Changeset 3321


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10/26/07 14:56:20 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:
  • Removed a bunch of unnecessary axis size calculation logic from OIBReader.
  • Removed some duplicate code and debugging statements from other readers.
Location:
trunk/loci/formats/in
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  • trunk/loci/formats/in/AVIReader.java

    r3301 r3321  
    397397                  type.substring(2).equals("dc")) 
    398398                { 
    399                   /* debug */ System.out.println("adding offset"); 
    400399                  offsets.add(new Long(in.getFilePointer())); 
    401400                  lengths.add(new Long(size)); 
     
    461460 
    462461    if (bmpCompression != 0) core.pixelType[0] = FormatTools.UINT8; 
    463  
    464     /* debug */ 
    465     System.out.println("count : " + core.imageCount[0]); 
    466     System.out.println("Z : " + core.sizeZ[0]); 
    467     System.out.println("C : " + core.sizeC[0]); 
    468     System.out.println("T : " + core.sizeT[0]); 
    469     /* end debug */ 
    470462 
    471463    MetadataStore store = getMetadataStore(); 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisReader.java

    r3197 r3321  
    8989    if (!super.isThisType(name, open)) return false; // check extension 
    9090    if (!open) return true; // not allowed to check the file contents 
    91     try { 
    92       RandomAccessStream ras = new RandomAccessStream(name); 
    93       byte[] b = new byte[4]; 
    94       ras.readFully(b); 
    95       ras.close(); 
    96       return isThisType(b); 
    97     } 
    98     catch (IOException e) { return false; } 
     91    return checkBytes(name, 8); 
    9992  } 
    10093 
  • trunk/loci/formats/in/ND2Reader.java

    r3320 r3321  
    564564                                int y = core.sizeY[0]; 
    565565                                int z = core.sizeZ[0]; 
    566                                 int ts = core.sizeT[0]; 
     566                                int tSize = core.sizeT[0]; 
    567567                                int c = core.sizeC[0]; 
    568568                                core = new CoreMetadata(numSeries); 
     
    571571                                Arrays.fill(core.sizeZ, z); 
    572572                                Arrays.fill(core.sizeC, c); 
    573                                 Arrays.fill(core.sizeT, ts); 
     573                                Arrays.fill(core.sizeT, tSize); 
    574574                              } 
    575                               int cs = core.sizeC[0]; 
    576                               int ts = core.sizeT[0]; 
    577                               int zs = core.sizeZ[0]; 
    578                               if (cs == 0) cs = 1; 
    579                               if (ts == 0) ts = 1; 
    580                               if (zs == 0) zs = 1; 
    581575                            } 
    582576                            else if (dim.startsWith("T")) { 
  • trunk/loci/formats/in/OIBReader.java

    r3197 r3321  
    297297        if (core.sizeT[i] == 0) core.sizeT[i]++; 
    298298 
    299         core.currentOrder[i] = 
    300           (core.sizeZ[i] > core.sizeT[i]) ? "XYCZT" : "XYCTZ"; 
    301  
    302         core.imageCount[i] = ((Integer) nImages.get(i)).intValue(); 
    303  
    304         if (core.imageCount[i] > core.sizeZ[i] * core.sizeT[i] * core.sizeC[i]) 
    305         { 
    306           int diff = core.imageCount[i] - 
    307             (core.sizeZ[i] * core.sizeT[i] * core.sizeC[i]); 
    308  
    309           if (diff % core.sizeZ[i] == 0 && core.sizeZ[i] > 1) { 
    310             while (core.imageCount[i] > 
    311               core.sizeZ[i] * core.sizeT[i] * core.sizeC[i]) 
    312             { 
    313               core.sizeT[i]++; 
    314             } 
    315           } 
    316           else if (diff % core.sizeT[i] == 0 && core.sizeT[i] > 1) { 
    317             while (core.imageCount[i] > 
    318               core.sizeZ[i] * core.sizeT[i] * core.sizeC[i]) 
    319             { 
    320               core.sizeZ[i]++; 
    321             } 
    322           } 
    323           else if (diff % core.sizeC[i] == 0) { 
    324             if (core.sizeZ[i] > core.sizeT[i]) { 
    325               while (core.imageCount[i] > 
    326                 core.sizeZ[i] * core.sizeC[i] * core.sizeT[i]) 
    327               { 
    328                 core.sizeZ[i]++; 
    329               } 
    330             } 
    331             else { 
    332               while (core.imageCount[i] > 
    333                 core.sizeZ[i] * core.sizeC[i] * core.sizeT[i]) 
    334               { 
    335                 core.sizeT[i]++; 
    336               } 
    337             } 
    338           } 
    339         } 
    340  
    341         int oldSeries = getSeries(); 
    342         setSeries(i); 
    343         while (core.imageCount[i] < 
    344           core.sizeZ[i] * core.sizeT[i] * getEffectiveSizeC()) 
    345         { 
    346           core.imageCount[i]++; 
    347         } 
     299        core.currentOrder[i] = "XYCZT"; 
     300        core.imageCount[i] = core.sizeZ[i] * core.sizeC[i] * core.sizeT[i]; 
     301 
     302        core.rgb[i] = ((Boolean) rgb.get(i)).booleanValue(); 
     303        if (core.rgb[i]) core.imageCount[i] /= core.sizeC[i]; 
    348304        nImages.setElementAt(new Integer(core.imageCount[i]), i); 
    349         setSeries(oldSeries); 
    350  
    351         core.rgb[i] = ((Boolean) rgb.get(i)).booleanValue(); 
     305 
    352306        core.interleaved[i] = false; 
    353307        core.metadataComplete[i] = true; 
     
    550504        else if (entryName.equals("OibInfo.txt")) { } 
    551505        else { 
    552         //else if (data[0] == (byte) 0xff && data[1] == (byte) 0xfe) { 
    553506          String ini = DataTools.stripString(new String(data)); 
    554507          StringTokenizer st = new StringTokenizer(ini, "\n"); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.