Changeset 3354


Ignore:
Timestamp:
11/09/07 13:04:44 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

close() methods now clear *all* variables; added signed pixel support in remaining formats.

Location:
trunk/loci/formats/in
Files:
40 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/AVIReader.java

    r3321 r3354  
    153153 
    154154    return buf; 
     155  } 
     156 
     157  // -- IFormatHandler API methods -- 
     158 
     159  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     160  public void close() throws IOException { 
     161    super.close(); 
     162    offsets = null; 
     163    lengths = null; 
     164    type = null; 
     165    fcc = null; 
     166    size = -1; 
     167    pos = 0; 
     168    bmpColorsUsed = bmpWidth = bmpCompression = bmpScanLineSize = 0; 
     169    bmpBitsPerPixel = 0; 
     170    lut = null; 
     171    lastImage = null; 
    155172  } 
    156173 
  • trunk/loci/formats/in/AliconaReader.java

    r3197 r3354  
    7676 
    7777    return buf; 
     78  } 
     79 
     80  // -- IFormatHandler API methods -- 
     81 
     82  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     83  public void close() throws IOException { 
     84    super.close(); 
     85    textureOffset = numBytes = 0; 
    7886  } 
    7987 
  • trunk/loci/formats/in/BMPReader.java

    r3299 r3354  
    4444 
    4545  /** Offset to the image data. */ 
    46   protected int offset; 
     46  private int offset; 
    4747 
    4848  /** Number of bits per pixel. */ 
    49   protected int bpp; 
     49  private int bpp; 
    5050 
    5151  /** The palette for indexed color images. */ 
    52   protected byte[][] palette; 
     52  private byte[][] palette; 
    5353 
    5454  /** 
     
    5959   * 3 = RGB bitmap with mask. 
    6060   */ 
    61   protected int compression; 
     61  private int compression; 
    6262 
    6363  /** Offset to image data. */ 
     
    9595    } 
    9696 
    97     /* debug */ System.out.println("global offset : " + global); 
    98  
    9997    in.seek(global); 
    10098 
     
    105103    } 
    106104    else { 
     105      int row = core.sizeX[0] * core.sizeC[0]; 
    107106      for (int y=core.sizeY[0]-1; y>=0; y--) { 
    108         in.read(buf, y*core.sizeX[0]*core.sizeC[0], core.sizeX[0]*core.sizeC[0]); 
     107        in.read(buf, y*row, row); 
    109108      } 
    110109      for (int i=0; i<buf.length/core.sizeC[0]; i++) { 
     
    115114    } 
    116115    return buf; 
     116  } 
     117 
     118  // -- IFormatHandler API methods -- 
     119 
     120  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     121  public void close() throws IOException { 
     122    super.close(); 
     123    offset = bpp = compression = 0; 
     124    global = 0; 
     125    palette = null; 
    117126  } 
    118127 
     
    191200 
    192201    // read the palette, if it exists 
    193  
    194     /* debug */ System.out.println("offset=" + offset + ", fp=" + 
    195       in.getFilePointer() + ", nColors=" + nColors); 
    196202 
    197203    if (nColors != 0) { 
  • trunk/loci/formats/in/BaseTiffReader.java

    r3304 r3354  
    146146  } 
    147147 
     148  // -- IFormatHandler API methods -- 
     149 
     150  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     151  public void close() throws IOException { 
     152    super.close(); 
     153    ifds = null; 
     154  } 
     155 
    148156  // -- Internal BaseTiffReader API methods -- 
    149157 
  • trunk/loci/formats/in/DeltavisionReader.java

    r3327 r3354  
    9999    in.read(buf); 
    100100    return buf; 
     101  } 
     102 
     103  // -- IFormatHandler API methods -- 
     104 
     105  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     106  public void close() throws IOException { 
     107    super.close(); 
     108    extSize = bytesPerPixel = wSize = zSize = tSize = 0; 
     109    numIntsPerSection = numFloatsPerSection = 0; 
     110    extHdrFields = null; 
    101111  } 
    102112 
  • trunk/loci/formats/in/DicomReader.java

    r3319 r3354  
    8080 
    8181  /** Bits per pixel. */ 
    82   protected int bitsPerPixel; 
     82  private int bitsPerPixel; 
    8383 
    8484  private int location; 
     
