Changeset 4026 for branches/OMERO Writer


Ignore:
Timestamp:
05/08/08 16:14:48 (12 years ago)
Author:
allison
Message:

Progress on main method.

Location:
branches/OMERO Writer
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/OMERO Writer/.classpath

    r3946 r4026  
    44        <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/> 
    55        <classpathentry kind="lib" path="jar/spring-2.0.6.jar"/> 
    6         <classpathentry kind="lib" path="jar/ome-java-2007-Aug-07-r3052.jar"/> 
    76        <classpathentry kind="lib" path="jar/log4j-1.2.14.jar"/> 
    87        <classpathentry kind="lib" path="jar/jbosssx-4.2.1.GA.jar"/> 
     
    1817        <classpathentry kind="lib" path="jar/blitz-3.0-Beta2.3.jar"/> 
    1918        <classpathentry kind="lib" path="jar/bio-formats-internal.jar"/> 
     19        <classpathentry kind="lib" path="jar/ij.jar"/> 
     20        <classpathentry kind="lib" path="jar/ome-java-2007-Aug-07-r3052.jar"/> 
    2021        <classpathentry kind="output" path="bin"/> 
    2122</classpath> 
  • branches/OMERO Writer/src/loci/formats/ome/OMEROWriter.java

    r3975 r4026  
    4444import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
    4545 
    46 import loci.formats.MetadataStore; 
    4746import loci.formats.MetadataRetrieve; 
    48 import ome.util.*; 
    49  
    50  
    51  
    52  
    53 import java.io.PrintWriter; 
    54 import java.io.StringWriter; 
    55 import java.util.prefs.Preferences; 
    56  
    57 import javax.ejb.EJBAccessException; 
    58 import javax.swing.JOptionPane; 
    59  
    60 import ome.formats.OMEROMetadataStore; 
    61  
    62 import org.apache.commons.logging.Log; 
    63 import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
    64  
    65 //import ome.api.IPojos; 
    66 //import ome.model.core.Pixels; 
    67 //import ome.system.ServiceFactory; 
    68  
    69  
    70 //import components.bioformats-omero.src.omero.importer.engine; 
    71 //import java.util.concurrent.Executor; 
    72 //import java.util.concurrent.Executors; 
     47import loci.formats.MetadataTools; 
     48 
     49import java.text.SimpleDateFormat; 
     50import java.util.ArrayList; 
     51import java.util.Date; 
     52import java.util.List; 
     53 
     54import org.openmicroscopy.ds.st.Pixels; 
     55 
     56 
    7357 
    7458import loci.formats.*; 
     
    7660import loci.formats.ReflectedUniverse; 
    7761 
    78 import org.apache.commons.logging.Log; 
    79 import org.apache.commons.logging.LogFactory; 
     62 
    8063 
    8164import ome.formats.importer.*; 
     
    11093          private static String port; 
    11194           
     95          private static String imageName; 
     96           
    11297         // private Main         viewer; 
    11398 
     
    133118            private OMEROWrapper reader; 
    134119             
    135              
    136120            /** Flag indicating the current session is valid. */ 
    137121            private boolean validLogin = false; 
     
    143127          private String omeis; 
    144128 
    145           /** Number of planes written. */ 
    146           private int planesWritten = 0; 
    147129 
    148130          private MetadataRetrieve metadata; 
    149131           
    150           private static RawFileStore    rawFileStore; 
    151132          // -- Constructor -- 
    152133 
     
    202183           
    203184           
    204            
    205            
    206           //methods TODO 
     185         
    207186           
    208187 
     
    218197                    throws FormatException, IOException 
    219198                  { 
     199                          
     200                         
    220201                    byte[][] b = ImageTools.getPixelBytes(ImageTools.makeBuffered(image), 
    221                       !metadataRetrieve.getBigEndian(series).booleanValue()); 
     202                      !metadata.getBigEndian(series).booleanValue()); 
    222203                    for (int i=0; i<b.length; i++) { 
    223204                      saveBytes(b[i], series, lastInSeries && (i == b.length - 1), 
     
