
Timestamp:
05/20/07 14:51:18 (13 years ago)
Author:
curtis
Message:

Whitespace.

Location:
trunk/loci/formats
Files:
16 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/FormatReader.java

    r2796 r2800  
    373373    return series; 
    374374  } 
    375    
     375 
    376376  /* @see IFormatReader#setGroupFiles(boolean) */ 
    377377  public void setGroupFiles(boolean group) { 
     
    386386 
    387387  /* @see IFormatReader#fileGroupOption(String) */ 
    388   public int fileGroupOption(String id)  
    389     throws FormatException, IOException  
    390   { 
    391     return FormatTools.CANNOT_GROUP;  
     388  public int fileGroupOption(String id) 
     389    throws FormatException, IOException 
     390  { 
     391    return FormatTools.CANNOT_GROUP; 
    392392  } 
    393393 
  • trunk/loci/formats/IFormatReader.java

    r2796 r2800  
    200200  boolean isGroupFiles(); 
    201201 
    202   /**  
     202  /** 
    203203   * Returns an int indicating that we cannot, must, or might group the files 
    204204   * in a given dataset. 
  • trunk/loci/formats/ImageReader.java

    r2796 r2800  
    386386  /* @see IFormatReader#setGroupFiles(boolean) */ 
    387387  public void setGroupFiles(boolean group) { 
    388     FormatTools.assertId(currentId, false, 2);  
    389     for (int i=0; i<readers.length; i++) readers[i].setGroupFiles(group);  
     388    FormatTools.assertId(currentId, false, 2); 
     389    for (int i=0; i<readers.length; i++) readers[i].setGroupFiles(group); 
    390390  } 
    391391 
  • trunk/loci/formats/ImageTools.java

    r2762 r2800  
    10091009        } 
    10101010      } 
    1011        
     1011 
    10121012      byte tmp = a[0]; 
    10131013      a[0] = a[2]; 
  • trunk/loci/formats/RandomAccessStream.java

    r2783 r2800  
    138138      else if (path.endsWith(".zip")) { 
    139139        ZipFile zf = new ZipFile(Location.getMappedId(file)); 
    140         InputStream zip =  
     140        InputStream zip = 
    141141          zf.getInputStream((ZipEntry) zf.entries().nextElement()); 
    142          
     142 
    143143        compressed = true; 
    144144 
     
    149149          length++; 
    150150        } 
    151          
     151 
    152152        zf = new ZipFile(Location.getMappedId(file)); 
    153153        zip = new BufferedInputStream(zf.getInputStream( 
    154154          (ZipEntry) zf.entries().nextElement()), MAX_OVERHEAD); 
    155         dis = new DataInputStream(zip);  
     155        dis = new DataInputStream(zip); 
    156156      } 
    157157      else if (path.endsWith(".bz2")) { 
     
    161161 
    162162        length = 0; 
    163        
     163 
    164164        int s = 0; 
    165165 
     
    543543          InputStream zip = new BufferedInputStream(zf.getInputStream( 
    544544            (ZipEntry) zf.entries().nextElement()), MAX_OVERHEAD); 
    545           dis = new DataInputStream(zip);  
     545          dis = new DataInputStream(zip); 
    546546        } 
    547547        else if (path.endsWith(".bz2")) { 
    548           bis.skip(2);  
     548          bis.skip(2); 
    549549          dis = new DataInputStream(new CBZip2InputStream(bis)); 
    550550        } 
     
    672672        InputStream zip = new BufferedInputStream(zf.getInputStream( 
    673673          (ZipEntry) zf.entries().nextElement()), MAX_OVERHEAD); 
    674         dis = new DataInputStream(zip);  
     674        dis = new DataInputStream(zip); 
    675675        compressed = true; 
    676676      } 
    677677      else if (path.endsWith(".bz2")) { 
    678         bis.skip(2);  
     678        bis.skip(2); 
    679679        dis = new DataInputStream(new CBZip2InputStream(bis)); 
    680680        compressed = true; 
  • trunk/loci/formats/in/BaseTiffReader.java

    r2741 r2800  
    493493      p == TiffTools.CFA_ARRAY || p == TiffTools.RGB; 
    494494    //core.interleaved[0] = TiffTools.getSamplesPerPixel(ifds[0]) > 1; 
    495     core.interleaved[0] = true;  
     495    core.interleaved[0] = true; 
    496496    core.littleEndian[0] = TiffTools.isLittleEndian(ifds[0]); 
    497497 
  • trunk/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r2772 r2800  
    650650            addMeta(key.trim(), value.trim()); 
    651651          } 
    652           line = raw.readLine();  
     652          line = raw.readLine(); 
    653653        } 
    654         raw.close();  
     654        raw.close(); 
    655655      } 
    656656      else if (list[i].endsWith("lse.xml")) { 
     
