Changeset 3046


Ignore:
Timestamp:
08/06/07 08:58:28 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Removed some unused variables.

Location:
trunk/loci/formats
Files:
30 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/ChannelMerger.java

    r3015 r3046  
    115115    int[] nos = getZCTCoords(no); 
    116116    int z = nos[0], t = nos[2]; 
    117     String dimOrder = reader.getDimensionOrder(); 
    118     int ic = dimOrder.indexOf("C") - 2; 
    119117    byte[] bytes = null; 
    120118    for (int c=0; c<sizeC; c++) { 
  • trunk/loci/formats/DataTools.java

    r3015 r3046  
    504504    float min = Float.MAX_VALUE; 
    505505    float max = Float.MIN_VALUE; 
    506     int maxNdx = 0; 
    507  
     506    
    508507    for (int i=0; i<data.length; i++) { 
    509508      if (data[i] < min) min = data[i]; 
    510509      if (data[i] > max) { 
    511510        max = data[i]; 
    512         maxNdx = i; 
    513511      } 
    514512    } 
  • trunk/loci/formats/FormatTools.java

    r3023 r3046  
    188188    int len0 = iz == 0 ? zSize : (ic == 0 ? cSize : tSize); 
    189189    int len1 = iz == 1 ? zSize : (ic == 1 ? cSize : tSize); 
    190     int len2 = iz == 2 ? zSize : (ic == 2 ? cSize : tSize); 
    191  
     190    
    192191    return v0 + v1 * len0 + v2 * len0 * len1; 
    193192  } 
  • trunk/loci/formats/ImageTools.java

    r3015 r3046  
    961961  { 
    962962    int[] rtn = new int[w * h]; 
    963     int stride = interleaved ? w * h : 1; 
    964  
     963    
    965964    byte[] b = null; 
    966965 
  • trunk/loci/formats/Location.java

    r3015 r3046  
    4848 
    4949  private boolean isURL = true; 
    50   private String path; 
    5150  private URL url; 
    5251  private File file; 
     
    5756    try { 
    5857      url = new URL(getMappedId(pathname)); 
    59       path = pathname; 
    6058    } 
    6159    catch (MalformedURLException e) { 
     
    270268        while (!foundEnd) { 
    271269          byte[] b = new byte[is.available()]; 
    272           int read = is.read(b); 
    273270          String s = new String(b); 
    274271          if (s.toLowerCase().indexOf("</html>") != -1) foundEnd = true; 
  • trunk/loci/formats/TiffTools.java

    r3015 r3046  
    12661266        try { 
    12671267          if (DEBUG) debug("reading image strip #" + strip); 
    1268           long actualRows = (row + rowsPerStrip > imageLength) ? 
    1269             imageLength - row : rowsPerStrip; 
    12701268          in.seek((int) stripOffsets[strip]); 
    12711269 
     
    15981596    } 
    15991597 
    1600     int counter = 0; 
    1601  
    16021598    // rules on incrementing the index: 
    16031599    // 1) if the planar configuration is set to 1 (interleaved), then add one 
     
    16131609    boolean bps16 = bps0 == 16; 
    16141610 
    1615     int height = 0; 
    16161611    if (photoInterp == CFA_ARRAY) { 
    16171612      imageWidth = colorMap[colorMap.length - 2]; 
    1618       height = colorMap[colorMap.length - 1]; 
    1619     } 
    1620     else height = (int) (samples[0].length / imageWidth); 
    1621  
     1613    } 
     1614   
    16221615    int row = 0, col = 0; 
    16231616 
  • trunk/loci/formats/in/AVIReader.java

    r3023 r3046  
    526526 
    527527    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
     528     
     529    store.setImage(currentId, null, null, null);  
     530     
    528531    store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    529532      new Integer(core.sizeZ[0]), // SizeZ 
  • trunk/loci/formats/in/AliconaReader.java

    r3023 r3046  
    168168 
    169169    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
     170     
     171    store.setImage(currentId, null, null, null);  
     172     
    170173    store.setPixels( 
    171174      new Integer(core.sizeX[0]), 
  • trunk/loci/formats/in/BMPReader.java

    r3023 r3046  
    268268    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    269269 
     270    store.setImage(currentId, null, null, null);  
     271     
    270272    store.setPixels( 
    271273      new Integer(core.sizeX[0]),  // sizeX 
  • trunk/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r3023 r3046  
    211211    String zoom = null, zstart = null, zstop = null, mag = null; 
    212212    String gain1 = null, gain2 = null, gain3 = null; 
    213     String offset1 = null, offset2 = null, offset3 = null; 
     213    String offset1 = null; 
    214214    String ex1 = null, ex2 = null, ex3 = null; 
    215215    String em1 = null, em2 = null, em3 = null; 
     
