Changeset 4161


Ignore:
Timestamp:
07/03/08 08:47:35 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Populate WellSample Index.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/InCellReader.java

    r4146 r4161  
    6060  private int totalImages; 
    6161  private String creationDate; 
     62 
     63  private int wellRows, wellCols; 
     64  private Vector rows, cols; 
    6265 
    6366  // -- Constructor -- 
     
    145148    exWaves = new Vector(); 
    146149    timings = new Vector(); 
     150 
     151    rows = new Vector(); 
     152    cols = new Vector(); 
    147153 
    148154    byte[] b = new byte[(int) in.length()]; 
     
    208214        store.setPlaneTimingExposureTime(new Float(0), i, 0, q); 
    209215      } 
     216      store.setWellSampleIndex(new Integer(i), 0, i, 0); 
    210217    } 
    211218 
     
    287294      else if (qName.equals("Plate")) { 
    288295        store.setPlateName(attributes.getValue("name"), nextPlate); 
    289         int rows = Integer.parseInt(attributes.getValue("rows")); 
    290         int cols = Integer.parseInt(attributes.getValue("columns")); 
    291  
    292         for (int r=0; r<rows; r++) { 
    293           for (int c=0; c<cols; c++) { 
    294             store.setWellRow(new Integer(r), nextPlate, r*cols + c); 
    295             store.setWellColumn(new Integer(c), nextPlate, r*cols + c); 
     296        wellRows = Integer.parseInt(attributes.getValue("rows")); 
     297        wellCols = Integer.parseInt(attributes.getValue("columns")); 
     298 
     299        for (int r=0; r<wellRows; r++) { 
     300          for (int c=0; c<wellCols; c++) { 
     301            store.setWellRow(new Integer(r), nextPlate, r*wellCols + c); 
     302            store.setWellColumn(new Integer(c), nextPlate, r*wellCols + c); 
    296303          } 
    297304        } 
    298305        nextPlate++; 
    299306      } 
     307      else if (qName.equals("Row")) { 
     308        rows.add(new Integer(attributes.getValue("number"))); 
     309      } 
     310      else if (qName.equals("Column")) { 
     311        cols.add(new Integer(attributes.getValue("number"))); 
     312      } 
    300313    } 
    301314  } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.