    664664          int end = xml.indexOf("</SectionInfo>"); 
    665665          xml = xml.substring(start, end); 
    666         
     666 
    667667          // parse the timestamps 
    668668          while (xml.length() > 0) { 
    669669            String element = xml.substring(0, xml.indexOf(">") + 1); 
    670670            xml = xml.substring(xml.indexOf(">") + 1); 
    671            
     671 
    672672            int ndx = element.indexOf("TimeCompleted") + 15; 
    673673            String stamp = element.substring(ndx, element.indexOf("\"", ndx)); 
    674674 
    675             String key = element.substring(1, element.indexOf("\"",  
     675            String key = element.substring(1, element.indexOf("\"", 
    676676              element.indexOf("\"") + 1)); 
    677677            key = key.replace('\"', '\0'); 
  • trunk/loci/formats/in/ICSReader.java

    r2762 r2800  
    9797  /* @see loci.formats.IFormatReader#fileGroupOption(String) */ 
    9898  public int fileGroupOption(String id) throws FormatException, IOException { 
    99     return FormatTools.MUST_GROUP;  
     99    return FormatTools.MUST_GROUP; 
    100100  } 
    101101 
  • trunk/loci/formats/in/LIFReader.java

    r2775 r2800  
    203203  private void initMetadata(String xml) throws FormatException, IOException { 
    204204    // parse raw key/value pairs - adapted from FlexReader 
    205    
     205 
    206206    LIFHandler handler = new LIFHandler(); 
    207    
     207 
    208208    // strip out invalid characters 
    209209    for (int i=0; i<xml.length(); i++) { 
     
    219219    catch (ParserConfigurationException exc) { 
    220220      throw new FormatException(exc); 
    221     }  
     221    } 
    222222    catch (SAXException exc) { 
    223223      throw new FormatException(exc); 
    224224    } 
    225      
     225 
    226226    Vector elements = new Vector(); 
    227227    seriesNames = new Vector(); 
     
    524524    private int count = 0; 
    525525 
    526     public void startElement(String uri, String localName, String qName,  
    527       Attributes attributes)  
     526    public void startElement(String uri, String localName, String qName, 
     527      Attributes attributes) 
    528528    { 
    529529      if (qName.equals("Element")) { 
    530         series = attributes.getValue("Name");  
     530        series = attributes.getValue("Name"); 
    531531      } 
    532532      else if (qName.equals("Experiment")) { 
     
    542542        addMeta(prefix + "LUTName", attributes.getValue("LUTName")); 
    543543        addMeta(prefix + "IsLUTInverted", attributes.getValue("IsLUTInverted")); 
    544         count++;  
     544        count++; 
    545545      } 
    546546      else if (qName.equals("DimensionDescription")) { 
    547547        String prefix = series + " - Dimension " + count + " - "; 
    548         addMeta(prefix + "NumberOfElements",  
     548        addMeta(prefix + "NumberOfElements", 
    549549          attributes.getValue("NumberOfElements")); 
    550550        addMeta(prefix + "Length", attributes.getValue("Length")); 
     
    559559      else if (qName.equals("FilterSettingRecord")) { 
    560560        String key = attributes.getValue("ObjectName") + " - " + 
    561           attributes.getValue("Description") + " - " +  
     561          attributes.getValue("Description") + " - " + 
    562562          attributes.getValue("Attribute"); 
    563         addMeta(series + " - " + key, attributes.getValue("Variant"));   
     563        addMeta(series + " - " + key, attributes.getValue("Variant")); 
    564564      } 
    565565      else if (qName.equals("ATLConfocalSettingDefinition")) { 
    566566        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    567           addMeta(series + " - " + attributes.getQName(i),  
     567          addMeta(series + " - " + attributes.getQName(i), 
    568568            attributes.getValue(i)); 
    569569        } 
     
