Changeset 3185


Ignore:
Timestamp:
09/19/07 14:09:35 (12 years ago)
Author:
curtis
Message:

Whitespace.

Location:
trunk/loci/formats
Files:
13 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/FormatReader.java

    r3176 r3185  
    358358    } 
    359359 
    360  
    361360    BufferedImage b = ImageTools.makeImage(buf, core.sizeX[series], 
    362361      core.sizeY[series], isIndexed() ? 1 : getRGBChannelCount(), 
     
    365364    if (isIndexed()) { 
    366365      IndexedColorModel model = null; 
    367       if (core.pixelType[series] == FormatTools.UINT8 ||  
     366      if (core.pixelType[series] == FormatTools.UINT8 || 
    368367        core.pixelType[series] == FormatTools.INT8) 
    369368      { 
  • trunk/loci/formats/FormatTools.java

    r3177 r3185  
    391391  // -- Utility methods - metadata 
    392392 
    393   /**  
     393  /** 
    394394   * Populates the 'pixels' element of the given metadata store, using core 
    395395   * metadata from the given reader. 
  • trunk/loci/formats/in/BMPReader.java

    r3184 r3185  
    8787  /* @see loci.formats.IFormatReader#isIndexed() */ 
    8888  public boolean isIndexed() { 
    89     FormatTools.assertId(currentId, true, 1);  
    90     return palette != null;   
     89    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
     90    return palette != null; 
    9191  } 
    9292 
     
    9494  public byte[][] get8BitLookupTable() throws FormatException, IOException { 
    9595    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
    96     return palette;  
     96    return palette; 
    9797  } 
    9898 
     
    129129    if (palette != null && palette[0].length > 0) { 
    130130      for (int y=core.sizeY[0]-1; y>=0; y--) { 
    131         in.read(buf, y*core.sizeX[0], core.sizeX[0]);  
     131        in.read(buf, y*core.sizeX[0], core.sizeX[0]); 
    132132      } 
    133133      return buf; 
  • trunk/loci/formats/in/BaseTiffReader.java

    r3184 r3185  
    8181  /* @see loci.formats.IFormatReader#isIndexed() */ 
    8282  public boolean isIndexed() { 
    83     FormatTools.assertId(currentId, true, 1);   
    84     return TiffTools.getIFDIntValue(ifds[0],  
    85       TiffTools.PHOTOMETRIC_INTERPRETATION) == TiffTools.RGB_PALETTE;  
     83    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
     84    return TiffTools.getIFDIntValue(ifds[0], 
     85      TiffTools.PHOTOMETRIC_INTERPRETATION) == TiffTools.RGB_PALETTE; 
    8686  } 
    8787 
    8888  /* @see loci.formats.IFormatReader#get8BitLookupTable() */ 
    8989  public byte[][] get8BitLookupTable() throws FormatException, IOException { 
    90     FormatTools.assertId(currentId, true, 1);   
     90    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
    9191    int[] bits = TiffTools.getBitsPerSample(ifds[0]); 
    9292    if (bits[0] <= 8) { 
    93       int[] colorMap =  
     93      int[] colorMap = 
    9494        (int[]) TiffTools.getIFDValue(ifds[0], TiffTools.COLOR_MAP); 
    95        
     95 
    9696      byte[][] table = new byte[3][colorMap.length / 3]; 
    97       int next = 0;  
     97      int next = 0; 
    9898      for (int j=0; j<table.length; j++) { 
    9999        for (int i=0; i<table[0].length; i++) { 
     
    107107      } 
    108108 
    109       return table;  
    110     } 
    111     return null;  
     109      return table; 
     110    } 
     111    return null; 
    112112  } 
    113113 
    114114  /* @see loci.formats.IFormatReader#get16BitLookupTable() */ 
    115115  public short[][] get16BitLookupTable() throws FormatException, IOException { 
    116     FormatTools.assertId(currentId, true, 1);   
    117     int[] bits = TiffTools.getBitsPerSample(ifds[0]);  
     116    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
     117    int[] bits = TiffTools.getBitsPerSample(ifds[0]); 
    118118    if (bits[0] <= 16 && bits[0] > 8) { 
    119       int[] colorMap =  
     119      int[] colorMap = 
    120120        (int[]) TiffTools.getIFDValue(ifds[0], TiffTools.COLOR_MAP); 
    121121      short[][] table = new short[3][colorMap.length / 3]; 
    122       int next = 0;  
     122      int next = 0; 
    123123      for (int i=0; i<table.length; i++) { 
    124124        for (int j=0; j<table[0].length; j++) { 
     