    274274          break; 
    275275        case 21: // NOTE_TYPE_STRUCTURE 
    276           int structType = (x & 0xff00) >> 8; 
    277           int structVersion = x & 0xff; 
    278  
    279276          StringTokenizer st = new StringTokenizer(text, " "); 
    280277 
     
    461458            else if (keys[idx].equals("Transmission detector 1 - offset")) { 
    462459              offset1 = value; 
    463             } 
    464             else if (keys[idx].equals("Transmission detector 2 - offset")) { 
    465               offset2 = value; 
    466             } 
    467             else if (keys[idx].equals("Transmission detector 3 - offset")) { 
    468               offset3 = value; 
    469460            } 
    470461            else if (keys[idx].equals( 
  • trunk/loci/formats/in/EPSReader.java

    r3023 r3046  
    132132    else { 
    133133      long pos = ras.getFilePointer(); 
    134       String len = ras.readLine(); 
    135134      ras.seek(pos); 
    136       int numLines = buf.length / len.trim().length(); 
    137  
     135  
    138136      char[] chars = new char[2]; 
    139137 
  • trunk/loci/formats/in/FluoviewReader.java

    r3034 r3046  
    5858  // -- Fields -- 
    5959 
    60   /** Flag indicating this is a Fluoview file. */ 
    61   private boolean isFluoview; 
    62  
    6360  /** Pixel dimensions for this file. */ 
    6461  private float voxelX = 0f, voxelY = 0f, voxelZ = 0f, voxelC = 0f, voxelT = 0f; 
     
    8582    String test = new String(block); 
    8683    if (test.indexOf(FLUOVIEW_MAGIC_STRING) != -1) { 
    87       isFluoview = true; 
    8884      return true; 
    8985    } 
     
    180176    in.seek(0); 
    181177    in.read(buf); 
    182     isFluoview = new String(buf).indexOf(FLUOVIEW_MAGIC_STRING) != -1; 
    183178 
    184179    short[] s = TiffTools.getIFDShortArray(ifds[0], MMHEADER, true); 
  • trunk/loci/formats/in/GIFReader.java

    r3023 r3046  
    6363  private int[] act; 
    6464 
    65   /** Background color index. */ 
    66   private int bgIndex; 
    67  
    68   /** Background color. */ 
    69   private int bgColor; 
    70  
    7165  /** Local color table flag. */ 
    7266  private boolean lctFlag; 
     
    191185    gctFlag = (packed & 0x80) != 0; 
    192186    gctSize = 2 << (packed & 7); 
    193     bgIndex = in.read() & 0xff; 
     187    in.skipBytes(1); 
    194188    in.skipBytes(1); 
    195189 
     
    211205    } 
    212206 
    213     bgColor = gct[bgIndex]; 
    214  
    215207    status("Reading data blocks"); 
    216208 
     
    255247          else { 
    256248            act = gct; 
    257             if (bgIndex == transIndex) bgColor = 0; 
    258249          } 
    259250 
     
    303294                do { 
    304295                  check = readBlock(); 
    305                   if (dBlock[0] == 0x03) { 
    306                     int b1 = ((int) dBlock[1]) & 0xff; 
    307                     int b2 = ((int) dBlock[2]) & 0xff; 
    308                   } 
    309296                } 
    310297                while (blockSize > 0 && check != -1); 
  • trunk/loci/formats/in/KhorosReader.java

    r3023 r3046  
    127127    in = new RandomAccessStream(id); 
    128128 
    129     in.skipBytes(2); 
    130     int release = in.read(); 
    131     int version = in.read(); 
     129    in.skipBytes(4); 
    132130    in.order(true); 
    133131    int dependency = in.readInt(); 
  • trunk/loci/formats/in/LIFReader.java

    r3023 r3046  
    271271    Vector extraDims = new Vector(); 
    272272 
    273     String prefix = ""; 
    274  
    275273    while (ndx < elements.size()) { 
    276274      token = (String) elements.get(ndx); 
     
