Changeset 3379


Ignore:
Timestamp:
11/16/07 14:27:04 (12 years ago)
Author:
curtis
Message:

Move native code to libs folder; update build script.

Location:
trunk
Files:
1 added
2 edited
2 moved

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/build.properties

    r3347 r3379  
    1515dist.dir    = ${build.dir}/dist 
    1616 
     17# external libraries to include in compile-time classpath 
    1718ext.jars = jar/AppleJavaExtensions.jar:\ 
    18            jar/bufr-1.1.00.jar:\ 
    1919           jar/checkstyle-all-4.2.jar:\ 
    20            jar/commons-httpclient-2.0-rc2.jar:\ 
    21            jar/commons-logging.jar:\ 
    2220           jar/forms-1.0.4.jar:\ 
    23            jar/grib-5.1.03.jar:\ 
    2421           jar/ij.jar:\ 
    25            jar/jai_imageio.jar:\ 
    26            jar/junit.jar:\ 
    2722           jar/lma.jar:\ 
    2823           jar/looks-1.2.2.jar:\ 
    29            jar/mdbtools-java.jar:\ 
    30            jar/netcdf-4.0.jar:\ 
    3124           jar/ome-java.jar:\ 
    3225           jar/poi-loci.jar:\ 
    33            jar/slf4j-jdk14.jar:\ 
    34            jar/testng-5.6-jdk14.jar:\ 
    35            jar/visad-lite.jar:\ 
    36            jar/xmlrpc-1.2-b1.jar 
     26           jar/visad-lite.jar 
    3727 
    38 ignore.source = loci/visbio/samples/** 
     28# files to avoid copying into the build source tree 
     29ignore.source = **/*.class \ 
     30                loci/visbio/samples/** 
    3931 
     32# copyright strings to use when generating javadocs 
    4033copyright.begin = <i>Copyright &#169; 
    4134copyright.end   = Laboratory for Optical and Computational Instrumentation</i> 
    4235 
    43 ### Tools ### 
     36# OME Java: helper libraries for network communication 
     37libs.omejava = commons-httpclient-2.0-rc2.jar \ 
     38               commons-logging.jar \ 
     39               xmlrpc-1.2-b1.jar 
     40 
     41# Bio-Formats: helper libraries for various file formats and codecs 
     42libs.bioformats = bufr-1.1.00.jar \ 
     43                  clibwrapper_jiio.jar \ 
     44                  grib-5.1.03.jar \ 
     45                  jai_imageio.jar \ 
     46                  mdbtools-java.jar \ 
     47                  netcdf-4.0.jar \ 
     48                  poi-loci.jar \ 
     49                  QTJava.zip \ 
     50                  slf4j-jdk14.jar 
     51 
     52### LOCI Tools bundle ### 
    4453 
    4554tools.jar         = loci_tools.jar 
     
    4756tools.dir         = ${build.dir}/tools 
    4857tools.libraries   = bio-formats.jar \ 
    49                     bufr-1.1.00.jar \ 
    50                     commons-httpclient-2.0-rc2.jar \ 
    51                     commons-logging.jar \ 
     58                    ${libs.bioformats} \ 
     59                    ome-java.jar \ 
     60                    ${libs.omejava} \ 
    5261                    forms-1.0.4.jar \ 
    53                     grib-5.1.03.jar \ 
    54                     jai_imageio.jar \ 
    5562                    loci_plugins.jar \ 
    56                     mdbtools-java.jar \ 
    57                     netcdf-4.0.jar \ 
    58                     ome-java.jar \ 
    59                     ome-notes.jar \ 
    60                     poi-loci.jar \ 
    61                     slf4j-jdk14.jar \ 
    62                     xmlrpc-1.2-b1.jar 
     63                    ome-notes.jar 
    6364 
    6465### Bio-Formats ### 
     
