Changeset 4027


Ignore:
Timestamp:
05/09/08 08:25:08 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Bug fixes.

Location:
trunk/loci/formats/in
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/DeltavisionReader.java

    r3854 r4027  
    293293    core.sizeC[0] = in.readShort(); 
    294294    addMeta("Number of wavelengths", new Integer(core.sizeC[0])); 
     295    if (core.sizeC[0] == 0) core.sizeC[0] = 1; 
     296    if (core.sizeT[0] == 0) core.sizeT[0] = 1; 
    295297    core.sizeZ[0] = core.imageCount[0] / (core.sizeC[0] * core.sizeT[0]); 
    296298    addMeta("Number of focal planes", new Integer(core.sizeZ[0])); 
  • trunk/loci/formats/in/LIFReader.java

    r3969 r4027  
    443443        Integer w = new Integer(attributes.getValue("NumberOfElements")); 
    444444        int id = Integer.parseInt(attributes.getValue("DimID")); 
    445         float size = Float.parseFloat(attributes.getValue("Length")); 
    446         if (size < 0) size *= -1; 
    447         size *= 1000000; 
    448         Float pixelSize = new Float(size / w.intValue()); 
    449445 
    450446        switch (id) { 
    451447          case 1: 
    452448            widths.add(w); 
    453             xcal.add(pixelSize); 
    454449            break; 
    455450          case 2: 
    456451            heights.add(w); 
    457             ycal.add(pixelSize); 
    458452            break; 
    459453          case 3: 
    460454            zs.add(w); 
    461             zcal.add(pixelSize); 
    462455            break; 
    463456          case 4: 
     
    525518        } 
    526519        else if (identifier.startsWith("dblVoxel")) { 
    527           if (identifier.endsWith("Z") && xcal.size() > zcal.size()) { 
    528             String size = attributes.getValue("Variant"); 
    529             float cal = Float.parseFloat(size) * 1000000; 
    530             zcal.add(new Float(cal)); 
    531           } 
     520          String size = attributes.getValue("Variant"); 
     521          float cal = Float.parseFloat(size) * 1000000; 
     522          if (identifier.endsWith("X")) xcal.add(new Float(cal)); 
     523          else if (identifier.endsWith("Y")) xcal.add(new Float(cal)); 
     524          else if (identifier.endsWith("Z")) zcal.add(new Float(cal)); 
    532525        } 
    533526      } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.