Changeset 3831


Ignore:
Timestamp:
03/17/08 13:36:19 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

omeul now uploads the original file(s).

Location:
trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/ome/OMEWriter.java

    r3818 r3831  
    8989  private int planesWritten = 0; 
    9090 
     91  private String[] originalFiles; 
     92 
    9193  // -- Constructor -- 
    9294 
     
    187189    try { 
    188190      r.exec("im.startImport(exp)"); 
     191 
     192      r.setVar("IMAGE_CLASS", "org.openmicroscopy.ds.dto.Image"); 
     193      r.exec("IMAGE_CLASS = Class.forName(IMAGE_CLASS)"); 
     194      r.exec("img = df.createNew(IMAGE_CLASS)"); 
     195 
     196      // upload original files 
     197 
     198      if (originalFiles != null) { 
     199        r.exec("of = im.getOriginalFilesMEX()"); 
     200        for (int i=0; i<originalFiles.length; i++) { 
     201          r.setVar("file", new File(originalFiles[i])); 
     202          r.exec("ofile = pf.uploadFile(repository, of, file)"); 
     203        } 
     204        r.exec("df.updateMarked()"); 
     205        r.exec("of.setImage(img)"); 
     206      } 
    189207    } 
    190208    catch (ReflectException e) { 
     
    271289          metadataRetrieve.getImageDescription(series)); 
    272290 
    273         r.setVar("IMAGE_CLASS", "org.openmicroscopy.ds.dto.Image"); 
    274         r.exec("IMAGE_CLASS = Class.forName(IMAGE_CLASS)"); 
    275         r.exec("img = df.createNew(IMAGE_CLASS)"); 
    276291        r.exec("img.setOwner(exp)"); 
    277292        r.exec("img.setInserted(NOW)"); 
     
    283298        r.exec("ii = im.getImageImportMEX(img)"); 
    284299        r.exec("ii.setExperimenter(exp)"); 
     300        r.exec("df.updateMarked()"); 
    285301        r.exec("df.update(ii)"); 
    286302 
     
    326342 
    327343        r.setVar("FINISHED", "FINISHED"); 
     344 
     345        if (originalFiles != null) { 
     346          r.exec("of.setStatus(FINISHED)"); 
     347          r.exec("df.update(of)"); 
     348        } 
     349 
    328350        r.exec("ii.setStatus(FINISHED)"); 
    329351        r.exec("df.update(ii)"); 
     
    331353        r.exec("img.setDefaultPixels(pixels)"); 
    332354        r.exec("df.update(img)"); 
     355 
     356        r.exec("im.finishImport()"); 
    333357      } 
    334358      catch (ReflectException e) { 
     
    412436      throw new FormatException("Login failed", e); 
    413437    } 
     438  } 
     439 
     440  // -- OMEWriter API methods -- 
     441 
     442  public void setOriginalFiles(String[] filenames) { 
     443    originalFiles = filenames; 
    414444  } 
    415445 
     
    511541 
    512542    uploader.setMetadataRetrieve((MetadataRetrieve) reader.getMetadataStore()); 
     543    uploader.setOriginalFiles(reader.getUsedFiles()); 
    513544    uploader.setId(server + "?user=" + user + "&password=" + pass); 
    514545 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.