    128128          else { 
    129129            int n = colorMap[next++]; 
    130             table[i][j] =  
     130            table[i][j] = 
    131131              (short) (((n & 0xff0000) >> 8) | ((n & 0xff000000) >> 24)); 
    132132          } 
    133133        } 
    134134      } 
    135       return table;  
    136     } 
    137     return null;  
     135      return table; 
     136    } 
     137    return null; 
    138138  } 
    139139 
  • trunk/loci/formats/in/GIFReader.java

    r3184 r3185  
    122122  /* @see loci.formats.IFormatReader#get8BitLookupTable() */ 
    123123  public byte[][] get8BitLookupTable() throws FormatException, IOException { 
    124     FormatTools.assertId(currentId, true, 1);  
     124    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
    125125    byte[][] table = new byte[3][act.length]; 
    126126    for (int i=0; i<act.length; i++) { 
     
    129129      table[2][i] = (byte) (act[i] & 0xff); 
    130130    } 
    131     return table;  
     131    return table; 
    132132  } 
    133133 
  • trunk/loci/formats/in/IPWReader.java

    r3184 r3185  
    451451      r.exec("dis.read(data)"); 
    452452 
    453       return new RandomAccessStream(b);  
     453      return new RandomAccessStream(b); 
    454454    } 
    455455    catch (ReflectException e) { 
  • trunk/loci/formats/in/KhorosReader.java

    r3184 r3185  
    7373      } 
    7474    } 
    75     return table;  
     75    return table; 
    7676  } 
    7777 
     
    101101 
    102102    in.seek(offset + no * bufSize); 
    103     in.read(buf, 0, bufSize);  
     103    in.read(buf, 0, bufSize); 
    104104    return buf; 
    105105  } 
  • trunk/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r3184 r3185  
    108108  /* @see loci.formats.IFormatReader#isIndexed() */ 
    109109  public boolean isIndexed() { 
    110     return true;  
     110    return true; 
    111111  } 
    112112 
     
    114114  public byte[][] get8BitLookupTable() throws FormatException, IOException { 
    115115    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
    116     tiff[0][0].setId((String) files[0].get(0));  
    117     return tiff[0][0].get8BitLookupTable();  
     116    tiff[0][0].setId((String) files[0].get(0)); 
     117    return tiff[0][0].get8BitLookupTable(); 
    118118  } 
    119119 
     
    121121  public short[][] get16BitLookupTable() throws FormatException, IOException { 
    122122    FormatTools.assertId(currentId, true, 1); 
    123     tiff[0][0].setId((String) files[0].get(0));  
    124     return tiff[0][0].get16BitLookupTable();  
     123    tiff[0][0].setId((String) files[0].get(0)); 
     124    return tiff[0][0].get16BitLookupTable(); 
    125125  } 
    126126 
     
    144144    tiff[series][no].setId((String) files[series].get(no)); 
    145145    byte[] b = tiff[series][no].openBytes(0); 
    146     tiff[series][no].close();  
     146    tiff[series][no].close(); 
    147147    return b; 
    148148  } 
  • trunk/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r3184 r3185  
    209209    Location ndfile = null; 
    210210 
    211     if (id.toLowerCase().endsWith(".nd")) ndfile = new Location(id);  
    212  
    213     if (ndfile != null && ndfile.exists() &&  
     211    if (id.toLowerCase().endsWith(".nd")) ndfile = new Location(id); 
     212 
     213    if (ndfile != null && ndfile.exists() && 
    214214      (fileGroupOption(id) == FormatTools.MUST_GROUP || isGroupFiles())) 
    215215    { 
     