    345343                idx = numDatasets - 1; 
    346344              } 
    347               prefix = (String) seriesNames.get(idx); 
    348345            } 
    349346 
  • trunk/loci/formats/in/MNGReader.java

    r3023 r3046  
    120120    core.sizeX[0] = in.readInt(); 
    121121    core.sizeY[0] = in.readInt(); 
    122     int fps = in.readInt(); 
    123     int layerCounter = in.readInt(); 
    124     in.skipBytes(4); 
    125  
    126     int playTime = in.readInt(); 
    127     int profile = in.readInt(); 
    128  
    129     in.skipBytes(4); // skip the CRC 
     122    in.skipBytes(24); 
    130123 
    131124    Vector stack = new Vector(); 
  • trunk/loci/formats/in/MRCReader.java

    r3023 r3046  
    8989  /* @see loci.formats.IFormatReader#openImage(int) */ 
    9090  public BufferedImage openImage(int no) throws FormatException, IOException { 
    91     return ImageTools.makeImage(openBytes(no), core.sizeX[0], 
     91    if (isFloat) { 
     92      byte[] b = openBytes(no); 
     93      float[] f = new float[b.length / 4]; 
     94      for (int i=0; i<f.length; i++) { 
     95        f[i] = Float.intBitsToFloat(DataTools.bytesToInt(b, i*4,  
     96          4, core.littleEndian[0]));               
     97      } 
     98      return ImageTools.makeImage(f, core.sizeX[0], core.sizeY[0], 1,  
     99        core.interleaved[0]); 
     100    } 
     101        return ImageTools.makeImage(openBytes(no), core.sizeX[0], 
    92102      core.sizeY[0], 1, true, bpp, core.littleEndian[0]); 
    93103  } 
     
    150160        break; 
    151161    } 
    152  
    153     int thumbX = in.readInt(); 
    154     int thumbY = in.readInt(); 
    155     int thumbZ = in.readInt(); 
    156162 
    157163    // pixel size = xlen / mx 
  • trunk/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r3015 r3046  
    215215    if (!id.toLowerCase().endsWith(".nd")) { 
    216216      Location abs = new Location(currentId).getAbsoluteFile(); 
    217       String absPath = abs.getPath().substring( 
    218         abs.getPath().lastIndexOf(File.separator)); 
    219  
     217     
    220218      int idx = id.indexOf("_"); 
    221219      if (idx == -1) idx = id.lastIndexOf("."); 
     
    307305      TiffIFDEntry uic1tagEntry= TiffTools.getFirstIFDEntry(in, UIC1TAG); 
    308306      TiffIFDEntry uic2tagEntry=TiffTools.getFirstIFDEntry(in, UIC2TAG); 
    309       TiffIFDEntry uic3tagEntry=TiffTools.getFirstIFDEntry(in, UIC3TAG); 
    310307      TiffIFDEntry uic4tagEntry = TiffTools.getFirstIFDEntry(in, UIC4TAG); 
    311308      int planes = uic4tagEntry.getValueCount(); 
  • trunk/loci/formats/in/NRRDReader.java

    r3023 r3046  
    4949  /** Data encoding. */ 
    5050  private String encoding; 
    51  
    52   /** The min and max values, if present. */ 
    53   private String min, max; 
    5451 
    5552  /** Offset to pixel data. */ 
     
    217214          core.littleEndian[0] = v.equals("little"); 
    218215        } 
    219         else if (key.equals("min")) min = v; 
    220         else if (key.equals("max")) max = v; 
    221216      } 
    222217 
  • trunk/loci/formats/in/OIBReader.java

    r3023 r3046  
    9292  private Vector bpp; 
    9393 
    94   /** Thumbnail width. */ 
    95   private int thumbWidth; 
    96  
    97   /** Thumbnail height. */ 
    98   private int thumbHeight; 
    99  
    10094  /** Hashtable containing the directory entry for each plane. */ 
    10195  private Vector pixels; 
     
