Changeset 3947


Ignore:
Timestamp:
04/17/08 10:15:24 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

OMEReader now extracts appropriate OriginalMetadata elements from the OME database.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/ome/OMEReader.java

    r3569 r3947  
    2727import java.awt.image.BufferedImage; 
    2828import java.io.*; 
     29import java.util.List; 
    2930import loci.formats.*; 
    3031import loci.formats.meta.MetadataStore; 
     
    212213      core.thumbSizeX[0] = ((Integer) r.getVar("thumbX")).intValue(); 
    213214      core.thumbSizeY[0] = ((Integer) r.getVar("thumbY")).intValue(); 
     215 
     216      // grab original metadata 
     217 
     218      r.setVar("IMG_ID", "image_id"); 
     219      r.setVar("NAME", "Name"); 
     220      r.setVar("VALUE", "Value"); 
     221      r.exec("c = new Criteria()"); 
     222      r.exec("c.addWantedField(ID)"); 
     223      r.exec("c.addWantedField(NAME)"); 
     224      r.exec("c.addWantedField(VALUE)"); 
     225      r.exec("c.addWantedField(IMG_ID)"); 
     226      r.exec("c.addFilter(IMG_ID, EQUALS, IMAGE_ID)"); 
     227      r.setVar("ORIGINAL_METADATA", "OriginalMetadata"); 
     228      r.exec("original = df.retrieveList(ORIGINAL_METADATA, c)"); 
     229 
     230      List l = (List) r.getVar("original"); 
     231      for (int i=0; i<l.size(); i++) { 
     232        r.setVar("index", i); 
     233        r.exec("v = original.get(index)"); 
     234        addMeta((String) r.exec("v.getStringElement(NAME)"), 
     235          (String) r.exec("v.getStringElement(VALUE)")); 
     236      } 
    214237    } 
    215238    catch (ReflectException e) { 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.