Changeset 3975 for branches/OMERO Writer


Ignore:
Timestamp:
04/24/08 11:57:58 (12 years ago)
Author:
allison
Message:

Revised saving options.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/OMERO Writer/src/loci/formats/ome/OMEROWriter.java

    r3964 r3975  
    7979import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
    8080 
    81  
     81import ome.formats.importer.*; 
    8282 
    8383 
     
    126126 
    127127            private static Log  log    = (Log) LogFactory.getLog(OMEROWriter.class); 
    128             //public enum Message {DISCONNECTED, CONNECTING, CONNECTED, 
    129             //    AUTH_ERROR, URL_ERROR, UNKNOWN_ERROR}");*/ 
    130  
    131              
    132             //private static Message connectionStatus = Message.DISCONNECTED; 
    133             //private OMEROMetadataStore store; 
     128 
    134129            /** OMERO service factory; all other services are retrieved from here. */ 
    135130            private static ServiceFactory sf; 
    136131            private static OMEROMetadataStore store; 
    137            
     132             
     133            private OMEROWrapper reader; 
     134             
     135             
     136            /** Flag indicating the current session is valid. */ 
     137            private boolean validLogin = false; 
    138138 
    139139          /** Authentication credentials. */ 
     
    230230                         throws FormatException, IOException 
    231231                                  { 
    232                                     //if (!hasOMEROJava) throw new FormatException(NO_OMERO_JAVA); 
    233                                     if (currentId != null && credentials == null) { 
    234                                       // parse the ID string to get the server, user name and password 
    235                                     } 
    236                                      
     232                                    if (!validLogin) { 
     233                                     // parse the ID string to get the server, user name and password 
     234                                 
     235                                      serverName = currentId.substring(0, currentId.lastIndexOf("?")); 
     236                                      int ndx = currentId.indexOf("&"); 
     237                                      if (currentId.indexOf("user") != -1) { 
     238                                        username = currentId.substring(currentId.lastIndexOf("?") + 6, ndx); 
     239                                                password = currentId.substring(ndx + 10); 
     240                                              } 
     241                                      else { 
     242                                        throw new FormatException("Invalid ID - must be of the form " + 
     243                                                  "<server>?user=<username>&password=<password>"); 
     244                                      } 
     245                                     // login(); 
     246 
     247                         
     248                         
     249                         
     250                         
     251                         
     252                         
     253                         
     254                         
     255                         
    237256                                  credentials.imageID = -1; 
    238257                                     
     
    308327                                             throw new FormatException(e); 
    309328                                          } 
     329                                    } 
    310330                                     
    311331                } 
     
    372392                return store; 
    373393            } 
    374 /* 
    375             public Message getConnectionStatus() 
    376             { 
    377                 return connectionStatus; 
    378             } 
    379           
    380 */         
     394  
    381395 
    382396           
     
    535549                    } 
    536550                    LogTools.println("Using server " + serverName + " as user " + username); 
    537                   login(); 
     551                  //login(); 
    538552                 
    539553                   
     
    548562      }); 
    549563       
    550        
    551564      uploader.setId(serverName + "?user=" + username + "&password=" + password); 
    552  
     565       
     566      try{ 
     567     // store= new OMEROMetadataStore(username, password, serverName, port); 
     568      }catch(Exception e) 
     569      { 
     570          System.out.println("Incorrect login info"); 
     571      } 
     572      System.out.println(":)"); 
     573       
    553574      FileStitcher reader = new FileStitcher(); 
    554       reader.setMetadataStore(MetadataTools.createOMEXMLMetadata()); 
     575      reader.setMetadataStore(new OMEROMetadataStore(username,password, serverName, port)); 
     576       
     577       
    555578      reader.setId(id); 
    556579      uploader.setMetadata((MetadataRetrieve) reader.getMetadataStore()); 
    557580      for (int i=0; i<reader.getImageCount(); i++) { 
    558         uploader.saveImage(reader.openImage(i), i == reader.getImageCount() - 1); 
    559       } 
    560       reader.close(); 
    561       uploader.close(); 
     581          uploader.saveImage(reader.openImage(i), i == reader.getImageCount() - 1); 
     582        } 
     583        reader.close(); 
     584        uploader.close(); 
     585       
     586 
    562587       
    563588 } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.