    6768formats.main      = loci.formats.gui.ImageViewer 
    6869formats.source    = loci/formats/**/*.java 
    69 formats.exclude   = loci/formats/auto/** 
    70 formats.classpath = bufr-1.1.00.jar \ 
    71                     grib-5.1.03.jar \ 
     70formats.exclude   = loci/formats/auto/** \ 
     71                    loci/formats/test/** 
     72formats.classpath = ${libs.bioformats} \ 
    7273                    ij.jar \ 
    73                     jai_imageio.jar \ 
    74                     mdbtools-java.jar \ 
    75                     netcdf-4.0.jar \ 
    76                     ome-java.jar \ 
    77                     poi-loci.jar \ 
    78                     QTJava.zip \ 
    79                     slf4j-jdk14.jar 
     74                    ome-java.jar 
    8075formats.files     = loci/formats/** 
    8176formats.resources = loci/formats/*.txt 
     
    8782visbio.source     = loci/visbio/**/*.java \ 
    8883                    loci/ome/util/**/*.java 
    89 visbio.classpath  = bio-formats.jar \ 
    90                     bufr-1.1.00.jar \ 
    91                     commons-httpclient-2.0-rc2.jar \ 
    92                     commons-logging.jar \ 
     84visbio.classpath  = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
     85                    ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
    9386                    forms-1.0.4.jar \ 
    94                     grib-5.1.03.jar \ 
    9587                    ij.jar \ 
    96                     jai_imageio.jar \ 
    9788                    looks-1.2.2.jar \ 
    98                     mdbtools-java.jar \ 
    99                     netcdf-4.0.jar \ 
    100                     ome-java.jar \ 
    101                     poi-loci.jar \ 
    102                     QTJava.zip \ 
    103                     slf4j-jdk14.jar \ 
    104                     visad-lite.jar \ 
    105                     xmlrpc-1.2-b1.jar 
     89                    visad-lite.jar 
    10690visbio.files      = loci/visbio/** \ 
    10791                    loci/ome/util/**/* 
     
    151135notes.main      = loci.ome.notes.Notes 
    152136notes.source    = loci/ome/notes/**/*.java 
    153 notes.classpath = bio-formats.jar \ 
    154                   bufr-1.1.00.jar \ 
    155                   commons-httpclient-2.0-rc2.jar \ 
    156                   commons-logging.jar \ 
     137notes.classpath = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
     138                  ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
    157139                  forms-1.0.4.jar \ 
    158                   grib-5.1.03.jar \ 
    159                   ij.jar \ 
    160                   jai_imageio.jar \ 
    161                   mdbtools-java.jar \ 
    162                   netcdf-4.0.jar \ 
    163                   ome-java.jar \ 
    164                   poi-loci.jar \ 
    165                   QTJava.zip \ 
    166                   slf4j-jdk14.jar \ 
    167                   xmlrpc-1.2-b1.jar 
     140                  ij.jar 
    168141notes.files     = loci/ome/notes/** 
    169142notes.resources = loci/ome/notes/templates/* \ 
     
    176149editor.source    = loci/ome/editor/**/*.java \ 
    177150                   loci/ome/viewer/**/*.java 
    178 editor.classpath = bio-formats.jar \ 
    179                    bufr-1.1.00.jar \ 
    180                    commons-httpclient-2.0-rc2.jar \ 
    181                    commons-logging.jar \ 
     151editor.classpath = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
     152                   ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
    182153                   forms-1.0.4.jar \ 
    183                    grib-5.1.03.jar \ 
    184                    ij.jar \ 
    185                    jai_imageio.jar \ 
    186                    mdbtools-java.jar \ 
    187                    netcdf-4.0.jar \ 
    188                    ome-java.jar \ 
    189                    poi-loci.jar \ 
    190                    QTJava.zip \ 
    191                    slf4j-jdk14.jar \ 
    192                    xmlrpc-1.2-b1.jar 
     154                   ij.jar 
    193155editor.files     = loci/ome/editor/** \ 
    194156                   loci/ome/viewer/** 
  • trunk/build.xml

