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09/18/07 13:41:54 (12 years ago)
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melissa
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Added convenience method for calling setPixels(...) on a MetadataStore.

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trunk/loci/formats
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  • trunk/loci/formats/FormatTools.java

    r3108 r3175  
    380380  } 
    381381 
     382  // -- Utility methods - metadata 
     383 
     384  /**  
     385   * Populates the 'pixels' element of the given metadata store, using core 
     386   * metadata from the given reader. 
     387   */ 
     388  public static void populatePixels(MetadataStore store, IFormatReader r) { 
     389    int oldSeries = r.getSeries(); 
     390    for (int i=0; i<r.getSeriesCount(); i++) { 
     391      Integer ii = new Integer(i); 
     392      r.setSeries(i); 
     393      store.setPixels(new Integer(r.getSizeX()), new Integer(r.getSizeY()), 
     394        new Integer(r.getSizeZ()), new Integer(r.getSizeC()), 
     395        new Integer(r.getSizeT()), new Integer(r.getPixelType()), 
     396        new Boolean(!r.isLittleEndian()), r.getDimensionOrder(), null, ii); 
     397    } 
     398    r.setSeries(oldSeries); 
     399  } 
     400 
    382401  // -- Utility methods - sanity checking 
    383402 
  • trunk/loci/formats/in/AVIReader.java

    r3139 r3175  
    544544    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    545545 
    546     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    547       new Integer(core.sizeZ[0]), // SizeZ 
    548       new Integer(core.sizeC[0]), // SizeC 
    549       new Integer(core.sizeT[0]), // SizeT 
    550       new Integer(core.pixelType[0]), // PixelType 
    551       new Boolean(!core.littleEndian[0]), // BigEndian 
    552       core.currentOrder[0], // DimensionOrder 
    553       null, // Use image index 0 
    554       null); // Use pixels index 0 
     546    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    555547 
    556548    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/AliconaReader.java

    r3132 r3175  
    176176    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    177177 
    178     store.setPixels( 
    179       new Integer(core.sizeX[0]), 
    180       new Integer(core.sizeY[0]), 
    181       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    182       new Integer(core.sizeC[0]), 
    183       new Integer(core.sizeT[0]), 
    184       new Integer(core.pixelType[0]), 
    185       new Boolean(!core.littleEndian[0]), 
    186       core.currentOrder[0], 
    187       null, 
    188       null 
    189     ); 
     178    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    190179 
    191180    if (voltage != null) { 
  • trunk/loci/formats/in/BMPReader.java

    r3139 r3175  
    290290    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    291291 
    292     store.setPixels( 
    293       new Integer(core.sizeX[0]),  // sizeX 
    294       new Integer(core.sizeY[0]), // sizeY 
    295       new Integer(core.sizeZ[0]), // sizeZ 
    296       new Integer(core.sizeC[0]), // sizeC 
    297       new Integer(core.sizeT[0]), // sizeT 
    298       new Integer(core.pixelType[0]), 
    299       new Boolean(false), // BigEndian 
    300       core.currentOrder[0], // Dimension order 
    301       null, // Use image index 0 
    302       null); // Use pixels index 0 
     292    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    303293 
    304294    // resolution is stored as pixels per meter; we want to convert to 
  • trunk/loci/formats/in/BaseTiffReader.java

    r3139 r3175  
    634634 
    635635      // set the pixel values in the metadata store 
    636       store.setPixels(new Integer(getSizeX()), 
    637         new Integer(getSizeY()), new Integer(getSizeZ()), 
    638         new Integer(getSizeC()), new Integer(getSizeT()), 
    639         new Integer(getPixelType()), 
    640         new Boolean(!isLittleEndian()), 
    641         getDimensionOrder(), null, null); 
     636      FormatTools.populatePixels(store, this); 
    642637 
    643638      // populate Experimenter element 
     