    166166 
    167167    return buf; 
     168  } 
     169 
     170  // -- IFormatHandler API methods -- 
     171 
     172  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     173  public void close() throws IOException { 
     174    super.close(); 
     175    bitsPerPixel = location = elementLength = vr = scale = 0; 
     176    oddLocations = inSequence = bigEndianTransferSyntax = false; 
     177    isJPEG = isRLE = false; 
     178    lut = null; 
     179    offsets = null; 
    168180  } 
    169181 
  • trunk/loci/formats/in/EPSReader.java

    r3268 r3354  
    133133    ras.close(); 
    134134    return buf; 
     135  } 
     136 
     137  // -- IFormatHandler API methods -- 
     138 
     139  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     140  public void close() throws IOException { 
     141    super.close(); 
     142    bps = start = 0; 
     143    binary = isTiff = false; 
     144    ifds = null; 
    135145  } 
    136146 
  • trunk/loci/formats/in/FitsReader.java

    r3197 r3354  
    7373  } 
    7474 
     75  // -- IFormatHandler API methods -- 
     76 
     77  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     78  public void close() throws IOException { 
     79    super.close(); 
     80    count = 0; 
     81  } 
     82 
    7583  // -- Internal FormatReader API methods -- 
    7684 
     
    109117        switch (bits) { 
    110118          case 8: core.pixelType[0] = FormatTools.UINT8; break; 
    111           case 16: core.pixelType[0] = FormatTools.UINT16; break; 
    112           case 32: core.pixelType[0] = FormatTools.UINT32; break; 
     119          case 16: core.pixelType[0] = FormatTools.INT16; break; 
     120          case 32: core.pixelType[0] = FormatTools.INT32; break; 
    113121          case -32: core.pixelType[0] = FormatTools.FLOAT; break; 
    114122          default: throw new FormatException("Unsupported pixel type: " + bits); 
  • trunk/loci/formats/in/FlexReader.java

    r3318 r3354  
    129129  } 
    130130 
     131  // -- IFormatHandler API methods -- 
     132 
     133  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     134  public void close() throws IOException { 
     135    super.close(); 
     136    factors = null; 
     137  } 
     138 
    131139  // -- Internal BaseTiffReader API methods -- 
    132140 
  • trunk/loci/formats/in/FluoviewReader.java

    r3204 r3354  
    5959 
    6060  /** Pixel dimensions for this file. */ 
    61   private float voxelX = 0f, voxelY = 0f, voxelZ = 0f, voxelC = 0f, voxelT = 0f; 
     61  private float voxelX = 1f, voxelY = 1f, voxelZ = 1f, voxelC = 1f, voxelT = 1f; 
    6262 
    6363  /** First image. */ 
     
    139139  } 
    140140 
     141  // -- IFormatHandler API methods -- 
     142 
     143  /* @see loci.formats.IFormatHandler#isThisType(String, boolean) */ 
     144  public boolean isThisType(String name, boolean open) { 
     145    if (!super.isThisType(name, open)) return false; // check extension 
     146 
     147    // just checking the filename isn't enough to differentiate between 
     148    // Fluoview and regular TIFF; open the file and check more thoroughly 
     149    return open ? checkBytes(name, BLOCK_CHECK_LEN) : true; 
     150  } 
     151 
    141152  /* @see loci.formats.IFormatReader#close() */ 
    142153  public void close() throws IOException { 
    143154    super.close(); 
     155    voxelX = voxelY = voxelZ = voxelC = voxelT = 1f; 
    144156    zeroImage = null; 
    145   } 
    146  
    147   // -- IFormatHandler API methods -- 
    148  
    149   /* @see loci.formats.IFormatHandler#isThisType(String, boolean) */ 
    150   public boolean isThisType(String name, boolean open) { 
    151     if (!super.isThisType(name, open)) return false; // check extension 
    152  
    153     // just checking the filename isn't enough to differentiate between 
    154     // Fluoview and regular TIFF; open the file and check more thoroughly 
    155     return open ? checkBytes(name, BLOCK_CHECK_LEN) : true; 
    156157  } 
    157158 
  • trunk/loci/formats/in/GIFReader.java

