Ignore:
Timestamp:
07/31/08 12:19:06 (12 years ago)
Author:
curtis
Message:

Reorganize some packages:

  • Move OME/OMERO database connectivity layer out of Bio-Formats package, into separate OME I/O library in loci.ome.io package.
  • Move OME-related plugins out of LOCI plugins and into new OME plugins in loci.plugins.ome subpackage. Still needs some cleanup, but should work.
  • Move OME database plugins out of LOCI Tools bundle and into a separate OME Tools bundle (which requires the LOCI Tools bundle to function). This change reduces the file size of loci_tools.jar by over 50%.
  • Rename some classes in loci.plugins to make more sense.
  • Begin work on making some logic in LOCI Plugins more modular. Not yet complete, and virtual stacks are broken at the moment.
  • Update the build scripts to reflect all these changes.
  • Miscellaneous package cleanup.
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/build.properties

    r4258 r4265  
    33# 
    44 
    5 # Properties file for use with build.xml. 
     5# Ant properties file for use with LOCI Software build.xml. 
     6# Download Apache Ant from http://ant.apache.org/. 
     7# Type "ant -p" for a list of targets. 
    68 
    79### Globals ### 
     
    2022           jar/forms-1.0.4.jar:\ 
    2123           jar/ij.jar:\ 
     24           jar/jbossall-client-4.2.1.GA.jar:\ 
    2225           jar/junit.jar:\ 
    2326           jar/lma.jar:\ 
    2427           jar/looks-1.2.2.jar:\ 
    2528           jar/ome-java.jar:\ 
     29           jar/omero-client-3.0-Beta3.jar:\ 
    2630           jar/omero-common-3.0-Beta3.jar:\ 
    27            jar/omero-client-3.0-Beta3.jar:\ 
    2831           jar/omero-importer-3.0-Beta3.jar:\ 
    2932           jar/omero-model-psql-3.0-Beta3.jar:\ 
     33           jar/poi-loci.jar:\ 
    3034           jar/spring-2.5.jar:\ 
    31            jar/jbossall-client-4.2.1.GA.jar:\ 
    32            jar/poi-loci.jar:\ 
    3335           jar/testng-5.7-jdk14.jar:\ 
    3436           jar/velocity-dep-1.5.jar:\ 
     
    5759# OMERO: helper libraries for communication with OMERO database 
    5860libs.omero = jbossall-client-4.2.1.GA.jar \ 
     61             omero-client-3.0-Beta3.jar \ 
    5962             omero-common-3.0-Beta3.jar \ 
    60              omero-client-3.0-Beta3.jar \ 
    6163             omero-importer-3.0-Beta3.jar \ 
    6264             omero-model-psql-3.0-Beta3.jar \ 
     