    760755   */ 
    761756  protected String getImageCreationDate() { 
    762     return (String) TiffTools.getIFDValue(ifds[0], TiffTools.DATE_TIME); 
     757    Object o = TiffTools.getIFDValue(ifds[0], TiffTools.DATE_TIME); 
     758    if (o instanceof String) return (String) o; 
     759    if (o instanceof String[]) return ((String[]) o)[0]; 
     760    return null; 
    763761  } 
    764762 
  • trunk/loci/formats/in/BioRadReader.java

    r3097 r3175  
    739739    } 
    740740 
    741     store.setPixels( 
    742       new Integer(core.sizeX[0]), // SizeX 
    743       new Integer(core.sizeY[0]), // SizeY 
    744       new Integer(core.sizeZ[0]), // SizeZ 
    745       new Integer(core.sizeC[0]), // SizeC 
    746       new Integer(core.sizeT[0]), // SizeT 
    747       new Integer(core.pixelType[0]), // PixelType 
    748       Boolean.FALSE, // BigEndian 
    749       core.currentOrder[0], // DimensionOrder 
    750       null, // Use image index 0 
    751       null); // Use pixels index 0 
     741    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    752742 
    753743    // populate Dimensions element 
  • trunk/loci/formats/in/DeltavisionReader.java

    r3097 r3175  
    354354    hstream.close(); 
    355355 
    356     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    357       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    358       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    359       new Boolean(!core.littleEndian[0]), core.currentOrder[0], null, null); 
     356    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    360357 
    361358    store.setDimensions(new Float(pixX), new Float(pixY), new Float(pixZ), 
  • trunk/loci/formats/in/DicomReader.java

    r3170 r3175  
    322322 
    323323    // populate OME-XML node 
    324     store.setPixels( 
    325       new Integer(core.sizeX[0]), // SizeX 
    326       new Integer(core.sizeY[0]), // SizeY 
    327       new Integer(core.sizeZ[0]), // SizeZ 
    328       new Integer(core.sizeC[0]), // SizeC 
    329       new Integer(core.sizeT[0]), // SizeT 
    330       new Integer(core.pixelType[0]),  // PixelType 
    331       new Boolean(!core.littleEndian[0]),  // BigEndian 
    332       core.currentOrder[0], // Dimension order 
    333       null, // Use image index 0 
    334       null); // Use pixels index 0 
     324    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    335325 
    336326    String date = (String) getMeta("Content Date"); 
  • trunk/loci/formats/in/EPSReader.java

    r3104 r3175  
    302302    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    303303 
    304     store.setPixels( 
    305       new Integer(core.sizeX[0]), 
    306       new Integer(core.sizeY[0]), 
    307       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    308       new Integer(core.sizeC[0]), 
    309       new Integer(core.sizeT[0]), 
    310       new Integer(core.pixelType[0]), 
    311       Boolean.FALSE, 
    312       core.currentOrder[0], 
    313       null, 
    314       null); 
     304    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    315305    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
    316306      store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/FitsReader.java

    r3097 r3175  
    156156 
    157157    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    158     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    159       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    160       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    161       new Boolean(!core.littleEndian[0]), core.currentOrder[0], null, null); 
     158    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    162159 
    163160    store.setLogicalChannel(0, null, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/GIFReader.java

    r3139 r3175  
    359359 
    360360    core.pixelType[0] = FormatTools.UINT8; 
    361     store.setPixels( 
    362       new Integer(core.sizeX[0]), 
    363       new Integer(core.sizeY[0]), 
    364       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    365       new Integer(core.sizeC[0]), 
    366       new Integer(core.sizeT[0]), 
    367       new Integer(core.pixelType[0]), 
    368       Boolean.FALSE, 
    369       core.currentOrder[0], 
    370       null, 
    371       null); 
     361    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    372362    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
    373363      store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/GatanReader.java

    r3132 r3175  
    170170    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    171171 
    172     store.setPixels( 
    173       new Integer(core.sizeX[0]), // SizeX 
    174       new Integer(core.sizeY[0]), // SizeY 
    175       new Integer(core.sizeZ[0]), // SizeZ 
    176       new Integer(core.sizeC[0]), // SizeC 
    177       new Integer(core.sizeT[0]), // SizeT 
    178       new Integer(core.pixelType[0]), // PixelType 
    179       new Boolean(!core.littleEndian[0]), // BigEndian 
    180       core.currentOrder[0], // DimensionOrder 
    181       null, // Use image index 0 
    182       null); // Use pixels index 0 
     172    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    183173 
    184174    Float pixX = new Float(1); 
  • trunk/loci/formats/in/ICSReader.java