    r3347 r3379  
    1212    JAR file:      bio-formats.jar 
    1313    Folders:       loci/formats 
    14                    loci/formats/* (except loci/formats/auto) 
     14                   loci/formats/* (except auto and test) 
    1515    Main class:    loci.formats.ImageViewer 
    16     Dependencies:  jai_imageio.jar (reflected) 
     16    Dependencies:  bufr-1.1.00.jar (reflected) 
     17                   clibwrapper_jiio.jar (reflected) 
     18                   grib-5.1.03.jar (reflected) 
     19                   jai_imageio.jar (reflected) 
    1720                   mdbtools-java.jar (reflected) 
    18                    ome-java.jar (reflected) 
     21                   netcdf-4.0.jar (reflected) 
     22                   ome-java.jar (reflected, except in loci/formats/ome) 
    1923                   poi-loci.jar (reflected) 
    20                    grib-5.1.03.jar (reflected) 
    21                    bufr-1.1.00.jar (reflected) 
    2224                   slf4j-jdk14.jar (reflected) 
    23                    netcdf-4.0.jar (reflected) 
    2425    Targets:       style-formats 
    2526                   compile-formats 
     
    3334    Main class:    loci.visbio.VisBio 
    3435    Dependencies:  bio-formats.jar 
     36                   bufr-1.1.00.jar (bio-formats.jar) 
     37                   clibwrapper_jiio.jar (bio-formats.jar) 
    3538                   commons-httpclient-2.0-rc2.jar (ome-java.jar) 
    3639                   commons-logging.jar (ome-java.jar) 
    3740                   forms-1.0.4.jar 
     41                   grib-5.1.03.jar (bio-formats.jar) 
    3842                   ij.jar 
    3943                   jai_imageio.jar (bio-formats.jar) 
    4044                   looks-1.2.2.jar 
    4145                   mdbtools-java.jar (bio-formats.jar) 
     46                   netcdf-4.0.jar (bio-formats.jar) 
    4247                   ome-java.jar 
    4348                   poi-loci.jar (bio-formats.jar) 
    44                    grib-5.1.03.jar (bio-formats.jar) 
    45                    bufr-1.1.00.jar (bio-formats.jar) 
    4649                   slf4j-jdk14.jar (bio-formats.jar) 
    47                    netcdf-4.0.jar (bio-formats.jar) 
    4850                   visad-lite.jar 
    4951                   xmlrpc-1.2-b1.jar (ome-java.jar) 
     
    6365                   loci/ome/util 
    6466    Main class:    loci.plugins.About 
    65     IJ plugins:    loci.plugins.browser.LociDataBrowser 
     67    IJ plugins:    loci.plugins.Colorizer 
     68                   loci.plugins.LociExporter 
     69                   loci.plugins.LociFunctions 
    6670                   loci.plugins.LociImporter 
    67                    loci.plugins.LociExporter 
    6871                   loci.plugins.LociUploader 
    69                    loci.plugins.ome.OMEPlugin 
     72                   loci.plugins.Slicer 
    7073    Dependencies:  bio-formats.jar 
     74                   bufr-1.1.00.jar (bio-formats.jar) 
     75                   clibwrapper_jiio.jar (bio-formats.jar) 
    7176                   commons-httpclient-2.0-rc2.jar (ome-java.jar) 
    7277                   commons-logging.jar (ome-java.jar) 
     78                   grib-5.1.03.jar (bio-formats.jar) 
    7379                   jai_imageio.jar (bio-formats.jar) 
    7480                   mdbtools-java.jar (bio-formats.jar) 
     81                   netcdf-4.0.jar (bio-formats.jar) 
    7582                   ome-java.jar (bio-formats.jar) 
    7683                   poi-loci.jar (bio-formats.jar) 
    77                    grib-5.1.03.jar (bio-formats.jar) 
    78                    bufr-1.1.00.jar (bio-formats.jar) 
    7984                   slf4j-jdk14.jar (bio-formats.jar) 
    80                    netcdf-4.0.jar (bio-formats.jar) 
    8185                   xmlrpc-1.2-b1.jar (ome-java.jar) 
    8286    Targets:       style-plugins 
     