    r3204 r3354  
    144144 
    145145    return buf; 
     146  } 
     147 
     148  // -- IFormatHandler API methods -- 
     149 
     150  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     151  public void close() throws IOException { 
     152    super.close(); 
     153    gctFlag = lctFlag = interlace = transparency = false; 
     154    gctSize = lctSize = ix = iy = iw = ih = blockSize = 0; 
     155    dispose = lastDispose = transIndex = 0; 
     156    gct = lct = act; 
     157    prefix = null; 
     158    suffix = pixelStack = pixels = null; 
     159    images = colorTables = null; 
    146160  } 
    147161 
  • trunk/loci/formats/in/GatanReader.java

    r3197 r3354  
    5050  private int bytesPerPixel; 
    5151 
    52   protected int pixelDataNum = 0; 
    53   protected int datatype; 
     52  private int pixelDataNum = 0; 
     53  private int datatype; 
    5454 
    5555  // -- Constructor -- 
     
    7777    in.read(buf); 
    7878    return buf; 
     79  } 
     80 
     81  // -- IFormatHandler API methods -- 
     82 
     83  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     84  public void close() throws IOException { 
     85    super.close(); 
     86    pixelOffset = 0; 
     87    bytesPerPixel = pixelDataNum = datatype = 0; 
     88    pixelSizes = null; 
    7989  } 
    8090 
  • trunk/loci/formats/in/ICSReader.java

    r3197 r3354  
    8080 
    8181  /** Current filename. */ 
    82   protected String currentIcsId; 
    83   protected String currentIdsId; 
     82  private String currentIcsId; 
     83  private String currentIdsId; 
    8484 
    8585  /** Current ICS file. */ 
    86   protected Location icsIn; 
     86  private Location icsIn; 
    8787 
    8888  /** Number of bits per pixel. */ 
    89   protected int bitsPerPixel; 
     89  private int bitsPerPixel; 
    9090 
    9191  /** Flag indicating whether current file is v2.0. */ 
    92   protected boolean versionTwo; 
     92  private boolean versionTwo; 
    9393 
    9494  /** Image data. */ 
    95   protected byte[] data; 
     95  private byte[] data; 
    9696 
    9797  // -- Constructor -- 
     
    156156    currentIdsId = null; 
    157157    data = null; 
     158    bitsPerPixel = 0; 
     159    versionTwo = false; 
    158160  } 
    159161 
     
    224226    String line = st.nextToken(); 
    225227    line = st.nextToken(); 
     228    boolean signed = false; 
    226229    while (line != null && !line.trim().equals("end")) { 
    227230      t = new StringTokenizer(line); 
     
    257260          else if (k.equals("representation compression")) compression = v; 
    258261          else if (k.equals("parameter scale")) scale = v; 
     262          else if (k.equals("representation sign")) { 
     263            signed = v.equals("signed"); 
     264          } 
    259265        } 
    260266        else { 
     