    r3120 r3175  
    451451    core.currentOrder[0] = o.trim(); 
    452452 
    453     store.setPixels( 
    454       new Integer(core.sizeX[0]), // SizeX 
    455       new Integer(core.sizeY[0]), // SizeY 
    456       new Integer(core.sizeZ[0]), // SizeZ 
    457       new Integer(core.sizeC[0]), // SizeC 
    458       new Integer(core.sizeT[0]), // SizeT 
    459       new Integer(core.pixelType[0]), // PixelType 
    460       new Boolean(!core.littleEndian[0]), // BigEndian 
    461       core.currentOrder[0], // DimensionOrder 
    462       null, // Use image index 0 
    463       null); // Use pixels index 0 
     453    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    464454 
    465455    String pixelSizes = scale; 
  • trunk/loci/formats/in/IPLabReader.java

    r3023 r3175  
    194194    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    195195 
    196     store.setPixels( 
    197       new Integer(core.sizeX[0]), // SizeX 
    198       new Integer(core.sizeY[0]), // SizeY 
    199       new Integer(core.sizeZ[0]), // SizeZ 
    200       new Integer(core.sizeC[0]), // SizeC 
    201       new Integer(core.sizeT[0]), // SizeT 
    202       new Integer(core.pixelType[0]), // PixelType 
    203       new Boolean(!core.littleEndian[0]), // BigEndian 
    204       core.currentOrder[0], // DimensionOrder 
    205       null, // Use image index 0 
    206       null); // Use pixels index 0 
     196    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    207197 
    208198    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/IPWReader.java

    r3151 r3175  
    328328    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    329329 
    330     store.setPixels(null, null, new Integer(core.sizeZ[0]), 
    331       new Integer(core.sizeC[0]), new Integer(core.sizeT[0]), 
    332       new Integer(core.pixelType[0]), new Boolean(!isLittleEndian()), 
    333       core.currentOrder[0], null, null); 
     330    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    334331    store.setImage(currentId, null, (String) getMeta("Version"), null); 
    335332    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/ImageIOReader.java

    r3132 r3175  
    133133    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    134134    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    135     store.setPixels( 
    136       new Integer(core.sizeX[0]), 
    137       new Integer(core.sizeY[0]), 
    138       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    139       new Integer(core.sizeC[0]), 
    140       new Integer(core.sizeT[0]), 
    141       new Integer(core.pixelType[0]), 
    142       new Boolean(!core.littleEndian[0]), 
    143       core.currentOrder[0], 
    144       null, 
    145       null); 
     135    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    146136    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
    147137      store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisReader.java

    r3097 r3175  
    188188 
    189189    core.pixelType[0] = FormatTools.UINT8; 
    190     store.setPixels( 
    191       new Integer(core.sizeX[0]), 
    192       new Integer(core.sizeY[0]), 
    193       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    194       new Integer(core.sizeC[0]), 
    195       new Integer(core.sizeT[0]), 
    196       new Integer(core.pixelType[0]), 
    197       new Boolean(!IS_LITTLE), 
    198       core.currentOrder[0], 
    199       null, 
    200       null); 
     190    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    201191 
    202192    String d = (String) getMeta("Original date"); 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisTiffReader.java

    r3132 r3175  
    206206 
    207207    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    208  
    209     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    210       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    211       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), null, 
    212       core.currentOrder[0], null, null); 
     208    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    213209  } 
    214210 
  • trunk/loci/formats/in/ImprovisionTiffReader.java

    r3106 r3175  
    193193    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    194194 
    195     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    196       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    197       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    198       new Boolean(!core.littleEndian[0]), core.currentOrder[0], null, null); 
     195    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    199196 
    200197    float fx = Float.parseFloat((String) getMeta("XCalibrationMicrons")); 
  • trunk/loci/formats/in/KhorosReader.java

    r3151 r3175  
    220220    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    221221    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    222     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    223       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    224       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    225       new Boolean(core.littleEndian[0]), core.currentOrder[0], null, null); 
     222    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    226223 
    227224    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/LIFReader.java

    r3098 r3175  
    475475      store.setImage(seriesName, null, null, ii); 
    476476 
    477       store.setPixels( 
    478         new Integer(core.sizeX[i]), // SizeX 
    479         new Integer(core.sizeY[i]), // SizeY 
    480         new Integer(core.sizeZ[i]), // SizeZ 
    481         new Integer(core.sizeC[i]), // SizeC 
    482         new Integer(core.sizeT[i]), // SizeT 
    483         new Integer(core.pixelType[i]), // PixelType 
    484         new Boolean(!core.littleEndian[i]), // BigEndian 
    485         core.currentOrder[i], // DimensionOrder 
    486         ii, // Image index 
    487         null); // Pixels index 
     477      FormatTools.populatePixels(store, this); 
    488478 
    489479      Float xf = i < xcal.size() ? (Float) xcal.get(i) : null; 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyPictReader.java