    247247        hasZ[i] = ((String) getMeta("WaveDoZ" + (i + 1))).equals("TRUE"); 
    248248        if (i > 0 && hasZ[i] != hasZ[i - 1]) seriesCount = 2; 
    249       }  
     249      } 
    250250 
    251251      int channelsInFirstSeries = cc; 
     
    261261      else { 
    262262        stks[0] = new String[channelsInFirstSeries * tc]; 
    263         stks[1] = new String[(cc - channelsInFirstSeries) * tc];  
     263        stks[1] = new String[(cc - channelsInFirstSeries) * tc]; 
    264264      } 
    265265 
     
    273273          String chName = (String) getMeta("WaveName" + (j + 1)); 
    274274          chName = chName.substring(1, chName.length() - 1); 
    275           int seriesNdx = seriesCount == 1 ? 0 : (hasZ[j] ? 0 : 1);  
    276           stks[seriesNdx][pt[seriesNdx]++] =  
     275          int seriesNdx = seriesCount == 1 ? 0 : (hasZ[j] ? 0 : 1); 
     276          stks[seriesNdx][pt[seriesNdx]++] = 
    277277            prefix + "_w" + (j + 1) + chName + "_t" + (i + 1) + ".STK"; 
    278278        } 
     
    291291              if (!l.exists()) { 
    292292                // try replacing extension 
    293                 stks[s][f] = stks[s][f].substring(0,  
    294                   stks[s][f].lastIndexOf(".")) + ".TIF";  
     293                stks[s][f] = stks[s][f].substring(0, 
     294                  stks[s][f].lastIndexOf(".")) + ".TIF"; 
    295295                l = new Location(ndfile.getParent(), stks[s][f]); 
    296296                if (!l.exists()) { 
     
    300300              } 
    301301            } 
    302              
     302 
    303303            if (!l.exists()) { 
    304304              // try replacing extension 
    305               stks[s][f] = stks[s][f].substring(0,  
    306                 stks[s][f].lastIndexOf(".")) + ".TIF";  
     305              stks[s][f] = stks[s][f].substring(0, 
     306                stks[s][f].lastIndexOf(".")) + ".TIF"; 
    307307              l = new Location(ndfile.getParent(), stks[s][f]); 
    308308              if (!l.exists()) { 
     
    312312            } 
    313313          } 
    314           stks[s][f] = l.getAbsolutePath();  
     314          stks[s][f] = l.getAbsolutePath(); 
    315315        } 
    316316      } 
     
    336336          newCore.littleEndian[i] = core.littleEndian[0]; 
    337337          newCore.interleaved[i] = core.interleaved[0]; 
    338           newCore.orderCertain[i] = true;  
     338          newCore.orderCertain[i] = true; 
    339339        } 
    340340        newCore.sizeC[0] = stks[0].length / newCore.sizeT[0]; 
    341341        newCore.sizeC[1] = stks[1].length / newCore.sizeT[1]; 
    342342        newCore.sizeZ[1] = 1; 
    343         newCore.imageCount[0] =  
     343        newCore.imageCount[0] = 
    344344          newCore.sizeC[0] * newCore.sizeT[0] * newCore.sizeZ[0]; 
    345345        newCore.imageCount[1] = newCore.sizeC[1] * newCore.sizeT[1]; 
    346         core = newCore;  
     346        core = newCore; 
    347347      } 
    348348    } 
     
    453453      ifds = tempIFDs; 
    454454    } 
    455     catch (UnknownTagException exc) { trace(exc); }  
     455    catch (UnknownTagException exc) { trace(exc); } 
    456456    catch (NullPointerException exc) { trace(exc); } 
    457457    catch (IOException exc) { trace(exc); } 
     
