Changeset 2802


Ignore:
Timestamp:
05/21/07 10:12:56 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:

Bug fixes.

Location:
trunk/loci/formats/in
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r2800 r2802  
    6868  private boolean byteFormat; 
    6969 
     70  private Vector used; 
     71 
    7072  // -- Constructor -- 
    7173 
     
    7981    if (block.length < 56) return false; 
    8082    return DataTools.bytesToShort(block, 54, 2, LITTLE_ENDIAN) == PIC_FILE_ID; 
     83  } 
     84 
     85  /* @see loci.formats.IFormatReader#getUsedFiles() */ 
     86  public String[] getUsedFiles() { 
     87    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
     88    return (String[]) used.toArray(new String[0]);  
    8189  } 
    8290 
     
    121129    in = new RandomAccessStream(id); 
    122130    in.order(true); 
     131 
     132    used = new Vector(); 
     133    used.add(currentId); 
    123134 
    124135    status("Reading image dimensions"); 
     
    642653    for (int i=0; i<list.length; i++) { 
    643654      if (list[i].endsWith("data.raw")) { 
    644         RandomAccessStream raw = new RandomAccessStream(list[i]); 
     655        RandomAccessStream raw = new RandomAccessStream( 
     656          new Location(parent.getAbsolutePath(), list[i]).getAbsolutePath()); 
     657        used.add(new Location( 
     658          parent.getAbsolutePath(), list[i]).getAbsolutePath());  
    645659        String line = raw.readLine(); 
    646660        while (line != null && line.length() > 0) { 
     
    655669      } 
    656670      else if (list[i].endsWith("lse.xml")) { 
    657         RandomAccessStream raw = new RandomAccessStream(list[i]); 
     671        RandomAccessStream raw = new RandomAccessStream( 
     672          new Location(parent.getAbsolutePath(), list[i]).getAbsolutePath()); 
     673        used.add(new Location( 
     674          parent.getAbsolutePath(), list[i]).getAbsolutePath());  
    658675        byte[] b = new byte[(int) raw.length()]; 
    659676        raw.read(b); 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisReader.java

    r2701 r2802  
    206206      null); 
    207207 
    208     store.setImage( 
    209       (String) getMeta("Image name"), 
    210       (String) getMeta("Original date"), 
    211       (String) getMeta("Image comment"), 
    212       null); 
     208    String d = (String) getMeta("Original date"); 
     209    if (d == null || d.trim().length() == 0) d = null; 
     210 
     211    store.setImage((String) getMeta("Image name"), d,  
     212      (String) getMeta("Image comment"), null); 
    213213 
    214214    store.setDimensions( 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyZVIReader.java

    r2701 r2802  
    380380      } 
    381381 
     382      if (core.currentOrder[0] == null) core.currentOrder[0] = "XYZCT"; 
     383 
    382384      // save this image block's position 
    383385      blockList.add(zviBlock); 
    384386      pos += core.sizeX[0] * core.sizeY[0] * bytesPerPixel; 
    385387 
     388      core.imageCount[0] = blockList.size(); 
    386389      core.sizeX[0] = openImage(0).getWidth(); 
    387390      core.sizeY[0] = openImage(0).getHeight(); 
     
    391394      core.rgb[0] = bytesPerPixel == 3 || bytesPerPixel > 4; 
    392395      core.interleaved[0] = false; 
    393       core.imageCount[0] = blockList.size(); 
    394396      core.littleEndian[0] = true; 
    395397 
  • trunk/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r2800 r2802  
    185185      // find an associated STK file 
    186186      String stkFile = id.substring(0, id.lastIndexOf(".")); 
    187       String[] dirList = 
    188         new Location(id).getAbsoluteFile().getParentFile().list(); 
     187      Location parent = new Location(id).getAbsoluteFile().getParentFile();  
     188      String[] dirList = parent.list();  
    189189      for (int i=0; i<dirList.length; i++) { 
    190190        String s = dirList[i].toLowerCase(); 
    191         if (s.endsWith(".stk") && (dirList[i].startsWith(stkFile + "_w"))) { 
    192           stkFile = dirList[i]; 
     191        if (s.endsWith(".stk") && (dirList[i].indexOf(stkFile.substring( 
     192          stkFile.lastIndexOf(File.separator) + 1) + "_w") != -1))  
     193        { 
     194          stkFile =  
     195            new Location(parent.getPath(), dirList[i]).getAbsolutePath(); 
    193196          break; 
    194197        } 
  • trunk/loci/formats/in/PerkinElmerReader.java

    r2757 r2802  
    202202 
    203203      int d = ls[i].lastIndexOf("."); 
    204       while (d == -1 && i < ls.length) { 
     204      while (d == -1 && i < ls.length - 1) { 
    205205        i++; 
    206206        d = ls[i].lastIndexOf("."); 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r2726 r2802  
    225225    if (debug) debug("ZeissZVIReader.initFile(" + id + ")"); 
    226226    if (noPOI || needLegacy) { 
    227       legacy.initFile(id); 
     227      legacy.setId(id); 
    228228      core = legacy.getCoreMetadata(); 
    229229      return; 
     
    315315 
    316316        if (core.sizeZ[0] == core.sizeC[0] && core.sizeC[0] == core.sizeT[0]) { 
     317          legacy.setId(id); 
    317318          core.currentOrder[0] = legacy.getDimensionOrder(); 
    318319        } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.