    573573        addMeta(prefix + "Qualifier", attributes.getValue("Qualifier")); 
    574574        addMeta(prefix + "FilterIndex", attributes.getValue("FilterIndex")); 
    575         addMeta(prefix + "FilterSpectrumPos",  
     575        addMeta(prefix + "FilterSpectrumPos", 
    576576          attributes.getValue("FilterSpectrumPos")); 
    577         addMeta(prefix + "IsSpectrumTurnMode",  
     577        addMeta(prefix + "IsSpectrumTurnMode", 
    578578          attributes.getValue("IsSpectrumTurnMode")); 
    579579        addMeta(prefix + "IndexChanged", attributes.getValue("IndexChanged")); 
    580         addMeta(prefix + "SpectrumChanged",  
     580        addMeta(prefix + "SpectrumChanged", 
    581581          attributes.getValue("SpectrumChanged")); 
    582         count++;  
     582        count++; 
    583583      } 
    584584      else if (qName.equals("WheelName")) { 
     
    590590      } 
    591591      else if (qName.equals("MultiBand")) { 
    592         String prefix = series + " - MultiBand Channel " +  
    593           attributes.getValue("Channel") + " - ";  
    594         addMeta(prefix + "LeftWorld", attributes.getValue("LeftWorld"));  
    595         addMeta(prefix + "RightWorld", attributes.getValue("RightWorld"));  
    596         addMeta(prefix + "DyeName", attributes.getValue("DyeName"));  
     592        String prefix = series + " - MultiBand Channel " + 
     593          attributes.getValue("Channel") + " - "; 
     594        addMeta(prefix + "LeftWorld", attributes.getValue("LeftWorld")); 
     595        addMeta(prefix + "RightWorld", attributes.getValue("RightWorld")); 
     596        addMeta(prefix + "DyeName", attributes.getValue("DyeName")); 
    597597      } 
    598598      else if (qName.equals("LaserLineSetting")) { 
    599         String prefix = series + " - LaserLine " +  
    600           attributes.getValue("LaserLine") + " - ";  
    601         addMeta(prefix + "IntensityDev", attributes.getValue("IntensityDev"));  
    602         addMeta(prefix + "IntensityLowDev",  
    603           attributes.getValue("IntensityLowDev"));  
    604         addMeta(prefix + "AOBSIntensityDev",  
    605           attributes.getValue("AOBSIntensityDev"));  
    606         addMeta(prefix + "AOBSIntensityLowDev",  
    607           attributes.getValue("AOBSIntensityLowDev"));  
    608         addMeta(prefix + "EnableDoubleMode",  
    609           attributes.getValue("EnableDoubleMode"));  
    610         addMeta(prefix + "LineIndex", attributes.getValue("LineIndex"));  
    611         addMeta(prefix + "Qualifier", attributes.getValue("Qualifier"));  
    612         addMeta(prefix + "SequenceIndex",  
    613           attributes.getValue("SequenceIndex"));  
     599        String prefix = series + " - LaserLine " + 
     600          attributes.getValue("LaserLine") + " - "; 
     601        addMeta(prefix + "IntensityDev", attributes.getValue("IntensityDev")); 
     602        addMeta(prefix + "IntensityLowDev", 
     603          attributes.getValue("IntensityLowDev")); 
     604        addMeta(prefix + "AOBSIntensityDev", 
     605          attributes.getValue("AOBSIntensityDev")); 
     606        addMeta(prefix + "AOBSIntensityLowDev", 
     607          attributes.getValue("AOBSIntensityLowDev")); 
     608        addMeta(prefix + "EnableDoubleMode", 
     609          attributes.getValue("EnableDoubleMode")); 
     610        addMeta(prefix + "LineIndex", attributes.getValue("LineIndex")); 
     611        addMeta(prefix + "Qualifier", attributes.getValue("Qualifier")); 
     612        addMeta(prefix + "SequenceIndex", 
     613          attributes.getValue("SequenceIndex")); 
    614614      } 
    615615      else if (qName.equals("Detector")) { 
    616         String prefix = series + " - Detector Channel " +  
     616        String prefix = series + " - Detector Channel " + 
    617617          attributes.getValue("Channel") + " - "; 
    618618        addMeta(prefix + "IsActive", attributes.getValue("IsActive")); 
    619         addMeta(prefix + "IsReferenceUnitActivatedForCorrection",  
     619        addMeta(prefix + "IsReferenceUnitActivatedForCorrection", 
    620620          attributes.getValue("IsReferenceUnitActivatedForCorrection")); 
    621621        addMeta(prefix + "Gain", attributes.getValue("Gain")); 
     