    7375                  clibwrapper_jiio.jar \ 
    7476                  jai_imageio.jar \ 
     77                  jmagick.jar \ 
    7578                  mdbtools-java.jar \ 
    7679                  poi-loci.jar \ 
    77                   jmagick.jar \ 
    7880                  QTJava.zip 
    7981 
    8082### LOCI Tools bundle ### 
    8183 
    82 tools.jar         = loci_tools.jar 
    83 tools.main        = loci.ome.notes.Notes 
    84 tools.dir         = ${build.dir}/tools 
    85 tools.libraries   = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
    86                     ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
    87                     ${libs.omero} \ 
    88                     forms-1.0.4.jar \ 
    89                     loci_plugins.jar \ 
    90                     ome-notes.jar 
     84loci-tools.jar       = loci_tools.jar 
     85loci-tools.main      = loci.plugins.About 
     86loci-tools.dir       = ${build.dir}/loci-tools 
     87loci-tools.libraries = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
     88                       ome-java.jar \ 
     89                       forms-1.0.4.jar \ 
     90                       loci_plugins.jar 
     91 
     92### OME Tools bundle ### 
     93 
     94ome-tools.jar       = ome_tools.jar 
     95ome-tools.main      = loci.plugins.ome.About 
     96ome-tools.dir       = ${build.dir}/ome-tools 
     97ome-tools.libraries = ome-io.jar ${libs.omejava} ${libs.omero} \ 
     98                      ome_plugins.jar 
    9199 
    92100### Bio-Formats ### 
    93101 
    94 formats.jar       = bio-formats.jar 
    95 formats.main      = loci.formats.gui.ImageViewer 
    96 formats.source    = loci/formats/**/*.java 
    97 formats.exclude   = loci/formats/auto/** 
    98 formats.classpath = ${libs.bioformats} \ 
    99                     ${libs.omero} \ 
    100                     ij.jar \ 
    101                     ome-java.jar 
    102 formats.files     = loci/formats/** 
    103 formats.resources = loci/formats/*.txt 
     102formats.jar            = bio-formats.jar 
     103formats.main           = loci.formats.gui.ImageViewer 
     104formats.source         = loci/formats/**/*.java 
     105formats.source-exclude = loci/formats/auto/** 
     106formats.classpath      = ${libs.bioformats} \ 
     107                         ij.jar \ 
     108                         ome-java.jar 
     109formats.files          = loci/formats/** 
     110formats.resources      = loci/formats/*.txt 
     111 
     112### LOCI Plugins for ImageJ ### 
     113 
     114loci-plugins.jar         = loci_plugins.jar 
     115loci-plugins.main        = loci.plugins.About 
     116loci-plugins.source      = loci/plugins/*.java \ 
     117                           loci/plugins/config/*.java 
     118loci-plugins.files       = loci/plugins/* \ 
     119                           loci/plugins/config/* 
     120loci-plugins.extra-root  = loci/plugins 
     121loci-plugins.extra-files = plugins.config 
     122loci-plugins.resources   = loci/plugins/config/*.txt 
     123 
     124### OME I/O ### 
     125 
     126ome-io.jar                = ome-io.jar 
     127ome-io.main               = loci.ome.io.OMEWriter 
     128ome-io.source             = loci/ome/io/**/*.java 
     129ome-io.files              = loci/ome/io/** 
     130 
     131### OME Plugins for ImageJ ### 
     132 
     133ome-plugins.jar           = ome_plugins.jar 
     134ome-plugins.main          = loci.plugins.ome.About 
     135ome-plugins.source        = loci/plugins/ome/*.java 
     136ome-plugins.files         = loci/plugins/ome/* 
     137ome-plugins.extra-root    = loci/plugins/ome 
     138ome-plugins.extra-files   = plugins.config 
    104139 
    105140### VisBio ### 
    106141 
    107 visbio.jar        = visbio.jar 
    108 visbio.main       = loci.visbio.VisBio 
    109 visbio.source     = loci/visbio/**/*.java 
    110 visbio.classpath  = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
    111                     ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
    112                     ${libs.omero} \ 
    113                     forms-1.0.4.jar \ 
    114                     ij.jar \ 
    115                     looks-1.2.2.jar \ 
    116                     visad-lite.jar 
    117 visbio.files      = loci/visbio/** 
    118 visbio.resources  = loci/visbio/classes.txt \ 
    119                     loci/visbio/*.png \ 
    120                     loci/visbio/*.gif \ 
    121                     loci/visbio/help/*.html \ 
    122                     loci/visbio/help/**/*.png \ 
    123                     loci/visbio/overlays/*.png \ 
    124                     loci/visbio/view/*.png 
    125  
    126 visbio.dist-files   = bsd-forms.txt \ 
    127                       bsd-looks.txt \ 
    128                       gpl-visbio.txt \ 
    129                       whatsnew.txt \ 
    130                       *.cpp \ 
    131                       *.m 
     142visbio.jar       = visbio.jar 
     143visbio.main      = loci.visbio.VisBio 
     144visbio.source    = loci/visbio/**/*.java 
     145visbio.classpath = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
     146                   ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
     147                   ${libs.omero} \ 
     148                   forms-1.0.4.jar \ 
     149                   ij.jar \ 
     150                   looks-1.2.2.jar \ 
     151                   visad-lite.jar 
     152visbio.files     = loci/visbio/** 
     153visbio.resources = loci/visbio/classes.txt \ 
     154                   loci/visbio/*.png \ 
     155                   loci/visbio/*.gif \ 
     156                   loci/visbio/help/*.html \ 
     157                   loci/visbio/help/**/*.png \ 
     158                   loci/visbio/overlays/*.png \ 
     159                   loci/visbio/view/*.png 
     160 
     161visbio.dist-files  = bsd-forms.txt \ 
     162                     bsd-looks.txt \ 
     163                     gpl-visbio.txt \ 
     164                     whatsnew.txt \ 
     165                     *.cpp \ 
     166                     *.m 
    132167 
    133168visbio.docs-dir        = ${docs.dir}/visbio 
     
