Changeset 4190


Ignore:
Timestamp:
07/11/08 11:17:24 (12 years ago)
Author:
melissa
Message:

A couple of fixes to SPW population.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/formats/in/InCellReader.java

    r4183 r4190  
    6161  private int totalImages; 
    6262  private String creationDate; 
     63  private int startRow, startCol; 
    6364 
    6465  private int wellRows, wellCols; 
     
    197198    Arrays.fill(core.currentOrder, "XYZCT"); 
    198199 
     200    for (int i=0; i<wellCoordinates.size(); i++) { 
     201      int row = (int) ((Point) wellCoordinates.get(i)).x - startRow; 
     202      int col = (int) ((Point) wellCoordinates.get(i)).y - startCol; 
     203      store.setWellSampleIndex(new Integer(i), 0, row*wellCols + col, 0); 
     204    } 
     205 
    199206    int nextTiming = 0; 
    200207    for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
     
    208215      store.setImageName("", i); 
    209216      store.setImageCreationDate(creationDate, i); 
    210       for (int q=0; q<emWaves.size(); q++) { 
    211         store.setLogicalChannelEmWave((Integer) emWaves.get(q), i, q); 
    212         store.setLogicalChannelExWave((Integer) exWaves.get(q), i, q); 
    213       } 
    214217      for (int q=0; q<core.imageCount[i]; q++) { 
    215218        store.setPlaneTimingDeltaT((Float) timings.get(nextTiming++), i, 0, q); 
     
    220223        store.setPlaneTimingExposureTime(new Float(0), i, 0, q); 
    221224      } 
    222       int row = (int) ((Point) wellCoordinates.get(i)).x; 
    223       int col = (int) ((Point) wellCoordinates.get(i)).y; 
    224       store.setWellSampleIndex(new Integer(i), 0, row*wellCols + col, 0); 
    225225    } 
    226226 
    227227    MetadataTools.populatePixels(store, this); 
     228 
     229    for (int i=0; i<seriesCount; i++) { 
     230      for (int q=0; q<emWaves.size(); q++) { 
     231        store.setLogicalChannelEmWave((Integer) emWaves.get(q), i, q); 
     232        store.setLogicalChannelExWave((Integer) exWaves.get(q), i, q); 
     233      } 
     234    } 
    228235  } 
    229236 
     
    309316      } 
    310317      else if (qName.equals("Plate")) { 
    311         store.setPlateName(attributes.getValue("name"), nextPlate); 
     318        store.setPlateName(new Location(getCurrentFile()).getName(), nextPlate); 
    312319        wellRows = Integer.parseInt(attributes.getValue("rows")); 
    313320        wellCols = Integer.parseInt(attributes.getValue("columns")); 
     
    327334        currentCol = Integer.parseInt(attributes.getValue("number")); 
    328335      } 
     336      else if (qName.equals("NamingRows")) { 
     337        String row = attributes.getValue("begin"); 
     338        try { 
     339          startRow = Integer.parseInt(row); 
     340        } 
     341        catch (NumberFormatException e) { 
     342          startRow = row.charAt(0) - 'A' + 1; 
     343        } 
     344      } 
     345      else if (qName.equals("NamingColumns")) { 
     346        String col = attributes.getValue("begin"); 
     347        try { 
     348          startCol = Integer.parseInt(col); 
     349        } 
     350        catch (NumberFormatException e) { 
     351          startCol = col.charAt(0) - 'A' + 1; 
     352        } 
     353      } 
    329354    } 
    330355  } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.