    398404      switch (bitsPerPixel) { 
    399405        case 8: 
    400           core.pixelType[0] = FormatTools.UINT8; 
     406          core.pixelType[0] = signed ? FormatTools.INT8 : FormatTools.UINT8; 
    401407          break; 
    402408        case 16: 
    403           core.pixelType[0] = FormatTools.UINT16; 
     409          core.pixelType[0] = signed ? FormatTools.INT16 : FormatTools.UINT16; 
    404410          break; 
    405411        case 32: 
    406           core.pixelType[0] = FormatTools.UINT32; 
     412          core.pixelType[0] = signed ? FormatTools.INT32 : FormatTools.UINT32; 
    407413          break; 
    408414      } 
  • trunk/loci/formats/in/IPLabReader.java

    r3197 r3354  
    8282  } 
    8383 
     84  // -- IFormatHandler API methods -- 
     85 
     86  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     87  public void close() throws IOException { 
     88    super.close(); 
     89    bps = dataSize = 0; 
     90  } 
     91 
    8492  // -- Internal FormatReader API methods -- 
    8593 
     
    125133      case 1: 
    126134        ptype = "16 bit signed short"; 
    127         core.pixelType[0] = FormatTools.UINT16; 
     135        core.pixelType[0] = FormatTools.INT16; 
    128136        bps = 2; 
    129137        break; 
     
    135143      case 3: 
    136144        ptype = "32 bit signed long"; 
    137         core.pixelType[0] = FormatTools.UINT32; 
     145        core.pixelType[0] = FormatTools.INT32; 
    138146        bps = 4; 
    139147        break; 
  • trunk/loci/formats/in/ImageIOReader.java

    r3204 r3354  
    9393  public void close(boolean fileOnly) throws IOException { } 
    9494 
    95   // -- IFormatHandler API methods -- 
    96  
    97   /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
    98   public void close() throws IOException { 
    99     currentId = null; 
    100   } 
    101  
    10295  // -- Internal FormatReader API methods -- 
    10396 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisReader.java

    r3321 r3354  
    9292  } 
    9393 
     94  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     95  public void close() throws IOException { 
     96    super.close(); 
     97    offsets = null; 
     98  } 
     99 
    94100  // -- Internal FormatReader API methods -- 
    95101 
  • trunk/loci/formats/in/ImarisTiffReader.java

    r3309 r3354  
    9494  } 
    9595 
    96   // -- Internal BaseTiffReader API methods -- 
    97  
    98   /* @see BaseTiffReader#initFile(String) */ 
     96  // -- Internal FormatReader API methods -- 
     97 
     98  /* @see loci.formats.FormatReader#initFile(String) */ 
    9999  protected void initFile(String id) throws FormatException, IOException { 
    100100    if (debug) debug("ImarisTiffReader.initFile(" + id + ")"); 
  • trunk/loci/formats/in/ImprovisionTiffReader.java

    r3175 r3354  
    7373      return false; 
    7474    } 
     75  } 
     76 
     77  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     78  public void close() throws IOException { 
     79    super.close(); 
     80    cNames = null; 
     81    pixelSizeT = 1; 
    7582  } 
    7683 
  • trunk/loci/formats/in/KhorosReader.java

    r3197 r3354  
    5050  public KhorosReader() { super("Khoros XV", "xv"); } 
    5151 
    52   // -- FormatReader API methods -- 
     52  // -- IFormatReader API methods -- 
    5353 
    5454  /* @see loci.formats.IFormatReader#isThisType(byte[]) */ 
     
    8787  } 
    8888 
    89   /* @see loci.formats.IFormatReader#close() */ 
     89  // -- IFormatHandler API methods -- 
     90 
     91  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
    9092  public void close() throws IOException { 
    9193    super.close(); 
     
    9496  } 
    9597 
    96   /** Initialize the given file. */ 
     98  // -- Internal FormatReader API methods -- 
     99 
     100  /* @see loci.formats.FormatReader#initFile(String) */ 
    97101  protected void initFile(String id) throws FormatException, IOException { 
    98102    super.initFile(id); 
     
