Changeset 3413


Ignore:
Timestamp:
11/27/07 09:01:44 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Populate MetadataStore.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/TCSReader.java

    r3409 r3413  
    290290      Arrays.fill(core.indexed, tiffReaders[0].isIndexed()); 
    291291      Arrays.fill(core.falseColor, true); 
     292 
     293      MetadataStore store = getMetadataStore(); 
     294 
     295      for (int i=0; i<x.size(); i++) { 
     296        store.setImage((String) seriesNames.get(i), null, null, new Integer(i)); 
     297      } 
     298 
     299      FormatTools.populatePixels(store, this); 
     300 
     301      for (int i=0; i<x.size(); i++) { 
     302        for (int cc=0; cc<core.sizeC[i]; cc++) { 
     303          store.setLogicalChannel(cc, null, null, null, null, null, null, null, 
     304            null, null, null, null, null, null, null, null,  
     305            null, null, null, null, null, null, null, null, new Integer(i)); 
     306        } 
     307        store.setDimensions((Float) xcal.get(i), (Float) ycal.get(i), 
     308          (Float) zcal.get(i), null, null, new Integer(i)); 
     309      } 
    292310    } 
    293311    else { 
     
    296314      tiffReaders = new TiffReader[1]; 
    297315      tiffReaders[0] = new TiffReader(); 
     316      tiffReaders[0].setMetadataStore(getMetadataStore()); 
    298317      tiffReaders[0].setId(id); 
    299318      in = new RandomAccessStream(id); 
     
    384403      core = tiffReaders[0].getCoreMetadata(); 
    385404    } 
    386  
    387405  } 
    388406 
     
    426444      } 
    427445      else if (qName.equals("ChannelDescription")) { 
    428         String prefix = fullSeries + " - Channel " + count + " - "; 
     446        String prefix = "Channel " + count + " - "; 
     447        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     448          prefix = fullSeries + " - " + prefix; 
     449        } 
    429450        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    430451          addMeta(prefix + attributes.getQName(i), attributes.getValue(i)); 
     
    437458      } 
    438459      else if (qName.equals("DimensionDescription")) { 
    439         String prefix = fullSeries + " - Dimension " + count + " - "; 
     460        String prefix = "Dimension " + count + " - "; 
     461        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     462          prefix = fullSeries + " - " + prefix; 
     463        } 
    440464        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    441465          addMeta(prefix + attributes.getQName(i), attributes.getValue(i)); 
     
    469493        String key = attributes.getValue("Identifier") + " - " + 
    470494          attributes.getValue("Description"); 
    471         addMeta(fullSeries + " - " + key, attributes.getValue("Variant")); 
     495        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     496          key = fullSeries + " - " + key; 
     497        } 
     498        addMeta(key, attributes.getValue("Variant")); 
    472499      } 
    473500      else if (qName.equals("FilterSettingRecord")) { 
     