    625625        String prefix = series + " Laser " + attributes.getValue("LaserName") + 
    626626          " - "; 
    627         addMeta(prefix + "CanDoLinearOutputPower",  
     627        addMeta(prefix + "CanDoLinearOutputPower", 
    628628          attributes.getValue("CanDoLinearOutputPower")); 
    629629        addMeta(prefix + "OutputPower", attributes.getValue("OutputPower")); 
     
    634634        addMeta(prefix + "HighInteger", attributes.getValue("HighInteger")); 
    635635        addMeta(prefix + "LowInteger", attributes.getValue("LowInteger")); 
    636         count++;  
     636        count++; 
    637637      } 
    638638      else if (qName.equals("ChannelScalingInfo")) { 
     
    644644      } 
    645645      else if (qName.equals("RelTimeStamp")) { 
    646         addMeta(series + " RelTimeStamp " + attributes.getValue("Frame"),  
    647           attributes.getValue("Time"));  
    648       } 
    649       else count = 0;  
     646        addMeta(series + " RelTimeStamp " + attributes.getValue("Frame"), 
     647          attributes.getValue("Time")); 
     648      } 
     649      else count = 0; 
    650650    } 
    651651  } 
  • trunk/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r2757 r2800  
    109109  /* @see loci.formats.IFormatReader#fileGroupOption(String) */ 
    110110  public int fileGroupOption(String id) throws FormatException, IOException { 
    111     return id.toLowerCase().endsWith(".lei") ? FormatTools.MUST_GROUP :  
     111    return id.toLowerCase().endsWith(".lei") ? FormatTools.MUST_GROUP : 
    112112      FormatTools.CAN_GROUP; 
    113113  } 
  • trunk/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r2762 r2800  
    6969 
    7070  /** Constructs a new Metamorph reader. */ 
    71   public MetamorphReader() {  
    72     super("Metamorph STK", new String[] {"stk", "nd"});  
     71  public MetamorphReader() { 
     72    super("Metamorph STK", new String[] {"stk", "nd"}); 
    7373  } 
    7474 
     
    119119    for (int i=0; i<files.length; i++) { 
    120120      String s = files[i].toLowerCase(); 
    121       if (s.endsWith(".nd") && id.startsWith(files[i].substring(0,  
     121      if (s.endsWith(".nd") && id.startsWith(files[i].substring(0, 
    122122        s.lastIndexOf(".")))) 
    123123      { 
     
    126126    } 
    127127 
    128     return FormatTools.CANNOT_GROUP;  
     128    return FormatTools.CANNOT_GROUP; 
    129129  } 
    130130 
     
    139139  { 
    140140    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
    141     if (stks == null || stks.length == 1) return super.openBytes(no, buf);  
    142    
    143     int[] coords = FormatTools.getZCTCoords(this, no);  
     141    if (stks == null || stks.length == 1) return super.openBytes(no, buf); 
     142 
     143    int[] coords = FormatTools.getZCTCoords(this, no); 
    144144    int ndx = coords[1] * getEffectiveSizeC() + coords[2] * core.sizeT[0]; 
    145      
     145 
    146146    RandomAccessStream tmp = new RandomAccessStream(stks[ndx]); 
    147147    Hashtable[] fds = TiffTools.getIFDs(tmp); 
    148148    TiffTools.getSamples(fds[coords[0]], tmp, buf); 
    149149    tmp.close(); 
    150     return buf;  
     150    return buf; 
    151151  } 
    152152 
     
    154154  public BufferedImage openImage(int no) throws FormatException, IOException { 
    155155    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
    156     if (stks == null || stks.length == 1) return super.openImage(no);  
    157    
    158     int[] coords = FormatTools.getZCTCoords(this, no);  
     156    if (stks == null || stks.length == 1) return super.openImage(no); 
     157 
     158    int[] coords = FormatTools.getZCTCoords(this, no); 
    159159    int ndx = no / core.sizeZ[0]; 
    160160 
    161     initFile(stks[ndx]);  
     161    initFile(stks[ndx]); 
    162162    return TiffTools.getImage(ifds[coords[0]], in); 
    163163  } 
     
