Changeset 2832


Ignore:
Timestamp:
05/29/07 13:50:39 (13 years ago)
Author:
melissa
Message:

Fixed bug in XML parser that caused most of the instrument settings to be ignored.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/LIFReader.java

    r2829 r2832  
    515515      while (keys.hasMoreElements()) { 
    516516        String k = (String) keys.nextElement(); 
    517         if (k.startsWith(seriesName) || k.indexOf("-") == -1) { 
    518           core.seriesMetadata[i].put(k, metadata.get(k)); 
    519         } 
     517        boolean use = true;  
     518        for (int j=0; j<seriesNames.size(); j++) { 
     519          if (j != i && k.startsWith((String) seriesNames.get(i))) { 
     520            use = false; 
     521            break; 
     522          } 
     523        } 
     524        if (use) core.seriesMetadata[i].put(k, metadata.get(k)); 
    520525      } 
    521526    } 
     
    533538    { 
    534539      if (qName.equals("Element")) { 
    535         series = attributes.getValue("Name"); 
     540        if (!attributes.getValue("Name").equals("DCROISet")) { 
     541          series = attributes.getValue("Name"); 
     542        }  
    536543      } 
    537544      else if (qName.equals("Experiment")) { 
     
    569576      } 
    570577      else if (qName.equals("ATLConfocalSettingDefinition")) { 
     578        if (series.indexOf("- Sequential Setting ") == -1) { 
     579          series += " - Sequential Setting 1"; 
     580        } 
     581        else { 
     582          int ndx = series.indexOf(" - Sequential Setting ") + 22; 
     583          int n = Integer.parseInt(series.substring(ndx)); 
     584          n++; 
     585          series = series.substring(0, ndx) + String.valueOf(n); 
     586        } 
     587       
    571588        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    572589          addMeta(series + " - " + attributes.getQName(i), 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.