    481508      } 
    482509      else if (qName.equals("ATLConfocalSettingDefinition")) { 
    483         if (fullSeries.endsWith(" - Master sequential setting")) { 
    484           fullSeries = fullSeries.replaceAll(" - Master sequential setting", 
    485             " - Sequential Setting 0"); 
    486         } 
    487  
    488         if (fullSeries.indexOf(" - Sequential Setting ") == -1) { 
    489           fullSeries += " - Master sequential setting"; 
     510        if (fullSeries.endsWith("Master sequential setting")) { 
     511          fullSeries = fullSeries.replaceAll("Master sequential setting", 
     512            "Sequential Setting 0"); 
     513        } 
     514 
     515        /* debug */ System.out.println(fullSeries); 
     516        if (fullSeries.indexOf("Sequential Setting ") == -1) { 
     517          if (fullSeries.equals("")) fullSeries = "Master sequential setting"; 
     518          else fullSeries += " - Master sequential setting"; 
    490519        } 
    491520        else { 
    492           int ndx = fullSeries.indexOf(" - Sequential Setting ") + 22; 
     521          int ndx = fullSeries.indexOf("Sequential Setting ") + 19; 
    493522          int n = Integer.parseInt(fullSeries.substring(ndx)) + 1; 
    494523          fullSeries = fullSeries.substring(0, ndx) + String.valueOf(n); 
    495524        } 
    496         for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    497           addMeta(fullSeries + " - " + attributes.getQName(i), 
    498             attributes.getValue(i)); 
     525        String prefix = ""; 
     526        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     527          prefix = fullSeries + " - "; 
     528        } 
     529        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
     530          addMeta(prefix + attributes.getQName(i), attributes.getValue(i)); 
    499531        } 
    500532      } 
    501533      else if (qName.equals("Wheel")) { 
    502         String prefix = fullSeries + " - Wheel " + count + " - "; 
    503         for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    504           addMeta(prefix + " - " + attributes.getQName(i), 
    505             attributes.getValue(i)); 
     534        String prefix = "Wheel " + count + " - "; 
     535        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     536          prefix = fullSeries + " - " + prefix; 
     537        } 
     538        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
     539          addMeta(prefix + attributes.getQName(i), attributes.getValue(i)); 
    506540        } 
    507541        count++; 
    508542      } 
    509543      else if (qName.equals("WheelName")) { 
    510         String prefix = 
    511           fullSeries + " - Wheel " + (count - 1) + " - WheelName "; 
     544        String prefix = "Wheel " + (count - 1) + " - WheelName "; 
     545        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     546          prefix = fullSeries + " - " + prefix; 
     547        } 
    512548        int ndx = 0; 
    513549        while (getMeta(prefix + ndx) != null) ndx++; 
     
    515551      } 
    516552      else if (qName.equals("MultiBand")) { 
    517         String prefix = fullSeries + " - MultiBand Channel " + 
    518           attributes.getValue("Channel") + " - "; 
     553        String prefix = "MultiBand Channel " + attributes.getValue("Channel"); 
     554        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     555          prefix = fullSeries + " - " + prefix; 
     556        } 
    519557        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    520558          addMeta(prefix + " - " + attributes.getQName(i), 
     
    523561      } 
    524562      else if (qName.equals("LaserLineSetting")) { 
    525         String prefix = fullSeries + " - LaserLine " + 
    526           attributes.getValue("LaserLine") + " - "; 
     563        String prefix = "LaserLine " + attributes.getValue("LaserLine"); 
     564        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     565          prefix = fullSeries + " - " + prefix; 
     566        } 
    527567        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    528568          addMeta(prefix + " - " + attributes.getQName(i), 
     
    531571      } 
    532572      else if (qName.equals("Detector")) { 
    533         String prefix = fullSeries + " - Detector Channel "+ 
    534           attributes.getValue("Channel") + " - "; 
     573        String prefix = "Detector Channel " + attributes.getValue("Channel"); 
     574        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     575          prefix = fullSeries + " - " + prefix; 
     576        } 
    535577        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    536578          addMeta(prefix + " - " + attributes.getQName(i), 
     
    539581      } 
    540582      else if (qName.equals("Laser")) { 
    541         String prefix = fullSeries + " Laser " + 
    542           attributes.getValue("LaserName") + " - "; 
     583        String prefix = "Laser " + attributes.getValue("LaserName"); 
     584        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     585          prefix = fullSeries + " - " + prefix; 
     586        } 
    543587        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    544588          addMeta(prefix + " - " + attributes.getQName(i), 
     
    564608      } 
    565609      else if (qName.equals("ChannelScalingInfo")) { 
    566         String prefix = fullSeries + " - ChannelScalingInfo " + count + " - "; 
     610        String prefix = "ChannelScalingInfo " + count; 
     611        if (fullSeries != null && !fullSeries.equals("")) { 
     612          prefix = fullSeries + " - " + prefix; 
     613        } 
    567614        for (int i=0; i<attributes.getLength(); i++) { 
    568615          addMeta(prefix + " - " + attributes.getQName(i), 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.