    182182      // reinitialize the MetadataStore 
    183183      getMetadataStore().createRoot(); 
    184      
     184 
    185185      // find an associated STK file 
    186186      String stkFile = id.substring(0, id.lastIndexOf(".")); 
    187       String[] dirList =  
     187      String[] dirList = 
    188188        new Location(id).getAbsoluteFile().getParentFile().list(); 
    189189      for (int i=0; i<dirList.length; i++) { 
     
    194194        } 
    195195      } 
    196        
    197       super.initFile(stkFile);  
     196 
     197      super.initFile(stkFile); 
    198198    } 
    199199    else super.initFile(id); 
    200   
     200 
    201201    Location ndfile = null; 
    202202 
     
    204204      Location abs = new Location(currentId).getAbsoluteFile(); 
    205205      String absPath = abs.getPath().substring( 
    206         abs.getPath().lastIndexOf(File.separator));  
    207        
     206        abs.getPath().lastIndexOf(File.separator)); 
     207 
    208208      int idx = id.indexOf("_"); 
    209209      if (idx == -1) idx = id.lastIndexOf("."); 
     
    211211      ndfile = new Location(abs.getParent(), id.substring(0, idx) + ".nd"); 
    212212      if (!ndfile.exists()) { 
    213         ndfile =  
     213        ndfile = 
    214214          new Location(ndfile.getAbsolutePath().replaceAll(".nd", ".ND")); 
    215215      } 
     
    219219    } 
    220220 
    221     if (ndfile.exists() && (fileGroupOption(id) == FormatTools.MUST_GROUP ||  
    222       isGroupFiles()))  
     221    if (ndfile.exists() && (fileGroupOption(id) == FormatTools.MUST_GROUP || 
     222      isGroupFiles())) 
    223223    { 
    224       RandomAccessStream ndStream =  
     224      RandomAccessStream ndStream = 
    225225        new RandomAccessStream(ndfile.getAbsolutePath()); 
    226226      String line = ndStream.readLine().trim(); 
     
    229229        String key = line.substring(1, line.indexOf(",") - 1).trim(); 
    230230        String value = line.substring(line.indexOf(",") + 1).trim(); 
    231       
     231 
    232232        addMeta(key, value); 
    233         line = ndStream.readLine().trim();  
    234       } 
    235      
    236       // figure out how many files we need  
    237      
     233        line = ndStream.readLine().trim(); 
     234      } 
     235 
     236      // figure out how many files we need 
     237 
    238238      String z = (String) getMeta("NZSteps"); 
    239239      String c = (String) getMeta("NWavelengths"); 
     
    242242      int zc = core.sizeZ[0], cc = core.sizeC[0], tc = core.sizeT[0]; 
    243243 
    244       if (z != null) zc = Integer.parseInt(z);  
    245       if (c != null) cc = Integer.parseInt(c);  
    246       if (t != null) tc = Integer.parseInt(t);  
    247  
    248       int numFiles = cc * tc;  
     244      if (z != null) zc = Integer.parseInt(z); 
     245      if (c != null) cc = Integer.parseInt(c); 
     246      if (t != null) tc = Integer.parseInt(t); 
     247 
     248      int numFiles = cc * tc; 
    249249 
    250250      stks = new String[numFiles]; 
    251     
     251 
    252252      String prefix = ndfile.getPath(); 
    253253      prefix = prefix.substring(prefix.lastIndexOf(File.separator) + 1, 
     
    258258        for (int j=0; j<cc; j++) { 
    259259          String chName = (String) getMeta("WaveName" + (j + 1)); 
    260           chName = chName.substring(1, chName.length() - 1);  
    261           stks[pt] = prefix + "_w" + (j + 1) + chName + "_t" +  
     260          chName = chName.substring(1, chName.length() - 1); 
     261          stks[pt] = prefix + "_w" + (j + 1) + chName + "_t" + 
    262262            (i + 1) + ".STK"; 
    263263          pt++; 
    264264        } 
    265       }  
    266    
    267       ndfile = ndfile.getAbsoluteFile();  
     265      } 
     266 
     267      ndfile = ndfile.getAbsoluteFile(); 
    268268 
    269269      for (int i=0; i<numFiles; i++) { 
     