    118122    switch (type) { 
    119123      case 0: 
     124        core.pixelType[0] = FormatTools.INT8; 
     125        break; 
    120126      case 1: 
    121127        core.pixelType[0] = FormatTools.UINT8; 
  • trunk/loci/formats/in/LIMReader.java

    r3216 r3354  
    7676  } 
    7777 
     78  // -- IFormatHandler API methods -- 
     79 
     80  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     81  public void close() throws IOException { 
     82    super.close(); 
     83    isCompressed = false; 
     84  } 
     85 
    7886  // -- Internal FormatReader API methods -- 
    7987 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyQTReader.java

    r3249 r3354  
    118118      throw io; 
    119119    } 
    120     if (!fileOnly) currentId = null; 
     120    if (!fileOnly) { 
     121      currentId = null; 
     122      times = null; 
     123      image = null; 
     124    } 
    121125  } 
    122126 
  • trunk/loci/formats/in/LegacyZVIReader.java

    r3197 r3354  
    119119    ZVIBlock zviBlock = (ZVIBlock) blockList.elementAt(no); 
    120120    return zviBlock.readImage(in); 
     121  } 
     122 
     123  // -- IFormatHandler API methods -- 
     124 
     125  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     126  public void close() throws IOException { 
     127    super.close(); 
     128    blockList = null; 
     129    bytesPerPixel = numZ = numC = numT = cFlag = zFlag = tFlag = 0; 
    121130  } 
    122131 
  • trunk/loci/formats/in/LeicaReader.java

    r3197 r3354  
    230230      } 
    231231    } 
     232    ifds = headerIFDs = null; 
     233    tiff = null; 
     234    files = null; 
     235    seriesNames = null; 
     236    numSeries = bpp = 0; 
    232237  } 
    233238 
     
    10031008          break; 
    10041009        case 3: 
    1005           core.pixelType[i] = FormatTools.UINT8; 
     1010          core.pixelType[i] = FormatTools.INT8; 
    10061011          break; 
    10071012        case 4: 
  • trunk/loci/formats/in/MNGReader.java

    r3204 r3354  
    9292 
    9393    return ImageIO.read(new ByteArrayInputStream(b)); 
     94  } 
     95 
     96  // -- IFormatHandler API methods -- 
     97 
     98  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     99  public void close() throws IOException { 
     100    super.close(); 
     101    offsets = lengths = null; 
    94102  } 
    95103 
  • trunk/loci/formats/in/MRCReader.java

    r3197 r3354  
    7676  } 
    7777 
     78  // -- IFormatHandler API methods -- 
     79 
     80  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     81  public void close() throws IOException { 
     82    super.close(); 
     83    bpp = extHeaderSize = 0; 
     84    isFloat = false; 
     85  } 
     86 
    7887  // -- Internal FormatReader API methods -- 
    7988 
     
    109118        break; 
    110119      case 1: 
     120        bpp = 2; 
     121        core.pixelType[0] = FormatTools.INT16; 
     122        break; 
    111123      case 6: 
    112124        bpp = 2; 
  • trunk/loci/formats/in/MetamorphReader.java

    r3197 r3354  
    115115  } 
    116116 
    117   /* @see loci.formats.IFormatReader#close() */ 
    118   public void close() throws IOException { 
    119     super.close(); 
    120     if (r != null) r.close(); 
    121   } 
    122  
    123117  /* @see loci.formats.IFormatReader#fileGroupOption(String) */ 
    124118  public int fileGroupOption(String id) throws FormatException, IOException { 
     
    162156    return r.openBytes(coords[0], buf); 
    163157  } 
     158 
     159  // -- IFormatHandler API methods -- 
     160 
     161  /* @see loci.formats.IFormatReader#close() */ 
     162  public void close() throws IOException { 
     163    super.close(); 
     164    if (r != null) r.close(); 
     165    r = null; 
     166    imageName = imageCreationDate = null; 
     167    emWavelength = null; 
     168    stks = null; 
     169    mmPlanes = 0; 
     170  } 
     171 
     172  // -- Internal FormatReader API methods -- 
    164173 
    165174  /* @see loci.formats.FormatReader#initFile(String) */ 
  • trunk/loci/formats/in/NikonReader.java

    r3269 r3354  
    128128    // adapted from MetamorphReader.isThisType(byte[]) 
    129129 
    130     if (block.length < 3) { 
    131       return false; 
    132     } 
    133     if (block.length < 8) { 
    134       return true; // we have no way of verifying further 
    135     } 
     130    if (block.length < 3) return false; 
     131    if (block.length < 8) return true; // we have no way of verifying further 
    136132 
    137133    boolean little = (block[0] == 0x49 && block[1] == 0x49); 
     
