Changeset 3093


Ignore:
Timestamp:
08/22/07 10:13:42 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Fixed Z/T size bug.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r3060 r3093  
    261261      core.sizeZ[0] = zIndices.size(); 
    262262      core.sizeT[0] = tIndices.size(); 
     263 
    263264      if (core.sizeC[0] != cIndices.size()) core.sizeC[0] *= cIndices.size(); 
    264265 
     
    342343    } 
    343344 
    344  
    345345    // rearrange axis sizes, if necessary  
    346       
    347     String t = (String) metadata.get("Image Index T"); 
    348     if (t == null) t = (String) metadata.get("Image Index T 0"); 
    349  
    350     String z = (String) metadata.get("Image Index Z"); 
    351     if (z == null) z = (String) metadata.get("Image Index Z 0"); 
    352  
    353     if (z != null && t != null) { 
    354       int firstZ = Integer.parseInt(z); 
    355       int firstT = Integer.parseInt(t); 
    356  
    357       if (firstZ >= core.sizeZ[0] || firstT >= core.sizeT[0]) { 
     346 
     347    int lastZ = zIndices.size() == 0 ? Integer.MAX_VALUE :  
     348      ((Integer) zIndices.get(zIndices.size() - 1)).intValue(); 
     349    int lastT = tIndices.size() == 0 ? Integer.MAX_VALUE :  
     350      ((Integer) tIndices.get(tIndices.size() - 1)).intValue(); 
     351 
     352    if ((zIndex > lastZ || tIndex > lastT) && (zIndex == core.sizeC[0] - 1 || 
     353      tIndex == core.sizeC[0] - 1 ||  
     354      (zIndex != 0 && zIndex % core.sizeC[0] == 0) || 
     355      (tIndex != 0 && tIndex % core.sizeC[0] == 0)) && zIndex != lastT)  
     356    { 
     357      if (zIndex >= core.sizeZ[0] || tIndex >= core.sizeT[0]) { 
    358358        int tmp = core.sizeZ[0]; 
    359359        core.sizeZ[0] = core.sizeT[0]; 
     
    545545          if (entryName.equals("Tags")) parseTags(s); 
    546546        } 
    547         else if (dirName.equals("Tags") && isContents) { 
    548           parseTags(s); 
    549         } 
     547        else if (dirName.equals("Tags") && isContents) parseTags(s); 
    550548        else if (isContents && (dirName.equals("Image") || 
    551549          dirName.toUpperCase().indexOf("ITEM") != -1) && 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.