    r3097 r3175  
    109109    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    110110    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    111     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    112       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    113       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), Boolean.TRUE, 
    114       core.currentOrder[0], null, null); 
     111    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    115112 
    116113    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyQTReader.java

    r3097 r3175  
    224224      MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    225225      store.setImage(currentId, null, null, null); 
    226       store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    227         new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    228         new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    229         Boolean.TRUE, core.currentOrder[0], null, null); 
     226      FormatTools.populatePixels(store, this); 
    230227 
    231228      for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyZVIReader.java

    r3097 r3175  
    406406      store.setImage(currentId, null, null, null); 
    407407 
    408       store.setPixels( 
    409         new Integer(core.sizeX[0]), // SizeX 
    410         new Integer(core.sizeY[0]), // SizeY 
    411         new Integer(core.sizeZ[0]), // SizeZ 
    412         new Integer(core.sizeC[0]), // SizeC 
    413         new Integer(core.sizeT[0]), // SizeT 
    414         new Integer(core.pixelType[0]), // PixelType 
    415         Boolean.FALSE, // BigEndian 
    416         core.currentOrder[0], // DimensionOrder 
    417         null, // Use image index 0 
    418         null); // Use pixels index 0 
     408      FormatTools.populatePixels(store, this); 
    419409 
    420410      for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r3139 r3175  
    10641064      core.sizeC[i] *= 3; 
    10651065 
    1066       store.setPixels( 
    1067         new Integer(core.sizeX[i]), 
    1068         new Integer(core.sizeY[i]), 
    1069         new Integer(core.sizeZ[i]), 
    1070         new Integer(core.sizeC[i] == 0 ? 1 : core.sizeC[i]), // SizeC 
    1071         new Integer(core.sizeT[i]), // SizeT 
    1072         new Integer(core.pixelType[i]), // PixelType 
    1073         new Boolean(!core.littleEndian[i]), // BigEndian 
    1074         core.currentOrder[i], // DimensionOrder 
    1075         ii, null); 
    1076  
    10771066      String timestamp = (String) getMeta("Timestamp " + (i+1)); 
    10781067      String description = (String) getMeta("Image Description"); 
     
    10971086      } 
    10981087    } 
     1088    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    10991089  } 
    11001090 
  • trunk/loci/formats/in/MNGReader.java

    r3132 r3175  
    182182    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    183183 
    184     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    185       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    186       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    187       Boolean.TRUE, core.currentOrder[0], null, null); 
     184    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    188185    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
    189186      store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/MRCReader.java

    r3097 r3175  
    233233    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    234234    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    235     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    236       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    237       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    238       new Boolean(!core.littleEndian[0]), core.currentOrder[0], null, null); 
     235    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    239236 
    240237    store.setDimensions(new Float(xlen / mx), new Float(ylen / my), 
  • trunk/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r3162 r3175  
    555555 
    556556  Integer getEmWave(int i) { 
    557     if (emWavelength[i] == 0)  return null; 
     557    if (emWavelength == null || emWavelength[i] == 0)  return null; 
    558558    return new Integer((int) emWavelength[i]); 
    559559  } 
  • trunk/loci/formats/in/MicromanagerReader.java

    r3097 r3175  
    247247    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    248248 
    249     store.setPixels( 
    250       new Integer(core.sizeX[0]), 
    251       new Integer(core.sizeY[0]), 
    252       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    253       new Integer(core.sizeC[0]), 
    254       new Integer(core.sizeT[0]), 
    255       new Integer(core.pixelType[0]), 
    256       new Boolean(!core.littleEndian[0]), 
    257       core.currentOrder[0], 
    258       null, null); 
     249    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    259250    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
    260251      store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/ND2Reader.java

    r3161 r3175  
    727727    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    728728    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    729     store.setPixels( 
    730       new Integer(core.sizeX[0]), 
    731       new Integer(core.sizeY[0]), 
    732       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    733       new Integer(core.sizeC[0]), 
    734       new Integer(core.sizeT[0]), 
    735       new Integer(core.pixelType[0]), 
    736       new Boolean(!isLittleEndian()), 
    737       core.currentOrder[0], 
    738       null, 
    739       null); 
     729    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    740730 
    741731    store.setDimensions(new Float(pixSizeX), new Float(pixSizeX), 
  • trunk/loci/formats/in/NRRDReader.java