    9094    Main class:    loci.ome.notes.Notes 
    9195    Dependencies:  bio-formats.jar 
     96                   bufr-1.1.00.jar (bio-formats.jar) 
     97                   clibwrapper_jiio.jar (bio-formats.jar) 
    9298                   commons-httpclient-2.0-rc2.jar (ome-java.jar) 
    9399                   commons-logging.jar (ome-java.jar) 
    94100                   forms-1.0.4.jar 
     101                   grib-5.1.03.jar (bio-formats.jar) 
    95102                   jai_imageio.jar (bio-formats.jar) 
    96103                   mdbtools-java.jar (bio-formats.jar) 
     104                   netcdf-4.0.jar (bio-formats.jar) 
    97105                   ome-java.jar 
    98106                   poi-loci.jar (bio-formats.jar) 
    99                    grib-5.1.03.jar (bio-formats.jar) 
    100                    bufr-1.1.00.jar (bio-formats.jar) 
    101107                   slf4j-jdk14.jar (bio-formats.jar) 
    102                    netcdf-4.0.jar (bio-formats.jar) 
    103108                   xmlrpc-1.2-b1.jar (ome-java.jar) 
    104109    Targets:       style-notes 
    105110                   compile-notes 
    106111                   jar-notes 
    107     License:       LGPL 
    108  
    109 OME Metadata Editor 
    110     JAR file:      ome-editor.jar 
    111     Folders:       loci/ome/editor 
    112                    loci/ome/viewer 
    113     Main class:    loci.ome.editor.MetadataEditor 
    114     Dependencies:  bio-formats.jar 
    115                    commons-httpclient-2.0-rc2.jar (ome-java.jar) 
    116                    commons-logging.jar (ome-java.jar) 
    117                    forms-1.0.4.jar 
    118                    jai_imageio.jar (bio-formats.jar) 
    119                    mdbtools-java.jar (bio-formats.jar) 
    120                    ome-java.jar 
    121                    poi-loci.jar (bio-formats.jar) 
    122                    grib-5.1.03.jar (bio-formats.jar) 
    123                    bufr-1.1.00.jar (bio-formats.jar) 
    124                    slf4j-jdk14.jar (bio-formats.jar) 
    125                    netcdf-4.0.jar (bio-formats.jar) 
    126                    xmlrpc-1.2-b1.jar (ome-java.jar) 
    127     Targets:       style-editor 
    128                    compile-editor 
    129                    jar-editor 
    130112    License:       LGPL 
    131113 
     
    144126    License:       Public domain 
    145127 
     128OME Metadata Editor 
     129    JAR file:      ome-editor.jar 
     130    Folders:       loci/ome/editor 
     131                   loci/ome/viewer 
     132    Main class:    loci.ome.editor.MetadataEditor 
     133    Dependencies:  bio-formats.jar 
     134                   bufr-1.1.00.jar (bio-formats.jar) 
     135                   clibwrapper_jiio.jar (bio-formats.jar) 
     136                   commons-httpclient-2.0-rc2.jar (ome-java.jar) 
     137                   commons-logging.jar (ome-java.jar) 
     138                   forms-1.0.4.jar 
     139                   grib-5.1.03.jar (bio-formats.jar) 
     140                   jai_imageio.jar (bio-formats.jar) 
     141                   mdbtools-java.jar (bio-formats.jar) 
     142                   netcdf-4.0.jar (bio-formats.jar) 
     143                   ome-java.jar 
     144                   poi-loci.jar (bio-formats.jar) 
     145                   slf4j-jdk14.jar (bio-formats.jar) 
     146                   xmlrpc-1.2-b1.jar (ome-java.jar) 
     147    Targets:       style-editor 
     148                   compile-editor 
     149                   jar-editor 
     150    License:       LGPL 
     151 
    146152LOCI Checkstyle checks 
    147153    JAR file:      loci-checks.jar 
     
    160166    JAR file:  AppleJavaExtensions.jar 
    161167    URL:       http://developer.apple.com/samplecode/AppleJavaExtensions/ 
    162     Notes:     Required to compile VisBio on non-Mac OS X machines 
     168    Notes:     required to compile VisBio on non-Mac OS X machines 
    163169 
    164170Ant-Contrib 
    165171    JAR file:  ant-contrib-1.0b1.jar 
    166172    URL:       http://ant-contrib.sourceforge.net/ 
    167     Notes:     Used by tools target to iterate over JAR files ("for" task) 
     173    Notes:     used by tools target to iterate over JAR files ("for" task) 
    168174    License:   Apache 
    169175 
     