    106100   */ 
    107101  private Vector names; 
    108  
    109   /** Vector containing Z indices. */ 
    110   private Vector[] zIndices; 
    111  
    112   /** Vector containing C indices. */ 
    113   private Vector[] cIndices; 
    114  
    115   /** Vector containing T indices. */ 
    116   private Vector[] tIndices; 
    117102 
    118103  private Vector rgb; 
     
    216201    if (noPOI) throw new FormatException(NO_POI_MSG); 
    217202    super.initFile(id); 
    218  
    219     zIndices = new Vector[] {new Vector()}; 
    220     cIndices = new Vector[] {new Vector()}; 
    221     tIndices = new Vector[] {new Vector()}; 
    222203 
    223204    width = new Vector(); 
     
    544525        String dirName = (String) r.getVar("dirName"); 
    545526 
    546         boolean isContents = entryName.toUpperCase().equals("CONTENTS"); 
    547         Object directory = r.getVar("dir"); 
    548  
    549         int pt = 0; 
    550  
    551527        // check the first 2 bytes of the stream 
    552528 
  • trunk/loci/formats/in/OMETiffReader.java

    r3015 r3046  
    171171          boolean nullFirstT = aFirstT == null || aFirstT.equals(""); 
    172172          boolean nullNumPlanes = aNumPlanes == null || aNumPlanes.equals(""); 
    173           int ifd = nullIfd ? 0 : Integer.parseInt(aIfd); 
     173       
    174174          int firstZ = nullFirstZ ? 0 : Integer.parseInt(aFirstZ); 
    175175          int firstC = nullFirstC ? 0 : Integer.parseInt(aFirstC); 
  • trunk/loci/formats/in/OMEXMLReader.java

    r3023 r3046  
    305305        while (!found) { 
    306306          if (in.getFilePointer() < in.length()) { 
    307             int numRead = in.read(buf, 14, 8192-14); 
     307            in.read(buf, 14, 8192-14); 
    308308 
    309309            String test = new String(buf); 
     
    354354      core.littleEndian[i] = ((Boolean) endianness.get(i)).booleanValue(); 
    355355 
    356       Integer ndx = new Integer(i); 
    357356      Integer w = null, h = null, t = null, z = null, c = null; 
    358       String pixType = null, dimOrder = null; 
     357      String pixType = null; 
    359358      try { 
    360359        r.setVar("ndx", i); 
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabReader.java

    r3023 r3046  
    433433        } 
    434434        else if (tag == 69) { 
    435           in.skipBytes(4); 
    436           int units = in.readShort(); 
    437           in.skipBytes(12); 
    438  
     435          in.skipBytes(18); 
     436         
    439437          xCal = in.readFloat(); 
    440438          yCal = in.readFloat(); 
     
    529527    int oldWidth = core.sizeX[0]; 
    530528 
    531     int oldSize = 0; 
    532529    for (int i=0; i<tmp.size(); i++) { 
    533530      LayerInfo layer = (LayerInfo) tmp.get(i); 
     
    536533      long nextTag = readTagHeader(); 
    537534      if (fmt.equals("PICT")) { 
    538         in.skipBytes(24); 
    539         int volumeType = in.readShort(); 
    540         in.skipBytes(272); 
     535        in.skipBytes(298); 
    541536 
    542537        int top, left, bottom, right; 
  • trunk/loci/formats/in/PerkinElmerReader.java

    r3023 r3046  
    253253        try { 
    254254          String ext = filename.substring(filename.lastIndexOf(".") + 1); 
    255           int num = Integer.parseInt(ext); 
     255          Integer.parseInt(ext); 
    256256          isTiff = false; 
    257257          files[filesPt] = workingDirPath + ls[i]; 
     
    261261          try { 
    262262            String ext = filename.substring(filename.lastIndexOf(".") + 1); 
    263             int num = Integer.parseInt(ext, 16); 
     263            Integer.parseInt(ext, 16); 
    264264            isTiff = false; 
    265265            files[filesPt] = workingDirPath + ls[i]; 
     