    170166    // Nikon and regular TIFF; open the file and check more thoroughly 
    171167    return open ? checkBytes(name, BLOCK_CHECK_LEN) : true; 
     168  } 
     169 
     170  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     171  public void close() throws IOException { 
     172    super.close(); 
     173    makerNoteOffset = 0; 
     174    original = null; 
    172175  } 
    173176 
  • trunk/loci/formats/in/OIBReader.java

    r3321 r3354  
    165165      "entry", "documentName", "entryName"}; 
    166166    for (int i=0; i<vars.length; i++) r.setVar(vars[i], null); 
     167    nImages = width = height = nChannels = tSize = zSize = null; 
     168    bpp = pixels = names = rgb = null; 
     169    for (int i=0; i<labels.length; i++) { 
     170      labels[i] = dims[i] = starts[i] = stops[i] = null; 
     171    } 
    167172  } 
    168173 
  • trunk/loci/formats/in/OIFReader.java

    r3298 r3354  
    8787 
    8888    tiffReader[no].openBytes(0, buf); 
    89     tiffReader[no].close(); 
    9089    return buf; 
    9190  } 
     
    133132      } 
    134133    } 
    135     tiffs = null; 
     134    tiffs = usedFiles = null; 
     135    tiffReader = null; 
     136    thumbReader = null; 
     137    thumbId = null; 
     138    imageDepth = 0; 
     139    for (int i=0; i<size.length; i++) { 
     140      size[i] = code[i] = null; 
     141    } 
    136142  } 
    137143 
  • trunk/loci/formats/in/OMEXMLReader.java

    r3204 r3354  
    152152    buf = pixels; 
    153153    return buf; 
     154  } 
     155 
     156  // -- IFormatHandler API methods -- 
     157 
     158  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     159  public void close() throws IOException { 
     160    super.close(); 
     161    bpp = null; 
     162    offsets = null; 
     163    compression = null; 
    154164  } 
    155165 
     
    375385 
    376386      String type = pixType.toLowerCase(); 
     387      boolean signed = type.charAt(0) != 'u'; 
    377388      if (type.endsWith("16")) { 
    378389        bpp[i] = 2; 
    379         core.pixelType[i] = FormatTools.UINT16; 
     390        core.pixelType[i] = signed ? FormatTools.INT16 : FormatTools.UINT16; 
    380391      } 
    381392      else if (type.endsWith("32")) { 
    382393        bpp[i] = 4; 
    383         core.pixelType[i] = FormatTools.UINT32; 
     394        core.pixelType[i] = signed ? FormatTools.INT32 : FormatTools.UINT32; 
    384395      } 
    385396      else if (type.equals("float")) { 
     
    389400      else { 
    390401        bpp[i] = 1; 
    391         core.pixelType[i] = FormatTools.UINT8; 
     402        core.pixelType[i] = signed ? FormatTools.INT8 : FormatTools.UINT8; 
    392403      } 
    393404 
  • trunk/loci/formats/in/OpenlabRawReader.java

    r3197 r3354  
    8383    } 
    8484    return buf; 
     85  } 
     86 
     87  // -- IFormatHandler API methods -- 
     88 
     89  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     90  public void close() throws IOException { 
     91    super.close(); 
     92    offsets = null; 
     93    bytesPerPixel = 0; 
    8594  } 
    8695 
  • trunk/loci/formats/in/PCIReader.java

    r3197 r3354  
    114114 
    115115    return buf; 
     116  } 
     117 
     118  // -- IFormatHandler API methods -- 
     119 
     120  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     121  public void close() throws IOException { 
     122    super.close(); 
     123    imageDirectories = imageFiles = null; 
     124    currentParent = null; 
    116125  } 
    117126 
  • trunk/loci/formats/in/PGMReader.java