    171177    JAR file:  checkstyle-all-4.2.jar 
    172178    URL:       http://checkstyle.sourceforge.net/ 
    173     Notes:     Used by style targets to check source code style conventions 
     179    Notes:     used by style targets to check source code style conventions 
    174180    License:   LGPL 
    175181 
     
    177183    JAR file:  commons-httpclient-2.0-rc2.jar 
    178184    URL:       http://jakarta.apache.org/commons/httpclient/ 
    179     Notes:     Required for OME Java to communicate with OME servers 
     185    Notes:     required for OME Java to communicate with OME servers 
    180186    License:   Apache 
    181187 
     
    183189    JAR file:  commons-logging.jar 
    184190    URL:       http://jakarta.apache.org/commons/logging/ 
    185     Notes:     Used by OME Java 
     191    Notes:     used by OME Java 
    186192    License:   Apache 
    187193 
     
    189195    JAR file:  forms-1.0.4.jar 
    190196    URL:       http://www.jgoodies.com/freeware/forms/index.html 
    191     Notes:     Used for layout by VisBio, 4D Data Browser and OME Notes 
     197    Notes:     used for layout by VisBio, 4D Data Browser and OME Notes 
    192198    License:   BSD 
    193199 
     
    195201    JAR file:  ij.jar 
    196202    URL:       http://rsb.info.nih.gov/ij/ 
    197     Notes:     Bundled with VisBio to achieve ImageJ interconnectivity 
     203    Notes:     used by LOCI plugins for ImageJ; 
     204               bundled with VisBio to achieve ImageJ interconnectivity 
    198205    License:   Public domain 
    199206 
    200207Java Advanced Imaging Image I/O Tools 
    201     JAR file:  jai_imageio.jar 
     208    JAR files: jai_imageio.jar, clibwrapper_jiio.jar 
    202209    URL:       https://jai-imageio.dev.java.net/ 
    203     Notes:     Used by Bio-Formats for JPEG2000 support (ND2, JP2) 
     210    Notes:     used by Bio-Formats via reflection for JPEG2000 support 
     211               (ND2, JP2) and lossless JPEG decompression (DICOM) 
    204212    License:   BSD 
     213 
     214JUnit 
     215    JAR file:  junit.jar 
     216    URL:       http://www.junit.org/ 
     217    Notes:     unit testing framework used for a few VisBio unit tests 
     218    License:   Common Public License 
    205219 
    206220JGoodies Looks 
    207221    JAR file:  looks-1.2.2.jar 
    208222    URL:       http://www.jgoodies.com/freeware/looks/index.html 
    209     Notes:     Used for a nicer Look & Feel by VisBio and OME Metadata Editor 
     223    Notes:     used for a nicer Look & Feel by VisBio and OME Metadata Editor 
    210224    License:   BSD 
    211225 
     
    214228    URLs:      http://mdbtools.sourceforge.net/ 
    215229               http://sourceforge.net/forum/message.php?msg_id=2550619 
    216     Notes:     Used by Bio-Formats for Zeiss LSM metadata in MDB database files 
     230    Notes:     used by Bio-Formats for Zeiss LSM metadata in MDB database files 
    217231    License:   LGPL 
    218232 
     
    225239 
    226240NetCDF 
    227     JAR files: netcdf-4.0.jar, grib-5.1.03.jar, bufr-1.1.00.jar, slf4j-jdk14.jar 
     241    JAR files: netcdf-4.0.jar, bufr-1.1.00.jar, grib-5.1.03.jar, slf4j-jdk14.jar 
    228242    URL:       http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf-java/ 
    229     Notes:     Used by Bio-Formats for HDF support (Imaris 5.5) 
     243    Notes:     used by Bio-Formats via reflection for HDF support (Imaris 5.5) 
    230244    License:   LGPL 
    231245 
     