    274274        } 
    275275        stks[i] = l.getAbsolutePath(); 
    276       }  
    277      
     276      } 
     277 
    278278      core.sizeZ[0] = zc; 
    279279      core.sizeC[0] = cc; 
    280280      core.sizeT[0] = tc; 
    281       core.imageCount[0] = zc * tc * cc;  
    282       core.currentOrder[0] = "XYZCT";  
     281      core.imageCount[0] = zc * tc * cc; 
     282      core.currentOrder[0] = "XYZCT"; 
    283283    } 
    284284  } 
  • trunk/loci/formats/in/PrairieReader.java

    r2757 r2800  
    105105  public int fileGroupOption(String id) throws FormatException, IOException { 
    106106    id = id.toLowerCase(); 
    107     return (id.endsWith(".cfg") || id.endsWith(".xml")) ?  
     107    return (id.endsWith(".cfg") || id.endsWith(".xml")) ? 
    108108      FormatTools.MUST_GROUP : FormatTools.CAN_GROUP; 
    109109  } 
  • trunk/loci/formats/in/QTReader.java

    r2795 r2800  
    193193    in.read(pixs); 
    194194 
    195     canUsePrevious = (prevPixels != null) && (prevPlane == no - 1) &&  
     195    canUsePrevious = (prevPixels != null) && (prevPlane == no - 1) && 
    196196      !code.equals(altCodec); 
    197197 
     
    204204    if (!code.equals("rpza")) bytes = uncompress(pixs, code); 
    205205    else { 
    206       bytes = rpzaUncompress(pixs, canUsePrevious ? prevPixels : null);  
    207      
     206      bytes = rpzaUncompress(pixs, canUsePrevious ? prevPixels : null); 
     207 
    208208      for (int i=0; i<bytes.length; i++) { 
    209209        bytes[i] = (byte) (255 - bytes[i]); 
    210210      } 
    211211      prevPlane = no; 
    212       return bytes;  
    213     }  
    214     
     212      return bytes; 
     213    } 
     214 
    215215    // on rare occassions, we need to trim the data 
    216216    if (canUsePrevious && (prevPixels.length < bytes.length)) { 
     
    756756  } 
    757757 
    758   /**  
     758  /** 
    759759   * Uncompresses an RPZA compressed image plane. Adapted from the ffmpeg 
    760760   * codec - see http://ffmpeg.mplayerhq.hu 
    761761   */ 
    762   private byte[] rpzaUncompress(byte[] input, byte[] rtn)  
    763     throws FormatException  
     762  private byte[] rpzaUncompress(byte[] input, byte[] rtn) 
     763    throws FormatException 
    764764  { 
    765765    int width = core.sizeX[0]; 
    766     int stride = core.sizeX[0];  
     766    int stride = core.sizeX[0]; 
    767767    int rowInc = stride - 4; 
    768768    int streamPtr = 0; 
     
    784784 
    785785    totalBlocks = ((width + 3) / 4) * ((core.sizeY[0] + 3) / 4); 
    786    
     786 
    787787    while (streamPtr < input.length) { 
    788788      opcode = input[streamPtr++]; 
     
    790790 
    791791      if ((opcode & 0x80) == 0) { 
    792         if (streamPtr >= input.length) break;  
     792        if (streamPtr >= input.length) break; 
    793793        colorA = (opcode << 8) | input[streamPtr++]; 
    794794        opcode = 0; 
    795         if (streamPtr >= input.length) break;  
     795        if (streamPtr >= input.length) break; 
    796796        if ((input[streamPtr] & 0x80) != 0) { 
    797797          opcode = 0x20; 
     
    799799        } 
    800800      } 
    801     
     801 
    802802      switch (opcode & 0xe0) { 
    803803        case 0x80: 
     
    818818            for (pixelY=0; pixelY < 4; pixelY++) { 
    819819              for (pixelX=0; pixelX < 4; pixelX++) { 
    820                 if (blockPtr >= pixels.length) break;  
     820                if (blockPtr >= pixels.length) break; 
    821821                pixels[blockPtr] = colorA; 
    822                
     822 
    823823                short s = (short) (pixels[blockPtr] & 0x7fff); 
    824824 
    825                 rtn[blockPtr] = (byte) (255 - ((s & 0x7c00) >> 10));  
    826                 rtn[blockPtr + pixels.length] =  
     825                rtn[blockPtr] = (byte) (255 - ((s & 0x7c00) >> 10)); 
     826                rtn[blockPtr + pixels.length] = 
    827827                  (byte) (255 - ((s & 0x3e0) >> 5)); 
    828828                rtn[blockPtr + 2*pixels.length] = (byte) (255 - (s & 0x1f)); 
     