    146181                     VisBio.app/Contents/MacOS/JavaApplicationStub 
    147182visbio.linux-exec  = visbio 
    148  
    149 ### LOCI Plugins for ImageJ ### 
    150  
    151 plugins.jar       = loci_plugins.jar 
    152 plugins.main      = loci.plugins.About 
    153 plugins.source    = loci/plugins/**/*.java 
    154 plugins.files     = loci/plugins/** 
    155 plugins.resources = loci/plugins/config/*.txt 
    156  
    157 ### OME Notes ### 
    158  
    159 notes.jar       = ome-notes.jar 
    160 notes.main      = loci.ome.notes.Notes 
    161 notes.source    = loci/ome/notes/**/*.java 
    162 notes.classpath = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
    163                   ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
    164                   ${libs.omero} \ 
    165                   forms-1.0.4.jar \ 
    166                   ij.jar 
    167 notes.files     = loci/ome/notes/** 
    168 notes.resources = loci/ome/notes/templates/* \ 
    169                   loci/ome/notes/editor/* 
    170  
    171 ### JVMLink ### 
    172  
    173 jvmlink.jar       = jvmlink.jar 
    174 jvmlink.main      = loci.jvmlink.JVMLinkServer 
    175 jvmlink.source    = loci/jvmlink/**/*.java 
    176 jvmlink.files     = loci/formats/DataTools*.class \ 
    177                     loci/formats/ReflectException*.class \ 
    178                     loci/formats/ReflectedUniverse*.class \ 
    179                     loci/jvmlink/*.class 
    180183 
    181184### Slim Plotter ### 
     
    196199            SlimPlotter.app/Contents/MacOS/JavaApplicationStub 
    197200 
    198 ### OME Metadata Editor ### 
    199  
    200 editor.jar       = ome-editor.jar 
    201 editor.main      = loci.ome.editor.MetadataEditor 
    202 editor.source    = loci/ome/editor/**/*.java \ 
    203                    loci/ome/viewer/**/*.java 
    204 editor.classpath = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
    205                    ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
    206                    forms-1.0.4.jar \ 
    207                    ij.jar 
    208 editor.files     = loci/ome/editor/** \ 
    209                    loci/ome/viewer/** 
    210 editor.resources = loci/ome/editor/Template.xml \ 
    211                    loci/ome/editor/Icons/* \ 
    212                    loci/ome/editor/TypeDefs/** 
    213  
    214 ### Testing framework ### 
    215  
    216 tests.source   = loci/tests/**/*.java 
    217 testng.classes = loci/tests/testng/FormatReaderTestFactory.class 
    218 testng.memory  = 1024m 
    219  
    220201### LOCI Checkstyle checks ### 
    221202 
     
    227208checks.resources = loci/checks/*.properties 
    228209 
    229 ### ImageJ ### 
    230  
    231 ij-jws.jar       = ij-jws.jar 
    232 ij-jws.main      = loci.plugins.IJLauncher 
    233 ij-jws.dir       = ${build.dir}/ij-jws 
    234 ij-jws.libraries = ij.jar \ 
    235                    loci_tools.jar 
     210### Testing framework ### 
     211 
     212tests.source   = loci/tests/**/*.java 
     213testng.classes = loci/tests/testng/FormatReaderTestFactory.class 
     214testng.memory  = 1024m 
     215 
     216### JVMLink ### 
     217 
     218jvmlink.jar       = jvmlink.jar 
     219jvmlink.main      = loci.jvmlink.JVMLinkServer 
     220jvmlink.source    = loci/jvmlink/**/*.java 
     221jvmlink.files     = loci/formats/DataTools*.class \ 
     222                    loci/formats/ReflectException*.class \ 
     223                    loci/formats/ReflectedUniverse*.class \ 
     224                    loci/jvmlink/*.class 
     225 
     226### OME Notes ### 
     227 
     228ome-notes.jar       = ome-notes.jar 
     229ome-notes.main      = loci.ome.notes.Notes 
     230ome-notes.source    = loci/ome/notes/**/*.java 
     231ome-notes.classpath = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
     232                      ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
     233                      ${libs.omero} \ 
     234                      forms-1.0.4.jar \ 
     235                      ij.jar 
     236ome-notes.files     = loci/ome/notes/** 
     237ome-notes.resources = loci/ome/notes/templates/* \ 
     238                      loci/ome/notes/editor/* 
     239 
     240### OME Metadata Editor ### 
     241 
     242ome-editor.jar       = ome-editor.jar 
     243ome-editor.main      = loci.ome.editor.MetadataEditor 
     244ome-editor.source    = loci/ome/editor/**/*.java \ 
     245                       loci/ome/viewer/**/*.java 
     246ome-editor.classpath = bio-formats.jar ${libs.bioformats} \ 
     247                       ome-java.jar ${libs.omejava} \ 
     248                       forms-1.0.4.jar \ 
     249                       ij.jar 
     250ome-editor.files     = loci/ome/editor/** \ 
     251                       loci/ome/viewer/** 
     252ome-editor.resources = loci/ome/editor/Template.xml \ 
     253                       loci/ome/editor/Icons/* \ 
     254                       loci/ome/editor/TypeDefs/** 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.