Changeset 3162 for trunk


Ignore:
Timestamp:
09/17/07 10:45:50 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Minor bugfixes.

Location:
trunk/loci/formats/in
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r3150 r3162  
    161161 
    162162    int[] coords = FormatTools.getZCTCoords(this, no % core.sizeZ[series]); 
    163     int ndx = coords[1] * getEffectiveSizeC() + coords[2] * core.sizeT[series]; 
     163    int ndx = no / core.sizeZ[series]; 
    164164    String file = stks[series][ndx]; 
    165165 
     
    180180    if (r == null) r = new MetamorphReader(); 
    181181    r.setId(file); 
    182     BufferedImage img = r.openImage(coords[0]); 
    183     return img; 
     182    return r.openImage(coords[0]); 
    184183  } 
    185184 
     
    337336      core.imageCount[0] = zc * tc * cc; 
    338337      core.currentOrder[0] = "XYZCT"; 
    339      
     338 
    340339      if (stks.length > 1) { 
    341340        CoreMetadata newCore = new CoreMetadata(stks.length); 
     
    352351          newCore.littleEndian[i] = core.littleEndian[0]; 
    353352          newCore.interleaved[i] = core.interleaved[0]; 
     353          newCore.orderCertain[i] = true;  
    354354        } 
    355355        newCore.sizeC[0] = stks[0].length / newCore.sizeT[0]; 
  • trunk/loci/formats/in/PerkinElmerReader.java

    r3132 r3162  
    166166      for (int i=0; i<ls.length; i++) { 
    167167        if (ls[i].toLowerCase().endsWith(".htm")) { 
    168           id = new Location(ls[i]).getAbsolutePath(); 
     168          id = new Location(parent.getAbsolutePath(), ls[i]).getAbsolutePath(); 
    169169          break; 
    170170        } 
     
    576576 
    577577    if (sliceSpace != null) { 
    578       float spacing = Float.parseFloat(sliceSpace); 
    579       if (spacing <= 1f) core.currentOrder[0] += "TZ"; 
    580       else core.currentOrder[0] += "ZT"; 
     578      core.currentOrder[0] += "TZ"; 
    581579    } 
    582580    else core.currentOrder[0] += "ZT"; // doesn't matter, since Z = T = 1 
  • trunk/loci/formats/in/VisitechReader.java

    r3097 r3162  
    8383    String file = (String) files.get(fileIndex); 
    8484    RandomAccessStream s = new RandomAccessStream(file); 
    85     s.skipBytes(382 + (plane + 164)*planeIndex); 
     85    s.skipBytes(374); 
     86    boolean found = false; 
     87    while (!found) { 
     88      if (s.read() == (byte) 0xf0) { 
     89        found = true; 
     90        s.skipBytes(1); 
     91      } 
     92    } 
     93 
     94    s.skipBytes((plane + 164) * planeIndex); 
    8695    s.read(buf); 
    8796    s.close(); 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r3152 r3162  
    315315 
    316316      core.imageCount[0] = core.sizeZ[0] * core.sizeT[0] * 
    317         (core.rgb[0] ? 1 : core.sizeC[0]); 
     317        (core.rgb[0] ? core.sizeC[0] / 3 : core.sizeC[0]); 
    318318 
    319319      if (isTiled) { 
    320         int lowerLeft = Integer.parseInt((String) getMeta("ImageTile Index 0")); 
    321         int middle = Integer.parseInt((String) getMeta("ImageTile Index 1")); 
    322  
    323         tileColumns = lowerLeft - middle - 1; 
    324         tileRows = (lowerLeft / tileColumns) + 1; 
    325         if (tileColumns < 0) tileColumns = 1; 
    326         if (tileRows < 0) tileRows = 1; 
    327         core.sizeX[0] *= tileColumns; 
    328         core.sizeY[0] *= tileRows; 
    329         if (tileColumns == 1 && tileRows == 1) isTiled = false;  
     320        String zeroIndex = (String) getMeta("ImageTile Index 0"); 
     321        String oneIndex = (String) getMeta("ImageTile Index 1"); 
     322        if (zeroIndex == null || oneIndex == null) { 
     323          isTiled = false; 
     324        } 
     325        else { 
     326          int lowerLeft = Integer.parseInt(zeroIndex); 
     327          int middle = Integer.parseInt(oneIndex); 
     328 
     329          tileColumns = lowerLeft - middle - 1; 
     330          tileRows = (lowerLeft / tileColumns) + 1; 
     331          if (tileColumns < 0) tileColumns = 1; 
     332          if (tileRows < 0) tileRows = 1; 
     333          core.sizeX[0] *= tileColumns; 
     334          core.sizeY[0] *= tileRows; 
     335          if (tileColumns == 1 && tileRows == 1) isTiled = false; 
     336        } 
    330337      } 
    331338 
     
    614621          dirName.toUpperCase().equals("ROOTENTRY")) 
    615622        { 
    616           if (entryName.equals("Tags")) parseTags(s); 
    617         } 
    618         else if (dirName.equals("Tags") && isContents) parseTags(s); 
     623          if (entryName.equals("Tags")) { 
     624            try { parseTags(s); } 
     625            catch (EOFException e) { } 
     626          } 
     627        } 
     628        else if (dirName.equals("Tags") && isContents) { 
     629          try { parseTags(s); } 
     630          catch (EOFException e) { } 
     631        } 
    619632        else if (isContents && (dirName.equals("Image") || 
    620633          dirName.toUpperCase().indexOf("ITEM") != -1) && 
     
    874887      } 
    875888 
    876       if (key.indexOf("ImageTile") != -1) isTiled = true;  
     889      if (key.indexOf("ImageTile") != -1) isTiled = true; 
    877890      addMeta(key, value); 
    878891    } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.