    233247    JAR file:  ome-java.jar 
    234248    URL:       http://openmicroscopy.org/api/java/ 
    235     Notes:     Used by VisBio and the OME Plugin for ImageJ to connect to OME; 
    236                used by Bio-Formats and the OME Notes to work with OME-XML 
     249    Notes:     used by VisBio and the OME upload and download plugins for 
     250               ImageJ to connect to OME; 
     251               used by Bio-Formats and OME Notes to work with OME-XML 
    237252    License:   LGPL 
    238253 
     
    240255    JAR file:  poi-loci.jar 
    241256    URL:       http://jakarta.apache.org/poi/ 
    242     Notes:     Used by Bio-Formats for OLE support (OIB, ZVI, IPW); based on 
    243                poi-2.5.1-final-20040804.jar, with bugfixes so that OLE v2 works 
     257    Notes:     based on poi-2.5.1-final-20040804.jar, with bugfixes for OLE v2 
     258               and memory efficiency improvements; 
     259               used by Bio-Formats via reflection for OLE support 
     260               (CXD, IPW, OIB, ZVI); 
     261               used by VisBio overlays logic for XLS export feature 
    244262    License:   Apache 
    245263 
     
    247265    JAR file:  skinlf.jar 
    248266    URL:       http://skinlf.l2fprod.com/ 
    249     Notes:     Not used (may be used in the future for flexible skinning) 
     267    Notes:     not used (may be used in the future for flexible skinning) 
    250268    License:   Custom (BSD-like) 
     269 
     270TestNG 
     271    JAR file:  testng-5.6-jdk14.jar 
     272    URL:       http://testng.org/ 
     273    Notes:     testing framework used for Bio-Formats test suite 
     274    License:   Apache 
    251275 
    252276VisAD 
    253277    JAR file:  visad-lite.jar 
    254278    URL:       http://www.ssec.wisc.edu/~billh/visad.html 
    255     Notes:     Stripped down VisAD library used by VisBio and Slim Plotter 
     279    Notes:     stripped down VisAD library used by VisBio and Slim Plotter 
     280               for interactive visualization 
    256281    License:   LGPL 
    257282 
     
    259284    JAR file:  xmlrpc-1.2-b1.jar 
    260285    URL:       http://ws.apache.org/xmlrpc/ 
    261     Notes:     Required for OME Java to communicate with OME servers 
     286    Notes:     required for OME Java to communicate with OME servers 
    262287    License:   Apache 
    263288--> 
     
    316341    <for list="${tools.libraries}" param="jar" delimiter=" " trim="true"> 
    317342      <sequential> 
    318         <unjar src="${jar.dir}/@{jar}" dest="${tools.dir}"> 
    319           <patternset> 
    320             <exclude name="META-INF/**"/> 
    321           </patternset> 
    322         </unjar> 
     343        <property name="jar.present" value="false"/> 
     344        <available file="${jar.dir}/@{jar}" property="@{jar}.present"/> 
     345        <if> 
     346          <equals arg1="${@{jar}.present}" arg2="true" /> 
     347          <then> 
     348            <unjar src="${jar.dir}/@{jar}" dest="${tools.dir}"> 
     349              <patternset> 
     350                <exclude name="META-INF/**"/> 
     351              </patternset> 
     352            </unjar> 
     353          </then> 
     354        </if> 
    323355      </sequential> 
    324356    </for> 
     
    391423    <copy todir="${dest.dir}" preservelastmodified="true"> 
    392424      <fileset dir="${src.dir}" includes="loci/**" 
    393         excludes="**/*.class **/*.java **/*.config **/*.txt ${ignore.source}"/> 
     425        excludes="**/*.java **/*.config **/*.txt ${ignore.source}"/> 
    394426    </copy> 
    395427    <!-- copy source files with filtering --> 
     
    399431    <copy todir="${dest.dir}" filtering="true" preservelastmodified="true"> 
    400432      <fileset dir="${src.dir}" includes="loci/**" 
    401         excludes="**/*.class ${ignore.source}"/> 
     433        excludes="${ignore.source}"/> 
    402434    </copy> 
    403435  </target> 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.