Changeset 4176


Ignore:
Timestamp:
07/09/08 10:41:53 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

Fixed a couple of offset bugs in mdbtools - the constituent MDB files in Olympus APL datasets are now parsed correctly.

Location:
trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/MDBParser.java

    r4048 r4176  
    102102      int num = ((Integer) r.getVar("mdb.num_catalog")).intValue(); 
    103103 
     104      r.setVar("c", (List) r.getVar("mdb.catalog")); 
     105 
    104106      for (int i=0; i<num; i++) { 
    105         r.setVar("c", (List) r.getVar("mdb.catalog")); 
    106107        r.setVar("i", i); 
    107108        r.exec("entry = c.get(i)"); 
     
    121122            r.exec("Table.mdb_read_columns(table)"); 
    122123          } 
    123           catch (ReflectException e) { break; } 
    124           r.exec("Data.mdb_rewind_table(table)"); 
     124          catch (ReflectException e) { 
     125            e.printStackTrace(); 
     126            break; 
     127          } 
     128          //r.exec("Data.mdb_rewind_table(table)"); 
    125129 
    126130          r.setVar("numCols", 
     
    130134 
    131135          for (int j=0; j<numCols; j++) { 
    132             r.setVar("j", j); 
    133136            r.exec("blah = new Holder()"); 
    134137            r.setVar("l", j + 1); 
     
    145148            moreRows = ((Boolean) r.getVar("moreRows")).booleanValue(); 
    146149          } 
    147           catch (ReflectException e) { moreRows = false; } 
     150          catch (ReflectException e) { 
     151            moreRows = false; 
     152            e.printStackTrace(); 
     153          } 
    148154 
    149155          while (moreRows) { 
     
    160166              moreRows = ((Boolean) r.getVar("moreRows")).booleanValue(); 
    161167            } 
    162             catch (ReflectException e) { moreRows = false; } 
     168            catch (ReflectException e) { 
     169              moreRows = false; 
     170            } 
    163171          } 
    164172 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.