    r3097 r3175  
    234234    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    235235 
    236     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    237       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    238       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    239       new Boolean(core.littleEndian[0]), core.currentOrder[0], null, null); 
     236    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    240237 
    241238    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/OIBReader.java

    r3097 r3175  
    443443      store.setImage(null, stamp, null, null); 
    444444 
    445       store.setPixels( 
    446         new Integer(core.sizeX[i]), 
    447         new Integer(core.sizeY[i]), 
    448         new Integer(core.sizeZ[i]), 
    449         new Integer(core.sizeC[i]), 
    450         new Integer(core.sizeT[i]), 
    451         new Integer(core.pixelType[i]), 
    452         new Boolean(false), 
    453         core.currentOrder[i], 
    454         new Integer(i), 
    455         null); 
    456  
    457445      String pre = "[Reference Image Parameter] - "; 
    458446      String x = (String) getMeta(pre + "WidthConvertValue"); 
     
    487475      } 
    488476    } 
     477    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    489478  } 
    490479 
  • trunk/loci/formats/in/OIFReader.java

    r3132 r3175  
    400400    core.interleaved[0] = false; 
    401401 
    402     store.setPixels( 
    403       new Integer(core.sizeX[0]), 
    404       new Integer(core.sizeY[0]), 
    405       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    406       new Integer(core.sizeC[0]), 
    407       new Integer(core.sizeT[0]), 
    408       new Integer(core.pixelType[0]), 
    409       Boolean.FALSE, 
    410       "XYZTC", 
    411       null, 
    412       null); 
     402    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    413403 
    414404    prefix = "[Reference Image Parameter] - "; 
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabRawReader.java

    r3132 r3175  
    196196    store.setImage((String) getMeta("Image name"), 
    197197      timestamp == null ? null : sdf.format(timestamp), null, null); 
    198     store.setPixels( 
    199       new Integer(core.sizeX[0]), 
    200       new Integer(core.sizeY[0]), 
    201       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    202       new Integer(core.sizeC[0]), 
    203       new Integer(core.sizeT[0]), 
    204       new Integer(core.pixelType[0]), 
    205       Boolean.TRUE, 
    206       core.currentOrder[0], 
    207       null, 
    208       null); 
     198    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    209199    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
    210200      store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabReader.java

    r3106 r3175  
    686686 
    687687      store.setImage("Series " + i, null, null, new Integer(i)); 
    688       store.setPixels( 
    689         new Integer(core.sizeX[i]), 
    690         new Integer(core.sizeY[i]), 
    691         new Integer(core.sizeZ[i]), 
    692         new Integer(core.sizeC[i]), 
    693         new Integer(core.sizeT[i]), 
    694         new Integer(core.pixelType[i]), 
    695         new Boolean(!isLittleEndian()), 
    696         core.currentOrder[i], 
    697         new Integer(i), 
    698         null); 
    699688      store.setDimensions(new Float(xCal), new Float(yCal), new Float(zCal), 
    700689        null, null, new Integer(i)); 
     
    705694      } 
    706695    } 
     696    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    707697  } 
    708698 
  • trunk/loci/formats/in/PCIReader.java

    r3148 r3175  
    166166      core.currentOrder[0] = "XYCZT";  
    167167      core.littleEndian[0] = true;   
     168     
     169      MetadataStore store = getMetadataStore(); 
     170      FormatTools.populatePixels(store, this); 
    168171    } 
    169172    catch (ReflectException exc) { 
  • trunk/loci/formats/in/PGMReader.java

    r3097 r3175  
    158158    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    159159    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    160     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    161       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    162       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    163       new Boolean(!core.littleEndian[0]), core.currentOrder[0], null, null); 
     160    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    164161 
    165162    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/PerkinElmerReader.java

    r3162 r3175  
    608608 
    609609    // populate Pixels element 
    610     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    611       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    612       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    613       new Boolean(!core.littleEndian[0]), core.currentOrder[0], null, null); 
     610    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    614611 
    615612    // populate StageLabel element 
  • trunk/loci/formats/in/PictReader.java

    r3060 r3175  
    333333 
    334334    core.pixelType[0] = FormatTools.UINT8; 
    335     store.setPixels( 
    336       new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    337       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    338       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    339       new Boolean(!core.littleEndian[0]), core.currentOrder[0], null, null); 
     335    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    340336    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
    341337      store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/PrairieReader.java