    517517    try { 
    518518      if (core.sizeZ[0] == 0) { 
    519         core.sizeZ[0] =  
     519        core.sizeZ[0] = 
    520520          TiffTools.getIFDLongArray(ifds[0], UIC2TAG, true).length; 
    521521      } 
  • trunk/loci/formats/in/ND2Reader.java

    r3175 r3185  
    384384      if (isLossless) { 
    385385        for (int i=0; i<offsets.length; i++) { 
    386           offsets[i]++;  
     386          offsets[i]++; 
    387387        } 
    388388      } 
  • trunk/loci/formats/in/OIFReader.java

    r3184 r3185  
    7777    return true; 
    7878  } 
    79    
     79 
    8080  /* @see loci.formats.IFormatReader#fileGroupOption(String) */ 
    8181  public int fileGroupOption(String id) throws FormatException, IOException { 
  • trunk/loci/formats/in/PCIReader.java

    r3184 r3185  
    2929import loci.formats.*; 
    3030 
    31 /**  
     31/** 
    3232 * PCIReader is the file format reader for SimplePCI (Compix) .cxd files. 
    33  *  
     33 * 
    3434 * <dl><dt><b>Source code:</b></dt> 
    3535 * <dd><a href="https://skyking.microscopy.wisc.edu/trac/java/browser/trunk/loci/formats/in/PCIReader.java">Trac</a>, 
     
    4242  // -- Constants -- 
    4343 
    44   private static final String NO_POI_MSG =  
     44  private static final String NO_POI_MSG = 
    4545    "Jakarta POI is required to read SimplePCI files. Please " + 
    4646    "obtain poi-loci.jar from http://loci.wisc.edu/ome/formats.html"; 
     
    5959      r.exec("import org.apache.poi.poifs.filesystem.DocumentEntry"); 
    6060      r.exec("import org.apache.poi.poifs.filesystem.DocumentInputStream"); 
    61       r.exec("import java.util.Iterator");  
     61      r.exec("import java.util.Iterator"); 
    6262    } 
    6363    catch (ReflectException exc) { 
     
    6565      if (debug) LogTools.trace(exc); 
    6666    } 
    67     return r;  
     67    return r; 
    6868  } 
    6969 
     
    9292    byte[] buf = new byte[core.sizeX[0] * core.sizeY[0] * 
    9393      FormatTools.getBytesPerPixel(core.pixelType[0]) * getRGBChannelCount()]; 
    94     return openBytes(no, buf);  
    95   } 
    96    
     94    return openBytes(no, buf); 
     95  } 
     96 
    9797  /* @see loci.formats.IFormatReader#openBytes(int, byte[]) */ 
    9898  public byte[] openBytes(int no, byte[] buf) 
     
    104104      throw new FormatException("Invalid image number: " + no); 
    105105    } 
    106    
     106 
    107107    if (buf.length < core.sizeX[0] * core.sizeY[0] * 
    108108      FormatTools.getBytesPerPixel(core.pixelType[0]) * getRGBChannelCount()) 
     
    110110      throw new FormatException("Buffer too small."); 
    111111    } 
    112    
     112 
    113113    Integer ii = new Integer(no); 
    114114    Object directory = imageDirectories.get(ii); 
     
    127127      throw new FormatException(NO_POI_MSG, e); 
    128128    } 
    129    
     129 
    130130    return buf; 
    131131  } 
     
    150150      r.exec("dir = fs.getRoot()"); 
    151151      parseDir(0, r.getVar("dir")); 
    152      
     152 
    153153      core.sizeZ[0] = core.imageCount[0]; 
    154154      core.sizeT[0] = 1; 
    155155      core.rgb[0] = core.sizeC[0] > 1; 
    156156      core.interleaved[0] = true; 
    157       core.currentOrder[0] = "XYCZT";  
    158       core.littleEndian[0] = true;   
    159      
     157      core.currentOrder[0] = "XYCZT"; 
     158      core.littleEndian[0] = true; 
     159 
    160160      MetadataStore store = getMetadataStore(); 
    161161      FormatTools.populatePixels(store, this); 
     
    168168  // -- Helper methods -- 
    169169 
    170   private void parseDir(int depth, Object dir)  
    171     throws IOException, FormatException, ReflectException  
     170  private void parseDir(int depth, Object dir) 
     171    throws IOException, FormatException, ReflectException 
    172172  { 
    173     r.setVar("dir", dir);  
     173    r.setVar("dir", dir); 
    174174    r.exec("dirName = dir.getName()"); 
    175175    r.setVar("depth", depth); 
     