    243224                                                  "<server>?user=<username>&password=<password>"); 
    244225                                      } 
    245                                      // login(); 
    246  
    247                          
    248                          
    249                          
    250                          
    251                          
    252                          
    253                          
    254                          
     226                                    } 
     227                                    login(); 
     228 
    255229                         
    256230                                  credentials.imageID = -1; 
     231                                  MetadataTools.convertMetadata(metadata, store); 
     232                                   
     233                                Pixels p = (Pixels) store.getRoot(); 
     234                            p.getImage().setName(imageName); 
     235                            ArrayList<ome.model.core.Pixels> pixId = store.saveToDB(); 
     236                            //store.addPixelsToDataset(pixId, dataset); 
     237                                   
     238                        long timestampIn; 
     239                        long timestampOut; 
     240                        long timestampDiff; 
     241                        long timeInSeconds; 
     242                        long hours, minutes, seconds; 
     243                        Date date = null; 
     244                         
     245                      // record initial timestamp and record total running time for the import 
     246                        timestampIn = System.currentTimeMillis(); 
     247                        date = new Date(timestampIn); 
     248                        SimpleDateFormat formatter = new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd HH:mm"); 
     249                        String myDate = formatter.format(date); 
     250 
     251                             int i = 1; 
     252                            // int bytesPerPixel = getBytesPerPixel(reader.getPixelType()); 
     253                           //  byte[] arrayBuf = new byte[store.* sizeY * bytesPerPixel]; 
     254                                 reader.setSeries(series); 
     255                                 
     256                         List<Image> imageList = (List<Image>) store.getRoot(); 
     257                                ArrayList<ome.model.core.Pixels> pixelsList = store.saveToDB(); 
     258                         
     259                        for (Image image : imageList) 
     260                        { 
     261                           // store.addImageToDataset(image, dataset); 
     262                        } 
     263 
     264                              
    257265                                     
    258                                      
    259                               try { 
    260                                                 r.setVar("DATA_FACTORY_CLASS", "org.openmicroscopy.ds.DataFactory"); 
    261                                                 r.exec("DATA_FACTORY_CLASS = Class.forName(DATA_FACTORY_CLASS)"); 
    262                                                 r.setVar("PIXELS_FACTORY_CLASS", "org.openmicroscopy.is.PixelsFactory"); 
    263                                                 r.exec("PIXELS_FACTORY_CLASS = Class.forName(PIXELS_FACTORY_CLASS)"); 
    264                                                 r.setVar("IMPORT_MANAGER_CLASS", 
    265                                                   "org.openmicroscopy.ds.managers.ImportManager"); 
    266                                                 r.exec("IMPORT_MANAGER_CLASS = Class.forName(IMPORT_MANAGER_CLASS)"); 
    267                                                 r.exec("df = rs.getService(DATA_FACTORY_CLASS)"); 
    268                                                 r.exec("im = rs.getService(IMPORT_MANAGER_CLASS)"); 
    269                                                 r.exec("pf = rs.getService(PIXELS_FACTORY_CLASS)"); 
    270                                  
    271                                                 r.setVar("ID", "id"); 
    272                                                 r.setVar("EXPERIMENTER", "experimenter"); 
    273                                                 r.exec("fields = new FieldsSpecification()"); 
    274                                                 r.exec("fields.addWantedField(ID)"); 
    275                                                 r.exec("fields.addWantedField(EXPERIMENTER)"); 
    276                                                 r.exec("fields.addWantedField(EXPERIMENTER, ID)"); 
    277                                                 r.exec("userState = df.getUserState(fields)"); 
    278                                                 r.exec("exp = userState.getExperimenter()"); 
    279                                          
    280                                                 r.setVar("zero", 0l); 
    281                                                 r.setVar("omeis", omeis); 
    282                                                 r.exec("repository = pf.findRepository(zero)"); 
    283                                                 r.exec("repository.setImageServerURL(omeis)"); 
    284                                               } 
    285                                               catch (ReflectException e) { 
    286                                                 throw new FormatException(e); 
    287                                               } 
    288                                          
    289                                               if (metadataRetrieve == null) { 
    290                                                 throw new FormatException("Metadata store not specified."); 
    291                                           } 
    292                                              
    293                                      
    294                                     
    295                                     int x = metadataRetrieve.getPixelSizeX(series).intValue(); 
    296                                     int y = metadataRetrieve.getPixelSizeY(series).intValue(); 
    297                                     int z = metadataRetrieve.getPixelSizeZ(series).intValue(); 
    298                                     int c = metadataRetrieve.getPixelSizeC(series).intValue(); 
    299                                     int t = metadataRetrieve.getPixelSizeT(series).intValue(); 
    300                                     String order = metadataRetrieve.getDimensionOrder(series); 
    301                                     String pixelTypeString = metadataRetrieve.getPixelType(series); 
    302                                     int pixelType = FormatTools.pixelTypeFromString(pixelTypeString); 
    303                                     int bpp = FormatTools.getBytesPerPixel(pixelType); 
    304                                     boolean bigEndian = 
    305                                         metadataRetrieve.getBigEndian(series).booleanValue();  
    306                                      
    307                                      
    308                                      
    309                                     try { 
    310                                         r.exec("sessionKey = rc.getSessionKey()"); 
    311                                         r.exec("is = ImageServer.getHTTPImageServer(omeis, sessionKey)"); 
    312                                         if (credentials.imageID == -1) { 
    313                                                     r.setVar("x", x); 
    314                                                 r.setVar("y", y); 
    315                                                 r.setVar("z", z); 
    316                                                 r.setVar("c", c); 
    317                                                 r.setVar("t", t); 
    318                                                 r.setVar("bpp", bpp); 
    319                                                 r.setVar("bigEndian", bigEndian); 
    320                                                 r.setVar("float", pixelTypeString.equals("float")); 
    321                                                 r.setVar("pixelType", pixelTypeString); 
    322                                                 r.exec("pixelsId = is.newPixels(x, y, z, c, t, bpp, bigEndian, float)"); 
    323                                                 credentials.imageID = ((Long) r.getVar("pixelsId")).longValue(); 
    324                                               } 
    325                                           } 
    326                                           catch (ReflectException e) { 
    327                                              throw new FormatException(e); 
    328                                           } 
    329                                     } 
     266                                      
     267                                  close(); 
    330268                                     
    331269                } 
     
