Changeset 4217


Ignore:
Timestamp:
07/21/08 16:54:38 (12 years ago)
Author:
curtis
Message:

Add calls to NOR's new curve fitting code (commented out for now).

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/loci/slim/SlimPlotter.java

    r4215 r4217  
    12941294        equation.append("c"); 
    12951295        log("Computing fit parameters: " + equation.toString()); 
     1296        int[] data = new int[num]; 
    12961297        for (int c=0, cc=0; c<channels; c++) { 
    12971298          if (!cVisible[c]) { 
     
    13001301          } 
    13011302          log("\tChannel #" + (c + 1) + ":"); 
     1303 
     1304          /* 
     1305          // CTR - BEGIN NOR CODE 
     1306          GACurveFitter fitter = new GACurveFitter(); 
     1307          for (int i=0; i<num; i++) { 
     1308            data[i] = (int) samps[timeBins * cc + maxPeak + i]; 
     1309          } 
     1310          fitter.setDegrees(numExp); 
     1311          fitter.setData(data); 
     1312          fitter.estimate(); 
     1313          for (int i=0; i<1500; i++) fitter.iterate(); 
     1314          double[][] results = fitter.getCurve(); 
     1315          log("\t\tchi2=" + fitter.getReducedChiSquaredError()); 
     1316          for (int i=0; i<numExp; i++) { 
     1317            int e = 3 * i; 
     1318            log("\t\ta" + (i + 1) + "=" + 
     1319              (100 * results[i][e] / maxVals[cc]) + "%"); 
     1320            tau[c][i] = binsToPico((float) (1 / results[i][e + 1])); 
     1321            log("\t\t" + TAU + (i + 1) + "=" + tau[c][i] + " ps"); 
     1322            log("\t\tc=" + results[i][e + 2]); 
     1323          } 
     1324          fitResults[c] = fitter.getCurve()[0]; 
     1325          // CTR - END LMA CODE 
     1326          */ 
     1327 
     1328          // CTR - BEGIN LMA CODE 
    13021329          System.arraycopy(samps, timeBins * cc + maxPeak, yVals, 0, num); 
    13031330          LMA lma = null; 
     
    13241351          log("\t\tc=" + lma.parameters[2 * numExp]); 
    13251352          fitResults[c] = lma.parameters; 
     1353          // CTR - END LMA CODE 
     1354 
    13261355          setProgress(progress, ++p); 
    13271356          cc++; 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.