    519519      t = new StringTokenizer(details); 
    520520      int tokenNum = 0; 
    521       int numTokens = t.countTokens(); 
    522521      boolean foundId = false; 
    523522      String prevToken = ""; 
  • trunk/loci/formats/in/QTReader.java

    r3023 r3046  
    5555  }; 
    5656 
    57   // Some MJPEG-B stuff. 
    58  
    59   /** Header data. */ 
    60   private static final byte[] HEADER = new byte[] { 
    61     (byte) 0xff, (byte) 0xd8, 0x00, 0x10, 
    62     0x4a, 0x46, 0x49, 0x46, 0x00,  // 'JFIF' 
    63     0x01, 0x01,  // version number (major, minor) 
    64     0x00, // units; 0 => X and Y specify pixel aspect ratio 
    65     0x48, 0x48, // X and Y density 
    66     0x00, 0x00 // no thumbnail specified 
    67   }; 
    68  
    6957  // -- Fields -- 
    7058 
     
    116104  /** Set to true if the scanlines in a plane are interlaced (mjpb only). */ 
    117105  private boolean interlaced; 
    118  
    119   /** Gamma value. */ 
    120   private double gamma; 
    121106 
    122107  /** Flag indicating whether the resource and data fork are separated. */ 
  • trunk/loci/formats/in/SlidebookReader.java

    r3023 r3046  
    8585    int plane = core.sizeX[series] * core.sizeY[series] * 2; 
    8686 
    87     long relativeOffset = plane * no; 
    8887    long offset = ((Long) pixelOffsets.get(series)).longValue() + plane * no; 
    8988    in.seek(offset); 
  • trunk/loci/formats/in/TCSReader.java

    r3015 r3046  
    3838 */ 
    3939public class TCSReader extends BaseTiffReader { 
    40  
    41   // -- Fields -- 
    42  
    43   private String[] cNames; 
    44   private int pixelSizeT; 
    4540 
    4641  // -- Constructor -- 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissLSMReader.java

    r3035 r3046  
    147147  protected void initMetadata() { 
    148148    Hashtable ifd = ifds[0]; 
    149  
    150     long data = 0; 
    151     int idata = 0; 
    152     double ddata = 0; 
    153     short sdata = 0; 
    154149 
    155150    try { 
     
    350345      put("TimeInterval", ras.readDouble()); 
    351346 
    352       long channelDataTypesOffset = ras.readInt(); 
    353       long scanInformationOffset = ras.readInt(); 
    354       long ksDataOffset = ras.readInt(); 
     347      ras.skipBytes(12); 
    355348      long timeStampOffset = ras.readInt(); 
    356349      long eventListOffset = ras.readInt(); 
    357350      long roiOffset = ras.readInt(); 
    358351      long bleachRoiOffset = ras.readInt(); 
    359       long nextRecordingOffset = ras.readInt(); 
    360  
     352      ras.skipBytes(4); 
     353     
    361354      put("DisplayAspectX", ras.readDouble()); 
    362355      put("DisplayAspectY", ras.readDouble()); 
     
    370363 
    371364      put("ToolbarFlags", ras.readInt()); 
    372       long channelWavelengthOffset = ras.readInt(); 
    373       long channelFactorsOffset = ras.readInt(); 
    374  
    375       double objectiveSphereCorrection = ras.readDouble(); 
    376       long unmixParamsOffset = ras.readInt(); 
    377  
     365      ras.skipBytes(20); 
     366       
    378367      // read referenced structures 
    379368 
     
    404393 
    405394        long namesOffset = in.readInt() + channelColorsOffset; 
    406         int nameData = in.readInt(); 
    407  
     395        in.skipBytes(4); 
     396  
    408397        // read in the intensity value for each color 
    409398 
     
    429418 
    430419      if (timeStampOffset != 0) { 
    431         in.seek(timeStampOffset); 
    432         int blockSize = in.readInt(); 
     420        in.seek(timeStampOffset + 4); 
    433421        int numberOfStamps = in.readInt(); 
    434422        for (int i=0; i<numberOfStamps; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r3023 r3046  
    7878  private int bpp; 
    7979 
    80   /** Thumbnail width. */ 
    81   private int thumbWidth; 
    82  
    83   /** Thumbnail height. */ 
    84   private int thumbHeight; 
    85  
    8680  /** Hashtable containing the directory entry for each plane. */ 
    8781  private Hashtable pixels; 
     