    r3097 r3175  
    348348        MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    349349 
    350         store.setPixels( 
    351           new Integer(core.sizeX[0]), 
    352           new Integer(core.sizeY[0]), 
    353           new Integer(core.sizeZ[0]), 
    354           new Integer(core.sizeC[0]), 
    355           new Integer(core.sizeT[0]), 
    356           new Integer(core.pixelType[0]), 
    357           new Boolean(!isLittleEndian()), 
    358           core.currentOrder[0], 
    359           null, 
    360           null); 
     350        FormatTools.populatePixels(store, this); 
    361351        store.setDimensions(new Float(pixSizeX), new Float(pixSizeY), null, 
    362352          null, null, null); 
  • trunk/loci/formats/in/QTReader.java

    r3132 r3175  
    349349    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    350350 
    351     store.setPixels( 
    352       new Integer(core.sizeX[0]), 
    353       new Integer(core.sizeY[0]), 
    354       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    355       new Integer(core.sizeC[0]), 
    356       new Integer(core.sizeT[0]), 
    357       new Integer(core.pixelType[0]), 
    358       new Boolean(!core.littleEndian[0]), 
    359       core.currentOrder[0], 
    360       null, 
    361       null); 
     351    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    362352    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
    363353      store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/SDTReader.java

    r3060 r3175  
    213213    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    214214    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    215     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    216       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    217       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    218       new Boolean(!isLittleEndian()), core.currentOrder[0], null, null); 
     215    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    219216    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
    220217      store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/SlidebookReader.java

    r3097 r3175  
    312312 
    313313    for (int i=0; i<core.sizeX.length; i++) { 
    314       store.setPixels(new Integer(core.sizeX[i]), new Integer(core.sizeY[i]), 
    315         new Integer(core.sizeZ[i]), new Integer(core.sizeC[i]), 
    316         new Integer(core.sizeT[i]), new Integer(core.pixelType[i]), 
    317         new Boolean(!core.littleEndian[i]), core.currentOrder[i], 
    318         new Integer(i), null); 
    319  
    320314      for (int j=0; j<core.sizeC[i]; j++) { 
    321315        store.setLogicalChannel(j, null, null, null, null, null, null, null, 
     
    325319      } 
    326320    } 
     321    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    327322  } 
    328323 
  • trunk/loci/formats/in/VisitechReader.java

    r3162 r3175  
    210210    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    211211    store.setImage(currentId, null, null, null); 
    212     store.setPixels(new Integer(core.sizeX[0]), new Integer(core.sizeY[0]), 
    213       new Integer(core.sizeZ[0]), new Integer(core.sizeC[0]), 
    214       new Integer(core.sizeT[0]), new Integer(core.pixelType[0]), 
    215       new Boolean(!core.littleEndian[0]), core.currentOrder[0], null, null); 
     212    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    216213 
    217214    for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissLSMReader.java

    r3097 r3175  
    294294      MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    295295 
    296       store.setPixels( 
    297         new Integer(core.sizeX[0]), // SizeX 
    298         new Integer(core.sizeY[0]), // SizeY 
    299         new Integer(core.sizeZ[0]), // SizeZ 
    300         new Integer(core.sizeC[0]), // SizeC 
    301         new Integer(core.sizeT[0]), // SizeT 
    302         new Integer(core.pixelType[0]), // PixelType 
    303         new Boolean(!little), // BigEndian 
    304         core.currentOrder[0], // DimensionOrder 
    305         null, // Image index 
    306         null); // Pixels index 
     296      FormatTools.populatePixels(store, this); 
    307297      for (int i=0; i<core.sizeC[0]; i++) { 
    308298        store.setLogicalChannel(i, null, null, null, null, null, null, null, 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r3162 r3175  
    472472    else if (bpp == 2 || bpp == 6) core.pixelType[0] = FormatTools.UINT16; 
    473473 
    474     store.setPixels( 
    475       new Integer(core.sizeX[0]), 
    476       new Integer(core.sizeY[0]), 
    477       new Integer(core.sizeZ[0]), 
    478       new Integer(core.sizeC[0]), 
    479       new Integer(core.sizeT[0]), 
    480       new Integer(core.pixelType[0]), 
    481       Boolean.FALSE, 
    482       core.currentOrder[0], 
    483       null, 
    484       null); 
     474    FormatTools.populatePixels(store, this); 
    485475 
    486476    String pixX = (String) getMeta("Scale Factor for X"); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.