    r3197 r3354  
    9494  } 
    9595 
     96  // -- IFormatHandler API methods -- 
     97 
     98  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     99  public void close() throws IOException { 
     100    super.close(); 
     101    rawBits = false; 
     102    offset = 0; 
     103  } 
     104 
    96105  // -- Internal FormatReader API methods -- 
    97106 
  • trunk/loci/formats/in/PSDReader.java

    r3279 r3354  
    104104    else in.read(buf); 
    105105    return buf; 
     106  } 
     107 
     108  // -- IFormatHandler API Methods -- 
     109 
     110  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     111  public void close() throws IOException { 
     112    super.close(); 
     113    lut = null; 
    106114  } 
    107115 
  • trunk/loci/formats/in/PerkinElmerReader.java

    r3197 r3354  
    121121  public void close() throws IOException { 
    122122    currentId = null; 
    123     files = null; 
    124123    if (tiff != null) { 
    125124      for (int i=0; i<tiff.length; i++) { 
     
    127126      } 
    128127    } 
     128    tiff = null; 
     129    allFiles = null; 
     130    files = null; 
     131    details = sliceSpace = null; 
     132    isTiff = true; 
    129133  } 
    130134 
  • trunk/loci/formats/in/PrairieReader.java

    r3197 r3354  
    186186  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
    187187  public void close() throws IOException { 
     188    if (tiff != null) tiff.close(); 
     189    currentId = xmlFile = cfgFile = null; 
     190    tiff = null; 
    188191    files = null; 
    189     if (tiff != null) tiff.close(); 
    190     tiff = null; 
    191     currentId = null; 
    192192    readXML = false; 
    193193    readCFG = false; 
  • trunk/loci/formats/in/QTReader.java

    r3249 r3354  
    281281  public void close() throws IOException { 
    282282    super.close(); 
     283    if (legacy != null) { 
     284      legacy.close(); 
     285      legacy = null; 
     286    } 
     287    offsets = null; 
    283288    prevPixels = null; 
     289    codec = altCodec = null; 
     290    pixelOffset = pixelBytes = bitsPerPixel = rawSize = 0; 
     291    prevPlane = altPlanes = 0; 
     292    canUsePrevious = useLegacy = false; 
    284293  } 
    285294 
  • trunk/loci/formats/in/SDTReader.java

    r3197 r3354  
    160160  } 
    161161 
     162  // -- IFormatHandler API methods -- 
     163 
     164  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     165  public void close() throws IOException { 
     166    super.close(); 
     167    off = timeBins = channels = 0; 
     168    info = null; 
     169    intensity = true; 
     170  } 
     171 
    162172  // -- Internal FormatReader API methods -- 
    163173 
    164   /** Initializes the given SDT file. */ 
     174  /* @see loci.formats.FormatReader#initFile(String) */ 
    165175  protected void initFile(String id) throws FormatException, IOException { 
    166176    if (debug) debug("SDTReader.initFile(" + id + ")"); 
  • trunk/loci/formats/in/SlidebookReader.java

    r3216 r3354  
    7777    in.read(buf); 
    7878    return buf; 
     79  } 
     80 
     81  // -- IFormatHandler API methods -- 
     82 
     83  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     84  public void close() throws IOException { 
     85    super.close(); 
     86    metadataOffsets = pixelOffsets = pixelLengths = null; 
    7987  } 
    8088 
  • trunk/loci/formats/in/VisitechReader.java

    r3197 r3354  
    8585    if (files == null) return new String[0]; 
    8686    return (String[]) files.toArray(new String[0]); 
     87  } 
     88 
     89  // -- IFormatHandler API methods -- 
     90 
     91  /* @see loci.formats.IFormatHandler#close() */ 
     92  public void close() throws IOException { 
     93    super.close(); 
     94    files = null; 
    8795  } 
    8896 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.