    164158      r.exec("dis = new DocumentInputStream(document)"); 
    165159      r.exec("numBytes = dis.available()"); 
    166       int numBytes = ((Integer) r.getVar("numBytes")).intValue(); 
    167160      r.setVar("skipBytes", ((Integer) offsets.get(ii)).longValue()); 
    168161      r.exec("blah = dis.skip(skipBytes)"); 
     
    406399      } 
    407400 
    408       store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null,  
     401      store.setLogicalChannel(i, name, null, null, null, null, null, null,  
    409402        null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, null, 
    410403        emWave == null ? null : new Integer(emWave),  
     
    510503          dirName.toUpperCase().equals("ROOTENTRY")) 
    511504        { 
     505          /* debug */ System.out.println("************************");  
    512506          if (entryName.equals("Tags")) parseTags(s); 
     507          /* debug */ System.out.println("************************");  
    513508        } 
    514509        else if (dirName.equals("Tags") && isContents) { 
     510          /* debug */ System.out.println("************************");  
    515511          parseTags(s); 
     512          /* debug */ System.out.println("************************");  
    516513        } 
    517514        else if (isContents && (dirName.equals("Image") || 
     
    532529          if (s.readShort() != 0) s.seek(s.getFilePointer() - 2); 
    533530 
    534           String typeDescription = ""; 
    535531          if (s.getFilePointer() + len <= s.length()) { 
    536             typeDescription = s.readString(len); 
     532            s.skipBytes(len); 
    537533          } 
    538534          else break; 
     
    553549            core.sizeY[0] = th; 
    554550          } 
    555           s.skipBytes(2); 
    556  
    557           int zDepth = s.readInt(); 
    558           s.skipBytes(2); 
    559           int pixelFormat = s.readInt(); 
    560           s.skipBytes(2); 
     551        
     552          s.skipBytes(14); 
     553          
    561554          int numImageContainers = s.readInt(); 
    562           s.skipBytes(2); 
    563           int validBitsPerPixel = s.readInt(); 
     555          s.skipBytes(6); 
    564556 
    565557          // VT_CLSID - PluginCLSID 
     
    651643    core.sizeX[0] = s.readInt(); 
    652644    core.sizeY[0] = s.readInt(); 
    653     int depth = s.readInt(); 
     645    s.skipBytes(4); 
    654646    bpp = s.readInt(); 
    655     int pixelFormat = s.readInt(); 
    656     int validBitsPerPixel = s.readInt(); 
    657  
     647    s.skipBytes(8); 
     648     
    658649    pixels.put(new Integer(num), directory); 
    659650    names.put(new Integer(num), entry); 
     
    725716      s.skipBytes(2); 
    726717      int tagID = 0; 
    727       int attribute = 0; 
    728  
     718     
    729719      try { tagID = s.readInt(); } 
    730720      catch (IOException e) { } 
    731721 
    732       s.skipBytes(2); 
    733  
    734       try { attribute = s.readInt(); } 
    735       catch (IOException e) { } 
     722      s.skipBytes(6); 
    736723 
    737724      String key = getKey(tagID); 
     
    776763        key += " " + ndx; 
    777764      } 
     765 
     766      /* debug */ System.out.println(key); 
    778767 
    779768      addMeta(key, value); 
  • trunk/loci/formats/out/AVIWriter.java

    r3015 r3046  
    8787  private long frameOffset; 
    8888  private long frameOffset2; 
    89   private int savePlaneNum; 
    9089 
    9190  // -- Constructor -- 
     
    175174        DataTools.writeInt(raFile, 0, true); // dwReserved1 - set to 0 
    176175        // dwFlags - just set the bit for AVIF_HASINDEX 
    177         savePlaneNum = (int) raFile.getFilePointer(); 
    178176        DataTools.writeInt(raFile, 0x10, true); 
    179177 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.