Changeset 3275


Ignore:
Timestamp:
10/14/07 11:02:55 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Fixed ZCT calculation for indexed color images.

Location:
trunk/loci
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/FormatTools.java

    r3242 r3275  
    274274    throws FormatException 
    275275  { 
    276     int[] zct = getZCTCoords(order, r.getSizeZ(), r.getSizeC(), r.getSizeT(), 
    277       r.getImageCount(), no); 
    278     return getIndex(r.getDimensionOrder(), r.getSizeZ(), r.getSizeC(), 
     276    int[] zct = getZCTCoords(order, r.getSizeZ(), r.getEffectiveSizeC(), 
     277      r.getSizeT(), r.getImageCount(), no); 
     278    return getIndex(r.getDimensionOrder(), r.getSizeZ(), r.getEffectiveSizeC(), 
    279279      r.getSizeT(), r.getImageCount(), zct[0], zct[1], zct[2]); 
    280280  } 
  • trunk/loci/formats/in/OMETiffReader.java

    r3274 r3275  
    129129      if (check.endsWith(".tif") || check.endsWith(".tiff")) { 
    130130        status("Checking " + fileList[i]); 
    131         String iid = fileList[i]; 
     131        Location file = new Location(fileList[i]); 
     132        if (!file.exists()) file = new Location(l, fileList[i]); 
     133        String iid = file.getAbsolutePath(); 
    132134        String icomment = TiffTools.getComment(iid); 
    133135        boolean addToList = true; 
  • trunk/loci/plugins/Importer.java

    r3244 r3275  
    888888 
    889889    for (int i=0; i<s.getSize(); i++) { 
    890       int[] zct = FormatTools.getZCTCoords(stackOrder, sizeZ, r.getSizeC(), 
     890      int[] zct = FormatTools.getZCTCoords(stackOrder, sizeZ, r.getEffectiveSizeC(), 
    891891        sizeT, r.getImageCount(), i); 
    892892      int cndx = zct[1]; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.