    830830                blockPtr++; 
    831831              } 
    832               blockPtr += rowInc;  
     832              blockPtr += rowInc; 
    833833            } 
    834834            pixelPtr += 4; 
     
    870870            blockPtr = rowPtr + pixelPtr; 
    871871            for (pixelY=0; pixelY<4; pixelY++) { 
    872               if (streamPtr >= input.length) break;  
     872              if (streamPtr >= input.length) break; 
    873873              index = input[streamPtr++]; 
    874874              for (pixelX=0; pixelX<4; pixelX++) { 
    875875                idx = (index >> (2*(3 - pixelX))) & 0x03; 
    876                 if (blockPtr >= pixels.length) break;  
     876                if (blockPtr >= pixels.length) break; 
    877877                pixels[blockPtr] = color4[idx]; 
    878                  
     878 
    879879                short s = (short) (pixels[blockPtr] & 0x7fff); 
    880880 
    881                 rtn[blockPtr] = (byte) (255 - ((s & 0x7c00) >> 10));  
    882                 rtn[blockPtr + pixels.length] =  
     881                rtn[blockPtr] = (byte) (255 - ((s & 0x7c00) >> 10)); 
     882                rtn[blockPtr + pixels.length] = 
    883883                  (byte) (255 - ((s & 0x3e0) >> 5)); 
    884884                rtn[blockPtr + 2*pixels.length] = (byte) (255 - (s & 0x1f)); 
     
    886886                blockPtr++; 
    887887              } 
    888               blockPtr += rowInc;  
     888              blockPtr += rowInc; 
    889889            } 
    890890            pixelPtr += 4; 
     
    895895            totalBlocks--; 
    896896          } 
    897           break;  
     897          break; 
    898898        case 0x00: 
    899899          blockPtr = rowPtr + pixelPtr; 
     
    904904                streamPtr += 2; 
    905905              } 
    906               if (blockPtr >= pixels.length) break;  
     906              if (blockPtr >= pixels.length) break; 
    907907              pixels[blockPtr] = colorA; 
    908                
     908 
    909909              short s = (short) (pixels[blockPtr] & 0x7fff); 
    910910 
    911               rtn[blockPtr] = (byte) (255 - ((s & 0x7c00) >> 10));  
     911              rtn[blockPtr] = (byte) (255 - ((s & 0x7c00) >> 10)); 
    912912              rtn[blockPtr + pixels.length] = (byte) (255 - ((s & 0x3e0) >> 5)); 
    913913              rtn[blockPtr + 2*pixels.length] = (byte) (255 - (s & 0x1f)); 
    914                
     914 
    915915              blockPtr++; 
    916916            } 
    917             blockPtr += rowInc;  
     917            blockPtr += rowInc; 
    918918          } 
    919919          pixelPtr += 4; 
     
    929929    return rtn; 
    930930  } 
    931    
     931 
    932932  /** Uncompresses a MJPEG-B compressed image plane. */ 
    933933  private BufferedImage mjpbUncompress(byte[] input) throws FormatException { 
  • trunk/loci/formats/in/SlidebookReader.java

    r2792 r2800  
    8383    } 
    8484    in.seek(offset + (no * core.sizeX[0] * core.sizeY[0] * 2)); 
    85      
     85 
    8686    uCount = 0; 
    8787    long fp1 = in.getFilePointer(); 
     
    8989    long fp2 = in.getFilePointer(); 
    9090    offset += fp2 - fp1; 
    91     if (fp2 - fp1 > 0) planeCount = 1;  
    92     else planeCount++;  
     91    if (fp2 - fp1 > 0) planeCount = 1; 
     92    else planeCount++; 
    9393 
    9494    in.read(buf); 
     
    247247 
    248248    if (core.sizeX[0] * core.sizeY[0] * 2 * core.imageCount[0] > in.length()) { 
    249       core.sizeX[0] /= 2;  
    250       core.sizeY[0] /= 2;  
     249      core.sizeX[0] /= 2; 
     250      core.sizeY[0] /= 2; 
    251251    } 
    252252 
     
