Changeset 4115


Ignore:
Timestamp:
06/16/08 07:46:08 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Fixed dimension order for RGB stacks.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/ICSReader.java

    r4048 r4115  
    342342    core.rgb[0] = layoutOrder.indexOf("ch") >= 0 && 
    343343      layoutOrder.indexOf("ch") < layoutOrder.indexOf("x"); 
     344    core.currentOrder[0] = "XY"; 
    344345 
    345346    // find axis sizes 
     
    361362      else if (orderToken.equals("z")) { 
    362363        core.sizeZ[0] = Integer.parseInt(imageToken); 
     364        core.currentOrder[0] += "Z"; 
    363365      } 
    364366      else if (orderToken.equals("ch")) { 
    365367        core.sizeC[0] = Integer.parseInt(imageToken); 
    366368        if (core.sizeC[0] > 4) core.rgb[0] = false; 
     369        core.currentOrder[0] += "C"; 
    367370      } 
    368371      else { 
    369372        core.sizeT[0] = Integer.parseInt(imageToken); 
    370       } 
     373        core.currentOrder[0] += "T"; 
     374      } 
     375    } 
     376 
     377    if (core.currentOrder[0].indexOf("Z") == -1) { 
     378      core.currentOrder[0] += "Z"; 
     379    } 
     380    if (core.currentOrder[0].indexOf("T") == -1) { 
     381      core.currentOrder[0] += "T"; 
     382    } 
     383    if (core.currentOrder[0].indexOf("C") == -1) { 
     384      core.currentOrder[0] += "C"; 
    371385    } 
    372386 
     
    443457    // populate Pixels element 
    444458 
    445     String o = layoutOrder; 
    446     o = o.trim(); 
    447     o = o.substring(o.indexOf("x")).trim(); 
    448     char[] tempOrder = new char[(o.length() / 2) + 1]; 
    449     int pt = 0; 
    450     for (int i=0; i<o.length(); i+=2) { 
    451       tempOrder[pt] = o.charAt(i); 
    452       pt++; 
    453     } 
    454     o = new String(tempOrder).toUpperCase().trim(); 
    455     if (o.indexOf("Z") == -1) o = o + "Z"; 
    456     if (o.indexOf("T") == -1) o = o + "T"; 
    457     if (o.indexOf("C") == -1) o = o + "C"; 
    458  
    459459    String fmt = rFormat; 
    460460 
     
    482482    } 
    483483 
    484     core.currentOrder[0] = o.trim(); 
    485  
    486484    MetadataTools.populatePixels(store, this); 
    487485 
    488486    String pixelSizes = scale; 
    489     o = layoutOrder; 
     487    String o = layoutOrder; 
    490488    if (pixelSizes != null) { 
    491489      StringTokenizer pixelSizeTokens = new StringTokenizer(pixelSizes); 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.