Changeset 4073


Ignore:
Timestamp:
05/28/08 09:46:45 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Preserve physical dimensions.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/out/ICSWriter.java

    r4070 r4073  
    2828import java.awt.image.*; 
    2929import java.io.*; 
     30import java.util.StringTokenizer; 
    3031import loci.formats.*; 
    3132import loci.formats.meta.MetadataRetrieve; 
     
    141142        out.writeBytes(((sizes[0] / 8) - i) + "\t"); 
    142143      } 
     144 
     145      out.writeBytes("\nparameter\tscale\t1.000000\t"); 
     146      StringTokenizer st = new StringTokenizer(dimOrder.toString(), "\t"); 
     147      StringBuffer units = new StringBuffer(); 
     148      while (st.hasMoreTokens()) { 
     149        String token = st.nextToken(); 
     150        Number value = null; 
     151        if (token.equals("x")) { 
     152          value = meta.getDimensionsPhysicalSizeX(0, 0); 
     153          units.append("micrometers\t"); 
     154        } 
     155        else if (token.equals("y")) { 
     156          value = meta.getDimensionsPhysicalSizeY(0, 0); 
     157          units.append("micrometers\t"); 
     158        } 
     159        else if (token.equals("z")) { 
     160          value = meta.getDimensionsPhysicalSizeZ(0, 0); 
     161          units.append("micrometers\t"); 
     162        } 
     163        else if (token.equals("t")) { 
     164          value = meta.getDimensionsTimeIncrement(0, 0); 
     165          units.append("seconds\t"); 
     166        } 
     167        else if (token.equals("ch")) { 
     168          value = meta.getDimensionsWaveIncrement(0, 0); 
     169          units.append("nm\t"); 
     170        } 
     171        if (value == null) out.writeBytes("1.000000\t"); 
     172        else out.writeBytes(value + "\t"); 
     173      } 
     174 
     175      out.writeBytes("\nparameter\tunits\tbits\t" + units.toString() + "\n"); 
    143176      out.writeBytes("\nend\n"); 
    144177    } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.