    265265  private void skipDataBlocks(int n) throws IOException { 
    266266    long fp = in.getFilePointer(); 
    267    
    268     int type = in.read();  
     267 
     268    int type = in.read(); 
    269269    in.skipBytes(3); 
    270270    int one = in.read(); 
     
    272272 
    273273    if ((one == 0x49 && two == 0x49) || (one == 0x4d && two == 0x4d)) { 
    274       if (type == 0x69) in.skipBytes(122);    
     274      if (type == 0x69) in.skipBytes(122); 
    275275      else if (type == 0x75 && uCount == n - 1) { 
    276276        in.skipBytes(250); 
    277277        int len = in.read(); 
    278278        while (((byte) len) > 0) { 
    279           int oldLen = len;  
     279          int oldLen = len; 
    280280          in.skipBytes(len + 4); 
    281281          len = in.read(); 
    282282          in.skipBytes(len + 3); 
    283283          len = in.read(); 
    284           if (in.read() != 0x43 && ((byte) len) > 0) {  
     284          if (in.read() != 0x43 && ((byte) len) > 0) { 
    285285            in.skipBytes(len + 2); 
    286286            len = in.read(); 
    287287          } 
    288           else in.seek(in.getFilePointer() - 1);  
     288          else in.seek(in.getFilePointer() - 1); 
    289289        } 
    290         in.seek(in.getFilePointer() - 1);  
     290        in.seek(in.getFilePointer() - 1); 
    291291      } 
    292292      else if (type == 0x75) { 
    293293        uCount++; 
    294         in.skipBytes(250);  
    295       }  
    296       else in.skipBytes(250);  
    297       skipDataBlocks(n);  
     294        in.skipBytes(250); 
     295      } 
     296      else in.skipBytes(250); 
     297      skipDataBlocks(n); 
    298298    } 
    299299    else in.seek(fp); 
  • trunk/loci/formats/ome/OMEWriter.java

    r2791 r2800  
    371371        catch (ArrayIndexOutOfBoundsException exc) { 
    372372          if (i == args.length - 1) { 
    373             System.err.println("Error: flag " + param +  
     373            System.err.println("Error: flag " + param + 
    374374              " must be followed by a parameter value."); 
    375375            System.err.println(); 
    376376            doUsage = true; 
    377             break;  
     377            break; 
    378378          } 
    379           else throw exc;  
     379          else throw exc; 
    380380        } 
    381381      } 
     
    388388      } 
    389389    } 
    390    
     390 
    391391    if (id == null) doUsage = true; 
    392392    if (doUsage) { 
     
    396396      System.exit(1); 
    397397    } 
    398    
    399     // ask for information if necessary  
     398 
     399    // ask for information if necessary 
    400400    BufferedReader cin = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in)); 
    401401    if (server == null) { 
     
    432432 
    433433    FileStitcher reader = new FileStitcher(); 
    434     reader.setMetadataStore(new OMEXMLMetadataStore());  
    435     reader.setId(id);  
    436     uploader.setMetadataStore((OMEXMLMetadataStore) reader.getMetadataStore());  
     434    reader.setMetadataStore(new OMEXMLMetadataStore()); 
     435    reader.setId(id); 
     436    uploader.setMetadataStore((OMEXMLMetadataStore) reader.getMetadataStore()); 
    437437    for (int i=0; i<reader.getImageCount(); i++) { 
    438438      uploader.saveImage(reader.openImage(i), i == reader.getImageCount() - 1); 
  • trunk/loci/formats/ome/OMEXMLMetadataStore.java

    r2758 r2800  
    105105      Element el = DOMUtil.createChild(root.getDOMElement(), 
    106106        "SemanticTypeDefinitions"); 
    107       OMEXMLNode node = OMEXMLNode.createNode(el);  
    108       node.setAttribute("xmlns",  
    109         "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/STD/RC2/STD.xsd");  
     107      OMEXMLNode node = OMEXMLNode.createNode(el); 
     108      node.setAttribute("xmlns", 
     109        "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/STD/RC2/STD.xsd"); 
    110110      el = DOMUtil.createChild(el, "SemanticType"); 
    111111      node = OMEXMLNode.createNode(el); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.