Changeset 3479


Ignore:
Timestamp:
12/14/07 13:58:31 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Added hyperstack options to Slicer and Colorizer.

Location:
trunk/loci/plugins
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/plugins/Colorizer.java

    r3464 r3479  
    6666  private boolean merge; 
    6767  private boolean color; 
     68  private boolean hyperstack; 
    6869  private int colorNdx; 
    6970  private String mergeOption; 
     
    8889      gd.addChoice("Stack order", new String[] {"XYCZT", "XYCTZ", "XYZCT", 
    8990        "XYZTC", "XYTCZ", "XYTZC"}, "XYCZT"); 
     91      gd.addCheckbox("Open as HyperStack", false); 
    9092      gd.showDialog(); 
    9193 
     
    98100      color = gd.getNextBoolean(); 
    99101      stackOrder = gd.getNextChoice(); 
     102      hyperstack = gd.getNextBoolean(); 
    100103 
    101104      if (color) { 
     
    113116      colorNdx = Integer.parseInt(Macro.getValue(arg, "ndx", "0")); 
    114117      mergeOption = Macro.getValue(arg, "merge_option", null); 
     118      hyperstack = 
     119        new Boolean(Macro.getValue(arg, "hyper_stack", "false")).booleanValue(); 
    115120    } 
    116121 
     
    244249      } 
    245250      newImp.setCalibration(calibration); 
     251      if (IJ.getVersion().compareTo("1.39l") >= 0) { 
     252        newImp.setOpenAsHyperStack(hyperstack); 
     253      } 
    246254      newImp.show(); 
    247255    } 
  • trunk/loci/plugins/Importer.java

    r3478 r3479  
    564564            if (splitC || splitZ || splitT) { 
    565565              IJ.runPlugIn("loci.plugins.Slicer", "slice_z=" + splitZ + 
    566                 ", slice_c=" + splitC + ", slice_t=" + splitT + 
    567                 ", stack_order=" + stackOrder + ", keep_original=false"); 
     566                " slice_c=" + splitC + " slice_t=" + splitT + 
     567                " stack_order=" + stackOrder + " keep_original=false " + 
     568                "hyper_stack=" + options.isViewHyperstack() + " "); 
    568569            } 
    569570          } 
     
    655656    if (mergeChannels && options.isWindowless()) { 
    656657      IJ.runPlugIn("loci.plugins.Colorizer", "stack_order=" + stackOrder + 
    657         " merge=true merge_option=[" + options.getMergeOption() + "]"); 
     658        " merge=true merge_option=[" + options.getMergeOption() + "] " + 
     659        "hyper_stack=" + options.isViewHyperstack() + " "); 
    658660    } 
    659661    else if (mergeChannels) { 
    660662      IJ.runPlugIn("loci.plugins.Colorizer", "stack_order=" + stackOrder + 
    661         " merge=true "); 
     663        " merge=true hyper_stack=" + options.isViewHyperstack() + " "); 
    662664    } 
    663665 
     
    700702          IJ.runPlugIn("loci.plugins.Slicer", "slice_z=" + splitZ + 
    701703            " slice_c=" + splitC + " slice_t=" + splitT + 
    702             " stack_order=" + stackOrder + " keep_original=false"); 
     704            " stack_order=" + stackOrder + " keep_original=false " + 
     705            "hyper_stack=" + options.isViewHyperstack() + " "); 
    703706          if (colorize) { 
    704707            int[] openImages = WindowManager.getIDList(); 
     
    714717                IJ.runPlugIn("loci.plugins.Colorizer", 
    715718                  "stack_order=" + stackOrder + " merge=false colorize=true" + 
    716                   " ndx=" + (channel % 3) + " "); 
     719                  " ndx=" + (channel % 3) + " hyper_stack=" + 
     720                  options.isViewHyperstack() + " "); 
    717721              } 
    718722            } 
     
    721725        else if (colorize) { 
    722726          IJ.runPlugIn("loci.plugins.Colorizer", "stack_order=" + stackOrder + 
    723             " merge=false colorize=true ndx=0 "); 
     727            " merge=false colorize=true ndx=0 hyper_stack=" + 
     728            options.isViewHyperstack() + " "); 
    724729        } 
    725730      } 
  • trunk/loci/plugins/Slicer.java

    r3464 r3479  
    6262    String stackOrder = null; 
    6363    boolean keepOriginal = false; 
     64    boolean hyperstack = false; 
    6465 
    6566    if (arg == null || arg.trim().equals("")) { 
     
    7172      gd.addCheckbox("Split timepoints", false); 
    7273      gd.addCheckbox("Keep original stack", false); 
     74      gd.addCheckbox("Open as HyperStack", false); 
    7375      gd.addChoice("Stack order", new String[] {"XYCZT", "XYCTZ", "XYZCT", 
    7476        "XYZTC", "XYTCZ", "XYTZC"}, "XYCZT"); 
     
    8486      sliceT = gd.getNextBoolean(); 
    8587      keepOriginal = gd.getNextBoolean(); 
     88      hyperstack = gd.getNextBoolean(); 
    8689      stackOrder = gd.getNextChoice(); 
    8790    } 
     
    9295      keepOriginal = Boolean.parseBoolean(Macro.getValue(arg, 
    9396        "keep_original", "false")); 
     97      hyperstack = 
     98        Boolean.parseBoolean(Macro.getValue(arg, "hyper_stack", "false")); 
    9499      stackOrder = Macro.getValue(arg, "stack_order", "XYCZT"); 
    95100    } 
     
    151156        sliceT ? 1 : sizeT); 
    152157      p.setCalibration(calibration); 
     158      if (IJ.getVersion().compareTo("1.39l") >= 0) { 
     159        p.setOpenAsHyperStack(hyperstack); 
     160      } 
    153161      if (imp.getClass().equals(c) && !sliceC && 
    154162        Util.checkVersion("1.39l", Util.COMPOSITE_MSG)) 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.