Changeset 3477


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12/14/07 12:13:17 (12 years ago)
Author:
melissa
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Parse dimensions stored in ImageJ-style comment.

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  • trunk/loci/formats/in/TiffReader.java

    r3197 r3477  
    6868  protected void initStandardMetadata() throws FormatException, IOException { 
    6969    super.initStandardMetadata(); 
    70     String comment = (String) getMeta("Comment"); 
     70    String comment = TiffTools.getComment(ifds[0]); 
    7171 
    7272    status("Checking comment style"); 
     
    8080      put("ImageJ", nl < 0 ? comment.substring(7) : comment.substring(7, nl)); 
    8181      metadata.remove("Comment"); 
     82 
     83      core.sizeZ[0] = 1; 
     84      core.sizeC[0] = 1; 
     85      core.sizeT[0] = 1; 
     86 
     87      // parse ZCT sizes 
     88      StringTokenizer st = new StringTokenizer(comment, "\n"); 
     89      while (st.hasMoreTokens()) { 
     90        String token = st.nextToken(); 
     91        if (token.startsWith("channels=")) { 
     92          core.sizeC[0] = 
     93            Integer.parseInt(token.substring(token.indexOf("=") + 1)); 
     94        } 
     95        else if (token.startsWith("slices=")) { 
     96          core.sizeZ[0] = 
     97            Integer.parseInt(token.substring(token.indexOf("=") + 1)); 
     98        } 
     99        else if (token.startsWith("frames=")) { 
     100          core.sizeT[0] = 
     101            Integer.parseInt(token.substring(token.indexOf("=") + 1)); 
     102        } 
     103      } 
     104      if (core.sizeZ[0] * core.sizeT[0] * core.sizeC[0] == 1) { 
     105        core.sizeT[0] = core.imageCount[0]; 
     106      } 
     107      core.currentOrder[0] = "XYCZT"; 
    82108    } 
    83109 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.