    334272          //methods done so far: 
    335273 
    336           public static void login() throws Exception 
     274          public static void login() throws FormatException 
    337275            { 
    338276 
     
    342280                if (port == null) throw new NullPointerException("port cannot be null"); 
    343281                if (serverName == null) throw new NullPointerException("server cannot be null"); 
    344                  
    345                 //notifyObservers(Message.CONNECTING); 
    346                  
    347                 
    348282                         
    349                  tryLogin(); 
     283                 try { 
     284                                tryLogin(); 
     285                        } catch (Exception e) { 
     286                                // TODO Auto-generated catch block 
     287                                e.printStackTrace(); 
     288                        } 
    350289                               // notifyObservers(connectionStatus); 
    351290                        
     
    369308                    // Instantiate our service factory 
    370309                    sf = new ServiceFactory(server, login); 
    371  
    372                     // Now initialize all our services 
    373                   //iQuery = sf.getQueryService(); 
    374                  // iUpdate = sf.getUpdateService(); 
    375                   // pservice = sf.createRawPixelsStore(); 
    376                   //rawFileStore = sf.createRawFileStore(); 
     310                    store = new OMEROMetadataStore(sf); 
    377311                     
    378                     //exp = iQuery.findByString(Experimenter.class, "omeroName", username); 
     312                    
    379313                } catch (Throwable t) 
    380314                { 
     
    402336            catch (ReflectException e) { } 
    403337            credentials = null; 
    404             planesWritten = 0; 
     338           //planesWritten = 0; 
    405339            metadata = null; 
    406340          } 
    407341           
    408            
    409            
    410            
    411            
     342   
    412343           
    413344          public void setMetadata(MetadataRetrieve meta) { 
     
    480411                        try { 
    481412                          if (param.equalsIgnoreCase("-s")) serverName = args[++i]; 
     413                          else if (param.equalsIgnoreCase("-a")) port = args[++i]; 
    482414                          else if (param.equalsIgnoreCase("-u")) username = args[++i]; 
    483415                          else if (param.equalsIgnoreCase("-p")) password = args[++i]; 
     
    515447                    if (id == null) doUsage = true; 
    516448                    if (doUsage) { 
    517                       LogTools.println("Usage: omeul [-s server.address] " + 
    518                         "[-u username] [-p password] filename"); 
     449                      LogTools.println("Usage: omero [-s server.address] " + 
     450                        "[-a port] [-u username] [-p password] filename"); 
    519451                      LogTools.println(); 
    520                       //System.exit(1); 
     452                      System.exit(1); 
    521453                    }              
    522454                   
     
    549481                    } 
    550482                    LogTools.println("Using server " + serverName + " as user " + username); 
    551                   //login(); 
     483                   
    552484                 
    553485                   
     
    565497       
    566498      try{ 
    567      // store= new OMEROMetadataStore(username, password, serverName, port); 
     499         login(); 
    568500      }catch(Exception e) 
    569501      { 
     
    573505       
    574506      FileStitcher reader = new FileStitcher(); 
    575       reader.setMetadataStore(new OMEROMetadataStore(username,password, serverName, port)); 
    576        
     507      //reader.setMetadataStore(MetadataTools.createOMEXMLMetadata()); 
     508      //reader.setMetadataStore(new OMEXMLMetadata()); 
    577509       
    578510      reader.setId(id); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.