    201201        r.setVar("data", data); 
    202202        r.exec("dis.read(data)"); 
    203        
     203 
    204204        String entryName = (String) r.getVar("entryName"); 
    205205        String dirName = (String) r.getVar("dirName"); 
     
    234234          imageDirectories.put(ii, r.getVar("dir")); 
    235235          imageFiles.put(ii, entryName); 
    236        
     236 
    237237          if (core.sizeX[0] != 0 && core.sizeY[0] != 0) { 
    238             core.sizeC[0] = data.length / (core.sizeX[0] * core.sizeY[0] *  
     238            core.sizeC[0] = data.length / (core.sizeX[0] * core.sizeY[0] * 
    239239              FormatTools.getBytesPerPixel(core.pixelType[0])); 
    240240          } 
     
    245245          while (bits % 8 != 0) bits++; 
    246246          switch (bits) { 
    247             case 8:  
     247            case 8: 
    248248              core.pixelType[0] = FormatTools.UINT8; 
    249249              break; 
     
    254254              core.pixelType[0] = FormatTools.UINT32; 
    255255              break; 
    256             default:  
     256            default: 
    257257              throw new FormatException("Unsupported bits per pixel : " + bits); 
    258258          } 
     
    260260        } 
    261261        else if (entryName.indexOf("Image_Height") != -1) { 
    262           s.order(false);  
    263           core.sizeY[0] = (int) ((s.readLong() & 0x1f00) >> 8) * 64;  
     262          s.order(false); 
     263          core.sizeY[0] = (int) ((s.readLong() & 0x1f00) >> 8) * 64; 
    264264          s.order(true); 
    265265        } 
    266266        else if (entryName.indexOf("Image_Width") != -1) { 
    267           s.order(false);  
    268           core.sizeX[0] = (int) ((s.readLong() & 0x1f00) >> 8) * 64;  
     267          s.order(false); 
     268          core.sizeX[0] = (int) ((s.readLong() & 0x1f00) >> 8) * 64; 
    269269          s.order(true); 
    270270        } 
  • trunk/loci/formats/in/ZeissZVIReader.java

    r3184 r3185  
    171171        for (int r=0; r<tileRows; r++) { 
    172172          for (int c=0; c<tileColumns; c++) { 
    173             int n = (no % core.sizeC[0]) +  
    174               (tiles * core.sizeC[0] * (no / core.sizeC[0]));  
     173            int n = (no % core.sizeC[0]) + 
     174              (tiles * core.sizeC[0] * (no / core.sizeC[0])); 
    175175            if (r % 2 == 0) { 
    176               tileOrder[p] = p*core.sizeC[0] + n;  
     176              tileOrder[p] = p*core.sizeC[0] + n; 
    177177            } 
    178178            else { 
    179179              tileOrder[p] = (tileColumns - c)*core.sizeC[0]; 
    180180              if (p > 0 && c == 0) tileOrder[p] += tileOrder[p - 1]; 
    181               else if (c > 0) tileOrder[p] = tileOrder[p - 1] - core.sizeC[0];  
     181              else if (c > 0) tileOrder[p] = tileOrder[p - 1] - core.sizeC[0]; 
    182182            } 
    183             p++;  
     183            p++; 
    184184          } 
    185185        } 
     
    200200        r.setVar("data", buf); 
    201201 
    202         int xf = ((i - start) % tileColumns) * ex * bytes;  
    203         int yf = ((i - start) / tileRows) * ey;  
     202        int xf = ((i - start) % tileColumns) * ex * bytes; 
     203        int yf = ((i - start) / tileRows) * ey; 
    204204        int offset = yf*core.sizeX[0]*bytes + xf; 
    205205        for (int y=0; y<ey; y++) { 
     
    210210          } 
    211211          catch (ReflectException e) { } 
    212           offset += core.sizeX[0]*bytes;  
     212          offset += core.sizeX[0]*bytes; 
    213213        } 
    214214      } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.